1、生物科学专业信息资源推介中国生物工程杂志 ChinaBiotechnology,2005,25(11):9597生物科学专业信息资源推介数据库名称 BGI 一家蚕基因组数据库 BGISilkwormDatabase数据库网址 http:/ 28 条染色体,约 4.8 亿碱基对,估计有基因 4 万个.2003 年 11 月,中科院华大基因和西南农大等单位已率先完成家蚕基因组”框架图” 绘制工作 ,在此基础上构架家蚕基因组数据库系统.包括国际最全的家蚕基因组研究数据,包括突变体,EST,基因,重复序列等基因组信息.服务方式:查询,免费下载.关键字家蚕基因组数据库名称韩国大米基因组数据库 Korea
2、RiceGenomeDatabase数据库网址 http:/bioserver.myoni.ac.kr/ricemac.htmlKRGD 是韩国大米的基因数据库,它搜集有关韩国大米的所有基因.数据库提供的 EST 序列查找能够快速找数据库简介到所要研究的基因的 EST.数据库还提供韩国大米的基因图谱,帮助相对准确地在基因组染色体上找到基因的定位.KRGD 目前由韩国 Myongji 大学的生物科学系负责维护管理.服务方式:查询,免费下载.关键字 Korea 韩国 rice 大米 genome 基因组数据库名称线虫基因组数据库 AceDB数据库网址 http:/www.acedb.org/Ace
3、DB 是于 1989 年最初由 JeanThierryMieg 和 RichardDurbin 开发的一个基因组数据库系统.它提供一个自数据库简介定义数据库核心和一个特别设计的非标准数据模型以便灵活地处理科学数据,以及一个绘图用户界面和许多特别的显示和基因组数据处理工具.AceDB 用于管理基因组计划内的数据和使基因组数据供科学界使用.服务方式:查询,分析,免费下载.关键字 AceDBgenome 基因组数据库名称线虫基因组预测蛋白数据库 WormPep-C.elegansProteinsdb数据库网址 hap:/www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/worm
4、pep/Wormpep 包括了线虫基因组中所有预测蛋白.在线虫基因组数据库AceDB 的基础上,它共有 9,745,258 个碱基长度的基因预测的 22,246 个蛋白序列(其中 1705 个蛋白具有不同的剪接本).搜寻方式可以使用蛋白序列,对数据库简介应 cDNA 序列,序列的 CDS 编码和位置数据,蛋白的TREMBL 或 SwissProt 编码等.另外,提供基于 BLAST 的同源比对.本数据库由线虫基因组计划衍生出来,主要数据由英国Sanger 中心,美国圣路易斯测序中心提供和更新.服务方式:查询,分析,免费下载.关键字 eleganworm 线虫 predictedprotein
5、预测蛋白数据库名称盘基网柄菌基因组数据库 DictyDbDictyosteliumdlscoldeumGenomeDatabase数据库网址 http:/dictyba$e.ore,/盘基网柄菌基因组,包括染色体以及线粒体的全部基因组数据库,在细胞粘菌中,由于盘基网柄菌的生活史最简单,且发育阶段分明,是极好的研究材料.该数据库不仅提供了盘基网柄菌的基因组信息,还为盘基网柄菌的数据库简介序列提供了,已知及同源的基因列表,BLAST 服务器,染色体定位图,已完成和进行中的基因敲除变异种的粘菌资料.并提供了相关的盘基网柄菌 cDNA 文库的链接及使用说明 .该数据库由加州 UCSD 大学的发育基因项
6、目(DGP)支持.服务方式:查询,免费下载.关键字盘基网柄菌 genome 基因组数据库名称枯草杆菌基因组数据库 BSORF-BacillussubtilisGenomeDatabase数据库网址 http:/bacillus.genome.ad.jp/枯草杆菌基因组数据库是由日本枯草杆菌协会建立的专业数据库.该数据库收集的数据主要分为两类:以彩色图谱显示的基因组图谱以及以列表形式出现的其他来源数据,如突变信息,DNA 芯片数据.用户可以通过输入数据库简介基因名称,描述性字眼,分类号等方式进行查询,也可以直接输入序列检索是否是枯草杆菌的基因组序列或基因组中的编码序列.该数据库最近一次更新于 2
