1、参 考 文 献1 程 方,李 晓.糖 皮 质 激 素 致 股 骨 头 坏 死 的 病 理 生 理 机 制 研 究 进展 J.全 科 口 腔 医 学 电 子 杂 志,2 0 2 0,7(6):1 0-2 12 李 时 斌,赖 渝,周 毅,等.激 素 性 股 骨 头 坏 死 发 病 机 制 及 相 关信 号 通 路 的 靶 点 效 应 J.中 国 组 织 工 程 研 究,2 0 2 1,2 5(6):9 3 5-9 4 13 D o n g C H,D e n g Y S,Y a n g X J,e t a l.T h e i n t e r p l a y o f t r a n s c r i
2、 p t i o n a la n d p o s t-t r a n s c r i p t i o n a l r e g u l a t i o n o f m i g r a t i o n o f m e s e n c h y m a l s t e mc e l l s d u r i n g e a r l y s t a g e s o f b o n e f r a c t u r e h e a l i n g J.E u r R e v M e dP h a r m a c o l S c i,2 0 1 7,2 1(1):5 5 4 2-5 5 4 74 B i a
3、n E B,X i o n g Z G,L i J.N e w a d v a n c e s o f l n c R N A s i n l i v e r f i b r o s i s,w i t h s p e c i f i c f o c u s o n l n c R N A-m i R N A i n t e r a c t i o n s J.J C e l l P h y s-i o l,2 0 1 9,2 3 4(5):2 1 9 4-2 2 0 35 Z h a n g W,D o n g R,D i a o S,e t a l.D i f f e r e n t i
4、a l l o n g n o n c o d i n g R N A/m R N A e x p r e s s i o n p r o f i l i n g a n d f u n c t i o n a l n e t w o r k a n a l y s i s d u r i n g o s-t e o g e n i c d i f f e r e n t i a t i o n o f h u m a n b o n e m a r r o w m e s e n c h y m a l s t e m c e l l s J.S t e m C e l l R e s T
5、h e r,2 0 1 7,8(1):1-1 36 L i S,H u C,L i J,e t a l.E f f e c t o f m i R-2 6 a-5 p o n t h e W n t/C a2+p a t h w a y a n d o s t e o g e n i c d i f f e r e n t i a t i o n o f m o u s e a d i p o s e-d e r i v e d m e s-e n c h y m a l s t e m c e l l s J.C a l c i f T i s s u e I n t,2 0 1 6,9 9
6、(1):1 7 4-1 8 67 L i u B,Y a n g F,W e i X,e t a l.A n e x p l o r a t o r y s t u d y o f a r t i c u l a r c a r t i-l a g e a n d s u b c h o n d r a l b o n e r e c o n s t r u c t i o n w i t h b o n e m a r r o w m e s e n c h y-m a l s t e m c e l l s c o m b i n e d w i t h p o r o u s t a n
7、 t a l u m/B i o-G i d e c o l l a g e nm e m b r a n e i n o s t e o n e c r o s i s o f t h e f e m o r a l h e a d J.M a t e r S c i E n g CM a t e r B i o l A p p l,2 0 1 9,9 9(4):1 1 2 3-1 1 3 28 X u Y,J i a n g Y,W a n g Y,e t a l.L I N C 0 0 4 7 3 r e g u l a t e d a p o p t o s i s,p r o-l i
8、 f e r a t i o n a n d m i g r a t i o n b u t c o u l d n o t r e v e r s e c e l l c y c l e a r r e s t o f h u m a nb o n e m a r r o w m e s e n c h y m a l s t e m c e l l s i n d u c e d b y a h i g h-d o s a g e o fd e x a m e t h a s o n e J.S t e m C e l l R e s,2 0 2 0,4 8(8):1 1-2 39 W a
