多序列比对

1、BLAST序列比对,BioEdit使用简要介绍,BioEdit安装,打开BioEdit7.0.9.0-setup.exe，next，直到选择安装目录,BioEdit安装,选择完安装目录，next到最后一步，完成安装。,导入query序列,打开BioEdit，导入Query_sequence.fasta文件。FileOpen 注意文件类型选择All Files (*.*),创建比对数据库,导入nirS_nucleotide.fasta核酸数据库和nirS_protein.fa蛋白数据库，分别创建本地的nirS的核算数据库和蛋白数据库。 Accessory ApplicationBLASTCreate a local nucleotide database file / Create a local protein database file,Local Blast,Accesso。

2、第六讲：CLUSTALX多序列比对,Clustalx:视窗Clustalw:基于命令行两者功能完全一模一样,例：对来自不同的物种的13个opsin蛋白进行ClustalX,用TreeView观看得到的tree的结果,作业：对给定的2组数据(olfactory receptor和cyanobacteria 16s)进行ClustalX，并使用TreeView观看tree的结果,。

3、基础生物信息学及应用,王兴平,多序列比对 分子进化分析系统发生树构建 核酸序列的预测与鉴定 酶切图谱制作 引物设计,内 容,多序列比对,内容： 多序列比对 多序列比对程序及应用,第一节、多序列比对 （Multiple sequence alignment）,概念 多序列比对的意义 多序列比对的打分函数 多序列比对的方法,1、概念,多序列比对（Multiple sequence alignment） align multiple related sequences to achieve optimal matching of the sequences. 为了便于描述，对多序列比对过程可以给出下面的定义：把多序列比对看作一张二维表，表中每一行代表一。

4、多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍,中山大学生科院 2004年10月,内容提要,第一部分：多序列比对 意义、方法、算法 Clustal的使用1.Clustalx2.Clustalw 第二部分：常见的序列分析软件分类简介,第一部分： 多序列比对及Clustal的使用,序列相似性比较和序列同源性分析,序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析：是将待研究序列加。

5、1实验三：多条序列比对Clustalx实习目的：了解掌握Clustalx软件的应用，学会做多条序列比对并分析。实习内容：一、ClustalX 的使用Clustal 是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。1. 准备要比对的序列请查找至少存在于5个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可） ，并保存为fasta格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中） 。选择NM、XM或NP打头的序列，不。

6、序列间比对,Pairwise alignment The process of lining up two or more sequences to achieve maximal levels of identity (and conservation, in the case of amino acid sequences) for the purpose of assessing the degree of similarity and the possibility of homology.,Definitions,Homology Similarity attributed to descent from a common ancestor.,Definitions,Identity The extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences are invariant.,RBP: 26 RVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVA 59 + K+ + + GTW+MA + 。

7、用 ClustalX 做多序列比对分析图示1、打开程序如下图所示：2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：fasta 格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么，而是在于序列的格式。fasta 的格式是：1、第一行以开头，紧接着序列的注释和描述。2、第二行是纯序列 atgcg其他序列再起一行，如此下去就可以了。如：seq1 |this is a exampleatgattggaacttgacgtseq2 |this is another examplettgagttgaccgtgacgtgag.3、选择序列文件，FASTA 格式的如下图所示：4、用文本编辑器察看 FASTA 序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用 EditPlus 或者 Ultraedit。

8、多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍,中山大学生科院 2004年10月,内容提要,第一部分：多序列比对 意义、方法、算法 Clustal的使用1.Clustalx2.Clustalw 第二部分：常见的序列分析软件分类简介,第一部分： 多序列比对及Clustal的使用,序列相似性比较和序列同源性分析,序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析：是将待研究序列加。

9、多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍,中山大学生科院 2004年10月,内容提要,第一部分：多序列比对 意义、方法、算法 Clustal的使用1.Clustalx2.Clustalw 第二部分：常见的序列分析软件分类简介,第一部分： 多序列比对及Clustal的使用,序列相似性比较和序列同源性分析,序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析：是将待研究序列加。

10、BioEdit 进行多序列比对及结果导出1、 打开软件2、 点击 File open 打开需要进行比对的多序列3、 点击 Edit select all sequence4、击 Accessory Application Clustalw Multiple alignmen对结果可以选择不同的方式进行调整将比对结果导出：1、点击 File Graphic view可以调整显示效果需要对结果进行调整标注：Filesave asTxt 格式可以对结果进行编辑。

