1、Schrodinger/Glide，,向秋萍 2014-9-10,一、蛋白准备流程：,1、在准备蛋白(prep wizd)的文件下，检测修补缺失原子残基，单击 Add Missing Side Chains 就可以添加缺失的原子,2、选中Alternate Position 选中一个残基，然后点击Next Position 就能看到残基的不同位置，单击Commit 即选中了该残基的位置。,3、若一段loop区都没有结构，可能需要同源模建（或预测）方法构建完整的蛋白(在applications 对话框下),1）选择要重建的蛋白（完成后点next）,2）选择同源模建的模板蛋白（点击next）,3）
2、两个蛋白的相似度,4）选择建模（build model）,5）结果,4、若蛋白为多聚体，取单体查看相互之间的（微小）差别，保留一个做分子对接用。（如果一个复合物为多聚，在Review and Modify(必须在Process完成之后) 中可以选择删除多余的残基）,5、在Review and Modify中点击Generate state 可以计算原子的能量，已选择最低能态,6、注意多个蛋白晶体结构时，叠合以便比较小分子位置。叠合常见有两种，一是全原子叠合，二是选取口袋周围几个残基叠合。,1）是全原子叠合，在按照左图操作后，会弹出右图的对话框，在 Reference residuces 中选择
3、all 就会把整个蛋白全部叠合2）在 Reference residuces 中选择其他选项，就可以选择优先叠合不同的残基及其他。,二、小分子准备,小分子需要一定的格式，比如mol2，SDF，pdb，mae等。（以nedit/emacs/vi/more等命令查看各个文件的差别，XYZ坐标，电荷，键连信息，终止字段，分子名字段等等）小分子键型、手性、质子化状态等要仔细检查,1、用nedit命令：（用其他命令也大致一样）,A）mol2:分子的文件名4o74_ligand、原子个数、键的个数、XYZ坐标、键连信息、终止字段、小分子键型,XYZ坐标 小分子键型,键连信息,终止字段,B) SDF:分子的
4、文件名3MXF_ligand，XYZ坐标，键连信息，终止字段,XYZ坐标,键连信息,终止字段,C) pdb:分子的文件名：3MXF_ligand，XYZ坐标，键连信息，终止字段,XYZ坐标,键连信息,终止字段,D) mae:显示了分子的文件名：3MXF_ligand，分子名3MXF.1_ligand1；XYZ坐标，电荷，键连信息，终止字段,分子名字,键连信息,终止字段,XYZ坐标 小分子键型,2、从maestro里面extract/split前要先叠合大分子，这样将来对接的小分子可以与原来的晶体结构比较。,大分子叠合,3、小分子可以从头画，可以chemdraw转，可以ZINC下载；可以通过2d
5、-sdf经corina软件(收费)转换，或Openeye/Omega(教育版是免费的，还没申请好)；meastro里面也有2d转换3d的模块ligprep等。4、小分子可以单个文件形式，可以是多个单个文件，每个文件里面有一个分子。但经常以多个分子的一个文件形式，注意“分子名”和“文件名”的异同。,三、对接评价,1、评分2、与原晶体结构的小分子RMSD比较3、考察（1）（2）的准确性和速度。,1）如何计算小分子对接前后的RMSD？ 在蛋白准备完成以后，从maestro里面split把小分子从晶体中分离出来，这样在分子对接时在Ligand Docking 对话框中选择Output 中的Compute RMSD to input ligand geoetries . 这样在对接结果table 中就可以看到rmsd 值。如下图所示：,2）如何计算大分子叠合的RMSD值？（3mxf 、4o74）在蛋白叠合之后就会弹出下面的对话框，告诉你叠合的rmsd 值：a）整个晶体全叠合,b）选中氨基酸残基叠合,4、如何计算ROC，如何计算“富集率”？,
