1990～2004 年上海市甲型流感病毒基因特性的研究.pdf

1、疾 病 监 测 2 0 0 6 年 4 月 3 0 日 第 2 1 卷 第 4 期 D i s e a s e S u r v e i l l a n c e , A p r . 3 0 , 2 0 0 6 , V o l . 2 1 , N o . 41 9 9 0 2 0 0 4 年 上 海 市 甲 型 流 感 病 毒 基 因 特 性 的 研 究李 燕 婷 , 陈 健 , 孔 立 群 , 周 妍 , 高 烨 , 何 懿 , 顾 宝 柯摘 要 目 的 研 究 1 9 9 0 2 0 0 4 年 上 海 市 甲 型 流 感 病 毒 流 行 株 血 凝 素 ( H A ) 基 因 的 特 性 ,

2、 探 讨 流感 病 毒 基 因 的 变 异 与 流 感 流 行 的 关 系 。 方 法 采 用 鸡 胚 和 M D C K 细 胞 两 种 方 法 分 离 甲 型 流 感病 毒 。 提 取 病 毒 R N A 进 行 逆 转 录 - 聚 合 酶 链 反 应 ( R T - P C R ) 扩 增 产 物 纯 化 , 核 苷 酸 序 列 测 定 , 并用 M e g A l i g n 软 件 进 行 基 因 种 系 发 生 树 分 析 。 结 果 2 0 0 0 年 以 来 上 海 市 流 行 的 甲 3 亚 型 与 A /S y d n e y / 5 / 1 9 9 7 ( H 3 N 2

3、 ) , A / W u h a n / 3 5 9 / 1 9 9 5 ( H 3 N 2 ) 相 比 , H A 1 区 的 核 苷 酸 同 源 性 为 9 5 . 7 % 9 8 . 6 % 和 9 6 . 8 % 9 8 . 6 % 。 与 9 0 年 代 流 行 甲 3 亚 型 同 源 性 为 8 8 . 4 % 9 2 . 8 % , 氨 基 酸 的 替 换 发 生在 抗 原 决 定 簇 A 、 B 、 E 、 D 区 和 受 体 结 合 位 点 ( R B S ) 的 左 臂 。 甲 1 亚 型 与 A / H o n g K o n g / 1 1 3 1 / 1 9 9 8(

4、 H 1 N 1 ) 、 A / S h a n g h a i / 7 / 1 9 9 9 ( H 1 N 1 ) 相 比 , 核 苷 酸 同 源 性 为 9 7 . 8 % 9 9 . 3 % , 与 9 0 年 代 流 行 的 甲 1亚 型 同 源 性 为 9 6 . 8 % 9 7 . 8 % 。 基 因 种 系 发 生 树 表 明 近 几 年 甲 型 流 感 病 毒 与 9 0 年 代 流 行 株 存 在基 因 特 性 不 同 的 分 支 。 结 论 2 0 0 0 年 以 来 上 海 市 H 1 N 1 亚 型 的 抗 原 性 未 发 生 明 显 的 变 异 ,H 3 N 2 亚

5、型 流 感 病 毒 的 基 因 发 生 变 异 使 抗 原 性 发 生 漂 移 , 是 近 年 引 起 局 部 地 区 流 感 暴 发 的 主 要因 素 。关 键 词 : 流 行 性 感 冒 病 毒 , 甲 型 ; 血 凝 素 基 因 ; 核 苷 酸 序 列【 中 图 分 类 号 】 R 3 7 3 . 1 【 文 献 标 识 码 】 B 【 文 章 编 号 】 1 0 0 3 - 9 9 6 1（ 2 0 0 6 ） 0 4 - 0 1 7 8 - 0 4S t u d y o n g e n e t i c c h a r a c t e r i s t i c o f i n f l u

