1、MS 常见问题及解答1、问：用 MS 构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪可以查到它的空间群 答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如 CCDC。 （你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系 ,对称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.M
2、S 自带了一些材料的晶体结构,你可以查询一下. 2、问：各位高手，我用 ms 中的 castep 进行运算。无论 cpu 是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？答：请先确认以下几个问题：1，在什么系统下装，是否装了并行版本。2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个 CPU 3、问：我已经成功地安装了 MS3.1 的 Linux 版本，串行的 DMol3 可以成功运行。但是运行并行的时候出错。机器是双 Xeon5320(四核) 服务器，rsh 和 rlogin 均开启，RHEL4.6 系统。其中 hosts.equiv 的内容如下：local
3、hostibm-c*olemachines.LINUX 的内容如下：localhost:8现在运行 RunDMol3.sh 时，脚本停在$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname $DMOL3_DATA这一处，没法执行这一命令并行运算时，出现以下 PIxxxx(x 为数字)输出ibm-c*ole 0 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exelocalhost 3 /home/www/M
4、SI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe请问这是什么原因？谢谢！ 答：主要是 rsh 中到 ibm-c*ole 的没有设置把/etc/hosts 改为127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ibm-c*ole在后面加个 ibm-c*ole也希望对大家有帮助! 4、问：在最后结果的 dos 图中,会显示不同电子 spd 的贡献,我想问的是,假设MS 考虑的原子 Mg 的电子组态为 2p6 3s2,那么最后的 dos 结果中的 s,p 是不是就是 2p,跟 3s 的贡献.比如更高能量的 3p 是否可能出现在 dos 中?如果可能的
5、话，在这种情况下,如何区分 2p 和 3p 的贡献,谢谢.答：A、取决于你的餍势势里面没有 3p 电子，DOS 怎么会有呢？自然，你的 1p1s 也不会出现在你的 DOS 中。 B、我觉得原子没有 d 轨道但是计算出来的 DOS 图上有 d 轨道的贡献，这可能是电子跃迁所引起的，虽然按照教科书上的 d 轨道上没有电子，但是不排除有电子跃迁过去，但及时跃迁也应该只是很少的而且一般也都是这样。 C、我考虑的是 dos 并非指电子出现的几率 ,而是能级的密度.3p 构成导带能级不可能吗?没有 d 电子出现 d 的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认 3p 的可能?既然不可能有 3p,怎么会有 1
6、s1p?毕竟一开始计算中已经做了近似? D、第一性原理计算高于费米面的能带本来就不怎么可靠的。现在，计算的带隙小于实验值，很大的原因就来源于价带计算不准。p 能量高于 s 不太好理解这里有成键反键的因素p 的反键是有可能小于 s 的成键的另外有时候原子电子组态没有 d 电子的时候计算结果也出现了 d 轨道估计是做轨道投影的问题。vasp 就有这个问题，但是可以消除这个错误的。5、问：那位高手能够介绍一下 MS 中 CASTEP 的势能模型的适用范围？比如说 LDA 的（PWC,VWN） ，GGA 的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH） ，能够简述一下其
7、大致差别更好 答：LDA 局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点 r 处的电子密度 n（r）来决定那点交换-相关能密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于 Ceperly 和 Alders 在年代对均匀电子气总能量的 Monte Carlo 模拟。广义梯度近似（）：是 Jacob 阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|?n(r)|） ，在描述交换相关能方面，梯度引入了非定域性。泛函包
8、含了两个主要的方向：一个称为“无参数 ”，泛函中新的参数通过已知形式中参数或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。Perdew,Burke and Emzerhof(PBE)以及 Perdew-Wang from 1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的 GGA，比如Becke,Lee,Parr and Yang(BLYP)是经验性。LYP 校正采用了密度的二阶Laplace 算符，因此严格上讲属于 Jacob 阶梯的第三阶，但通常仍然归类为 GGA. 6、求助 Linux 上 MS 的安装问题我在 RHE
9、S4.6 上安装 MS3.0。但是在castep 和 dmol 下的 RunDMol3.sh 大小为零，没有东西，同时在 share 下也没有 bin 目录，也找不到 ms_setuo.sh 脚本，请问是什么原因？相应的出现这样的错误信息：/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 答：假如你有 Materials Studio 3.1 的 IS
10、O 版本以及 licene.dat。在 linux 机器上的用户名为 firefox。下面是安装 Materials Studio3.1 linux 版本的步骤1、假定把 Materials Studio3.1 的 iso 文件 mount 到/home/firefox/ms 目录，切换到 root 帐号下，然后用下面的命令如下：mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms 2、文件 mount 上去后，退出 root 帐号，回到 firefox 帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX 目录，运行下面的
11、：./Install3、开始按提示安装了1） 、指定你要 Materials Studio 安装到的目录，比如/home/firefox/MaterialsStudio2） 、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选上3） 、然后指定你 License_Pack 所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack 目录中，那么先建立这样的目录：mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack接着按提示 Enter。开始安装 Licens_Pack 了。4）
