1、Web: | Tel:400-600-9335易 康2016 年 3 月基于新一代高通量测序的转录组学研究Web: | Tel:400-600-9335 2多组学研究Web: | Tel:400-600-9335RNA: Aridge connect genotype to phenotypeGenome GenotypeEpigeneticsmRNAMetabolomePhenotypencRNAProteinTrans-omicsIntermediate phenotype3Web: | Tel:400-600-9335RNASeq: Characterize the transcript
2、ome in unparalleled detailmRNAExpression leveleQTL analysisAlternative splicingSNPRNA edittingSmall RNAExpression levelSNPNovel small RNALong ncRNAExpression levelStructureSNPNovel ncRNAGene fusionNovel mRNATranscriptome assemblyInteraction: HITS-CLIP, DegradomeWeb: | Tel:400-600-9335 5Web: | Tel:40
3、0-600-9335mRNA 常规建库Web: | Tel:400-600-9335非常规转录组建库链特异性文库均一化文库Non-Coding转录组文库特殊插入片段文库FFPE样品文库Low input RNA-Seq单细胞转录组移植瘤。Web: | Tel:400-600-9335转录 组分析内容原始下机序列数据质控不参考序列比对过滤转录本 拼接有参转录组 无参转录组预测新转录本可变剪切分析组装 结果分析评估蛋白质互作网络分析Unigene功能注释基因表达水平分析差异表达 基因分析GO/KEGG富集分析 预测编码蛋白 框SNP/SSR分析SNP分析Total RNAmRNA文库Illumin
4、a HiSeq测序Web: | Tel:400-600-9335不同策略：定量分析酶切标签法 随机测序Web: | Tel:400-600-9335差异基因表达分析DESeq2有生物学重复的差异基因标准：|log2Ratio|1 ， q-value0.05Web: | Tel:400-600-9335差异基因的聚类热图差异基因的火山图差异基因的维恩图表达模式相似的基因聚类在一起，表达模式相似的基因往往参不相同戒相似的生物学过程。Web: | Tel:400-600-9335Find biomarkers 10(12):872-8. doi: 10.1038/nrg2670有、无Web: | T
5、el:400-600-9335eQTLWeb: | Tel:400-600-9335群体转录组常规 RNA-Seq分析群体 SNP数据群体基因表达数据共进化分析TREE, PCA, STRUCTURE受选择位点检测差异表达分析共表达网络分析mRNA测序数据群体转录组|- 常规 RNA-Seq分析| |- 数据过滤| - |- 群体 SNP分析| |- TREE| |- PCA| |- STRUCTURE| |- 受选择位点分析| - 共进化分析|- 群体基因表达分析|- 组间差异表达分析-共表达网络分析Web: | Tel:400-600-9335群体转录组Web: | Tel:400-600
6、-9335群体转录组 鉴定共表达网络（ module）Web: | Tel:400-600-9335群体转录组 Module中特征基因的鉴定Web: | Tel:400-600-9335如果没有参考基因集？想办法构建该物种的转录图谱序列转录组从头组装Web: | Tel:400-600-9335如果参考基因集丌理想 构建新的更完善的参考基因集基于 Mapping的转录本重构Web: | Tel:400-600-9335几点注意的 我们获得的 RNA样本不我们拿来比较的基因组可能丌是同一个来源的 RNA样本的制备过程可能有问题，其中包含了未经充分处理的 RNA，戒者其它转录本的噪音。测序深度越深，这种问题就越明显，这也解释了为什么测序深度比较深的时候转录本重建工作的准确率会下降； 测序技术本身的问题。绝大部分测序技术都会使用到 PCR反应，而我们都知道， PCR反应对 GC含量高的序列比较“排斥”，所以这个测序过程本身就会自然而然地“偏向” GC含量低的序列Web: | Tel:400-600-9335 30化学感受蛋白（ CSP）家族不昆虫信息素的转运有关，同时有报道表明这个家族中的部分成员，还不昆虫的发育有关证明目标基因 CSP9的确对红火蚁幼虫发育有调控作用
