1、名称 简介 参考文献 备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑 器19390156 AMDA 用于自动微阵列数据分析的一个 R 包 16824223 AmiGO 访问本体论和注释数据 19033274 AnnotationSketch 基因组注释绘图库，基因组特征可视化19106120 Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示20453003 ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化22302569 ArrayExpress 将 ArrayExpress 数据集导 入到R/Bioconductor 中1950594
2、2 ArrayExpressHTS 用于 RNA-seq 数据处理和质量评估的一个流程21233166 arrayMagic 双色 cDNA 微 阵列质控和预处理 15454413 arrayQCplot用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件16864592 BALL 生物化学算法库 20973958 BALLView 用于分子建模研究和教育的一个工具 16332707 BamTools 分析和管理 BAM 文件的一个 C+应用程序接口和工具包21493652 Batch Blast Extractor 批量 Blast 提取器：一个自动的 blastx 18831775 剖析器应用程序
3、BayesPeak 分析 ChIP-seq 数据的一个 R 包，峰 识别21245054 BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持 BED，BAM，GFF 格式文件20110278 BEST结合位点评估工具套件，整合了 4 种普遍使用的 motif 发现程序15814553 BIGpre 一个下一代测序数据质量评估程序包 22289480 BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的 Cytoscape 插件15972284 Bio+用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套 C+库16594991 BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言2
4、1059251 BioJava Java 语言编写的一个生物信息学开源框架18689808 biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连 接16082012 Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的 python 工具19304878 BioRuby 适用于 Ruby 编程语言的生物信息学 20739307 软件BioWarehouse 一个生物信息学数据仓库整合工具包 16556315 birgHPC为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动 linux 发行版21398666 Biskitpython 编写
5、的一个结构生物信息学软件平台（库）17237072 BisoGenet 一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape 插件20163717 BlastR 非编码 RNAs 的快速且准确地数据库搜索21624887 Bowtie比对短 DNA 序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序19261174 Bpipe 一个运行和管理生物信息学流程的工具 22500002 BRAT 重亚硫酸盐处理的片段分析工具 20031974 BRAT-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对22563065 Brian 一个 Python 编写的脉冲神经网络模拟器19115011 BSMAP
6、 全基因组重亚硫酸盐测序比对程序 19635165 BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写14693822 Caryoscope 在基因组环境中查看比较基因组杂交 15488149 微阵列数据的一个开源 Java 应用程序CEAS顺式调控元件注释系统，对 ChIP-chip，ChIP-seq 的峰进行注释19689956 CentiLib 网络中心性的综合分析和探索 22390940 Cerebral一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的 Cytoscape 插件17309895 ChemmineR一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R 框架18596077 C
7、hIPDiff从 ChIP-seq 数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别的一种 HMM 方法18667444 ChIPMunk ChIP-Seq 数据中结合 motif 的深度和广度挖掘20736340 ChIPpeakAnno 一个注释 ChIP-seq 和 ChIP-chip 数据（峰）的 Bioconductor 包20459804 ChIPseqR核小体定位和组蛋白修饰 ChIP-seq 实验分析21281468 Chipster用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件21999641 CisGenome一个分析 ChIP-chip 和 ChIP-Seq 的整合软件系统 1
8、8978777 ClutrFree 聚类树可视化与解释 15145813 COBrA 一个生物本体论编辑器 15513995 Cobweb 一个网络浏览和可视化 Java 小程序 21486937 ComBat 使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响16632515 coMOTIF一个识别 ChIP-seq 数据中转录因子和共调控 motif 的混合框架21775309 ContEst评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染21803805 Conscript RasMol 到 PyMOL 的脚本转换器 21567873 CoXpress 基因表达数据中的差异共表达分析（R 包） 17
