分子模拟第五章

1、共124,1,2共价鍵(1) 路易斯(Lewis)价鍵理论化合物中的每一个原子都与它所鍵合的其它原子共用电子，来完成价电子的八隅体 (氢为2),共124,2,Lewis,1875年10月25日路易斯出生于美国麻萨诸塞州的西牛顿市。他从小聪明过人，在三岁时，父母就开始在家里让他接受教育。1893年进入著名的哈佛大学学习，1896年获理学士学位，以后在TW理查兹指导下继续研究化学，于1899年24岁时获哲学博士学位。,共124,3,路易斯结构式的写法： 画出分子或离子的骨架结构(选择合理的、与实验事实相符的，一般氢原子、卤原子在末端) 在每两个成鍵原子之间画上短线(其。

2、第五章 高分子材料成形,5.1 高分子材料成形的基本原理 5.2 高分子材料的成形方法及设备 5.3 高分子材料制品的结构工艺性 5.4 高分子材料成形新技术 5.5 复合材料成形,5.1 高分子材料成形的基本原理,高分子材料又称聚合物（polymers）。与金属材料及无机非金属材料相比 ，呈现良好的可塑性。,一. 聚合物的力学状态与流变行为,聚合物的类型不同，受热时表现的力学状态也不同。根据聚合物所表现的力学性质，可以将聚合物的力学状态划分为三种：玻璃态、高弹态和粘流态 。,1.1 玻璃态（glassy）,在玻璃化温度Tg以下的聚合物处于玻璃态，为坚硬。

3、第五章 高聚物的分子量分布,和高聚物的分子量一样，高聚物的分子量分布也是高分子材料最基本、最重要的结构参数之一。高聚物的许多性能，如抗张强度、冲击强度、高弹性等力学性能以及流变学性能、溶液性质、加工型能等除了与高聚物的分子量有关，还和高聚物的分子量分布密切相关。 此外，在研究聚合反应机理、老化和裂解过程的机理、研究高聚物的结构与性能的关系等方面，高聚物的分子量分布的数据常常是不可缺少的。,由于分子量具有多分散性，仅有平均分子量，还不足以表征聚合物分子的大小，因为平均分子量相同的试样，其分子量分布却可。

4、Temperature in a gas furnace,FLUENT中组分输运及化学反应（燃烧）模拟,热科学与能源工程系 2003年10月,概要,应用 燃烧模拟简介 化学动力学 气相燃烧模型 稀疏相燃烧模型 污染物排放模拟 燃烧数值模拟步骤介绍,燃烧模拟,广泛应用与均相和非均相燃烧过程模拟 燃烧炉 锅炉 加热器 燃气轮机 火箭发动机 求解内容 流场流动特性及其混合特性 温度场 组分浓度场 颗粒和污染物排放,Temperature in a gas furnace,CO2 mass fraction,Stream function,燃烧模型概要,稀疏相模型,液滴/颗粒动力学 非均相反应 液化 蒸发,输运控制方程,质量 动量 (湍流。

5、第五章 集成运算放大器,1、电流源电路 2、差分放大电路 3、集成运算放大器,集成运算放大器高增益的直接耦合的集成的多级放大器。,集成电路的工艺特点： （1）元器件具有良好的一致性和同向偏差，因而特别有利于实现需要对称结构的电路。 （2）集成电路的芯片面积小，集成度高，所以功耗很小，在毫瓦以下。 （3）不易制造大电阻。需要大电阻时，往往使用有源负载。 （4）只能制作几十pF以下的小电容。因此，集。

6、第五章 放大电路的频率响应,第五章 放大电路的频率响应,5.1 频率响应的有关概念,5.2 晶体管的高频等效电路,5.3 放大电路的频率响应,5.1 频率响应的有关概念,一、本章要研究的问题,二、高通电路和低通电路,三、放大电路中的频率参数,一、研究的问题,放大电路对信号频率的适应程度，即信号频率对放大倍数的影响。由于放大电路中耦合电容、旁路电容、半导体器件极间电容的存在，使放大倍数为频率的函数。在使用一个放大电路时应了解其信号频率的适用范围，在设计放大电路时，应满足信号频率的范围要求。,二、高通电路和低通电路,2. 低通电路:。