12、 、下面把你所得到的 licene 文件 msilic.lic 拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses 目录中，并改名为msilicense.dat。5)、把 /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat 完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本安装好了。下面就是把 gateway 运行起来。4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway 目录，运行下面的命令：./msgateway_control_1
13、8888 start提示说 Gateway start succeeded - running as process xxxx。后，就启动成功了。5、在 ie 的地址栏输入，http:/127.0.0.1:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块基本就安装成功了。(注意之处：不要用 root 安装它)。7、问：我想对 NaYF4 的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算?如果有 NaYF4 的结构的话,请分享一下. 答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库 ICSD 查询，如果查到，直接导出来就
14、可以用 ms 算了电子云分布算一下电子密度就可以了可以用 dmol 和 castep如果要某个轨道的电子云，dmol 算 homolumo 上下若干个轨道castep 算能带最后那 visulizer 看电子云密度图就 ok 了 8、问：各位高手请教一下用 demolJ 计算分子轨道怎么看 HUMO,LUMO 图，其中的黄色蓝色代表什么啊，谢谢了答：dmol 计算的时候选择 properties 里面的 orbitals把 homo 和 lumo 选上然后计算，算完以后打开 analysis 对话框选择 orbitals，就看到你算的 homo 和 lumo 了，然后 import 就在模型中
15、可以看见 homo 和 lumo 了 9、求助有 MS 并行计算经验的朋友解答一下 我虽然在 LINUX CLUSTER 并行成功了，但是并行的时候 CPU 计算利用率很不均衡也不稳定有时候 100%有时候 0%而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在 LINUX 中的进程名换了一次之后 CPU 使用就开始出现不均衡的情况，有一个 CPU 90%+，别的都是 2-5%的样子进程处与 sleeping 状态只有那一个 CPU 在 RUN另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是 CASTEP 模块，K 点数是CPU 数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节 K 点数目，不均衡不知道是不是算能带
16、的时候导致 K 点在每个 CPU 上分布不均造成的还想问一下 我各个节点都是同一个交换机下的机器，NFS 的效率如何评估 答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足 ,会造成你说的现象 B、所有节点空闲内存都在 50%以上啊，发现只有一个节点的 CPU 占用的厉害 别的不超过 10% C、你选用的几个 cpu 进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因 ,如果不是一个,而是选择几个 cpu 进行计算,那么应该是节点之间的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了10、问：CASTEP 能算 pdos 的自旋情况吗 答：可以计算体系的自旋态密度alpha 和 beta 分别为自旋向上和自旋向下
17、total spin 是总自旋计算的时候必须把自旋极化spin polarized 选上才能画自旋态密度 11、问：大家帮忙看看这是什么问题我再用 demol 计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示Error: SCF iterati* not converged in 50 iterati*Message: SCF not converging. Choose “Use Smearing“ on DMol3 SCF panelor set “Occupation Thermal“ in the input fileYou may also need to change spin
18、or use symmetryResubmit DMol3Message: DMol3 job failedError: DMol3 exiting请教高手这是什么原因啊? 答：SCF not converging. Choose “Use Smearing“ on DMol3 SCF panelor set “Occupation Thermal“ in the input file无法收敛，加大计算步数。你错误的原因是体系在 50 步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到 100系统提示你改变“Use Smearing“和“Occupation Thermal“ 的设置参数(这两个
19、参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对称设置来试一试。不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3 calculati*electronic 标签下More 选项 SCF 选项，中 Max. SCF Cycles 加大，最多1000 圈，如果 1000 圈收敛不了就用方法二，加大 smearing在 SCF 标签下把 orbital occypancy 下面的勾打上，然后设置 smearing设置重小到大逐渐增大，smearing 如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。 做 MS 计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是 smeari
20、ng 慢慢变小，这样容易收敛些。12、新手请教几个不专业的问题1.(1x1)CO 中(1x1) 是什么意思？2.态密度、能态密度和电子态密度的区别？3. K-resolved 是什么意思？4.如何在半导体上建金属表面？5.如何翻译？supercell geometrythe Vienna ab-initio simulation package (VASP)the generalized gradient approximationthe plane wave expansionstructural relaxati*a tight-binding linear muffintin orbit
