1、【上海市生物信息学会】生物信息分析暑期培训班【2014 年高通量测序数据分析培训班】【基础理论和实例化教学方式】【为您的科研提供理论基础和实践经验】【简介】上海市生物信息学会（Shanghai Society for Bioinformatics，缩写 SSBI）成立于 2005 年 6 月，是上海市科学技术协会下属的地方性学术团体。现有单位会员超过 6 家，并已经吸收了 80 多位个人会员，学会接受主管单位上海市科学技术协会的业务指导和上海市社会团体管理局的监督管理。上海市生物信息学会的挂靠单位为上海生物信息技术研究中心。 上海生物信息技术研究中心隶属于上海科学院，是由上海市科学技术委员会依
2、托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海医药工业研究院等 11 家科研单位，整合上海生物信息学主要研究力量，正式组建了上海生物信息技术研究中心（以下简称“中心”）。中心是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的，专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位。2006 年成立博士后科研工作站。随着基因组学技术的发展，中心建立了新一代测序技术平台，包含 Roche 454， Illumina HiSeq 2000/2500，Illumina MiSeq，Ion Proton ，Solid 等测序系统，能够开
3、展新基因组测序（de novo sequencing ）、基因组重测序（re-sequencing ）、靶向测序（ targeted sequencing）、甲基化测序（Methyl-Seq）、转录因子结合位点测序（ChIP-Seq）、全转录组测序（RNA-Seq）、miRNA 测序（miRNA-Seq）等实验和数据分析。中心在系统建模、定量组学数据获取、分析、数据整合及其相互作用网络分析技术平台建设方面已经有了很多重要的研究成果。在蛋白质组学研究、细胞信号转导研究等多个领域研究达到了国际先进水平，在系统生物学和生物信息学研究方面也取得国内外瞩目的研究成果。【会议日程】生物信息基础班日期 时间
4、 课程名称 讲师 课程内容8 月 1 日 9:00 - 10:30 生物信息学概要 李亦学生物信息学数据分析概论深入介绍国内外知名生物数据库搜索技巧及常见问题8 月 1 日 10:45 - 12:00 Linux 与 Perl、R 语言的应用 李光Linux 系统操作大型服务器的操作Perl 语言基础与介绍R 语言基础介绍8 月 1 日 13:30 - 16:30 生物信息学中的统计分析（R） 李虹R 基础知识；R 的应用R 扩展包；R 解决生物学统计问题实例8 月 1 日 16:30 -17:00 自由讨论与答疑8 月 2 日 9:00 - 12:00 核苷酸序列分析 郑广勇核酸序列分析概论
5、核苷酸数据库介绍BLAST 软件介绍如何使用公共资源预测序列功能8 月 2 日 13:30 - 16:30 进化分析 王振物种进化概率系统发育学常见进化分析及软件应用进化分析实例8 月 2 日 16:30 -17:00 自由讨论与答疑8 月 3 日 9:00 - 12:00 表达谱芯片数据分析 唐小艳检测基因表达水平的技术差异表达基因的鉴定和检测Bioconductor package 的应用8 月 3 日 13:30 - 16:30 二代测序技术 丁国徽 第二代测序技术介绍第二代测序技术分析流程和常见软件第二代测序技术的其他应用8 月 3 日 16:30 -17:00 自由讨论与答疑转录组数
6、据分析 专题培训班日期 时间 课程名称 讲师 课程内容8 月 15 日 9:00-10：30RNA 分析背景及前沿技术介绍 王振转录组基本概况和技术发展简介8 月 15 日 10:30-12:00 有 refernce 转录组数据分析 李君一 数据预处理与质量控制、表达量计算、差异基因筛选8 月 15 日 13:30-16:30 无 reference 转录组数据分析 唐小艳8 月 16 日 9:00-12:00 转录组高级数据分析 袁力赟 聚类、功能富集、网络等8 月 16 日 13:30-16:30 上机演练质控（FASTQC）、定量（Tophat）、差异（Cuffdiff）；转录组从头组
7、装、功能注释、GO 分类、COG 分类、代谢通路分析8 月 17 日 9:00-10:30 micRNA 二测序数据分析 唐小艳microRNA 测序数据预处理测序数据长度分布计算microRNA 的预测microRNA 碱基偏好性计算microRNA 靶标基因预测，结果提取、统计8 月 17 日 10:30-12:00 LncRNA 分析介绍 袁力赟8 月 17 日 13:30 -16:30 自由讨论与答疑高通量测序专题培训日期 时间 课程名称 讲师 课程内容8 月 29 日 9:00-10:30 高通量测序背景及发展现况简介 丁国徽三种成熟的测序平台介绍Illumina HiSeq 系列，
8、Ion Proton 及 PacBio 系列测序原理,特点，深度测序技术研究进展8 月 29 日 10:30-12:00 高通量测序实验过程 裘锋DNA-Seq，RNA-Seq，smallRNA-Seq 和甲基化测序实验过程8 月 29 日 13:30-17:00 RNA-seq 数据分析 李君一有参考基因组的数据预处理与质量控制、表达量计算、差异基因筛选；无参考基因组的转录组从头组装、功能注释、GO 分类、COG 分类、代谢通路分析等8 月 29 日 16:30-17:00 自由讨论与答疑8 月 30 日 9:00-12:00全基因组或目标区域重测序数据分析王振IIIumina 测序数据的质