7、第五章 真核生物转录起始,第一节 真核细胞核,真核细胞核,染色质(chromatin),真核生物细胞中细胞核内DNA和蛋白质高度包装的紧密复合体结构。 染色质的低水平包装：核小体和30nm螺旋管纤维是分裂间期细胞核染色质形式。（松散） 中期染色体是最高水平的压缩。,常染色质(euchromatin)与异染色质(heterchromatin),常染色质，是指间期核内染色质纤维折叠压缩程度地处于伸展状态，用碱性染料染色时着色浅的那些染色质。是基因转录的必要条件，也就是说不是常染色质的所有基因都转录。 异染色质，是指在间期细胞核中，仍然高度折叠的、用碱性染料。

8、第十二章 分子荧光分析法 Molecular fluorescence Analysis 主讲：姬晓灵,内容： 1. 概述 Introduction 2 . 基本原理 Basic Principle 3 .溶液的荧光强度Fluorescence intensity in solutions 4 .分子荧光分析仪器 Molecular fluorescence spectrometers 5 . 应用 Applications,教学目标和要求,1.了解荧光和磷光 2.掌握 荧光分析法的基本原理：荧光的产生、定性、定量方法 3. 掌握影响 F 因素：分子结构、外因（温度、溶剂、酸度、表面活性剂、荧光熄灭剂、散射光和激发光等。 4.了解荧光分析仪器的结构及类型：荧光光度计和荧光分光光度。

9、第五章 遗传重组广义：任何造成基因型变化的基因交流过程都 叫遗传重组（genetics recombination).狭义：遗传重组是指一段DNA在核苷酸分子上的重新组合。一、遗传重组的类型 一同源重组（homologous recombination) 特点： 1、依赖于大范围DNA同源序列的联会； 2、负责DNA配对和重组的蛋白质因子无碱基序列特异性； 3、重组可在联会的任何位置上发生。,要求： 二位点特异性重组（site-specific recombination) 特点： 1、依赖于小范围同源序列的联会，需要位点特异性蛋白因子参与催化。 2、重组时发生精确切割、连接反应， DNA不失去，不。

10、1,1 概述 1.1 药用高分子的由来与发展东汉张仲景（公元142219）在伤寒论和金匮要略中记载的栓剂、洗剂、软膏剂、糖浆剂及脏器制剂等十余种制剂中，首次记载了采用动物胶汁、炼蜜和淀粉糊等天然高分子为多种制剂的赋形剂。,第五章 药用有机高分子,2,1.2 药用高分子的类型和基本性能 1.2.1 药用高分子的定义和类型药用高分子按其应用目的不同分为药用辅助材料和高分子药物两类。药用辅助材料是指在药剂制品加工时所用的和 为改善药物使用性能而采用的高分子材料。,第五章 药用有机高分子,3,高分子药物，依靠连接在聚合物分子链上的药理活性。

11、第五章 电活性高分子,5.1概述 5.2导电高分子 5.3其他电活性高分子的制备、性能与应用,5.1概述,1电活性高分子的概念那些在电参数作用下，由于材料本身组成、构型、构象或超分子结构发生变化，因而表现出特殊物理和化学性质的高分子材料被称为电活性高分子材料，也称为电活性高分子。,高分子发光膜,2材料的导电性能根据材料电导率的大小可以将其分为电的绝缘体、半导体、导体、超导体，如表5-1 所示。,表5-1 材料分类与导电率范围,3.电活性高分子的种类与特点 （1）电活性高分子的种类根据施加电参量的种类和材料表现出的性质特征，可以将电。

12、1,智能优化方法 AI-Based Optimization Methods,By Professor Dingwei Wang Northeastern University China 2004,2,第五章 模拟退火,3,第五章 模拟退火,一.导言 二.退火过程和Bolzman方程 三.SA的算法构造及步骤 四.计算举例 五.SA的收敛性分析 六.SA的应用举例,4,模拟退火的产生(SA) 1953年 Metropolis提出原始的SA算法，未引起反响 1982年 Kirkpatrick提出现代的SA算法，得到广泛的应用,一.导言（1）,5,基本思想 模拟热力学当中的退火过程 退火过程：物体： 高温 低温高能状态 低能状态,一.导言（2）,缓慢下降,6,淬火： 快速冷却，使金。

