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生物信息学综合实验2.ppt

上传人:fcgy86390 文档编号:8648855 上传时间:2019-07-07 格式:PPT 页数:13 大小:1.19MB
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资源描述

1、生物信息学综合实验:Lab ?,信息检索序列分析软件应用程序编写,超级细菌,Kumarasamy KK, Toleman MA, Walsh TR, Bagaria J, Butt F, Balakrishnan R, et al. Lancet Infect Dis 2010,JM Rolain, P Parola, G Cornaglia. Clin Microbiol Infect, 2010,序列搜寻,NCBI Blast Clustalw TreeView,Modeller,Modeller,下载:http:/salilab.org/modeller/9.10/modeller-9.

2、10-1.i386.rpm 安装说明:http:/salilab.org/modeller/9.10/release.html#rpm 使用说明: http:/salilab.org/modeller/9.10/manual/node38.html,Bonus,MSA复杂度:没有要求! 语言:C/C+, Perl, Python, Fortran,作业,找出至少10条与NDM-1具有同源性的蛋白序列(FASTA),bonus:指出哪些序列不属于Metallo-beta-lactamase subclass II;使用软件,执行多序列比对,构建系统无根树,bonus:编写MSA程序;使用软件,构建NDM-1的同源结构模型;实验报告:请具有可重复性,提交作业,本次作业包含: 实验报告 NDM-1与其同源序列(FASTA) NDM-1同源建模与模板结构数据(PDB) MSA程序代码(或有) HM_Name_ID.rar/zip 请遵守学业规范 ftp:/ usr:xu_zhenhao pwd:public,个人评价,数据检索:35% 序列比对:35% 同源建模:25% 实验报告:5%,

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