7、003 年 9 月.服务方式:查询.关键字 B.subtilis 枯草杆菌 genome 基因组数据库名称枯草杆菌基因组信息数据库BacillusmbtilisGeneticDatabase数据库网址 http:/genolist.pasteur.fr/SubtiList/该数据库介绍了枯草杆菌基因组的各方面信息,它包含了B.subtilis168(枯草杆菌的模式菌种)4,214,630bpDNA,蛋白质序列以及相关基因的注释和功能推测.该数据库的信息主要来源于 EMBL/GenBank/DDBJ 数据库以及发表在国际杂志上或者相关方面科研工作者的报告,主要由InstitutPasteur 维
8、护( 法国的一个私人的非盈利性的数据库简介疾病预防基金会),它提供了方便的查询系统,可以通过输入基因名,基因的染色体定位以及功能分类进行查询,并可以对查出的序列进行 BLAST 等分析.它的特色是提供了枯草杆菌彩色的染色体定位图,在图上的每一点均提供了链接,介绍具体的基因定位及相关信息.具有感官认识,可以方便查询.服务方式:查询,免费下载.关键字 B.subtilis 枯草杆菌 genome 基因组数据库名称枯草杆菌全基因组,基因图谱和密码子方面的数据库NRSUB?Non-redundantB.subtilisDatabase数据库网址 http:/pbil.univlyon1.fr/nrsu
9、b/nrsub.html中国生物工程杂志 ChinaBiotechnologyVo1.25No.112005该数据库收录了枯草杆菌的全基因组,并加入基因图谱和密码子方面的数据,可通过 web 方式查询,也可直接根据关键字,序列名称或基因编号查询,并提供序列文件全文搜索.库内总碱基数达 4214814 条;可由 SWISS数据库简介 PROT.ENZYME 和 HOBACGEN 数据库参考相关基因家族;所有基因图谱位置由电脑计算得出,精确度为 0.1.维护单位包括日本国家遗传所,法国里昂大学遗传学和群体生物学实验室,法国巴斯德学院基因表达调控系及瑞士生物信息学学院.服务方式:查询,免费下载.关键
10、字 B.subtilis 枯草杆菌 genome 基因组数据库名称酵母基因组数据库SaccharomycesGenomeDeletionProject数据库网址 http:/sequencewww.stanford.lu/group/yeast_deletionproject/deletions3.html酵母基因组数据库提供了 Saeeharomyeescerevisiae(酿酒酵母)基因组及其开放阅读框(openreadingframe,ORF)功能的很多相关信息.其中开放阅读框的功能是通过基于基因剔除的 PCR 技术和突变的遗传分析获得的.数据库简介数据库内容包括:不同的 ORFs 剔除
11、品系,ORFs 剔除所用的引物序列,重要的 ORFs 等.此外,该数据库给出了很多技术和方法相关的文献并可以与 YDPM 数据库(YeastDeletionProjectandMitochondriaDatabase)等相链接,它由SaeeharomycesGenomeDeletionProjectConsortium(酵母基因组剔除研究计划协会)维护.服务方式:查询.关键字 Saceharomyceseerevisiae 酿酒酵母 genome 基因组数据库名称蓝细菌基因组数据库 CyanoBase-TheGenomeDatabaseofCyanobacteria数据库网址 http:/ww
12、w.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html蓝细菌基因组数据库可以获得关于蓝细菌基因组结构的序列和全部解释资料.它最初由 MakotoHirosawa,TakakasuKaneko 和 SatoshiTabata 创办,现在的版本由 KazusaDNA研究所 YasukazuNakamura,TakakazuKaneko 和数据库简介 SatoshiTabata 发展并维护.生氧光合作用是地球上的最基本的生命过程,蓝细菌带有生氧光合作用的全部基因.该有机物出现于非常古老的年代,可以在多种环境下生存.该数据库还提供了很多其它菌类或藻类相关的链接,便于用户查找相关信息.服务方式:
13、查询.关键字蓝细菌 genome 基因组数据库名称细胞器基因组数据库 GOBASE-TheOrgandieGenomeDatabase数据库网址 http:/megasun.bch.umontrea1.ea/gobase/GOBASE 一细胞器基因组数据库由加拿大健康研究院 (CIHR)和加拿大医学研究委员会(MRC)资助,2003 年 12月建立,由 CanadaDalhousieUniversity 维护.整合了与线粒体和叶绿体相关的各种数据,今后将包含细菌的信息.数据库简介核酸和蛋白数据来源于 NCBI 的 Entrez 数据库,分类信息来源于NCBI 的 Taxon 数据库 .提供到
14、PID,Entmz,Blast等的链接,界面友好,便于查询.服务方式:查询.r关键字细胞器 genome 基因组数据库名称基因组在线数据库 GOLD-GenomesOn-linedb数据库网址 http:/www.genomesenline.ow,/基因组在线数据库(GOLD)在国际网内提供全世界已完成的和正在进行的基因组项目,其中有 315 个已发表数据库简介的完成的基因组项目和正在进行的 804 个原核生物的基因组项目和 547 个真核生物的基因组项目.服务方式:查询.关键字 genome 基因组数据库名称人类基因组图谱标准数据库 GeneLoc-TheUnifiedDatabasefor
15、HumanGenomeMapping(UDB)数据库网址 http:/genecards.weizmann.ac.il/geneloc/人类基因组图谱标准数据库,GeneLoc 整合了包括 Genethon,NCBI,基因组数据库等在内的多个数据库的资料,统一了基因的收集,剔除了冗余的部分,并且赋予每一个基因有意义的定位标识符,也叫作基因卡片 ID.数据库简介 GeneLoc 包含了人类所有染色体的基因整合信息 ,此外,与基因平行的 DNA 片段信息也包含在其中.它为用户提供了友好的检索界面,用户可以根据染色体的位置,基因名称,基因登记号等方式查询基因的具体定位.并为初学者提供了检索实例.该数
16、据库由以色列生物信息Crown 人类基因组研究中心支持维护.服务方式:查询.关键字 human 人类 genome 基因组数据库名称人类组织的全基因组数据库 HOWDY-HumanOrganisedWholeGenomeDatabase数据库网址 http:/gdb.jst.go.jp/HOWDY/top_en.pl人类组织的全基因组数据库是一个数据库系统为检索人的染色体信息并供给公众的不同的数据源.您能发现这里的信息从基因数据库自动地被提取和被显示以所有数据有标识符,共同兴趣和链接的数据.数据库促进获数据库简介得人的基因的信息由使用正式标志和别名被 HUGO 人的基因命名原则委员会,GDB
17、和 LocusLink 批准.它为完成的 contigs 并且提供人的染色体地图的一个图解看法并且产生辐射杂种地图.由日本科技集团维护,是一个集成的人类基因数据库,通过网络接口,用基因信号和基因别名访问数据库.服务方式:查询.关键字 human 人类 tissue 组织 genome 基因组数据库名称 GDB 人类基因组数据库TheGDBHumanGenomeDatabase数据库网址 http:/www.gdb.ors/2005,25(11)中国生物工程杂志 ChinaBiotechnology人类基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据.GDB 的目标是构建
18、关于人类基因组的百科全书,除了构建基因组图谱之外,还开发了描述序列水平的基因组内容的方法,包括序列变异和其它对功能和表型的描述.目前 GDB 中有:人类基因组区域(包括基因,克隆,amplimersPCR 标记 ,断点 breakpoints,数据库简介细胞遗传标记 cytogenetiemarkers,易碎位点fragilesites,EST 序列,综合区域 syndromicregions,contigs 和重复序列);人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱,连接图谱,放射性杂交图谱,contentcontig 图谱和综合图谱等);人类基因组内的变异(包括突变和多态性,加上等位基因频率数据).G
19、DB 数据库以对象模型保存数据,提供基于 Web 的数据对象检索服务,用户可以搜索各种类型的对象,并以图形方式观看基因组图谱.服务方式:查询.关键字 Human 人类 genome 基因组数据库名称 DDBG/CIB 人类基因组数据库(DDBJ/CIBHumanGenomicsStudio)数据库网址 http:/studio.nig.ac.jP自从人类基因组草图公布以后,已有大量的基因组序列注册到国际DNA 数据库里(DDBJ/EMBI/GenBank).数据库简介 DDBJ/CIBHumanGenomicsStudio 从 2000 年开始启动,由日本生物信息中心建立,它搜集了 DNA 数
