转录组学课件

1、,女性生殖系统,1,卵巢 ：产生卵子和女性激素。 输卵管：输送卵子, 受精的场所。 子宫 ：孕育胎儿。 阴道、外生殖器和乳腺(自学),概 述,2018/9/9,2,3,一、卵巢（ orary ）,表面上皮：单层扁平或立方上皮 白膜：D.C.T,实质：（青春期后）皮质：周边，C.T. , 梭形结缔组织细胞。含各级卵泡。髓质：实质中央， L.C.T,4,新生儿：70 200 万个卵泡 幼年期：约30万个卵泡 青春期：约4万个卵泡，卵泡成批发育成熟 更年期：约几百个卵泡 经绝期：不排卵 排卵,卵巢的年龄变化 ：, 约28天一个月经周期，左右卵巢交替排卵，共400-500个。,（二）卵泡的。

2、1,5 基因组序列的诠释,2,3,问 题,基因组序列所包含的全部遗传信息是什么？基因组作为一个整体如何行使其功能？用什么方法寻找基因，研究基因的功能呢？,4,基因组序列的诠释,研究基因组的最终目的不是为了仅仅得到基因组的全部序列，而是诠释基因组所包含的信息和基因组功能。在这一部分中，我们主要探讨利用什么方法来搜寻基因和研究基因组的功能 1. 在基因组中搜寻基因 根据顺序分析搜寻基因 实验分析确认基因 2. 基因功能的测定,5,A 起始密码子 ATG B 信号肽分析 C 终止密码子 D 3端的确认 E 非编码序列、内含子 F 密码子偏爱性 G 外显。

3、肿瘤代谢组学及其应用,Leo L. Cheng 郑 泠麻省总医院 哈佛医学院,肿瘤诊断的信息学演变的分子生物学,肿瘤诊断的信息学演变的分子生物学,组织标本,高分辨魔角自旋磁共振波谱,主要组分分析 -82前列腺切除病例的199个样本 -36个最常见的峰值的信号强度,峰值强度主要组分系数,前列腺组织,20/199例样本有癌的腺体结构； 13/82例有对照的癌/良性组织分析； 12/13T2及1/13T3肿瘤。,线性回归分析-浓度 -前16例主要组分VS.上皮组织、癌、基质的体积百分比,典型（甑别）分析代谢（浓度）角度,预测 肿瘤分期,代谢成像,1.血肿周边,2. 对侧,磁共振波谱。

4、蛋白质组学,王玮,Proteome,Genome,细胞mRNA水平不能代表蛋白质表达水平,从基因组较难预测蛋白质的修饰及调控,也无法预测蛋白质之间的相互作用,蛋白质组学（Proteomics）,“.the analysis of complete complement of proteins. Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultimately, their function.“ Stanley Fields, University of Washington, Seattle, in Science (2001) 291, 1221,蛋白。

5、基因组学,1 基因组学概述2 基因组图谱的构建3 基因组测序4 功能基因组学,本章教学时数：4学时。 本章重点：基因组计划的基本流程。 本章难点：分子标记和基因图谱；研究基因功能的方法,1 基因组学概述,基因组（genome），又称染色体组 一个物种单倍体的染色体数目，物种全部遗传信息的总和物种遗传信息的“总词典” 控制发育的“总程序” 生物进化历史的“总档案”,基因组学（genomics）,1986年提出，至今20年，已经发展成为遗传学中最重要的分支学科。对物种的所有基因进行定位、作图、测序和功能分析,基因组学研究的最终目标,获得生物体。

6、1,The Fifth Lecture Proteome & Proteomics,2,第一节 蛋白质组学的概念及其发展史,3,基因组时代 后基因组时代,1、背 景,4,越来越多的研究表明, 由于mRNA自身剪切拼接、翻译调控以及产物的翻译后加工修饰，基因表达的中间产物mRNA水平的研究并不能取代蛋白质水平的研究。甚至一些实验证明了某些物种mRNA与表达蛋白质的相关性不高(相关系数低于0.5)。因此,要精确地研究基因的功能,需要直接对执行生命功能的蛋白质进行研究。,1) 从mRNA表达水平不能预测蛋白表达水平,5,2) 从基因序列无法预测蛋白质的修饰和加工情况,基因与其编码产物蛋白的。