21、al (TB-LMTO) methodthe TB-LMTO methodthe principal-layer Greens function techniquethe K-resolved transmission6K-resolved DOS at the Fermi energy 这句话怎么理解啊？7用 MS 能不能计算一个体系的电导？如何去算？ 答：1. (11) 表示的是表面的构型，22 是(11)的四倍，也就是 x 和 y 上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数 a 和 b，c 轴与表面方向平行，c 的大小取决于原子层和真空层厚度2.应该是没有区别，可能是称呼不同而已。3.不清楚
22、什么意思4. 用 ms 里面的 layer builder 构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过 layer builder 构建的5. supercell geometry超胞结构the Vienna ab-initio simulation package (VASP) 维也纳从头算模拟软件包the generalized gradient approximation广义梯度近似the plane wave expansion平面波展开structural relaxati*结构弛豫a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO
23、) method紧束缚线性丸盒轨道the TB-LMTO method紧束缚线性丸盒轨道方法the principal-layer Greens function technique？the K-resolved transmission？6.不是很清楚，没有上下文7 先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：Georg K.H.Madsen, David J.Singh. Computer Physics Communicati* 175 (2006 6771.Philip B. Aleen ,Warren E.Picke
24、tt, Henry Karkauer. Physcical Review B 37 (1988) 27212726. 13、请问： 在用 CASTEP 计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？答：降低对称性，再 DELETE 一个原子就可以了 在 build 下的 symtrey 有 make P1 不是降低对称性，是构建超胞make supper cell然后就可以删去一个原子了正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响可以建大一点的超晶胞(比如 222 超晶胞) 然后删掉一个原子，这样比较合理，毕竟缺陷浓度是很低的。 14、求助 MS 是否可以做原子数在 10-20
25、个左右的簇合物的结构模拟我想得到一些原子数在 10-20 个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。MS 里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。答：A、可以，dmol 模块可以达到你的要求 B、感谢楼上各位。不过我琢磨了半天，好像无论是 Gaussian 还是 MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。我想做这样一件事： 已知原子数为 10 的构型，第 11 个原子任意放置，然后程序自动变化第 11 个原子
26、的位置，甚至变化 11 个原子的位置 （既第 11 个原子对其他 10 原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，15、ms discover 停电后如何处理ms discover 算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了重开机，启动 ms，提示有任务非正常关掉，载入 auto recover，job explorer里面还显示未算完的任务，server c*ole 打不开，无法查看是否正在算查任务管理器，没有找到 discover.exe 进程，只有 msstudio 的进程，而且cpu 占用高手动停止 job，然后从
27、 discover 的 dynamics 模块下选中 use restart result，但是结果显示完全从头开始算没钱买 ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算谢谢答：如果你在 dynamic 中 trajectory 的选项里 save 选择了 full，那么在重启动时，在 restart 选项里，选中 use restart date 选项，就可以了。 16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题请教各位一个问题，在 MS 的 Dmol3 下计算能量，在分析里查看 HOMO 和LUMO 轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的
28、是黄色和蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？还有一般用 HOMO 和 LUMO 轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(-)派 -派跃迁就是 3.1415926 所代表的那个希腊字母，这里不知道怎么输入。还有（-)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？答：A、其实两种颜色的电子云不是代表 homo 和 lumo 的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。分子轨道对称性守恒原理
29、认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属于同一个不可约表示。如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。 （意即温和加热就可进行）如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行） 。如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光照就可使其进行） 。若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行） 。 17、请问 MS 计算能带的问题由 CASTEP 或 DMol 计算得到的能带，要看能
30、带的带系宽度，是怎样看？是默认费米能级为 0 吗？那就是只看 0 附近的宽度吗？ 答：A、0 两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙 B、我没有仔细的看过 castep 的能带，但是看过课题组的人做过报告。我印象中，对于非金属，castep 的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。至于有的说 dos 看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。另外对于 dmol 来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有 gap，要从homo-lumo 的差值去算 gap C、横轴是布里渊区的高对称点，与