6、 e n z a A v i r u s i n S h a n g h a i C i t y b e t w e e n 1 9 9 0 a n d 2 0 0 4L I Y a n - t i n g , C H E N J i a n , K O N G L i - q u n , Z H O U Y a n , G A O Y e , H E Y i , G U B a o - k e . S h a n g h a iM u n i c i p a l C e n t e r f o r D i s e a s e C o n t r o l a n d P r e v e n t

7、 i o n , S h a n g h a i 2 0 0 3 3 6 , C h i n aC o r r e s p o n d i n g A u t h o r : L I Y a n - t i n g , E m a i l : f a n g y i s c d c . s h . c nA b s t r a c t : O b j e c t i v e T h e s t u d y w a s d e s i g n e d t o s t u d y t h e g e n e t i c c h a r a c t e r i s t i c o f H A o f

8、e p i d e m i c s t r a i n f o r i n f l u e n z a A v i r u s i n S h a n g h a i C i t y b e t w e e n 1 9 9 0 a n d 2 0 0 4 , a n d e x p l o r e t h er e l a t i o n s h i p b e t w e e n t h e g e n e t i c v a r i a t i o n o f i n f l u e n z a v i r u s a n d f l u e p i d e m i c . M e t h

9、 o d s T h e t w om e t h o d s o f c h i c k e m b r y o a n d M D C K c e l l w e r e u s e d t o s e p a r a t e t h e i n f l u e n z a A v i r u s . V i r u s R N Aw a s e x t r a c t e d f o r p u r i f i c a t i o n o f a m p l i f i e d p r o d u c t s o f R e v e r s e T r a n s c r i p t i

10、 o n P o l y m e r a s e C h a i nR e a c t i o n ( R T - P C R ) a n d d e t e r m i n a t i o n o f n u c l e o t i d e s e q u e n c e , a n d t h e M e g A l i g n s o f t w a r e w a sa d o p t e d f o r a n a l y s i s o f p h y l o g e n e t i c t r e e . R e s u l t s F r o m 2 0 0 0 , c o m

11、 p a r e d w i t h A / S y d n e y / 5 / 1 9 9 7( H 3 N 2 ) a n d A / W u h a n / 3 5 9 / 1 9 9 5 ( H 3 N 2 ) , t h e n u c l e o t i d e h o m o l o g y i n t h e H A 1 a r e a f o r H 3 N 2p r e v a l e n t i n S h a n g h a i C i t y w a s 9 5 . 7 % - 9 8 . 6 % a n d 9 6 . 8 % - 9 8 . 6 % r e s p

12、 e c t i v e l y , a n d t h a t c o m p a r e dw i t h H 3 N 2 p r e v a l e n t i n 1 9 9 0 s w a s 8 8 . 4 % - 9 2 . 8 % , a n d t h e r e p l a c e m e n t o f a m i n o a c i d t o o k p l a c ei n t h e a r e a s o f A , B , E a n d D o f a n t i g e n i c d e t e r m i n a n t a n d l e f t a

13、 r m o f r e c e p t o r b i n d i n g s i t e( R B S ) , w h i l e c o m p a r e d w i t h A / H o n g K o n g / 1 1 3 1 / 1 9 9 8 ( H 1 N 1 ) a n d A / S h a n g h a i / 7 / 1 9 9 9 ( H 1 N 1 ) ,t h e n u c l e o t i d e h o m o l o g y f o r t h e H 1 N 1 w a s 9 7 . 8 % - 9 9 . 3 % , a n d t h a

14、 t c o m p a r e d w i t h H 1 N 1p r e v a l e n t i n 1 9 9 0 s w a s 9 6 . 8 % - 9 7 . 8 % . T h e p h y l o g e n e t i c t r e e s h o w e d t h a t i n r e c e n t y e a r s t h e r ee x i s t e d a b r a n c h f o r i n f l u e n z a A v i r u s o f g e n e t i c c h a r a c t e r i s t i c d