9、 n Y,Y a o Z,C h e n W,e t a l.T h e l n c R N A N O R A D/m i R-5 2 0 a-3 p f a c i l i t a t e s m a l i g n a n c y i n n o n-s m a l l c e l l l u n g c a n c e r v i a P I3k/A k t/m T O R s i g n a l i n g p a t h w a y J.O n c o T a r g e t s T h e r,2 0 2 0,1 3(5):1 5 3 3-1 5 4 41 0 H u a n g
10、 X Z,H u a n g J,L i W Z,e t a l.L n c R N A-M A L A T 1 p r o m o t e so s t e o g e n i c d i f f e r e n t i a t i o n t h r o u g h r e g u l a t i n g A T F 4 b y s p o n g i n g m i R-2 1 4:i m p l i c a t i o n o f s t e r o i d-i n d u c e d a v a s c u l a r n e c r o s i s o f t h e f e m
11、o r a lh e a d J.S t e r o i d s,2 0 2 0,1 5 4(3):3 1-4 51 1 W e i B,W e i W,Z h a o B,e t a l.L o n g n o n-c o d i n g R N A H O T A I R i n-h i b i t s m i R-1 7-5 p t o r e g u l a t e o s t e o g e n i c d i f f e r e n t i a t i o n a n d p r o l i f e r-a t i o n i n n o n-t r a u m a t i c o
12、 s t e o n e c r o s i s o f f e m o r a l h e a d J.P L o S O n e,2 0 1 7,1 2(6):e 0 1 6 9 0 9 71 2 J i a J,F e n g X,X u W,e t a l.M i R-1 7-5 p m o d u l a t e s o s t e o b l a s t i cd i f f e r e n t i a t i o n a n d c e l l p r o l i f e r a t i o n b y t a r g e t i n g S m a d 7 i n n o n-
13、t r a u-m a t i c o s t e o n e c r o s i s J.E x p M o l M e d,2 0 1 4,2 5(1):4 3-5 61 3 纪 元 元,李 劲 峰,寇 红 伟,等.微 小 R N A-2 3 a-3 p 负 调 控R u n x 2 基 因 抑 制 骨 髓 间 充 质 干 细 胞 成 骨 分 化 诱 导 绝 经 后 骨 质 疏松 的 研 究 J.中 华 实 验 外 科 杂 志,2 0 2 2,3 9(1):1 1 2-1 1 51 4 Y u a n S,Z h a n g C,Z h u Y,e t a l.N e o h e s p
14、e r i d i n a m e l i o r a t e s s t e r o i d-i n d u c e d o s t e o n e c r o s i s o f t h e f e m o r a l h e a d b y i n h i b i t i n g t h e h i s t o n em o d i f i c a t i o n o f l n c R N A H O T A I R J.D r u g D e s D e v e l T h e r,2 0 2 0,1 4(3):5 4 1 9-5 4 3 01 5 K a l w a M,H n z
15、 e l m a n n S,O t t o S,e t a l.T h e l n c R N A H O T A I R i m-p a c t s o n m e s e n c h y m a l s t e m c e l l s v i a t r i p l e h e l i x f o r m a t i o n J.N u c l e-i c A c i d s R e s,2 0 1 6,4 4(2 2):1 0 6 3 1-1 0 6 4 3(收 稿 日 期:2 0 2 2-0 1-2 9)(修 回 日 期:2 0 2 2-0 4-0 8)基 金 项 目:内 蒙 古 自