13、1,第五章 离子聚合及开环聚合,2,离子聚合的理论研究开始于五十年代1953年，Ziegler在常温低压下制得PE，1956年，Szwarc发现了“活性聚合物”。 离子聚合有别于自由基聚合的特点：,根本区别在于聚合活性种不同离子聚合的活性种是带电荷的离子。,5.1 引言,碳阳离子 碳阴离子,通常是,3,离子聚合对单体有较高的选择性,聚合机理和动力学研究不如自由基聚合成熟原因,聚合条件苛刻,微量杂质有极大影响,聚合重现性差； 聚合速率快，需低温聚合，给研究工作造成困难； 反应介质的性质对反应也有极大的影响，影响因素复杂。,带有1,1-二烷基、烷氧基。

14、第五章 酶分子修饰,定义:通过各种方法使酶分子的结构发生某些改变，进而改变酶的某些功能和特性的技术。,酶分子,非必需基团,必需基团,活性中心 必需基团,活性中心外 必需基团,结合基团,催化基团,非活性中心,活性中心,一、酶分子修饰的目的,(1) 提高酶活力：酶蛋白与大分子修饰剂交联后，修饰剂产生的空间障碍或静电斥力可能有效阻挡抑制剂对酶的进攻，同时“遮盖”保护了酶活性部位，使抑制剂和酶活性部位结合的难度增加。,(2)增强酶的稳定性：许多修饰剂分子存在多个活性反应基团，常常可以与酶形成多点交联，使酶分子的天然构象不容易伸。

15、核酸分子杂交（DNA/DNA or DNA/RNA）,核酸分子杂交技术：具一定同源性的两条(DNA或RNA)单链在适宜的温度及离子强度等条件下, 可按碱基互补配对原则特异性地复性，形成双链。,探针(已知核酸片断，单链),待测核苷酸序列(单链),核酸分子杂交技术，是在1968年由华盛顿卡内基学院（Carnegie Institute of Washington）的Roy Britten及其同事发明的。所依据的原理是，带有互补的特定核苷酸序列的单链DNA或RNA，当它们混合在一起时，其相应的同源区段将会退火形成双链的结构。,核酸分子杂交的基本原理,DNA变性 方法 热变性：90100 酸碱变性：常采。

16、交通运输系统模拟,2011年5月,任课教师 蒋熙,交通运输系统模拟,第二篇 交通运输系统模拟方法与实践,第五章 排队系统建模与程序设计,单服务台排队系统模拟 多队多服务台排队系统模拟 多级多服务台排队系统模拟,在一个单队单服务台排队系统中 ,设有一个服务台，同时只能为一个顾客服务。顾客是服从某种随机分布规律的到达流。顾客到达后，服务员若空闲则立即接受服务，否则按FIFO规则排队等待，顾客的服务时间服从某种随机分布规律，服务完毕离开后队列头部顾客开始接受服务。,5.1 单服务台排队系统模拟,1、系统描述,1)系统组成成分 顾客，服。

17、第五章 分子结构,化学键：分子中直接相邻原子间强烈的相互作用（离子键、共价键、金属键）AB电负性差1.7，单键含50%的离子性 AB电负性差1.7，离子化合物 AB电负性差1.7，共价化合物,分子空间构型：几何形状,范德华力：分子间弱相互作用,（HF例外，电负性差1.78，共价化合物）,5.1 离子键 5.2 共价键 5.3 轨道杂化理论 5.4 金属键 5.5 分子的极性和分子间力 5.6 氢键 5.7 晶体结构,内容概要,离子键：原子间发生电子转移，生成正、负离子，靠正、 负离子之间静电库伦引力而形成的化学键。,以离子键结合的化合物都是以离子晶体的形式存在，所。

18、Chapter 5. Reaction Pathways 反应途径,反应途径分析有两种方法： Potential Energy Surface Scan ( Scan，势能面扫描) Intrinsic Reaction Coordinates ( IRC，内懔反应坐标),Example 5.1：丙烯基正离子的旋转异构体 的变化,H2a,HF/6-311+G(d,p) 能够找到这样的过渡态。MP2和QCISD在同样基组下没有得到上述过渡态，却得到了极小值。具有Cs对称性的结构中，H1迁移到了端位的碳原子上。这个新结构的能量比势能面中平衡结构的能量高10 kcal/mol。,为什么HF方法没有得到正确的过渡态？ 这是由于HF方法本身的限制，其计算的亚甲基旋转的能垒。