生物信息学课程作业

1、GenBank 数据库的基本信息单位是（ B） 。A. FASTAB. GBFFC. GCGD. ASN.1DNA 中 Tm 值与 ( )含量成正比。(B)A. G+AB. G+C C. T+CD. A+T目前应用于基因芯片表达数据统计分析的主要方法是（C ） 。A. 卡方检验B. 相关分析C. 聚类分析D. 正态性分布检验蛋白质信号肽的预测工具有（D ） 。A. nnpredictB. PredictProteinC. SingalDD. SingalP隐马尔科夫模型的代号是（ A） 。A. HMMB. CDDC. HTGSD. GSS如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（ B） 。A. NDB 数据库B. PDB 数据库C. GenBank 数据库D. SWISS-PROT 数据库RGP 是（ D ） 。A。

2、1. 什么是生物信息学？生物信息学为什么重要？（10 分）2. 简述生物信息学目前要解决的主要问题？（15 分）3. 什么是序列比对？序列比对有什么作用？（10 分）4. 序列比对的关键问题有哪些？（10 分）5. BLAST 软件的算法特点是什么？（10 分）6. 什么是基因结构预测？有哪几类方法？（10 分）7. 简述基因结构从头预测（ab initio）方法？（15 分）8. 通过基因结构预测的学习，你在生物信息学研究方法方面有何体会？（10分）9. 在生物信息学所涉及的众多内容中，你比较感兴趣的是什么？（5 分）10. 对于生物信息学的学习，你希望毕业时达。

3、生物信息学论文题目：生物信息学的发展前景及在基因组研究中的应用得 分:_评卷人:_姓名:学号:生物信息学的发展前景及在基因组研究中的应用 摘要:生物信息学是在生命科学、计算机科学和数学的基础上逐步发展而形成的一门新兴交叉学科；生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分，成为生命科学的前沿。本文对对生物信息学的发展前景及其在基因组研究中的应用进行阐述。关键词：生物信息学；发展前景；基因组研究；应用1 引言生物信息学是在生命科学、计算机科学和数学的基础上逐步发展而形成的一门新兴交叉学科，是为理解各种数据的。

4、生物信息学综述 摘要:生物信息学(Bioinformatics)是建立在数学,计算机科学和生命科学基础之上的一门交叉学科.早在 1956 年美国田纳西州的 Gatlinburg 召开的首次“生物学中的信息理论讨论会 “上就已产生了这一概念.随着相关生物技术的革命性发展和生物学相关信息量呈现的“革命性爆炸“,生物信息学已成为当今最具发展前途的学科之一.生物信息学极大的推动了分子生物学，基因组学，蛋白质组学和代谢组学等的发展，已成为医学,农学，生物学等学科发展的强大推动力，也是药物设计，环境监测等的重要技术支撑。生物信息学在基因的功能发现，。

5、第一次课1.Please search one article via PubMED and give the abstract:Liu WY, et al. The OsDHODH1 gene is involved in salt and drought tolerance in rice. , J Integr Plant Biol. 2009 Sep;51(9):825-33 (OK)2. Please search the articles about human cancer research published before 2005.(OK)3. Please search all the articles related to rice yield, published in “Nature”.(OK)4. Please search all literatures published from 2000 to now, by authors from Nanjing Agricultural University.(OK)5. Please search。

6、生物信息学简介一. 生物信息学诞生的历史必然性 生物信息学（Bioinformatics ）就其萌生而言，是一门相当古老的学科，因为早在计算机初创期的1956 年就已经在美国田纳西州的 Gatlinburg 召开过首次“ 生物学中的信息理论讨论会”；而就其发展而言，却是一门相当年轻的学科，因为继 20 余年的沉默之后，只有伴随着八九十年代计算机技术的迅猛发展，它才同时得以获得自身的大发展。无论从理论上来讲还是从现实情况来看，生物信息学的实质就是利用计算机科学和网络技术来解决生物学问题。它的诞生和发展是应时所需，是历史的必然，已经悄然渗。

7、一、 名词解释(每小题 4 分,共 20 分)1、生物信息学 广义：生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达；细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。狭义：生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。2、人类基因组计划 人类基因组计划准备用 15 年时间，投入 30 亿美元，完成人类全部 24 条染色体的 3109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统。