16、 治 区 科 技 计 划 项 目(2 0 1 9 G G 0 8 3)作 者 单 位:0 1 0 0 3 0 呼 和 浩 特,内 蒙 古 医 科 大 学 基 础 医 学 院(安 彦 榕),病 理 学 教 研 室(贾 永 峰)通 信 作 者:贾 永 峰,电 子 信 箱:y f j i a 0 4 7 1 1 6 3.c o mP K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 表 达 的 生 物 信 息 学 分 析及 实 验 用 细 胞 系 筛 选安 彦 榕 贾 永 峰摘 要 目 的 基 于 生 物 信 息 学 研 究 P K M Y T 1 基 因 在 乳 腺 癌 进 展 中 的 作 用 及 影 响
17、以 及 在 乳 腺 癌 各 细 胞 系 中 的 表 达 情 况。方 法 将 癌 症 基 因 组 图 谱(t h e c a n c e r g e n o m e a t l a s,T C G A)乳 腺 癌 R N A 转 录 组 数 据 中 的 P K M Y T 1 进 行 单 基 因 分 析,其 中 包 括 差 异分 析、配 对 差 异 分 析、临 床 相 关 性 分 析、G S E A 富 集 分 析 及 生 存 分 析,同 时 还 利 用 G E P I A 2、T I M E R 2.0、T h e H u m a n P r o t e i n A t l a s 及K a
18、p l a n-M e i e r P l o t t e r 数 据 库 进 行 了 多 次 验 证。且 通 过 实 时 荧 光 定 量 P C R 检 测 了 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 各 细 胞 系 中 的 表 达 情 况,为后 续 研 究 筛 选 合 适 的 细 胞 系。结 果 经 生 物 信 息 学 分 析 发 现 在 乳 腺 癌 中 与 正 常 样 本 比 较,P K M Y T 1 在 肿 瘤 样 本 中 的 表 达 明 显 升高(P 0.0 5);临 床 相 关 性 分 析 结 果 表 明,P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 与 年 龄、肿 瘤 分 期 及
19、 原 发 肿 瘤 直 径 相 关(P 0.0 5);G S E A 富 集 分 析 显 示 在 乳 腺 癌 中 P K M Y T 1 高 表 达 时,其 功 能 富 集 与 细 胞 周 期、D N A复 制、同 源 重 组 等 功 能 密 切 相 关,低 表 达 时 则 与 T G F-信 号 通 路、M A P K 信 号 通 路 等 相 关;生 存 分 析 发 现 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中H R=1.2 2 提 示 为 高 风 险 因 素,且 与 生 存 相 关(P 0.0 5)。同 时 细 胞 实 验 验 证 了 P K M Y T 1 在 人 乳 腺 癌 细 胞 系
20、 中 以 正 常 乳 腺 细 胞 4 6 论 著 J M e d R e s,F e b r u a r y 2 0 2 3,V o l.5 2 N o.2 系 为 参 照 在 M D A-M B-2 3 1 中 表 达 最 高,在 小 鼠 乳 腺 癌 细 胞 系 中 4 T 1 细 胞 系 表 达 最 高。结 论 P K M Y T 1 是 一 种 与 乳 腺 癌 恶 性肿 瘤 相 关 的 基 因,是 一 种 新 的 肿 瘤 标 志 物,或 可 成 为 乳 腺 癌 新 的 治 疗 靶 点。关 键 词 乳 腺 癌 P K M Y T 1 基 因 增 殖 肿 瘤 标 志 物中 图 分 类 号 R
21、 7 3 7.9 文 献 标 识 码 A D O I 1 0.1 1 9 6 9/j.i s s n.1 6 7 3-5 4 8 X.2 0 2 3.0 2.0 1 3B i o i n f o r m a t i c s A n a l y s i s o f P K M Y T 1 E x p r e s s i o n i n B r e a s t C a n c e r a n d S c r e e n i n g o f E x p e r i m e n t a l C e l l L i n e s.A N Y a n r o n g,J I A Y o n g f e n
22、g.B a s i c M e d i c a l C o l l e g e,I n n e r M o n g o l i a M e d i c a l U n i v e r s i t y,I n n e r M o n g o l i a 0 1 0 0 3 0,C h i n aA b s t r a c t O b j e c t i v e T o e x p l o r e t h e r o l e a n d i m p a c t o f P K M Y T 1 g e n e i n b r e a s t c a n c e r p r o g r e s s i