15、 i f f e r e n t f r o m t h a t o f e p i d e m i cs t r a i n s i n 1 9 9 0 s . C o n c l u s i o n T h e r e h a s b e e n n o a p p a r e n t v a r i a t i o n f o r a n t i g e n i c i t y o f H 1 N 1 i nS h a n g h a i C i t y s i n c e 2 0 0 0 , b u t t h e g e n e o f i n f l u e n z a A ( H

16、 3 N 2 ) v i r u s i s m u t a t e d , a n d t h ea n t i g e n i c i t y i s s o s h i f t e d , w h i c h i s t h e m a i n r e a s o n f o r l o c a l o u t b r e a k o f i n f l u e n z a i n r e c e n t y e a r s .K e y w o r d s : i n f l u e n z a A v i r u s ; h e m a g g l u t i m i n ( H A

17、 ) g e n e ; n u c l e o t i d e s e q u e n c e【 C L C 】 R 3 7 3 . 1 【 D o c u m e n t c o d e 】 B 【 A r t i c l e I D 】 1 0 0 3 - 9 9 6 1 ( 2 0 0 6 ) 0 4 - 0 1 7 8 - 0 4 论 著 作 者 单 位 上 海 市 疾 病 预 防 控 制 中 心 , 上 海 2 0 0 3 3 6 作 者 简 介 李 燕 婷 ( 1 9 5 3 - ) , 女 , 上 海 市 人 , 主 任 医 师 , 主 要 从 事 传 染 病 防 治 和 流

18、行 病 学 研 究 工 作 通 讯 作 者 李 燕 婷 , T e l : 0 2 1 - 6 2 7 8 7 0 8 2 , E m a i l : f a n g y i s c d c . s h . c n1 7 8 疾 病 监 测 2 0 0 6 年 4 月 3 0 日 第 2 1 卷 第 4 期 D i s e a s e S u r v e i l l a n c e , A p r . 3 0 , 2 0 0 6 , V o l . 2 1 , N o . 4甲 型 流 感 病 毒 是 引 起 人 类 流 感 的 主 要 病 原 。我 国 被 国 际 上 公 认 为 是 流 感

19、 的 多 发 地 。 2 0 世 纪 曾发 生 四 次 世 界 范 围 的 甲 型 流 感 大 流 行 , 后 三 次 都首 发 于 我 国 , 上 海 均 被 涉 及 到 。 甲 型 流 感 病 毒 变 异是 造 成 流 感 流 行 的 主 要 原 因 , 从 上 海 市 9 0 年 代 后期 以 来 流 感 流 行 性 监 测 分 析 来 看 , 1 9 9 9 年 前 甲 3型 流 感 活 动 处 于 优 势 , 部 分 地 区 的 集 体 单 位 发 生甲 3 亚 型 流 感 局 部 暴 发 , 分 离 到 甲 3 亚 型 流 感 毒株 A / 上 海 / 1 / 9 8 为 我 国

20、的 代 表 毒 株 。 2 0 0 0 年 后 甲 3亚 型 流 感 活 动 明 显 减 弱 , 甲 1 型 流 感 活 动 相 对 增强 , 局 部 地 区 集 体 单 位 存 在 暴 发 疫 情 。 为 了 解 上 海市 甲 型 流 感 流 行 毒 株 抗 原 性 及 基 因 特 征 的 变 异 ,探 讨 流 感 病 毒 株 的 变 异 与 流 感 流 行 的 关 系 , 对 9 0年 代 以 来 上 海 市 分 离 到 的 甲 型 流 感 病 毒 H A 基 因进 行 了 序 列 测 定 与 分 析 , 为 上 海 市 流 感 预 防 和 控制 提 供 依 据 。1 材 料 与 方 法1

