1、鲍曼不动杆菌感染病例数据库的建立 旷南岳 李文军 漆新文 新疆生产建设兵团医院药学部 摘 要： 目的:探讨建立线鲍曼不动杆菌感染病例数据库的流程及意义, 为流行病学调查、药物治疗及预后分析等提供依据。方法:对新疆生产建设兵团系统 13 家二级甲等以上医院 20152016 年感染鲍曼不动杆菌患者的资料进行收集、汇总及分类, 以需求分析为基础, 采用 WAMPWindows+PHP (超文本预处理器) +Apache+My SQL平台完成鲍曼不动杆菌感染病例数据库的建立, 并录入相关数据资料。结果:建立了“人机”友好界面, 主要包含首页、查询、数据分析和系统维护等 4大模块的鲍曼不动杆菌病例数据
2、库系统。结论:该数据库具有应用广泛、专业性强及扩展性好的特点, 易于推广, 总体反应了在检验、诊断、治疗及预测等方面的功能和作用, 有利于兵团系统医务人员进行流行病学调查、治疗效果评定、评估预测感染率及预后分析的研究, 为兵团医务工作者及科研工作者提供可靠的基础数据。关键词： 鲍曼不动杆菌; 感染病例; WAMP; 数据库; 作者简介：旷南岳, 主管药师。研究方向:临床药学。E-mail:作者简介：李文军, 主任药师。研究方向:临床药学。E-mail:收稿日期：2017-08-22基金：新疆兵团科技计划项目 (No.2015AB034) Establishment of Database of
3、 Cases Infected by Acinetobacter BaumanniiKUANG Nanyue Li Wenjun QI Xinwen Dept. of Pharmacy, Hospital of Xinjiang Production and Construction Crops; Abstract： OBJECTIVE: To probe into the procedures and significances of establishment of database of cases infected by Acinetobacter baumannii, so as t
4、o provide references for researches of epidemiological investigations, treatment options and prognostic analyses. METHODS: Data of Acinetobacter baumannii infected cases from hospital of Xinjiang production and construction corps above grade A class second ( 13 hospitals) were collected from 2015 to
5、 2016, summarized and classified, WAMP ( Windows + PHP + Apache + MySQL) platform was adopted to establish the database of cases infected by Acinetobacter baumannii on basis of requirements analysis, related data and information were then typed in. RESULTS:Established the “man-machine”friendship int
6、erface, the database system of Acinetobacter baumannii cases that mainly included four modules of homepage, query, data analysis and system maintenance. CONCLUSIONS: This database has the features of wide application, professional, good expansibility and easy to generalize, with overall reflection o
7、n its functions and effects of inspection, diagnosis, treatment and prediction. Which benefits corps medical staff to conduct epidemiological investigations, assessment on therapeutic effects, evaluation and prediction on infection rates, prognostic analyses, provide reliable basic data for corps me