23、 o n a n d i t s e x p r e s s i o n i n v a r i o u sb r e a s t c a n c e r c e l l l i n e s b a s e d o n b i o i n f o r m a t i c s.M e t h o d s S i n g l e-g e n e a n a l y s i s o f P K M Y T 1,i n c l u d i n g d i f f e r e n t i a l a n a l y s i s,p a i r e d d i f-f e r e n t i a l a
24、n a l y s i s,c l i n i c a l c o r r e l a t i o n a n a l y s i s,G e n e S e t E n r i c h m e n t A n a l y s i s(G S E A)a n d s u r v i v a l a n a l y s i s w e r e p e r f o r m e d b y b r e a s tc a n c e r R N A t r a n s c r i p t o m e d a t a f r o m T h e C a n c e r G e n o m e A t l
25、 a s(T C G A),a l o n g w i t h G E P I A 2,T I M E R 2.0,T h e H u m a n P r o t e i n A t l a sa n d K a p l a n-M e i e r P l o t t e r d a t a b a s e s w e r e u s e d f o r m u l t i p l e v a l i d a t i o n.A n d t h e e x p r e s s i o n o f P K M Y T 1 i n v a r i o u s c e l l l i n e s o
26、 f b r e a s tc a n c e r w a s d e t e c t e d b y r e a l-t i m e f l u o r e s c e n c e q u a n t i t a t i v e p o l y m e r a s e c h a i n r e a c t i o n t o s c r e e n s u i t a b l e c e l l l i n e s f o r s u b s e q u e n t s t u d i e s.R e s u l t s B i o i n f o r m a t i c s a n a
27、l y s i s s h o w e d t h a t t h e e x p r e s s i o n o f P K M Y T 1 i n b r e a s t c a n c e r w a s s i g n i f i c a n t l y i n c r e a s e d c o m p a r e d w i t h t h a t i nn o r m a l s a m p l e s(P 0.0 5);c l i n i c a l c o r r e l a t i o n a n a l y s i s s h o w e d t h a t P K M
28、Y T 1 w a s c o r r e l a t e d w i t h a g e,t u m o r s t a g e a n d p r i m a r y t u m o rs i z e i n b r e a s t c a n c e r(P 0.0 5).G S E A s h o w e d t h a tw h e n P K M Y T 1 w a s h i g h l y e x p r e s s e d i n b r e a s t c a n c e r,i t s f u n c t i o n a l e n r i c h m e n t w a
29、 s c l o s e l y r e l a t e d t o c e l l c y c l e,D N A r e p l i c a t i o n a n d h o-m o l o g o u s r e c o m b i n a t i o n a n d o t h e r f u n c t i o n s,w h i l e w h e n P K M Y T 1 w a s p o o r l y e x p r e s s e d,i t w a s r e l a t e d t o T G F-s i g n a l i n g p a t h w a y a
30、 n dM A P K s i g n a l i n g p a t h w a y.S u r v i v a l a n a l y s i s f o u n d t h a t P K M Y T 1 i n b r e a s t c a n c e r w i t h h a z a r d r a t i o(H R)=1.2 2 s u g g e s t e d t h a t i t w a s ah i g h r i s k f a c t o r a n d c o r r e l a t e d w i t h s u r v i v a l(P 2 和 错 误