7、功能基因组学,中英联合实验室,功能基因组学,功能基因组学，后基因组学(Post genomics)： 利用结构基因组学提供的信息和产物 通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能 生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转向对多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。 功能基因组学的目的 基因功能发现 基因表达分析及突变检测 从基因组整体水平上对基因的活动规律进行阐述。 采用一些新的技术（SAGE、DNA芯片），对成千上万的基因表达进行分析和比较,功能基因组学简介,基因组DNA测序：人类对自身基因组认识的第一步。 功能基因组学：从基因组信息与。

8、2019/3/2,比较基因组学,中英联合实验室,2019/3/2,比较基因组学的产生,伴随着基因组的研究, 相关信息出现了爆炸性增长, 迫切需要对大量基因组数据进行处理, 比较基因组学作为一门重要的工具学科应运而生。比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物种之间的全方位基因和基因家族的比较分析，构建系统发育的遗传图谱, 来揭示基因、基因家族的起源和功能及其在进化过程中复杂化和多样化的机制。,2019/3/2,果蝇基因组,果蝇基因组全长180mb，2/3是 euchromatin，1/3是heterochromatin；Blast Search确定有14113个转录产物（功能基因）。 Scienc。

9、第五章 转录起始复合物的组装,第一节 DNA结合蛋白及其结合位点,DNA结合蛋白的结构特征,转录因子的三个结构组成部分1）DNA结合结构域（分类依据）2）连接域3）转录活化结构域,DNA结合结构域常见类型,螺旋-转角-螺旋基序(helix-turn-helix motif, HTH, 图A)锌指基序(zinc finger motif, 图B,)亮氨酸拉链基序(Leucine zipper motif，图C)螺旋-环-螺旋基序(heliex-loop-helix motif, 图D),螺旋-转角-螺旋（Helix-turn-helix,HTH）基序,两段螺旋被一短的转角结构分开，其中一段螺旋为 DNA 识别螺旋。同源异形结构域(Homeodomain，由同源异形盒。

10、 小麦论文：小麦响应赤霉病菌的表达谱分析与禾谷镰刀菌胞外蛋白的研究【中文摘要】小麦赤霉病是主要由禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw)在小麦扬花期侵染麦穗所导致的真菌病害。它不仅造成小麦严重减产和品质的下降,其产生的真菌毒素还威胁着人、畜的健康,给小麦生产造成了重大的损失。目前虽然有很多关于小麦赤霉病研究的相关报道,但赤霉病发生的分子机制一直没有研究清楚。本研究从小麦对赤霉病的抗性机制以及赤霉病的致病机制两个方面进行研究,具体内容是:(1)以一对抗感赤霉病近等基因系(抗病材料Apogee73S2 和感病材料 Apogee)为。

11、2010 第十二卷 第三期 Vol.12 No.3World Science and Technology/Modernization of Traditional Chinese Medicine and Materia Medica收稿日期： 2010-06-04修回日期： 2010-06-13 国家自然科学基金面上项目（ 30772735）：濒危药用植物川贝母 EST 文库的建立和 hmgr 基因克隆的研究，负责人：陈士林 。 联系人：吴琼，博士研究生，主要研究方向：药用植物分子生物学， Tel： 010-62899727， E-mail： qwuimplad.ac.cn；孙超，副研究员，主要研究方向：药用植物分子生物学， Tel:010-62899729,E-mail: csunimplad.ac.cn。转录组学在药用植。

12、转录组学主要技术及其应用研究姓名：梁 迪 专业：微生物学年级：2013 学号：3130179 二 零 一 四 年 六 月 十 五 日转录学主要技术及其应用研究摘 要：转录组(transcriptome)是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有 RNA的集合。转录组学研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。目前，转录组学研究技术主要包括两种：基于杂交技术的微阵列技术（microarray)和基于测序技术的转录组测序技术，包括表达序列标签技术（Expression Sequence Tags Technology，EST） 。

13、第三讲 转录组学,主要内容,RNA的种类和作用 RNA研究方法 高通量技术研究转录组学的策略 转录组学研究进展 microRNA研究,RNA是解读基因组的关键,RNA,Protein,Phenotype,Genotype,DNA,转录（transcription） 生物体以DNA为模板合成RNA的过程 。,转录,DNA,转录（Transcription）：遗传信息由DNA转换到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步，转录是mRNA以及非编码RNA（tRNA、rRNA等）的合成步骤。 以特定的DNA片段作为模板，以DNA依赖的核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶或RNA合成酶）作为催化剂而合成前mRNA的过程。 mRNA转录时，DNA分子双链打开。

