常用生物信息学软件介绍

1、大学专业介绍之生物科学类 1（生物科学、生物技术、生物信息学）1生物科学本专业培养具有生物科学学科的基本理论、基本知识、基本技能，同时掌握生物科学的理论前沿、应用前景、最新发展动态和应用能力的技术人才，为我国生态建设及植物资源利用和中药资源产业化提供能从事教学、技术研究、生产管理、产品开发等方面的高级技术人才。业务培养要求：本专业学生主要学习生物科学方面的基本理论、基本知识，受到基础研究和应用基础研究方面的科学思维和科学实验训练，具有较好的科学素养及一定的教学、科研能力。毕业生应获得以下几方面的知。

2、常用生物信息学数据库和分析工具网址数据库 因特网网址网上生物信息学教程EBI自修课程 http:/www.ebi.ac.uk/2canNCBI 自修课程 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Education自修课程 http:/lectures.molgen.mpg.de/online_lectures.html生物信息学常问的问题http:/bioinformatics.org/faq/生物信息学机构NCBI http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/International Nucleotide Sequence Database Collaboration.http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/EBI http:/www.ebi.ac.uk/USDA http:/www.nal.usda.gov/Sanger Centre http:/genomic.sanger.ac.uk/北京大学。

3、第5章 常用分析软件,一、基因结构,基因的概念是随着遗传学、分子生物学、生物化学等领域的发展不断完善的。从分子生物学角度来看，基因是负载特定生物遗传信息的DNA分子片段，在一定的条件下能够表达这种遗传信息，产生特定的生理功能。,原核生物基因结构：,一个完整的原核基因结构是从基因的5端启动子区域开始，到3端终止区域结束。基因的转录开始位置由转录起始位点确定，转录过程直至遇到转录终止位点结束，转录的内容包括5端非翻译区、开放阅读框及3端非翻译区。基因翻译的准确起止位置由起始密码子和终止密码子决定，翻译的对象即为。

4、生物信息学网站EMBL biocomputing tutorials http:/www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.htmlPlant genome dababase tutorialhttp:/www.nal.usda.gov/pgdic生物信息学机构NCBIhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/International Nucleotide Sequence Database Collaboration.http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/EBIhttp:/www.ebi.ac.uk/USDAhttp:/www.nal.usda.gov/Sanger Centrehttp:/genomic.sanger.ac.uk/北京大学生物信息学中心http:/www.cbi.pku.edu.cn数据库信息发布及其它GenBank Release Notesftp:/ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txtd。

5、生物信息学常用工具介绍,Unix操作系统与Perl语言编程,杨桢： Yang Zhen 中国科学院上海生命科学研究院 计算生物学研究所 yangzhenpicb.ac.cn,生物信息学研究需要具备的技能,分子生物学的基础知识有一两种分子生物学软件包的使用经历 Emboss etc在命令行计算环境下工作 Unix / Linux Shell一门程序设计语言 C/C+, Java, Perl, Python, etc,为什么要使用Unix/Linux操作系统?,功能强大，应用广泛 主要应用于高性能计算机 良好的多用户管理 与网络服务联系紧密：apache，php，WWW服务 丰富的命令和应用程序（打包、免费）,Linux,天才大学生Lin。

6、名称 简介 参考文献 备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑 器19390156 AMDA 用于自动微阵列数据分析的一个 R 包 16824223 AmiGO 访问本体论和注释数据 19033274 AnnotationSketch 基因组注释绘图库，基因组特征可视化19106120 Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示20453003 ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化22302569 ArrayExpress 将 ArrayExpress 数据集导 入到R/Bioconductor 中19505942 ArrayExpressHTS 用于 RNA-seq 数据处理和质量评估的一个流程21。

7、常用生物信息学软件一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便 protocol 的管理功能强大，商业版正式版：6900 美元。Arraypro 4.0 Media Cybernetics 公司的产品，该公司的 gelpro, imagepro 一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信 arraypro 也不会差。phoretix Array Nonlinear Dynamics 公司的基因片综合分析软件。J-express 挪威 Bergen 大学编写，是一个用 JAVA 语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）。

8、常用生物学软件简介1. Oligo 6 是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个 PCR 引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对 MM 子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型 DNA 片段，设计反向 PCR 引物。d) 设计多重 PCR 引物。e) 为 LCR 反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程。