31、晶体的对称性有关纵轴表示能带的能量。带隙可以分成直接带隙和间接带隙直接带隙就是 0eV 上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如 G，X、R 点等) 之间的能量差。间接带隙就是 0eV 上能量最低的能带上的最低点的能量值减去 0eV 下能量最高的能带的最高点的能量值。 18、什么是 Overlap populati*？在一篇文章上看见?Table 2 Bond distances (A? ) and Overlap populati* (/E/in brackets) TiO2 TiO2/Sn6c TiO2/Sn5c TiO2/Sn6-in TiO2/Sn5-in ObMe6c 1.831 (
32、172) 1.963 (220) 1.83 (165) 1.831 (172) 1.832 (171) OpMe6c 2.066 (86) 2.107 (32) 1.989 (64) 2.070 (84) 2.069 (83) OpMe5c 1.938 (122) 1.912 (114) 1.995 (139) 1.988 (123) 1.933 (120) O1Me6c 2.065 (86) 2.165 (86) 2.097 (117) 2.072 (115) 2.086 (119) O2Me5c 1.853 (130) 1.854 (119) 2.006 (122) 1.865 (134)
33、 1.890 (112) O1Me6-in 1.936 (160) 1.950 (142) 1.983 (163) 2.056 (177) 1.968 (161) O2Me5-in 1.968 (83) 1.961 (84) 1.950 (96) 1.976 (86) 2.047 (90) 请问 Overlap populati* 是什么？如何得到的？ 答：A、Overlap populati*重叠布居 CASTEP 计算性质时的 population 选项可以算 B、重叠布居相当于键级的概念一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强0 表示纯离子键。负值表示反键。主要用于定性分析。不同
34、的赝势、泛函计算的结果可能有差别 19、请教一下这些数据在那？您能把您算过的这部分给贴上来吗？CASTEP 计算性质时的 population 选项这个我已经算了但是我找不到它在那谢谢 答：CASTEP 中计算的时候选择 properties 里面的 population analysis 下面的bond population 计算得到的结果除了有 atomic population 以外还有就是 bond population 也可以叫 overlap population 在.CST 或者 .CASTEP 文件最后部分。 20、用 MS 需要什么样的配置？谢谢！老师打算买一台新的电脑做计算
35、，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！ 答：A、双核 至少奔 D 2.8GHz 1G 内存高分子结构 最好准备买服务器！ B、楼上的，没那么夸张吧？CPU 好像用不太多啊，一般的 30-60 原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比 P2.8 快多少啊？你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。 。 。内存大些倒是真是，应该需要 2G 也不嫌多的！ C、我觉得看你做什么体系你如果做简单的分子体系用 demol 可以解决的谱图电脑夜可以的如果算晶体那必须是搞配置的机子D、关键是 cpu，内存，和硬盘ms 计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了要速度的话 cpu
36、双核可能没有单核快，因为并行效率在 windows 下好像不是很高内存大是必须的，2G 基本上可以，如果 4G 更好，反正现在内存也不是太贵尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。_ 21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify-C*traints”实现的吗？如何实现？答：就是用“Modify-C*traints”步骤：第一：选择要加限制的原子第二：打开 c*train 对话框第三：设置固定 XY 方向不考虑弛豫，实际上就是在 x 和 y 方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可 22、问：与计
37、算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU 利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出一个点，而且 job explorer 显示是 running,不知道怎么回事？答：与计算速度有关的因素：cpu 速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。不知道你是用 winxp 版本还是 linux/unix 版本如果是 winxp 版本，可能 cpu 是双核/双线程的，你交作业的时候选择单 cpu没有选择用 2 个 cpu，所以 cpu 利用率大概在 5023、请问我在 CASTEP 中计算掺杂后的模型，能用 Reflex 模块中 XRD 在计算吗？我直接将 CASTEP 中
38、的.xsd 文件激活后使用了 Reflex 结果感觉很不对。向各位请教！谢谢 我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？答：新建一个文件，导入数据库中的 FeS2（pyrite）在 reflex 里面选 power diffraction 设置 xrd 谱图的范围，靶的种类等等点 caculate就 ok 了 24、问：如何将 MS 的 car 文件装换为 xyz 文件， 坐标比较多。答：利用 MS 的 Export 输出为 mol 格式的文件然后利用 Hyperchem 打开上面的输出文件另存为 xyz 文件即可25、Dmol 计算
39、的频率如何看明白啊？偶用 Dmol3 算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help 里好象没有啊。不知道有这方面的文献吗（中文最好）？请高手们指教啊！答：性质中频率是算声子的。最后给出的振动模式 vibrational mode输出文件主要看 outmol 文件，文件最后部分有振动频率的数据如果不是周期体系，且假设体系有 N 个原子，则给出 3N6 个振动频率其中正值表示稳定振动，负值（虚频）表示不稳定振动，即振动将导致体系能量下降如果是晶体则有 3N 个振动频率，其中有 3 个为刚性振动，频率接近 0，表示所有原子沿着相同方向振动。除了振动频率的
