1、用 ClustalX 做多序列比对分析图示1、打开程序如下图所示：2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：fasta 格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么，而是在于序列的格式。fasta 的格式是：1、第一行以开头，紧接着序列的注释和描述。2、第二行是纯序列 atgcg其他序列再起一行，如此下去就可以了。如：seq1 |this is a exampleatgattggaacttgacgtseq2 |this is another examplettgagttgaccgtgacgtgag.3、选择序列文件，FASTA 格式的如下图所示：4、用文本编辑器察看 FASTA 序列文件内
2、容，这里用的是记事本，推荐用 EditPlus 或者 Ultraedit如下图所示：5、序列 Load 进去之后如下图所示：6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数如下图所示：7、点 Do Complete Alignment 之后弹出的文件对话框， .dnd 的是输出的指导树文件，.aln 的是序列比对结果，它们都是纯文本文件如下图所示：点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着 ClustalX 的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。 。 。8、比对结束之后，我们可以看到这个结果如下图所示：9、这时候我们可以发现 ClustalX 已经生成了.dnd 和.aln 两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln 文件，这个文件可以用 Mega2 做进一步的 bootstrap 进化树分析如下图所示：10、这是.dnd 文件（指导树）如下图所示：11、可以用 Treeview 打开 dnd 文件，看上去就像这样子如下图所示：