31、发 现 率(F D R)0.0 5,富 集 结 果 的F D R 阈 值 设 置 为 0.0 5 8。2.生 物 信 息 学 分 析:除 利 用 T C G A 数 据 库 进 行 分析 外,还 通 过 其 他 数 据 库 进 行 验 证。基 因 表 达 谱 和 交互 分 析 工 具(G E P I A 2)是 一 个 在 线 工 具,可 提 供 肿 瘤和 正 常 组 织 中 差 异 基 因 表 达 的 信 息、相 关 分 析 以 及 基于 广 泛 的 R N A 测 序 数 据 患 者 的 生 存 分 析。此 外,使用 包 含 5 4 6 7 5 个 基 因 和 1 0 4 6 1 个 癌
32、症 样 本(包 括4 9 2 9 个 乳 腺 癌 样 本)的 K a p l a n-M e i e r P l o t t e r 数 据 库来 评 估 P K M Y T 1 对 乳 腺 癌 患 者 生 存 率 的 影 响。T I M-E R 2.0 可 对 P K M Y T 1 在 泛 癌 中 的 差 异 表 达 进 行 分析。H P A 数 据 库 收 集 了 基 因 在 泛 癌 细 胞 系 中 的 表 达情 况,可 对 P K M Y T 1 进 行 分 析。5 6 医 学 研 究 杂 志 2 0 2 3 年 2 月 第 5 2 卷 第 2 期 论 著 3.细 胞 培 养:人 类
33、正 常 乳 腺 上 皮 细 胞 系 M C F 1 0 A和 乳 腺 癌 细 胞 系 M C F-7、M D A-M B-2 3 1、M D A-M B-4 6 8、H C C 1 9 3 7 以 及 小 鼠 乳 腺 癌 细 胞 系 C 1 2 7、4 T 1、E M T 6、E 0 7 7 1 均 购 自 武 汉 普 诺 赛(P r o c e l l)生 命科 技 有 限 公 司。D M E M 培 养 基、1 6 4 0 培 养 基、胰 酶 及牛 胎 血 清(F B S)购 自 美 国 G i b c o 公 司。M C F 1 0 A 采用 专 用 培 养 基 购 自 武 汉 普 诺
34、赛(P r o c e l l)生 命 科 技 有限 公 司;M D A-M B-2 3 1、H C C 1 9 3 7、E M T 6 细 胞 均采 用 1 6 4 0 培 养 基(9 0%1 6 4 0 培 养 基+1 0%F B S),其 他 细 胞 均 采 用 D M E M 培 养 基(9 0%D M E M 培 养基+1 0%F B S),置 于 细 胞 培 养 箱(3 7、5%C O2)内培 养 9。当 细 胞 汇 合 度 为 8 0%9 0%时 进 行 传 代,保 持 细 胞 良 好 的 生 长 状 态,取 对 数 增 长 的 细 胞 进 行后 续 研 究。4.总 R N A
35、提 取 及 实 时 荧 光 定 量 P C R:根 据 制 造商 的 说 明,使 用 碧 云 天 R N A e a s yT M动 物 R N A 抽 提 试剂 盒(离 心 柱 式)提 取 总 R N A。互 补 D N A(c D N A)通过 T I A N G E N F a s t k i n g 一 步 法 除 基 因 组 c D N A 第 一 链合 成 预 混 试 剂 反 转 录 总 R N A 获 得,并 用 于 T R A N SP e r f e c t S t a r tT MG r e e n q P C R S u p e r M i x 的 实 时 定 量 聚 合
36、酶 链 反 应(q R T-P C R)实 验。人 细 胞 系 采 用 G A P D H作 为 内 参,鼠 细 胞 系 采 用 A C T B 作 为 内 参。人 类 P K-M Y T 1 上 游 引 物:5-C A T G G C T C C T A C G G A G A G G T-3,下 游 引 物:5-A C A T G G A A C G C T T T A C C G C A T-3。人 类 G A P D H 上 游 引 物:5-G G A G C G A G A T C-C C T C C A A A A T-3,下 游 引 物:5-G G C T G T T G T-C
37、 A T A C T T C T C A T G G-3。小 鼠 P K M Y T 1 上 游 引 物:5-G T A C C C C C A T C C C A G T T C C A-3,下 游 引 物:5-T C T G A G G T C T C A C A C A G G A A A-3。小 鼠 A C T B 上游 引 物:5-G T G C T A T G T T G C T C T A G A C T T C G-3,下游 引 物:5-A T G C C A C A G G A T T C C A T A C C-3。P K-M Y T 1 相 对 表 达 量 用 2-C t