21、 . 1 标 本 来 源 2 0 0 0 2 0 0 4 年 流 感 流 行 期 间 ( 7 9 月 , 1 2 月 至 次 年 4 月 ) 选 择 市 儿 童 医 院 、 徐 汇 区中 心 医 院 等 医 院 门 诊 、 急 诊 患 有 呼 吸 道 感 染 , 体温 3 8 的 疑 似 流 感 症 状 病 人 , 采 集 咽 漱 液 、 咽拭 子 标 本 , 4 保 存 运 送 市 疾 病 预 防 控 制 中 心 实 验室 进 行 流 感 病 毒 分 离 。 1 9 9 0 1 9 9 9 年 的 标 本 为 流行 期 内 疑 似 流 感 病 人 中 分 离 的 甲 型 流 感 病 毒 株

22、进行 复 苏 和 培 养 。1 . 2 病 毒 分 离 和 鉴 定 将 病 人 咽 漱 液 和 咽 拭 子标 本 处 理 后 同 时 接 种 9 日 龄 鸡 胚 和 M D C K 细 胞 ,阳 性 分 离 物 用 血 凝 抑 制 试 验 ( H I ) 鉴 定 型 别 。 具 体操 作 步 骤 见 参 考 文 献 1 。1 . 3 M D C K 细 胞 、 流 感 标 准 血 清 抗 原 由 中 国 疾病 预 防 控 制 中 心 国 家 流 感 中 心 实 验 室 提 供 。1 . 4 R T - P C R R T - P C R 所 用 引 物 由 上 海 博 雅公 司 合 成 。 引

23、 物 甲 3 : 5 - A G C A A A G C A G G G G A T A A T T -3 , 5 - C C T G G A T T G C G C C G A A T - 3 ; 引 物 甲 1 : 5 -A C T A C T G G A C T C T G C T G G A A C - 3 , 5 - C A A T G A A A C -C G G C A A T G G C T C C - 3 。 逆 转 录 酶 , R N A s i n ,T a g D N A 聚 合 酶 均 购 自 美 国 P r o m e g a 公 司 。 R T -P C R 方

24、法 按 参 考 文 献 2 。1 . 5 病 毒 R N A 提 取 和 核 苷 酸 序 列 测 定 新 收 获的 病 毒 液 按 德 国 Q i a g e n 公 司 的 R n e a s y M i n i K i t提 供 的 方 法 进 行 病 毒 R N A 提 取 。 P C R 产 物 纯 化 后送 博 雅 公 司 测 序 。1 . 6 基 因 种 系 发 生 树 分 析 采 用 D N A S T A Rm e g a l i g n 软 件 分 析 基 因 , 用 c l u s t a l 方 法 绘 制 种 系发 生 树 , 并 从 G e n B a n k 中 摘

25、 录 国 内 外 代 表 株 A /S y d n e y / 5 / 9 7 ( H 3 N 2 ) , A / S h e n z h e n / 1 5 7 / 9 6 ( H 3 N 2 ) ,A / W u h a n / 3 5 9 / 9 5 ( H 3 N 2 ) , A / F u j i a n / 4 1 1 / 2 0 0 2 ( H 3 N 2 ) ;A / N e w C a l e d o n i a / 2 0 / 9 9 ( H 1 N 1 ) , A / H o n g K o n g / 1 1 3 1 /9 8 ( H 1 N 1 ) 等 标 准 株 H

26、 A 基 因 序 列 比 较 分 析 。2 结 果2 . 1 甲 型 流 感 病 毒 基 因 特 征 分 析 1 9 9 0 2 0 0 4 年选 择 上 海 市 分 离 的 2 3 株 甲 1 型 与 甲 3 亚 型 流 感病 毒 , 所 测 定 的 H A 1 区 蛋 白 质 序 列 均 含 有 3 2 8 个氨 基 酸 。 与 国 内 外 流 感 病 毒 代 表 株 H A 1 序 列 进 行比 较 , 其 基 因 序 列 长 度 均 为 9 8 7 b p , 未 发 现 核 苷 酸的 丢 失 和 插 入 。2 . 2 H 3 N 2 亚 型 核 苷 酸 序 列 分 析 2 0 0 1