8、1实验一 生物信息学资源的利用Genebank 核苷酸序列的查找一、实验目的：了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源，并以 NCBI 提供的 Genebank 为例，学习核苷酸序列的分类学检索方法和使用技巧。二、实验器材：计算机，NCBI、EMBL 等生物信息学网络资源。三、实验原理：根据 Genebank 提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查找。 四、实验内容：查找下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。表 1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表中文名 学名 基因名称 备注松材线虫 Bursaphelenchus xylophilus 18S-ITS1-5.8S-ITS2。

9、1广州大学学生实验报告开课学院及实验室：生命科学学院 计机楼 407 2013 年 11 月 15 日 学 院 生命科学学院 年级、专业、班 生物工程 10 姓名 学号 10142000实验课程名称 生物信息学 成绩 实验项目名称 实验三 序列分析与比较 指 导 教 师 一、实验目的1、掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；2、掌握使用 BioEdit 软件进行核酸序列的基本分析；3 熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；4、了解基因的电子表达谱分析。二、实验内容1、归纳对人瘦素 (leptin) 的核酸序列分析的结果，列出主要。

10、生物信息学实验作业试验一一找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素 A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。GI：224576211步骤1 进入 NCBI 主页2 搜索 arabidopsis phyA3 Arabidopsis thaliana phytochrome A (PHYA) gene, partial cds4 VERSION：GI：224576211二以 phyA 为检索词，在 pubmed 数据库中分别检索在题目和关键词字段中含有该检索词的文献，记录检索出的条目数目。Results: 614三仔细阅读所查询核酸序列在 NCBI 和 EMBL 数据库中格式的解释，理解各字段的含义，并比较 NCBI与 EMBL 中序列格式的异同。EMBL NCBI 含义I。

11、第一次作业1. 生物信息学定义（ NIH 版）2. 生物信息学研究意义及主要研究内容3. 人类基因组计划开始及结束日期，我国参与的内容，有什么意义； 4. 什么是功能基因组学，其研究内容有哪些？5. 检索至少两个在线翻译工具，将http:/linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=indexb.Emr 序列（23001450）;c.P32 序列（24002450）;d.EcoRI 位点（2462），L 序列（24623962）；XbaI 位点（3962）；e.T 序列（4400-4450）。4.将上述序列翻译成氨基酸，并分析其等电点，分子量；5.试分子该序列被 CNBr 作用后的片段大小与分子量；6.预测该蛋白序。

12、键入文字 生物信息学结课论文 键入文字1番茄 WRKY26 基因的生物信息学分析摘要：番茄(Lyeopersicon escaleutum.Mil1)是世界上重要的蔬菜作物之一，已经成为蔬菜基因工程研究的模式植物之一。由于环境污染，气候条件不断恶化，使地球上的生物生存环境遭受到越来越严重的危害，因此番茄非生物抗逆性改良的研究工作就更显得迫切和重要。已有研究证明 WRKY 转录因子可参与多种植物抗性反应, WRKY26 基因存在于番茄中，其编码的 WRKY26 转录因子对番茄抗旱性有重要调控作用，研究其生物学功能显得尤为重要。本文采用生物信息学的方法对已在 Gen。

13、作业,1. 从Genbank 中找到一条关于白睡莲(Nymphaea alba)的叶绿体全基因组序列。并用中文解释说明其序列长度、序列的编号、录入日期、碱基组成及序列。,作业,2. 使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后通过blastp，搜索nr库中最相似的5个序列（列出5个最相似的序列及其序列接受号/登录号)。,多序列比对,第一部分：多序列比对 方法、算法 Clustal的使用Clustalw 第二部分：常见的序列分析软件分类简介,多序列比对及Clustal的使用,数据库搜索的基础是序列的相似性比对，而寻找同源序列则是数据库搜索的主要目的之一。相似性(similari。