38、表 示,C t=C tP K M Y T 1-C tG A P D H/A C T B,C t=C t样 本-C t参 考 样 本 1 0。5.统 计 学 方 法:应 用 S P S S 2 5.0 统 计 学 软 件 对 数据 进 行 统 计 分 析,计 量 资 料 采 用 均 数 标 准 差(x s)表 示,两 组 间 数 据 比 较 采 用 t 检 验,多 组 比 较 采 用 单因 素 方 差 分 析,所 有 实 验 均 重 复 3 次,以 P 0.0 5 为差 异 有 统 计 学 意 义。结 果1.P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 高 表 达 且 可 能 成 为 新 型肿 瘤
39、 标 志 物:通 过 T C G A 数 据 库 下 载 的 乳 腺 癌 转 录 组数 据,对 其 1 2 2 2 例 乳 腺 样 本(N:1 1 3/T:1 1 0 9)进 行 差异 分 析 及 配 对 差 异 分 析。经 差 异 分 析 发 现,P 0.0 0 1 说 明 P K M Y T 1 在 正 常 和 肿 瘤 样 本 中 的 表 达 差异 有 统 计 学 意 义,且 在 肿 瘤 样 本 中 高 表 达(图 1 A);经 配 对 差 异 分 析 可 知,P 2 1 0-1 6说 明 P K M Y T 1 对于 同 一 个 样 本 癌 旁 组 织 和 癌 组 织 中 的 表 达 是
40、 有 差异 的,且 在 癌 组 织 中 表 达 更 高(图 1 B);同 时 P K-M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 的 差 异 表 达 在 G E P I A 2(图 1 C)及 T I M E R 2.0(图 1 D)数 据 库 中 加 以 验 证,其 结 果 一致,P K M Y T 1 均 在 乳 腺 癌 中 高 表 达,提 示 P K M Y T 1可 能 在 乳 腺 癌 发 生 和 恶 化 等 过 程 中 起 到 重 要 作 用。其 中 T I M E R 2.0 数 据 库 分 析 发 现 P K M Y T 1 在 多 种肿 瘤 中 均 为 高 表 达 且 具 有 差 异,
41、提 示 P K M Y T 1 可 能成 为 新 型 肿 瘤 标 志 物。2.P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 影 响 肿 瘤 分 期 及 原 发 肿瘤 直 径:将 T C G A 获 取 的 1 2 2 2 例 乳 腺 样 本 的 转 录 组数 据 及 临 床 数 据 应 用 P e r l 软 件 及 R 语 言 软 件 的 L i m-m a 及 G g p u b r 包 对 数 据 进 行 合 并 及 临 床 相 关 性 分 析。P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 与 年 龄、肿 瘤 分 期(期 及 期)及 原 发 肿 瘤 直 径(T、T1 2、T1 3、T1 4)
42、相关,差 异 有 统 计 学 意 义(P 0.0 5,图 2)。3.G S E A 功 能 富 集 分 析 提 示 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌中 与 肿 瘤 生 长、增 殖 相 关:利 用 G S E A(G S E A _ 4.0.3版 本)分 析 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 的 功 能 及 通 路,进 而了 解 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 发 挥 的 作 用。分 析 结 果 显示 当 P K M Y T 1 高 表 达 时,经 5 5 4 例 样 本 的 功 能 富 集 分析 显 示 与 细 胞 周 期、D N A 复 制、同 源 重 组 等 功
43、 能 性 关系 较 高,则 说 明 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 可 能 对 癌 细 胞的 生 长、增 殖 相 关(图 3 A);低 表 达 时 则 与 胞 外 基 质受 体 相 互 作 用、T G F-信 号 通 路、M A P K 信 号 通 路 等相 关(图 3 中 B 和 C),差 异 有 统 计 学 意 义(P 0.0 5,表 1,表 2)。4.P K M Y T 1 为 乳 腺 癌 的 高 风 险 因 素 且 与 其 生 存相 关:通 过 K a p l a n-M e i e r P l o t t e r 来 评 估 P K M Y T 1 对乳 腺 癌 患 者
44、生 存 率 的 影 响,结 果 发 现 P K M Y T 1 显 著影 响 乳 腺 癌 患 者 的 生 存,其 H R=1.2 2 提 示 为 高 风 险因 素,且 差 异 有 统 计 学 意 义(P 0.0 0 1,图 4)。P K-M Y T 1 低 表 达 组 的 生 存 率 更 高,说 明 当 P K M Y T 1 高 表达 时 对 乳 腺 癌 是 有 促 进 作 用 的。5.P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 各 细 胞 系 中 的 表 达 情 况:经在 线 工 具 H P A 数 据 库 分 析 发 现 P K M Y T 1 在 泛 癌 各 细胞 系 之 间 的 差 异
