非编码RNA研究技术总结

1、色 体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA 的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。
哺乳动物 基因组序列中 4%9%的序列产生的转录本是 lncRNA（相应的蛋白编码 RNA 的比例是 1%），虽然近年来关于 lncRNA 的研究进展迅猛，但是绝大部分的 lncRNA的功能仍然是不清楚的。
生物学功能许多 lncRNA 都具有保守的二级结构，剪切形式以及亚细胞定位，这种保守性和特异性表明它们是具有功能的。
但 lncRNA 的功能相对于 microRNA 和蛋白质的功能来说更加难以确定，因为目前并不能仅根据序列或者结构来推测它们的功能。
根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置，可以将其分为(1) sense, (2) antisense, (3) bidirectional, (4) intronic, (5) intergenic这 5 种类型。
这种位置关系对于推测 lncRNA 的功能有很大帮助。
图 1. 根据 lncRNA 在基因组上的位置，可将其分为 5 种类型：1. sense, 2. antisense, 3. bi。

2、A 转录、转运、加工及修饰过程中相关蛋白的功能；3）ncRNA 相关蛋白在 肿瘤发生发展中的作用；4）ncRNA 相关蛋白与肿瘤治疗抗性的关系。
围绕上述科学问题，本项目拟以我国常见的恶性肿瘤为疾病模型，研究肿瘤细胞内相关蛋白网络如何参与 ncRNA 的生物合成与基因调控功能，并探索它 们之间的相互作用对肿瘤细胞生物学行为的影响，以及与肿瘤发生发展和治疗抗性的关系。
主要研究内容包括：1）建立和优化适合于肿瘤研究的 ncRNA 组学方法和 ncRNA 相关蛋白研究体系， 筛选和鉴定一批新的 肿瘤相关 ncRNA 及其相互作用蛋白；2）探索 DNA 甲基化和组蛋白修饰及转录 因子对肿瘤 ncRNA 的转录调控，以及相关蛋白在 ncRNA 转运、加工及修饰过程中的作用；3）探讨ncRNA 及其相关蛋白对肿瘤启动细胞自我增殖、分化方向和成瘤特性的 调控机制，阐明其与肿瘤发生的关系。
研究 ncRNA 及其相关蛋白在肿瘤发展过程中对肿瘤细胞 EMT，肿瘤转移和血管生成的作用； 4）研究 ncRNA 及其相关蛋白调控肿瘤细胞凋亡、自噬的机制，解析常见恶性肿瘤中 ncRNA 及其相关蛋白对治疗抗性的影响。

3、基因组中的“暗物质” ，近期研究显示在细胞发育和代谢中发挥重要的作用11-1新近发现的长链非编码 RNA（ long non-coding RNA，lncRNA)基因就是其中备受关注的一种，lncRNA 的表达具有时空特异性，其异常调控广泛见于包括癌症在内的多种疾病。
ncRNA可以根据其长短简单分为短链非编码RNA（small ncRNA） （18-200nt）和lncRNA（200nt-100kb以上） 。
Small ncRNA包括我们熟知的miRNA，以及新近发现的转录起始RNA（transcription initiation RNAs，tiRNAs）等。
lncRNA像mRNA一样由RNA聚合酶生成，并且在平均长度及多聚A尾和多聚A尾信号所占的百分比等方面都与mRNA分子有很大的相似之处，但是它们缺乏长的进化保守的开放阅读框，没有编码蛋白质的功能47,4通常而言，lncRNA基因的表达水平要低于蛋白编码基因52-55, 而某些lncRNAs特定地表达在某些组织中2然而,近期研究显示新发现的lncRNAs可能是前面提到的转录组“暗物质”中的重要组成部分。

4、而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。
非编码 RNA可火了，miRNA 大火烧了十几年，现在慢慢地把 lncRNA的领域也给点着了。
现在可能连实验室的插枪头阿姨都知道绝大多数的 RNA分子并不翻译，这非编码RNA(noncoding RNA)，包括 miRNA、lncRNA 等。
目前主要研究方向集中在非编码 RNA 及其相互结合的 DNA、RNA、蛋白质等科学问题，而科学问题的解答依赖于实验技术的创新使用和革命。
IncRNA可以海陆空全面调控细胞功能，厉害了，其实主要指 lncRNA，而miRNA、siRNA 主要作用于 mRNA层面，本文按非编码 RNA的三个调控维度，就当前主要的实验技术简单介绍一下。
(一)DNA 维度1）作用的 ncRNA类型：lncRNA 等2）研究方法介绍有：和 DNA序列结合的调控目的无非是阻止下游基因的转录把转录因子、甲基化酶等招惹过来修饰 DNA序列。
他们的共同特点是和解链的 DNA的某一条链结合，那么研究方法包括1. RNA原位杂交(RNAin situ hybridization)检测该 ncRNA是否位于核内，如果不在核内，那就。