8、dical staff and science researchers.Keyword： Acinetobacter baumannii; Infection cases; WAMP; Database; Received： 2017-08-22随着近年来抗菌药物的大量使用, 鲍曼不动杆菌 (acinetobacter baumannii, AB) 感染的形势越发严峻。目前, AB 耐药率逐渐升高, 治疗存在困难, 且感染患者病死率高, 给临床工作带来极大挑战1。故积极预防、及时明确诊断及有效治疗是改善 AB 感染患者预后的关键2, 达到上述目标需要充分了解 AB 感染的特征、耐药情况及相关危
9、险因素, 并得到大量临床病例数据支持。但如何将信息量巨大、项目繁多的数据信息以组织形式进行安全存储、统一管理和准确分析是目前数据库建立的难点3。国外对数据库的研究起步较早, 在医学领域有许多综合性大型数据库, 如美国癌症研究所 (surveillance epidemiology and end results, SEER) 医疗保险数据库, 其技术成熟, 发布的研究信息真实可信、具有权威性, 为进一步探索性研究提供了平台和指导4-5;第二军医大学长海医院建立的在线肺癌病例数据库, 对肺癌患者病例信息的管理及数据挖掘也起到了重要作用3。现通过探讨在线 AB 感染病例数据库的设计思路及建立方法,
10、 为科学整理、收集临床病例资料, 总结临床经验和进一步回顾性及前瞻性深入研究提供信息支持。1 资料与方法1.1 资料来源对新疆生产建设兵团系统 13 家二级甲等以上医院 2 0 1 52 0 1 6 年感染 AB患者的资料进行收集、汇总及分类。1.2 数据信息管理平台的选择随着浏览器技术不断成熟、功能不断强大, 浏览器/服务器 (browser/server, B/S) 模式以强大的可扩展性与稳定的体系结构逐渐替代了客户机/服务器 (client/server, C/S) 模式, 成为数据库管理系统基木架构的主流6。美国微软公司开发的 Windows 操作系统将浏览器技术植入操作系统内部;超文
11、本预处理器 (hypertext preprocessor, PHP) 是一种解释服务器端的脚本语言, 服务器端的 PHP 代码被解释为超文本标记语言 (hypertext markup language, HTML) 代码在浏览器端显示;Apache 是目前较为流行的 Web 服务器, 能支持多种 Web编程语言 (如 PHP) , 而且适用于多种操作系统, 扩展性强;My SQL 是操作简便的结构化查询语言 (structured query language, SQL) 数据库管理系统, 使用、安装均很方便, 运行效率高, 可处理大批量数据, 能在 Linux 和 Windows等操作系
12、统中使用。三者均为开源软件, 组合后的数据库操作简便、使用灵活、功能强大, 适合用于科研7-8。综上所述, 考虑开发技术、开发成本及扩展性等因素后, 最终采用 WAMP (Windows+PHP+Apache+My SQL) 平台完成 AB 感染病例数据库的建立。1.3 需求分析与数据库设计以 AB 感染的诊断流程和患者的诊疗过程为主线, 以系统使用者的功能诉求为基础进行迭代的需求分析9。以入院、治疗、确诊、再治疗及结局为线索的病例资料信息可满足多方面的研究需求, 主要包括患者基本信息、确诊前感染相关检验检查信息、确诊前药物治疗信息、微生物检验信息、确诊后感染相关检验检查信息、确诊后药物治疗信
13、息及临床结局信息等, 对上述具体信息进行概括、定义, 相关信息间建立关联, 有多个数值的信息按时间顺序加以区别。将以上散在的种类繁多、数据形式复杂、技术性强且随时间动态变化的 AB 感染病例数据进行分类、关联和聚类, 所有数据信息建立为“一对多”的关系, 按照数据库的设计原则, 将最终需要映射的数据关系设计成数据表, 主要包括基本信息资源表、临床治疗信息资源表、检验检查信息资源表及微生物检验信息资源表。AB 感染病例数据库所需映射的整个数据关系表及各数据表所包含的需存储信息见表 1。表 1 数据库数据关系储存信息表 Tab 1 Storage information sheet of data
14、 relation of database 下载原表 1.4 系统功能模块设计与实现不同的系统使用者对该数据库功能的需求也不相同。普通医务人员地主要功能需求是信息查询及初步数据分析, 以便更好地指导日常临床工作;高层次的医疗研究人员、科研人员及管理人员则需要在上述基础上要求数据分析功能及数据导出功能, 以便更好地对数据进行深度挖掘及有效管理, 甚至以此为依据制订相关管理政策;系统管理人员需要对数据进行审核、录入、修改和删除等功能;计算机软件工程师需要负责对系统进行日常维护的功能, 以确保各系统功能高速稳定运行。故将该病例数据库的应用平台系统划分为首页、查询、数据分析和系统维护等 4 个模块,
15、并为每个模块设置不同的访问权限, 各系统模块功能简介见表 2。表 2 各系统模块功能简介 Tab 2 Function brief on system modules 下载原表 2 结果2.1 AB 感染病例数据库的发布开发完成的 AB 感染病例数据库管理系统首先要进行不同级别的功能测试与数据检验, 待基本测试全部通过后再发布至试运行平台上进行数据录入, 同时进行系统扩展功能的开发与测试。发布的 AB 病例数据库属于网络关系型数据库, 使用最广泛使用的 SQL 链接所需要的数据信息, 将 SQL 语句转化为网面查询语言, 以便执行操作并采用数据挖掘等技术手段分析数据信息。该数据库面向全兵团系统