27、 2 0 0 4 年分 离 的 3 株 H 3 N 2 亚 型 与 A / s y d e n y / 5 / 9 7 ( H 3 N 2 ) ,A / W u h a n / 3 5 9 / 9 5 ( H 3 N 2 ) 及 A / F u j i a n / 4 1 1 / 2 0 0 2( H 3 N 2 ) 相 比 , H 3 N 2 亚 型 流 感 病 毒 H A 的 核 苷 酸序 列 发 生 了 替 换 , 其 差 异 数 为 7 1 8 , 与 上 海 市 9 0年 代 分 离 的 流 行 株 相 应 核 苷 酸 序 列 比 较 , 其 差 异数 为 2 1 3 3 。 2 0

28、 0 1 2 0 0 4 年 分 离 的 H 3 N 2 亚 型 病 毒株 的 H A 1 区 因 核 苷 酸 突 变 导 致 氨 基 酸 序 列 的 2 5 、5 0 、 5 7 、 6 2 、 7 5 、 8 3 ( 抗 原 决 定 簇 E 区 ) , 1 2 4 、 1 3 1 、1 3 7 、 1 4 5 ( 抗 原 决 定 簇 A 区 ) , 1 5 5 、 1 5 6 、 1 7 2 ( 抗 原决 定 簇 D 区 ) , 1 8 6 、 1 8 9 、 1 9 2 ( 抗 原 决 定 簇 B 区 ) ,1 9 6 , 2 0 2 , 2 2 5 , 2 2 6 ( R B S 的

29、左 侧 臂 ) 及 2 7 6 位 点 发生 了 氨 基 酸 替 换 。从 H A 1 区 基 因 序 列 同 源 性 分 析 , 2 0 0 4 年 分 离的 病 毒 株 基 因 特 性 更 接 近 于 A / F u j i a n / 4 1 1 / 2 0 0 2( H 3 N 2 ) , 核 苷 酸 同 源 性 为 9 9 . 0 % , 与 A / s y d e n y / 5 /9 7 ( H 3 N 2 ) 的 同 源 性 为 9 5 . 7 % , 与 A / W u h a n / 3 5 9 / 9 5( H 3 N 2 ) 的 同 源 性 为 9 8 . 6 % ,

30、与 9 0 年 代 初 期 上 海市 分 离 株 同 源 性 为 8 8 . 4 % 9 2 . 8 % 。 见 表 1 。2 . 3 不 同 甲 3 亚 型 流 感 病 毒 种 系 发 生 树 H 3 N 2亚 型 流 行 株 基 因 种 树 发 生 树 见 图 1 , 可 见 2 0 0 1 2 0 0 4 年 分 离 病 毒 株 的 基 因 特 性 发 生 了 变 异 , 其 基因 特 性 已 明 显 不 同 于 A / s y d e n y / 5 / 9 7 ( H 3 N 2 ) , 与A / F u j i a n / 4 1 1 / 2 0 0 2 ( H 3 N 2 ) 相

31、 类 似 , 属 于 同 一 类 型 ,而 与 9 0 年 代 初 期 分 离 的 病 毒 株 存 在 着 明 显 的 基因 特 性 不 同 的 两 个 系 列 。2 . 4 H 1 N 1 亚 型 核 苷 酸 序 列 分 析 2 0 0 0 2 0 0 2 年分 离 的 H 1 N 1 亚 型 流 感 病 毒 与 A / H o n g K o n g / 1 1 3 1 /9 8 ( H 1 N 1 ) 及 A / S h a n g h a i / 7 / 9 9 ( H 1 N 1 ) 相 比 , H A 1区 氨 基 酸 在 3 4 、 1 5 1 、 1 6 5 、 1 8 2 、