14、第一章 绪论1、生物信息学*采用计算机技术和信息论方法研究 pro 及核酸序列等各种生物信息的采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等相互渗透而形成的交叉科学。2、发展历程*前基因组时代基因组时代后基因组时代3、研究内容1） 、基因组和蛋白质组2） 、基因芯片3） 、数据库（基因组数据库、蛋白质数据库，其他数据库）第二章 生物信息学的分子生物学基础1、概念基因：是 DNA 分子上具有遗传信息的特点核苷酸序列的总称，即具有遗传效应的 DNA 分子片段基因。基。

15、生物信息学专业课程设计 选题表生物技术 12-1学号 姓名 性别 签名 学号 姓名 性别 签名 学号 姓名 性别签名12114350101 陈丽娜 女 大肠杆菌连接酶12114350104 黄少敏 女 人的胰蛋白酶12114350105 黄晓静 女 T4 噬菌体DNA 聚合酶12114350106 纪秀玲 女 人的肌红蛋白 12114350107 列泳婵 女 蛋白酶 K 序列12114350108 石彩虹 女 小鼠 P53 基因12114350110 周海琪 女 拟南芥端粒酶序列12114350111 曹杰濠 男 淀粉酶 12114350113 陈永成 男 G-谷氨酰转肽酶12114350115 方壮杰 男 乳酸脱氢酶 12114350116 冯健锋 男 肝癌铁蛋白 12114350118 黄。

16、生物信息学1. 描述 NCBI 或 ExPASy 主页结构和主要内容NCBI 数据库介绍下面按照检索框上的顺序分别介绍各数据库。Nucleotide该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院 GenBank、日本 DNA 数据库（DDBJ）和英国 Hinxton Hall 的欧洲分子生物学实验室数据库（EMBL）三部分数据组成。这三个组织联合组成国际核苷酸序列数据库协作体，每天交换各自数据库中的新增序列记录实现数据共享。其中的序列数据也通过与基因组序列数据库(GSDB）合作获取；专利序列数据通过与美国专利与商标局、国际专利局合作获取。Genome即基因组数据库，。

17、 生物信息学课程论文论文题目：浅谈生物信息学专业班级：生物技术一班姓 名： XXX学 号： XXX摘要：随着人类基因组计划的启动，生物信息学作为一门综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科发展起来了，本文就生物信息学的研究领域、当代生物学研究热点及本人感兴趣的方向做一论述。关键词：生物信息学 蛋白质组学 药物筛选生物信息学是 20 世纪 80 年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科，最初常被称为基因组信息学。因此它的研究内容就随着基因组的研究而发展，长时间以来，生物信息学一。

18、乳腺癌易感基因 BRCA1 的研究班级：5061 专业：药剂学 姓名：孙建梅一、实验目的:（1）掌握中文文献全文的检索和获得方法。（2）掌握 Pubmed 数据库文献的检索和交大图书馆英文数据库全文的获得方法。（3）掌握核酸序列搜索的方法。（4）掌握核酸序列相似性分析的方法。（5）掌握 PCR 引物设计软件的原理、使用及特点。（6）掌握蛋白质序列搜索的方法。（7）掌握蛋白质序列分析常用软件的使用方法。二、研究背景:乳腺癌易感基因(BRCA1)的突变率与 35%40%的家族性乳腺癌和卵巢癌有关。该基因常以染色体显性方式遗传,并有很高的外显率。外显。

19、1生物信息学课程信息课程概况生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究生命科学中各种生物信息的表达、采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透和高度交叉形成的学科。与以往的传统生物学不同，它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也是 21 世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。学习本课程是为了使学生熟悉和掌。

20、2011 年生物信息学作业姓名：寇明刚班级：08 级生物科学 1 班学号：200874010112任课教师：牛世全1、 记录相关网站及论坛网址（如何查询到该网址的方法）。（1）NCBI ：http:/www.ncbi.nih.gov/（2）DDBJ ：http:/www.ddbj.nig.ac.jp/（3）EMBL ：http:/www.embl.org/（4）北大生物信息学中心 http:/www.cbi.pku.edu.cn/chinese/（5）中科院计算所智能信息处理重点实验室生物信息学:http:/www.bioinfo.org.cn/index.php（6）北大生物信息中心:http:/www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/bioinfor/overview/web1/1.html（7）生物谷生物信。