9、116249 Cytoscape ESP使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物网络的 Cytoscape 插件18445605 Cytoscape Web 一个交互式基于网络的网络浏览器 20656902 DAnTE一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具18453552 DBChIP 用 ChIP-seq 检测转录因子的差异结合 22057161 Dendroscope 一个交互式大型系统发生树查看器 18034891 DIME基于一套混合模型的差异 ChIP-seq 结合位点识别 R 包21471015 DendroPy 一个系统发生计算 Python 库 2042119
10、8 DrugViz一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的 Cytoscape 插件18658180 dsrc FASTQ 格式中 DNA 序列片段的压缩 21252073 EagleView一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器18550804 EASE在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释14519205 Easyfig基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形21278367 EMBOSS 欧洲分子生物学序列分析开放软件套件12002227 EnzymeTracker一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统22280360 Eoulsan 一个促进高通量测序分析
11、的基于云计算的框架22492314 ESBTL用于生物大分子结构和几何分析的高效 PDB 剖析器和数据结构20185407 Expander一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据分析的所有阶段20134430 ExpressionPlot一个分析 RNA-Seq 和微阵列基因表达数据的基于网络的框架21797991 EZ-Viz 用标签和按钮简化 PyMOL 中分子查看21638731 FIMO 扫描一个给定 motif 的出现 21330290 Flapjack 图示的基因型可视化 20956241 flowViz 一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor 包18245
12、128 FPV 使用 Java 3D 进行快速蛋白质可视化 12761052 FunNet 一个探索转录相互作用的整合工具 18799481 FX 一个云端 RNA-Seq 分析工具 22257667 GaggleBridge 协作的数据分析 21775306 Gap5 编辑数十亿的片段序列装配 20513662 GBParsy 一个高速的 GenBank 平面文件解析器库 18652706 Generic HTML Form Processor一个保存网络收集的数据到一个MySQL 数据库中的多功能 PHP 脚本16629305 GeneNotes第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs
13、的多媒体生物信息的应用程序15686593 GeneTrack 一个基因组数据处理和可视化框架 18388141 GeneTUKit 一个文档水平基因标准化软件 21303863 GeneXplorer 微阵列数据的可视化和分析 15458579 GenomeView使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据22102585 GenomeViz 可视化微生物基因组 15601465 Genomorama 基因组可视化和分析 17570856 GenoViewer一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM 查看器和比对 器工具22359445 GenPlay一个多用途基因组分析器和浏
14、览器，识别各种微阵列和测序数据格式21596789 GEOquery基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor 间的一个桥梁17496320 GIMP一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件19457798 GLITR基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从 ChIP-Seq数据中提取转录因子靶点19553195 GO:TermFinder访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语15297299 GoBean一个 GO 术语富集可视化探索 Java GUI 应用程序22360891 GOGrapher 一个 GO 图形展示和分析 Python 库 1958
15、3843 GOlorize一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape 网络可视化插件17127678 gputools 使得能够在 R 中进行 GPU 计算的一 19850754 个包graph2tab一个转换实验流程图为表格格式的程序库22556367 GReEn 一个基因组重测序数据高效压缩工具 22139935 GRiP一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具22426343 GSEA基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法16199517 HilbertVis 用希尔伯特曲线来可视化基因组数据 19297348 i-cite一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航