45、表 达,其 中 以 M C F-7 的 表 达 量 是 最高 的,其 n T P M 值 可 达 1 2 7.5,证 明 P K M Y T 1 在 乳 腺 6 6 论 著 J M e d R e s,F e b r u a r y 2 0 2 3,V o l.5 2 N o.2 图 1 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 的 差 异 表 达A.P K M Y T 1 在 T C G A 数 据 库 中 的 差 异 分 析;B.P K M Y T 1 在 T C G A 数 据 库 中 的 配 对 差 异 分 析;C.P K M Y T 1在 G E P I A 2 数 据 库 中 的
46、 差 异 分 析;D.P K M Y T 1 在 T I M E R 2.0 数 据 库 中 的 差 异 分 析图 2 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 的 临 床 相 关 性 分 析 7 6 医 学 研 究 杂 志 2 0 2 3 年 2 月 第 5 2 卷 第 2 期 论 著 图 3 P K M Y T 1 在 乳 腺 癌 中 的 功 能 富 集 分 析A.P K M Y T 1 高 表 达 时 G S E A 多 通 路 富 集 图;B.P K M Y T 1 低 表 达 时 G S E A 多 通 路 富 集 图;C.P K M Y T 1 参 与 重 要 通 路 的 K E
47、 G G 详 情表 1 P K M Y T 1 高 表 达 功 能 富 集 结 果(5 5 4 个 样 本)G S K E G G E S N E S N O M p-v a l F D R q-v a l F W E R p-v a l同 源 重 组 0.8 5 2.4 9 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1细 胞 周 期 0.7 5 2.4 8 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1剪 接 体 0.7 6 2.4 1 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1嘧 啶 代 谢 0.6 6 2.3 8 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1嘌 呤 代 谢 0.5
48、 6 2.3 4 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1蛋 白 酶 体 0.8 7 2.2 9 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1D N A 复 制 0.9 1 2.2 9 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1碱 基 切 除 修 复 0.8 0 2.2 7 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 1卵 母 细 胞 减 数 分 裂 0.5 8 2.2 4 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 4亨 廷 顿 氏 舞 蹈 病 0.6 3 2.2 2 0.0 0 1 0.0 0 1 0.0 0 4 G S K E G G.通 路 名 称;E S.富 集 分 数;
49、N E S.富 集 分 数 的 校 正 值,其 绝 对 值 越 大 相 关 性 越 大;N O M p-v a l.显 著 性;F D R q-v a l.校 正 后 的 P 值;F W-E R p-v a l.总 体 错 误 率 的 P 值癌 中 高 表 达(图 5 A)。为 此 选 取 了 5 种 人 乳 腺 细 胞 系及 4 种 小 鼠 乳 腺 癌 细 胞 系 做 验 证,为 选 择 P K M Y T 1 高表 达 的 细 胞 系 进 行 后 续 的 功 能 验 证。经 前 期 的 差 异分 析 及 细 胞 系 表 达 分 析,通 过 q R T-P C R 技 术 检 测 了 8 6
50、 论 著 J M e d R e s,F e b r u a r y 2 0 2 3,V o l.5 2 N o.2 表 2 P K M Y T 1 低 表 达 功 能 富 集 结 果(5 5 5 个 样 本)G S K E G G E S N E S N O M p-v a l F D R q-v a l F W E R p-v a lE C M 受 体 相 互 作 用-0.6 0-1.9 6 0.0 1 1 0.1 5 1 0.1 2 3T G F-信 号 通 路-0.5 0-1.8 9 0.0 1 0 0.1 4 4 0.1 8 7A B C 转 运 蛋 白-0.5 1-1.8 0 0.