9、控流程基因组定位SNP、Indel、CNV、染色体结构变异及注释高级分析以及后续应用的简单介绍8 月 30 日 13:30-16：30 基因组 de novo数据分析 徐泽，王振序列预处理（质量控制）基因组拼接基因组功能注释及分类比较基因组学分析等8 月 30 日 16:30-17:00 自由讨论与答疑8 月 31 日 9:00-10:30 甲基化测序和数 李光 序列预处理（质量控制）据分析 甲基化位点检测及注释高级分析以及后续应用的简单介绍8 月 31 日 10:30-12:00 微生物基因组测序和数据分析 袁力赟序列预处理序列比对、聚类、多样性指数分析高级分析以及后续应用的简单介绍8 月
10、31 日 13:30-15:00 micRNA 测序数据分析 唐小艳数据质量控制预处理已知 microRNA 丰度统计及差异分析新 micRNA 预测micRNA 靶基因预测高级分析以及后续应用8 月 31 日 15:00-17:00基因组重测序、多种平台组合方案和测序方案讨论【拟邀请报告人】李亦学 ，博士，研究员，博士生导师。上海生物信息技术研究中心主任，中科院上海生命科学研究院生物信息中心主任， 中科院系统生物学重点实验室副主任，国家“十一五”863 计划生物与医药领域专家组成员。曾任国家“十五”高技术发展计划（863 计划）生物和农业技术领域生物信息技术主题专家组组长，国家中长期发展规划
11、第十五专题组副组长，上海市 2002 年科学预见专家，中国科学院生命科学领域战略发展专家组专家，国家科技部中英 E-Science 国际合作计划中方协调人。2003 年度上海市劳动模范，2003 年度上海市优秀学科带头人。现为国家自然科学基金委员会生命科学部自然科学基金专职评审专家，德国 Journal of Integrative Bioinformatics 杂志，美国 Medical Science Monitor 杂志特邀审稿人，国内科学通报特邀编辑，生物物理和生物化学学报、中国生物工程杂志以及 Genomics,Proteomics and Bioinformatics 等杂志编委。
12、丁国徽 博士，上海生物信息技术研究中心/上海生物医学研究院个人基因组研究组组长。 2009年 11 月，破格提升为中国科学院上海生命科学研究院副研究员。丁国徽博士主要以分子进化，基因组学和生物医学信息作为研究方向，已发表论文 57 篇，其中以第一作者或通讯作者发表SCI 论文 20 篇，参与申请专利 5 项，软件著作权 11 项。郑广勇 博士，副研究员，中国科学院马 普学会计算生物学伙伴研究所，副研究员；上海生物信息技术研究中心，病原基因组学课题组，CO-PI. 郑广勇博士目前已在 Nature genetics, PNAS, Human Mutation, Molecular & Cellu
13、lar Proteomics, Bioinformatics, BMC bioinformatics，BMC genomics, Nature communications 等国际重要学术刊物发表了一系列论文，论文总影响因子超过 70，总引用次数超过 400 次。李虹 博士，在中科院系统生物学重点实验室任助理研究员，主要研究兴趣为计算基因组学和癌症组学大数据挖掘。共以第一作者发表 SCI 论文 8 篇（PloS Genetics, Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research. Bioinformatics 等）， 累计引用 1
14、39 次；参与发表 SCI 论文 10 篇， 累计引用 729 次；参与申请软件著作权 4 项。李光 高级工程师，多年从事生物信息数据的采集，分析工作。熟练使用 Linux 系统，依托Linux 系统搭建高通量分析平台，构建数据库，结合 Mysql，Php，Java 可以提供基本展示平台。使用 Perl，R 等分析工具处理数据，进行进一步统计分析。王振 博士，现为上海生命科学研究院博士后。博士阶段的研究方向为基因组进化与功能的研究。主要工作是研究蛋白质磷酸化的进化，通过分子进化的方法，发现脊椎动物不同功能模块中的磷酸化位点的保守性存在显著差异，从而揭示了磷酸化对脊椎动物特异性功能形成的作用。博
15、士后阶段的方向为模式生物的基因组研究。基于基因组的深度测序，利用比较基因组和群体遗传学的方法，解析模式生物特殊性状的分子机制。袁力贇 博士，中国科学院上海生命科学研究院系统生物学实验室博士后。研究细胞全能性的分化机制。构建非编码 RNA 的分析流程，研究 lncRNA 的生物学功能及其在不同疾病中的分子调控机制。还参与包括高通量测序数据的质量控制，全基因组和外显子基因组数据分析的流程构建等工作。李君一 中国科学院上海生命科学研究院系统生物学国家重点实验室博士后。 科研兴趣主要是运用统计的算法以及数理的模型，结合高通量数据来研究解决遗传学和表观遗传学有关的生物信息学问题。【主办单位】上海生物信息学会【协办单位】苏州贝斯派生物科技有限公司上海生物信息技术研究中心上海众信生物技术有限公司【培训地址】上海市科技创业中心 1 号楼【具体上课地点】 上海市徐汇区钦州路 100 号 1 号楼 12 楼 【付费方式】 7 月 21 号之后付款 3000 元/人/期7 月 21 号之前付款 2800 元/人/期在校学生持学生证 2500 元/人/期同一个单位，4 人以上集体报名（含 4 名），2500 元/人。同一个人，同时报 3 期培训，2500 元/期。【说明】以上费用含证书（上海生物信息学会颁发）、教材、税金、午餐、茶点李伟伟 021-54065275