32、 1 9 0 、 2 6 7 位 点 发 生1 7 9 疾 病 监 测 2 0 0 6 年 4 月 3 0 日 第 2 1 卷 第 4 期 D i s e a s e S u r v e i l l a n c e , A p r . 3 0 , 2 0 0 6 , V o l . 2 1 , N o . 4A / H K /1 1 3 /9 8A / N C /2 0 /9 9A / S ic h u a n /4 / 8 8A / S h a n gh a i /7 / 9 9A / S h a n gh a i /9 / 9 7A / S h a n gh a i / 2 0 /9 6A

33、 / S h a n gh a i / 6 5 0 /0 1A / S h a n gh a i / 9 0 /0 0A / S h a n gh a i / 2 /0 1A / S h a n gh a i / 1 9 6 /0 3A / S h a n gh a i / 8 9 /0 2A / S h a n gh a i / 1 7 /9 0A / S h a n gh a i / 1 /9 1A / H K / 1 1 3 / 9 8 1 0 0 . 0 9 9 . 3 9 6 . 8 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 9 . 3 9 9

34、. 3 9 8 . 2 9 7 . 8 9 6 . 8 9 7 . 2A / N C / 2 0 / 9 9 1 0 0 . 0 9 6 . 4 9 9 . 3 9 9 . 3 9 9 . 3 9 8 . 9 9 9 . 3 9 9 . 3 9 8 . 2 9 7 . 8 9 6 . 1 9 6 . 4A / S i c h u a n / 4 / 8 8 1 0 0 . 0 9 7 . 2 9 7 . 2 9 7 . 2 9 6 . 4 9 6 . 4 9 6 . 0 9 5 . 2 9 4 . 8 9 7 . 6 9 8 . 0A / S h a n g h a i / 7 / 9 9 1

35、 0 0 . 0 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 9 . 3 9 9 . 3 9 8 . 2 9 7 . 8 9 6 . 8 9 7 . 2A / S h a n g h a i / 9 / 9 7 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 9 . 3 9 9 . 3 9 8 . 2 9 7 . 8 9 6 . 8 9 7 . 2A / S h a n g h a i / 2 0 / 9 6 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 9 . 3 9 9 . 3 9 8 . 2 9 7 . 8 9 6 . 8 9 7 . 2A / S h a n g

36、h a i / 6 5 0 / 0 1 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 8 . 9 9 7 . 9 9 8 . 2 9 5 . 7 9 6 . 1A / S h a n g h a i / 9 0 / 0 0 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 7 . 8 9 6 . 1 9 6 . 4A / S h a n g h a i / 2 / 0 1 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 7 . 8 9 6 . 1 9 6 . 4A / S h a n g h a i / 1 9 6 / 0 3 1 0 0 . 0 9 8 . 9 9 7 . 1 9 5 . 4A

37、/ S h a n g h a i / 8 9 / 0 2 1 0 0 . 0 9 6 . 7 9 4 . 9A / S h a n g h a i / 1 7 / 9 0 1 0 0 . 0 9 8 . 2A / S h a n g h a i / 1 / 9 1 1 0 0 . 0A / S h a n g h a i / 2 2 8 / 9 8A / S h a n g h a i / 6 / 9 7表 2 H 1 N 1 亚 型 流 感 病 毒 H A 1 区 核 苷 酸 的 同 源 性 比 较 ( % )T a b l e 2 C o m p a r i s o n o f n u

38、c l e o t i d e h o m o l o g y i n H A 1 a r e a o f i n f l u e n z a A ( H 1 N 1 ) v i r u s ( % )A / S h a n gh a i / 2 2 8 /9 8A / S h a n gh a i /6 / 9 79 1 . 8 9 0 . 59 1 . 8 9 0 . 59 3 . 6 9 2 . 39 1 . 8 9 0 . 59 1 . 8 9 0 . 59 1 . 8 9 0 . 59 1 . 5 9 0 . 29 1 . 8 9 0 . 59 1 . 8 9 0 . 59 0 .