16、医务人员开放, 根据各医院、各地区及全兵团情况设置不同的管理权限以便获取不同的数据来源。数据和网络的安全维护是确保数据库正常运行的基础, 采用路由器、防火墙及 Web 网关的硬件防护措施, 同时对数据进行加密处理并严格限定各用户权限;数据库的维护及服务器的维护均由专业人员进行, 以保证保密性及系统平台运行安全10。2.2 AB 感染病例数据库的初步应用该数据库共收集 20152016 年 AB 感染病例 1 259 例, 其中农一师医院 178 例, 农二师医院 44 例, 农三师医院 15 例, 农四师医院 73 例, 农五师医院 58 例, 农六师医院 76 例, 农七师医院 75 例,
17、农八师医院 61 例, 农九师医院 8 例, 农十师医院 12 例, 农十三师医院 38 例, 石河子大学第一附属医院 452 例, 新疆生产建设兵团医院 169 例。2.3 AB 感染病例数据库信息管理系统的拓展为保证系统的后续拓展功能及更好地与其他应用平台之间进行信息共享, 将采用中国医院信息基本数据集标准11对相关数据元进行规范, 以便为数据收集和后期分析利用提供基本依据。建立的 AB 病例数据库信息管理系统不是一成不变的, 在系统维护模块实现了各医院数据的上报, 上报的数据经审核合格后可直接导入数据库中, 导入后的数据与专人直接录入的数据功能一样。由于Internet 技术的运用, 平
18、台可通过 Web 技术发布于网络, 在更广的范围内实现资源的共享。但由于医疗数据信息涉及到 AB 感染患者的隐私及各项权力, 因此, 资源共享的前提是良好的网络安全环境及访问权限的设置。3 讨论收集 AB 感染病例数据的 13 家医院分布于全疆各地, 各医院的发展条件、环境因素、消毒措施及治疗手段等不尽相同, 各医院所暴露的感染危险因素不同;抗菌药物使用品种不同, 细菌面临的药物选择性压力出现差别, 以上因素均可导致细菌耐药性的差异12。因此, 真正做到对临床治疗有实际指导意义和价值, 需要对一个地区、一个时期甚至一家医院的 AB 感染病例进行研究分析13。本研究建立全兵团区域性的 AB 感染
19、病例数据库管理病例数据资料, 对实现学科的信息化发展、进行深入的临床相关研究有一定的现实意义。本研究采用的网络关系型数据库在 Web 环境下运行, 能够处理更多的数据。有详细的权限和登录许可控制, 能很好地防止未经许可的登录。而应用由浏览器、Web 服务器及数据库服务器组成的浏览器/Web 服务器/数据库服务器 (三层结构模式数据库) 可通过不同平台进行网络存取, 具有易于维护、信息共享度高、安全性好及扩展性好等优点14。PHP 作为优秀的 Web 编程工具, 运行在 Web服务器端, 能和 HTML 脚本融合在一起, 是现今最流行的 Web 脚本语言之一。其可安装于目前大部分网页广泛使用的
20、Apache Web 服务器上, 作为 Apache Web服务器的模块执行各种操作, 同时具有访问内部数据库的能力15。My SQL 数据库服务器能运行在各种平台, 并与 PHP 实现无缝结合, 因此特别适合作为基于 PHP 的动态 Web 数据库服务器16。这种由 PHP+Apache+My SQL 为基础核心的 Web 数据库的软件开发稳定, 相关信息可以建立关联, 同时有保证数据一致性、完整性及安全性的机制, 为建立 AB 病例数据库提供了软件基础。AB 感染病例数据库的建立可为医院管理者、药学工作者及医护工作者在控制医院感染、优化抗菌药物合理选用及 AB 常用治疗药物的评价与分析等方
21、面提供可靠的数据依据。医院管理人员可对 AB 感染患者的基本临床特征和全院流行趋势有进一步的了解, 通过数据针对性地加强对重点科室、重点患者和重点环节的监督管理, 并采取一定的干预措施以降低患者的感染率;可为药学部等医技科室在 AB 的细菌耐药率、AB 常见治疗药物的疗效评价、不同抗菌药物的使用对 AB耐药性的影响及抗菌药物目录的遴选等方面提供依据;医护人员可通过数据库了解 AB 多重耐药感染的危险因素、预后危险因素及不同危险因素的权重比, 以便采取干预措施降低患者的感染率及病死率;各基层医疗机构医师可通过查询功能了解上级医疗机构既往 AB 感染患者治疗方案, 为目标患者的治疗方案的制订提供参
22、考。综上所述, AB 感染病例数据库的建立有利于全兵团系统医务人员进行流行病学调查、治疗效果评定、评估预测感染率及预后分析的研究, 同时对数据库的长期维护和开发有助于发现新的研究方向, 为临床和基础科研工作提供指导;高级数据分析功能及资源的共享可为医务人员在 AB 感染患者的临床实践 (包括预防、诊断、治疗及临床决策等方面) 提供较为可信的基础数据和建议;可进一步减少大量昂贵抗菌药物的浪费, 降低院内感染的发生率, 降低病死率, 最终减轻社会、家庭和个人经济负担, 减轻患者痛苦。参考文献1高健, 李子民, 张特立, 等.2012 2015 年鲍曼不动杆菌耐药性变迁及抗菌药物选择J.中国医院药学
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