14、Web:www.vazyme.com | Tel:400-600-9335易 康yikangvazyme.com2016 年 3 月基于新一代高通量测序的转录组学研究Web:www.vazyme.com | Tel:400-600-9335 2多组学研究Web:www.vazyme.com | Tel:400-600-9335RNA: Aridge connect genotype to phenotypeGenome GenotypeEpigeneticsmRNAMetabolomePhenotypencRNAProteinTrans-omicsIntermediate phenotype3Web:www.vazyme.com | Tel:400-600-9335RNASeq: Characterize the transcriptome in unparalleled detailmRNAExpression leveleQTL analysisAlternative splicingSNPRNA edittingSmall RN。

15、7.2.2 转 录 水 平 的 调 控,真核生物基因表达调控的主要环节 主要涉及3个组成成分的相互作用：RNA聚合酶催化转录的酶 顺式作用元件cis-acting element与结构基因串联的特定DNA序列 反式作用因子trans-acting factor可调节转录的一类蛋白质,基因概念：结构基因、转录起始、终止和调节有关的DNA序列。 原核生物中，相关的一组基因连在一起构成操纵子，由单个启动子来调节整个操纵子的转录 真核生物，每个基因有其自身的启动子序列，独立的调节。,真核生物RNA聚合酶 转录因子transcription factors 基本转录起始过程 顺式作用元件 反式作用。

16、转录组学研究技术及其应用,目录：,一、转录组简介 二、主要技术及其原理 三、与蛋白质组研究进展比较 四、转录组学应用 五、参考文献,一、转录组简介,1、概念 2、转录组学 3、相关知识,1、概念,遗传学中心法则表明, 遗传信息在精密的调控下通过信使RNA(mRNA)从DNA传递到蛋白质。因此,mRNA 被认为是DNA与蛋白质之间生物信息传递的一个“桥梁”,而所有表达基因的身份以及其转录水平,综合起来被称作转录组(Transcriptome)。转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA(non-coding RNA。

17、转录组学基本研究方法,陈军 chenjunxmu.edu.cn 2011.5.10,上堂课内容,mRNA检测技术 核酸杂交技术 原位杂交 逆转录PCR (Reverse transcription PCR，RT-PCR) RACE 全长cDNA文库 Real-time PCR,核酸杂交,northern blot,放射性同位素标记物 -32P-dCTP 灵敏度达0.01pg非放射性标记物 地高辛 灵敏度达0.1pg DIG-dUTP-通过酶促反应掺入到DNA/RNA中去制成探针-杂交-加抗地高辛-酶的复合物加底物显色,探针制备,探测不同条件下的基因表达变化,B. WITEK-ZAWADA,2003,28S rRNA,18S rRNA,FISH：Fluorescence In Situ Hybridization,原位杂交1,原位杂交。

18、转录组研究前沿随着转录组学，蛋白组学，代谢组学等组学的不断涌现，生物学研究已经跨入后基因组时代，转录组学作为一个率先发展起来的技术开始在生物学前沿研究中得到了广泛的应用。广义转录组（Transcriptome）系指从一种细胞或者组织的基因组所转录出来的 RNA 的总和，包括编码蛋白质的 mRNA 和各种非编码 RNA（rRNA, tRNA, snoRNA, snRNA,microRNA 和其他非编码 RNA 等） 。狭义转录组系指所有参与翻译蛋白质的 mRNA 总和。转录组研究历史：自从上世纪 90 年代中期以来，随着微阵列技术被用于大规模的基因表达水平研究，转录组学作为。

19、转录和转录组学 Thanscription and Transcriptomics,吕社民, M.D., Ph.D.西安交通大学医学院遗传学与分子生物学系 电话:82657764 Email: lusheminmail.xjtu.edu.cn,Replication,Replication,Transcription,Reverse Transcription,Translation,中心法则 （the central dogma）,The Royal Swedish Academy of Sciences has decided to award the Nobel Prize in Chemistry for 2006 to Roger D. Kornberg Stanford University, CA, USA “for his studies of the molecular basis of eukaryotic transcription“.,Roger D. Kornberg, born 1。