39、7 9 1 . 69 0 . 2 9 1 . 39 2 . 1 9 3 . 19 2 . 9 9 1 . 61 0 0 . 0 9 8 . 91 0 0 . 0表 1 H 3 N 2 亚 型 流 感 病 毒 H A 1 区 核 苷 酸 的 同 源 性 比 较 ( % )T a b l e 1 C o m p a r i s o n o f n u c l e o t i d e h o m o l o g y i n H A 1 a r e a o f i n f l u e n z a A ( H 3 N 2 ) v i r u s ( % )A / S y de n y / 5 /9 7A

40、 / F uj i a n /4 1 1 / 0 2A / W uh a n / 3 59 / 9 5A / s h e nz h e n /1 5 7 / 9 6A / S h a n gh a i /1 / 9 8A / S h a n gh a i /2 4 / 9 0A / S h a n gh a i /1 2 / 9 5A / S h an g h a i /1 9 / 9 1A / S h a n gh a i /1 5 9 / 0 2A / S h a n gh a i /9 / 9 6A / S h a n gh a i /1 5 / 9 6A / S h a n gh a

41、i /4 2 / 9 9A / S h a n gh a i /1 5 9 / 0 1A / S h a n gh a i /1 7 5 / 0 4A / S y d e n y / 5 / 9 7 1 0 0 . 0 9 7 . 1 9 7 . 1 9 7 . 1 1 0 0 . 0 9 1 . 3 9 7 . 1 9 2 . 8 9 8 . 6 9 7 . 1 9 4 . 2 9 8 . 6 9 8 . 6 9 5 . 7A / F u j i a n / 4 1 1 / 0 2 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 9 4 . 2 9 7 . 1 8 8 . 4 9 4 . 2 8 9

42、 . 9 9 5 . 7 9 4 . 2 9 1 . 3 9 5 . 7 9 5 . 7 9 9 . 0A / W u h a n / 3 5 9 / 9 5 1 0 0 . 0 9 4 . 2 9 7 . 1 8 8 . 4 9 4 . 2 8 9 . 9 9 5 . 7 9 4 . 2 9 1 . 3 9 5 . 7 9 5 . 7 9 8 . 6A / S h e n z h e n / 1 5 7 / 9 6 1 0 0 . 0 9 7 . 1 9 1 . 3 1 0 0 . 0 9 2 . 8 9 8 . 6 9 7 . 1 9 4 . 2 9 8 . 6 9 8 . 6 9 5 .

43、 7A / S h a n g h a i / 1 / 9 8 1 0 0 . 0 9 1 . 3 9 7 . 1 9 2 . 8 9 8 . 6 9 7 . 1 9 4 . 2 9 8 . 6 9 8 . 6 9 5 . 7A / S h a n g h a i / 2 4 / 9 0 1 0 0 . 0 9 1 . 3 9 4 . 2 9 1 . 3 9 1 . 3 8 8 . 4 9 1 . 3 9 1 . 3 8 8 . 4A / S h a n g h a i / 1 2 / 9 5 1 0 0 . 0 9 2 . 8 9 8 . 6 9 7 . 1 9 4 . 2 9 8 . 6

44、9 8 . 6 9 5 . 7A / S h a n g h a i / 1 9 / 9 1 1 0 0 . 0 9 2 . 8 9 1 . 3 8 8 . 4 9 2 . 8 9 2 . 8 8 9 . 9A / S h a n g h a i / 1 5 9 / 0 2 1 0 0 . 0 9 5 . 7 9 2 . 8 9 9 . 0 9 8 . 2 9 7 . 1A / S h a n g h a i / 9 / 9 6 1 0 0 . 0 9 5 . 7 9 5 . 7 9 5 . 7 9 2 . 8A / S h a n g h a i / 1 5 / 9 6 1 0 0 . 0