20、据库中人的基因组数据,并按 24 条染色体重新组织基因组序列.人们可以从该站点下载非冗余的人基因组序列.服务方式:查询.关键字 Human 人类 genome 基因组数据库名称人类线粒体基因组数据库 MITOMAPAHumanMitochondHalGenomeDatabase数据库网址 http:/.mitomap.ore/HMGDB 是人类线粒体基因组数据库,它包含人类线粒体 DNA 的突变信息和多态性信息.数据库提供的查询数据库简介功能可以通过基因名,疾病名和酶名来检索.可以通过访问线粒体蛋白库来获取有关蛋白的序列和三维结构等资料.数据库提供的 MitoAnalyzer 可以显示多态性如
21、何影响人类线粒体 DNA 表达的蛋白.服务方式:查询.关键字 Human 人类 mitochondrial 线粒体 genome 基因组数据库名称动物基因组数据库AnimalGenomeResearchProgram(AGP)数据库网址 http:/anima1.dna.afire.go.jp/agp/index.htmlAnimalGenomeResearchP/oam(AGP)是由 NIAS,IsTA 和 STAFF-Institute 携手开发的一个合作项目.该项目构建了一个有关动物基因的数据库,通过使用酵母人工染色体的标记来对基因进行检索存放,利用 DNA 标记也能数据库简介够方便地从
22、数据库中找到所需要的基因数据.数据库提供的 BACIdentifier 是一个很有用的工具,输入详细的数据就能得到所要找的酵母人工染色体的编号.现在提供的 PEDE 还能通过使用 EST 片断来检索数据库查找信息.该数据库目前由上述三个机构共同维护管理.服务方式:查询,分析,免费下载.关键字 animal 动物 gene 基因数据库名称阐释基因组 DNA 序列的工具 TRADAT-TRAnscriptionDabasesandAnalysTools数据库网址 http:/www.epd.isbsib.ch/TRADAT.html由 CNR-ITBA,GBF,GSF,MedicalResourc
23、eCouncil,ISREC,UNIL 合作,旨在提供一种用特殊区域来阐释基因组DNA 序列的工具.由于全基因组扫描使得数据量骤增,对这些序列的系统功能分析被对基因产物的结构功能分析数据库简介取代.该数据库收集了序列分析的相关数据,并适当整合,用数学公式精确描述,对启动子,增强子,LCR 和编码区,开放阅读框的关联作广泛分析,所有的数学公式用适当的模式基因组修正.服务方式:查询,分析,免费下载.关键字 tool 工具 genome 基因组数据库名称小鼠基因组信息数据库 TheMouseGenomeDatabase数据库网址 http:/www.informatics.jax.ors/小鼠基因组
24、信息数据库由美国着名的杰克森实验室创建,提供了针对实验室小鼠的遗传学,基因组学和生物学数据的综合检索.该数据库提供了多种检索工具,如针对序列的小鼠 BLAST.该数据库分类详细,用户可以根数据库简介据所需选择适当的分类检索,如基因和标记,等位基因和表型,株系和多态性,基因表达,图谱,小鼠肿瘤生物学,探针和克隆以及参考文献等.该数据库允许用户按分类列表提交新的数据,同时也提供相关的数据下载服务.服务方式:查询.关键字 mouse 小鼠 genome 基因组数据库名称整合鼠基因及基因组数据库 TheRatGenomeDabase数据库网址 http:/rgd.mcw.edu/由威斯康星医学院和 NIH 血液中心创建,鼠基因及基因组的研究机构合作维护,旨在收集,巩固和整合鼠基因及基因组的研究成果,使之能尽快被科研机构取得,并提供数量显着位点,突变和其他表型数据,每月 1Ft,15Ft 更数据库简介新.是目前全世界重要的鼠研究合作机构,有研究论坛和flp 下载 .数据包括基因序列,QTL,SSLP,EST,家系,图谱等.可用的工具有 BLAT,BLAST,基因注释,基因组扫描等.目前,日本和中国都有其镜像站点.服务方式:查询,分析,免费下载.关键字 mouse 小鼠 genome 基因组