16、，及链接术语到相应的非文本数据19767300 IGB整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化19654113 Interpol 一个蛋白质序列预处理 R 程序包 21682849 interPopula 一个访问 HapMap 计划数据集的Python API21210977 IntervalStatsChIP-seq 数据集相似性的一个有效统计评估22262674 IVEE用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感病毒的传播和重组事件21824442 J-Express 使用 Java 来探索基因表达数据 11301307 Jalview Java 多重序列比对编
17、辑器 14960472 Java Treeview 微阵列数据可视化，树状图查看 15180930 JBrowse下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释19570905 jClust 一个聚类和可视化工具箱 19454618 JColorGrid 生物学测量值可视化，绘制热图， 颜色网格等16640789 Jetset 挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因22172014 JSBML 一个处理 SBML 的灵活 Java 库 21697129 jSquid 一个图形化在线网络浏览 Java 小程序 18445606 JViz.Rna 一个 RNA 二级结构可视化 Java
18、 工具 16220684 KEGGgraph一种用 R 和 bioconductor 绘制 KEGG PATHWAY 的图形方法19307239 KEGGtranslator可视化并转变 KEGG PATHWAY 数据库为各种格式21700675 KGML-ED KEGG 通路图的动态浏览和编辑 17142815 LeARN 检测、聚类和注释非编码 RNAs 的一个平台18194551 limmaGUI一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面15297296 LogoBar 带有空位的蛋白质 logos 柱状图可视化16269415 MACS 基于模型的 ChIP-Seq 峰识别软件 187
19、98982 MAGIC Tool 整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台15647303 MAnorm一个鲁棒的 ChIP-Seq 数据集定量比较模型22424423 MapView台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）19369497 Mayday 一个微阵列数据分析工作台 16500939 medpie 一个医学留言板帖子信息提取程序包 22262673 MeQA 一个 MeDIP-seq 数据质量评估和分析流程22199384 MethLAB一个基于阵列的 DNA 甲基化数据分析的图形用户界面程序包22430798 Methyl-Analyzer 一个分析全基因组 DNA 甲基
20、化数据的 Python 包21685051 Mfuzz 一个微阵列数据软聚类软件包 18084642 MicroRazerS 小 RNA 片段的快速比对 19880369 miRExpress分析高通量测序数据以绘制microRNA 表达 谱19821977 miRDeep-P一种分析植物中 microRNA 转录组的计算工具21775303 miRDeepFinder 一个植物小 RNAs 深度测序分析工具 22290409 miRNAkey 一个 microRNA 深度测序分析 软件 20801911 MochiView用于基因组浏览和 DNA motif 分析的多功能软件20409324
21、 MOF微阵列异常值过滤 R 函数以辅助不成功阵列的识别19329069 Mosaic 获得有生物学意义的复杂网络 22576176 MutationFinder一个从文本中提取点突变提及的高性能系统17495998 NGS QC Toolkit 一个下一代测序数据质量控制工具包 22312429 NGSView一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器19855106 NLProt 从论文中提取蛋白质名字和序列 15215466 NMPP用户可定制的 NimbleGen 微阵列数据处理流程17038341 NPS用人类中的表观标记，从 ChIP-Seq 中识别定位的核小体19014516 NTA
22、P NimbleGen 嵌合阵列 ChIP-chip 数据分析19468055 OBO Explorer一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器18056066 OMERO灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理22373911 OMPC 一个开源的 MATLAB 到 Python 编译器19225577 OpenStructure一个 C+编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有 Python 接口20733063 Osprey一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台12620107 p3d 用于结构生物信息学的 Python 模块 19698094 PathBuilder 注释和开
23、发通路资源的开源软件 19628504 PathCase在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统18728044 PatMaN 快速比对短序列到大型数据库上 18467344 PaVESy 生物通路编辑和可视化数据管理系统 15105280 PDB Editor一个用户友好的、带有图形用户界面的基于 Java 的 PDB 文件编辑器19307724 PeakRanger一个可在云计算上运行的 ChIP-seq 峰识别器21554709 Phybase一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的 R 包20156990 PileLineGUI 一个处理下一代测序研究中
24、基因组位 21646339 置文件的桌面环境PIQA Illumina G1 基因 组分析器数据质量评估流程19602525 PRIDEViewer一个可视化 PRIDE XML 文件的新的用户友好的界面21204261 ProbKnot 包含假结的 RNA 二级结构的快速预测20699301 PsychoPy 一个 Python 编写的心理物理学软件 17254636 PURE一个基于内容过滤的 PubMed 文章推荐系统18546494 Pybedtools 一个操作基因组数据集和注释的灵活Python 库21949271 PYCHEM 多变量分析 Python 包 16882648 py