40、数值（振模频率） ，还有振动的本征矢，每一个频率对应一组本征矢，本征矢表示原子的振动方向（x，y，Z）和幅度。当发现晶体具有虚频的时候，那么原子按照本征矢方向振动，体系能量下降，会导致结构相变发生。注意，dmol 振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑 LO 和 TO 分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区 G 点的振动频率，而不能计算其他点的振动频率。完毕 26、问：在计算的过程中 CPU 利用率变为 0，重启以后任务还显示再计算，单 CPU 利用就是 0，再开始新的任务利用率就不是 0 了，这是为什么？怎么解决阿？谢谢了！答：虽然软件界面显示在 run，但此乃假象也！cp
41、u 为 0 肯定是没算了。之所以还显示在算，主要原因是你的内存可能不够用了，电脑不能正确反应实际情况而已。正常现象，如果交个作业，然后把进程杀了，还显示正常运行，但是运行无法结束也没有结果。所以看作业是否运行，不单单得看网关的运行状态，还得看cpu 的利用率还有两种可能第一：就是算完了，网关的内容却没有下载到本地目录。比如，交一个作业到服务器，算完以后，服务器的 cpu 利用率变为 0，然后由于网络原因，服务器数据往回传输的时候突然断网，这样可能数据就无法传回来了由于传送指令发过一次以后，服务器相关的数据目录就发生变化，因此，在网络好的时候选择 achieve，可能数据仍是不完整的。第二：交完
42、作业以后，网络就断了，在这个过程中作业因很多原因死了，cpu 利用率为 0，此时如果网络好了，在连接服务器，状态不是完成状态，所以可能一直是 runing 状态，因此不会有结果。如果服务器和客户端是一个机器，也可以发生第二种情况。 27、请问：在 CASTEP 计算中，k point 设置不同，对计算结果有什么影响？k point 设置表示什么？如设置为 4 乘 4 乘 4，和设置成 9 乘 9 乘 6 有什么不同，区别在哪？答：很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查 k 网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更
43、精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很少的 k 点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如 40-60 个）的绝缘体，可能仅需要一个（移动后的）k 点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个 k 点以获得好的 DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在Gamma 点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z方向上有 1 个 k 点。甚至可以增加晶格参数 c，这样即使对精细格点，沿 z 方向上也只产生一个 k 点（产生 k 点后，不要忘记再把 c 改回）。k 点主要是用来积分计算用的例如对于连续的波函数，实际
44、的计算是无法采用基于函数的表达式进行计算，而是基于离散数据进行计算，所以需要将空间进行划分，如果空间中的离散点划分得越细，那么最后通过数值积分得到的结果就越接近体系的真实情况，如果空间的划分越粗糙，计算的结果越不准确。k 点面实际上就是在倒易空间按照 a，b，c 三个方向进行划分因此用三个数值表示 k 点面，第一个数值越大，说明沿着 a 方向的数值积分点数越多，计算精度越高。在实际计算中，需要进行测试，一般是逐渐增加 k 点数，计算能量收敛曲线。对于表面相关计算，k 点面中第三各数值往往取较小，一般为 1 或 2，就是不考虑 z 轴方向上的周期性。28、请教：运行 DPD 模块，如果运行了 1
45、000 步，结束后，想继续运行下1000 步，怎么办？是要重新 setup 中，设定 2000 嘛？有办法让他在 1000 步基础上继续运算嘛？答：Restarting a DPD runAt the end of a DPD run and at specified intervals during the run, DPD saves a restart data file, .Dpd_rst. This file is downloaded at the end of the run and contains the positi* and velocities of all the b
46、eads. It enables you to restart the simulation from part way through or at the end of the previous DPD run. To restart a simulation1. Select the mesoscale trajectory document from the run you wish to restart. 2. Choose Modules | DPD | Calculation from the menu bar. 3. Load the parameters from the ru
47、n you wish to restart, by double-clicking on the associated Settings file in the Project Explorer. 4. Check Restart. 5. On the Setup tab, choose whether to Reinitialize averages. 6. Change the length of the run. Note. The time step counter is not reset between simulati*. Therefore, the restarted DPD
48、 simulation will run for the Number of steps specified on the Setup tab less the number of steps already completed. 7. If desired, specify new output opti*, simulation conditi* and interaction parameters. 8. Press Run. Note. The Restart checkbox is enabled only if a restart file is present. However,
49、 this file cannot be seen in the Project Explorer window. You can use the Windows Explorer to verify that the file exists. Note. When you restart a simulation you can modify some parameters such as the length of the run, output period opti*, simulation conditi*, interaction parameters, etc. However, others, such as simulation cell siz