11、多序列比对 (Multiple Alignments),分析多个序列的一致序列,识别蛋白质家族的序列模式辅助预测新序列的二级或三级结构,相似的蛋白质序列往往具有相似的结构与功能PCR 引物设计用于进化分析，是用系统发育方法构建进化树的初使步骤,寻找同源基因,我们为什么做多序列比对?,一个多序列比对例子,VTISCTGSSSNIGAG-NHVKWYQQLPG VTISCTGTSSNIGS-ITVNWYQQLPG LRLSCSSSGFIFSS-YAMYWVRQAPG LSLTCTVSGTSFDD-YYSTWVRQPPG PEVTCVVVDVSHEDPQVKFNWYVDG- ATLVCLISDFYPGA-VTVAWKADS- AALGCLVKDYFPEP-VTVSWNSG- VSLTCLVKGFYPSD-IAVEWWSNG-,多序列比对与进化。

12、多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍,中山大学生科院 2004年10月,内容提要,第一部分：多序列比对 意义、方法、算法 Clustal的使用1.Clustalx2.Clustalw 第二部分：常见的序列分析软件分类简介,第一部分： 多序列比对及Clustal的使用,序列相似性比较和序列同源性分析,序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析：是将待研究序列加。

13、第五章 多序列比对,农业与生物学院 张利达 zhangldsjtu.edu.cn,什么是多序列比对?,3条或以上的氨基酸(核酸)序列比对; 序列所有残基的相对位置保持不变，将不同序列间相同或相似的残基放入同一列， 即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐; 对齐的残基在进化上同源。,多序列比对的应用,用于描述一组序列之间的相似性关系，寻找保守区域，了解一个基因家族的基本特征。用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。,多序列比对的渐进比对过程,简单过程： 1. 先对所有的序列进行两两比对并计算它们相似性得分，并根据。

14、南方医科大学 朱浩,第三章 多序列比对,Multiple Sequence Alignment,ClustalX2.0的使用,ClustalX2.0是ClustalW2.0的带窗口版，可运行于Windows和Linux操作系统。下面的截图介绍如何使用ClustalX2.0 。,1.可到多个网站下载ClustalW/X，其中一个网站是ebi。点击黄色图标“Download Software”开始下载。,2.ClustalW存在多个版本，2.0之前统称ClustalW，2.0之后统称ClustalW2和ClustalX2。,3.选定版本后可选择下载ClustalW或ClustalX。,4.安装成功后的界面，Load Sequence用于加载数据文件。注意数据文件必须在ClustalX目录里。,5.由菜单 Ali。

15、实 验三 ：两条 序列 比对 与多 序列 比对 实验目 的： 学会使用 MegAlign ，ClustalX 和 MUSCLE 进行 两条序列和多条序列比对分析 实验内容 ： 双序列 比对 是使两 条序 列产生 最高 相似性 得分 的序列 排列 方式和 空格 插入方 式。 两条序 列比对是生物信息学最基础的研究手段。第一次实验我们用 dotplot 方法直观地认识了两条 序列比对。但是 dotplot 仅仅是展示了两条序列中所有可能的配对，并不是真正意义上的序 列比对。这里介绍进行两条序列比对的软件-MegAlign。 多序列比对是将多条序列同时比对， 使尽可能多的相同 （或相似）。

16、实 验三 ：两条 序列 比对 与多 序列 比对 实验目 的： 学会使用 MegAlign ，ClustalX 和 MUSCLE 进行 两条序列和多条序列比对分析 实验内容 ： 双序列 比对 是使两 条序 列产生 最高 相似性 得分 的序列 排列 方式和 空格 插入方 式。 两条序 列比对是生物信息学最基础的研究手段。第一次实验我们用 dotplot 方法直观地认识了两条 序列比对。但是 dotplot 仅仅是展示了两条序列中所有可能的配对，并不是真正意义上的序 列比对。这里介绍进行两条序列比对的软件-MegAlign。 多序列比对是将多条序列同时比对， 使尽可能多的相同 （或相似）。

17、多序列比对的原理以及clustal在多序列比对中的应用,中山大学生科院 2003年10月,内容提要,多序列比对的意义 多序列比对的方法 自动多序列比对的算法 Clustalx的使用（clustal法） 实例分析,序列相似性比较和序列同源性分析,序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确。

18、多序列比对 (Multiple Alignments),寻找蛋白质家族，识别多个序列的保守区域相似的蛋白质序列往往具有相似的结构与功能辅助预测新序列的二级或三级结构可以直观地看到基因的哪些区域对突变敏感PCR引物设计,我们为什么做多序列比对?,分析多个序列的一致序列用于进化分析，是用系统发育方法构建进化树的初使步骤 寻找个体之间单核苷酸多态性(SNPs)通过序列比对发现直系同源(Orthologs)与旁系同源(Paralogs)基因寻找同源基因(相似的序列往往具有同源性),我们为什么做多序列比对?,多序列比对与进化研究例子,图中NYLS为树根,一个多序列比对例子。