25、mzML 质谱数据高通量生物信息学 Python 模块22302572 pySolo 一款完整的果蝇睡眠分析套件 19369499 QuESTChIP-Seq 转录因子结合位点的全基因组分析19160518 R453Plus1Toolbox 一个分析罗氏 454 测序数据的R/Bioconductor 包21349869 RefPlus扩展 RMA 算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响17623700 RGG 一个适用于 R 脚本的通用 GUI 框架 19254356 rHVDM 一个预测转录因子活性和靶点的 R 包 19074958 RightField 将本体论注释嵌入到电子表格中
26、 21622664 Ringo 一个分析 ChIP-chip 数据的R/Bioconductor 包 17594472 RINS高通量测序数据集中非人类序列的快速识别22377895 rMAT 一个分析 ChIP-chip 试验的R/Bioconductor 包20089513 RNA-SeQC RNA-seq 质量控制和过程优化度量 22539670 RNAmute RNA 二级结构突变分析工具 16638137 RNAplex 一个 RNA-RNA 相互作用快速搜索工具 18434344 Robin一个基于 R 的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序20388663 rpy2使用
27、 Python 方便地调用 Bioconductor处理注释数据，微阵列数据和下一代测序数据21210978 RseqFlow RNA-Seq 数据分析流程 21795323 Ruffus 一个轻量级的计算流程绘制 Python 库 20847218 S-MART 一个辅助 RNA-seq 数据分析软件工具箱21998740 SAMStat下一代测序比对 SAM 文件 结果统计，监测下一代测序数据中的偏差21088025 SAMtools 处理序列比对结果 SAM 格式的软件 19505943 SBML2LaTeX 将 SBML 文件转换为人类 可读的报告 19307240 segemehl重
28、亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对22581174 Sequence to Structure 从序列到结构显示、操作和互相连接RNA 数据15905274 Sfixem 用 Java 进行图形化序列特征展示 15087316 ShortRead一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的 Bioconductor 包19654119 SICER一种识别来自组蛋白修饰 ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法19505939 sigterms链接基因表达谱结果和 microRNA 靶点预测公共数据库18812437 Simrank 快速且敏感的通用 k-mer 搜索工具 21524302
29、 SOAP 短寡核苷酸比对程序 18227114 SOAP2一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP 改进版），更快，更少内存使用19497933 SOAP3 超快的基于 GPU 的短片段并行比对工具22285832 SpotXplore在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索20861033 Stampy Illumina 测序片段的敏感且快速比对 20980556 STE浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件18263642 STEM 一个短时间序列基因表达数据分析工具16597342 STELLAR 快速且准确的局部比对 22151882 SVA序列变异分析器：注释和
30、可视化测序的人类基因组21624899 T-PIC 基于形状的 ChIP-Seq 峰识别 21226895 tacg 一个适用于 DNA 的模式匹配软件 11882250 Tabix 从通用 TAB 分割的文件中快速检索序列特征21208982 Tablet 下一代序列装配可视化工具 19965881 TabSQL基于 MySQL 的应用工具， 查看、过滤和查询多行数据文件，并连接到公共数据库20573251 TileQC 基于 tile 的 Solexa 数据质控系统 18507856 TileShuffle 嵌合阵列数据中差异表达片段的检测 22492638 TimeClust 一个基因表
31、达时间序列分析聚类工具 18065427 TimeView高效比较和可视化来自微阵列实验的多个时间数据集（MATLAB)16539536 Tmod 整合 12 种 motif 发现程序为一体的 20007740 motif 发现工具箱TreeViewJ 一个查看和分析系统发生树的应用程序17974028 Treevolution 进化树的可视化分析 19470585 UMLS-Query查询 UMLS（统一医学语言系统）的一个 perl 模块18998805 Unipro UGENE一个协助分子生物学家管理、分析和可视化数据的统一生物信息学工具包22368248 uShuffle 一个洗牌生物
32、序列而保留 k-let 计数的有用工具18405375 VANTED一个在生物学网络背景中进行高级数据分析和可视化的系统16519817 VARNA RNA 二级结构的交互式绘制和编辑 19398448 VennDiagram 一个高度可定制的文氏图和欧拉图生成 R 包21269502 Velvet操作 de Bruijn 图进行从头短序列基因组装配18349386 VennMaster 广义的文氏图，一种可视化复杂遗传集合关系的新方法15572472 ViTO 蛋白质序列-结构比对精化工具 15271783 WordCloud 一个创建网络可视化语义概要的Cytoscape 插件21473782 XYLab一个混合多元数据观察和解释的交互式绘图工具18795112 Zerg 一个非常快速的 BLAST 解析器库 12761068 ZFIQZFIQ（斑马鱼影像定量器）：一个斑马鱼生物学软件包18089619 ZOOM 快速比对大量短片段到参考基因组 18684737
