胞内蛋白和胞外蛋白细胞中有游离的核糖体和附着在内质网上的核糖体。游离的核糖体就是制造胞内蛋白的，这个不经过内质网和高尔基体。附着的核糖体也可以造胞内蛋白，需要内质网，高尔基体（比如溶酶体的形成，就是由高尔基体以出芽方式产生的囊泡所形成的）。 而附着在内质网上的核糖体，核糖体仅将氨基酸转化为肽链，进一步的加工则交由内质网和高尔基体处理，最后由细胞膜分泌出细胞外。其实胞内蛋白种类很多，不一样的蛋白形成的方式可能不相同。胞内蛋白由细胞质内游离的核糖体合成，不经过内质网、高尔基体的加工和细胞膜的胞吐，只在细胞内产生影响的一类蛋白质。如呼吸酶 DNA 聚合酶、各种转氨酶、DNA 解旋酶、RNA 聚合酶等细胞生命活动必需的酶。胞外蛋白是存在于细胞外的基质里，由细胞合成后分泌出去的蛋白，比如蛋白质激素，抗体，消化酶，胰岛素等蛋白质都是在核糖体上合成的，并且起始于细胞质基质，但是有些蛋白质在合成开始不久后便转在内质网上进行加工，这些蛋白质主要有： 分泌蛋白，如抗体、激素、各种消化酶等；跨膜蛋白，并且决定膜蛋白在膜中的排列方式（包括载体蛋白）；需要与其它细胞组合严格分开的酶，如溶酶体的各种水解酶；需要进行修饰的蛋白，如糖蛋白。在内质网进行加工的也就是这些蛋白质。并不包括细胞内的其它蛋白质。
