1、生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http:/www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览 http:/ BioMedNet图书馆 http:/4. DBGET数据库链接 http:/www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器 http:/golgi.harvard.edu6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器 http:/www.gdb.org/Dan/pro
2、teins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS http:/info.er.usgs.gov/network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:/gopher.nih.gov/11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison http:/www.bocklabs.wisc.edu/Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心 http:/www.hgmp.mrc.ac.uk/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源 http:/www.yk.rim.p
3、r.jp/aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接 http:/www.gdb.org/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库 http:/www.rsc.org/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库 http:/xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源 http:/www.faseb.org/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器 http:/expasy.
4、hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页 http:/18. 生物信息网址 http:/biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业 http:/www.science.gmu.edu/michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录 http:/www.infobiogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室 http:/www.nbif.org/data/d
5、ata.html22. 人类基因组计划情报 http:/www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案 http:/www.gdb.org/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http:/expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一 主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器 http:/www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得
6、到Genbank的一个记录) http:/ncbi.nlm.nih.gov/genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) http:/www.rcsb.org4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) http:/www.ebi.ac.uk/5. EBI产业支持 http:/industry.ebi.ac.uk/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http:/www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库 http:/BioMedN Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) h
7、ttp:/cmm.info.nih.gov/modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库 http:/www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库 http:/hiv-web.lanl.gov/immuno/index.html12. TIGR数据库 http:/www.tigr.org/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entre
8、z浏览器 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) http:/www.ccdc.cam.ac.uk15. 基因本体论坛 http:/genome-www.stanford.edu/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) http:/life.anu.edu.au/2. O-GLYCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http:/www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序
9、(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) http:/www.ncgr.org4. EBI蛋白质拓扑图 http:/www3.ebi.ac.uk/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) http:/ 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) http:/ Eddy实验室的snoRNA数据库 http:/rna.wustl.edu/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因
10、及蛋白质) http:/www.mbl.edu/html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http:/pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) http:/ 酵母基因组数据库 http:/genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) http:/www.ch.embnet.org/14. MPDB(分子探针数据库) http:/www.biotech.est.unige.it/inte
11、rlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编 http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库 http:/mbcr.bcm.tmc.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) http:/psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) http:/rdpwww.life.uiuc.edu/19.
12、 小核糖体亚蛋白RNA结构 http:/rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构 http:/rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库 http:/medlib.med.utah.edu/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库) http:/www.fandm.edu/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http:/expasy.hcuge.ch/ch2d/c
13、h2d-top.html24. PRINTS http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) http:/www.bioinf.org.uk/abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http:/pr
14、otein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) http:/blocks.fhcrc.org/30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http:/www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) http:/www2.ebi.ac.uk/dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http:/www.icgeb.trieste.it/sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) http:/ut
15、her.otago.ac.nz/Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) http:/ REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) http:/ RNaseP数据库 http:/jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http:/www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http:/transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MH
16、C结合肽数据库) http:/wehih.wehi.edu.au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) http:/www.atcc.org/41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库 http:/www.nvbi.nlm.nih.gov/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) http:/barton.ebi.ac.uk/servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) http:/www.ebi.ac.uk/interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页 http:/www.
17、ebi.ac.uk/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索 http:/www.ebi.ac.uk/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器 http:/www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览 http:/www.mcs.anl.gov/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级
18、结构模体发现与研究) http:/meme.sdsc.edu/meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http:/www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统 http:/cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima II http:/bmerc-www.bu.ede/pro
19、tein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat http:/bmerc-www.bu.edu/protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http:/www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) http:/www.bochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http:/w
20、ww.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http:/www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http:/watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http:/www.embl-heidelberg.de/bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能
21、位点) http:/www.ebi.ac.uk/searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) http:/mcphar04.med.nyu.edu/index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http:/expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序 ftp:/expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) http:/searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/al
22、ignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较 http:/www2.ebi.ac.uk/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http:/www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) http:/searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) http:/evolution.genetics.washington.edu/phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYL
23、IP文档的汇编 http:/expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) http:/phylogeny.arizona.edu/tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) http:/www.cladistics.org/education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置 http:/searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) ht
24、tp:/barton.ebi.ac.uk/servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包 http:/www.tbi.univie.ac.at/ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测 http:/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http:/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3.
25、PSIpred(蛋白质结构预测服务器) http:/insulin.brunel.ac.uk/psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析， BMERC http:/bmerc-www.bu.edu/protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表 http:/genome.dkfz-heidelberg.de/nn
26、ga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) http:/genomic.sanger.ac.uk/pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http:/www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) http:/www.mrc-cpe.cam.ac.uk/jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http:/pbil.ibcp.fr/cgi-bin
27、/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http:/www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) http:/www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) http:/kestrel.ludwig.ucl.ac.uk/zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) http:/searchlaunche
28、r.bcm.tmc.edu/seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) http:/www.ch.embnet.org/software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) http:/www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) http:/theory.lcs.mit.edu/bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) htt
29、p:/www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EVA(蛋白质结构预测服务器的自动评估) http:/cubic.bioc.columbia.edu/eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http:/pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具 http:/
30、industry.ebi.ac.uk/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案 http:/www.ebi.ac.uk/software/software.html3. BioCatalog http:/www.ebi.ac.uk/biocat/e-mail_Server_ANALYSIS.html4. 生物学软件和数据库档案 http:/www.gdb.org/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件 http:/www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.htm
31、l七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲 http:/www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程 http:/www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校 http:/www.ccc.nottingham.ac.uk/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南 http:/biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程 http:/www.cryst.bbk.ac.uk/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校 http:/www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法 http:/www.cl.washington.edu/education/courses/590bi