45、9 2 . 8 9 2 . 8 8 9 . 9A / S h a n g h a i / 4 2 / 9 9 1 0 0 . 0 1 0 0 . 0 9 7 . 1A / S h a n g h a i / 1 5 9 / 0 1 1 0 0 . 0 9 7 . 1A / S h a n g h a i / 1 7 5 / 0 4 1 0 0 . 0了 替 换 。 其 核 苷 酸 基 因 与 A / H o n g K o n g / 1 1 3 1 / 9 8 和A / S h a n g h a i / 7 / 9 9 的 同 源 性 分 别 为 9 7 . 8 % 9 9 . 3 % ,

46、与 9 0 年 代 上 海 市 分 离 的 病 毒 株 的 同 源 性 为9 4 . 9 % 9 7 . 1 % 。 见 表 2 。2 . 5 不 同 甲 1 亚 型 流 感 病 毒 种 系 发 生 树 比 较H 1 N 1 亚 型 流 行 株 的 基 因 种 系 发 生 树 见 图 2 , 显 示2 0 0 0 2 0 0 3 年 流 行 的 H 1 N 1 亚 型 流 感 病 毒 的 基 因特 性 已 不 同 于 9 0 年 代 分 离 的 流 感 病 毒 , 与 A /H o n g k o n g / 1 3 3 1 / 9 8 ( H 1 N 1 ) 、 1 9 9 9 年 分 离

47、的 国 家 代表 株 A / S h a n g h a i / 7 / 9 9 ( H 1 N 1 ) 为 两 个 系 列 , 接 近A / N e w C a l e d o n i a / 2 0 / 9 9 ( H 1 N 1 ) 病 毒 株 。3 讨 论流 感 流 行 与 流 感 病 毒 的 抗 原 性 变 异 密 切 相关 , 已 知 甲 3 亚 型 流 感 病 毒 的 H A 蛋 白 分 子 有 5个 抗 原 决 定 簇 ( A 、 B 、 C 、 D 、 E ) , 且 都 位 于 H A 蛋 白分 子 的 重 链 区 ( H A 1 ) 。 一 般 认 为 H A 1 蛋 白

48、 分 子 的氨 基 酸 替 换 发 生 4 个 以 上 并 分 布 在 两 个 以 上 的 抗原 决 定 簇 上 , 且 有 流 行 病 学 意 义 1 。 2 0 0 0 2 0 0 4 年分 离 的 甲 3 亚 型 流 感 病 毒 与 A / S y d e n y / 5 / 9 71 8 0 疾 病 监 测 2 0 0 6 年 4 月 3 0 日 第 2 1 卷 第 4 期 D i s e a s e S u r v e i l l a n c e , A p r . 3 0 , 2 0 0 6 , V o l . 2 1 , N o . 4图 1 上 海 市 H 3 N 2 亚 型

49、流 感 病 毒 种 系 发 生 树F i g u r e 1 P h y l o g e n e t i c t r e e o f i n f l u e n z a A ( H 3 N 2 ) v i r u si n S h a n g h a i C i t y图 1 上 海 市 H 3 N 2 亚 型 流 感 病 毒 种 系 发 生 树图 2 上 海 市 H 1 N 1 亚 型 流 感 病 毒 种 系 发 生 树F i g u r e 2 P h y l o g e n e t i c t r e e o f i n f l u e n z a A ( H 1 N 1 ) v i r u si n S h a n g h a i C i t y( H 3 N 2 ) 等 代 表 株 相 比 , H A 1 区 氨 基 酸 替 换 位 点 发生 在 A 、 B 、 D 、 E 区 及 R B S 的 左 侧 臂 , 说 明 近 几 年流 行 的 H 3 N 2 流 行 病 毒 株 的 抗 原 性 发 生 了 变 异 。与 我 国 同 期 流 行 的 H 3 N 2 亚 型 流 感 病 毒