1、作者: 御剑江湖 收录日期: 2011-03-31 发布日期: 2011-03-24Commands描述了 lammps 输入文件的格式和在定义lammps 模拟所需要的命令.1.1 LAMMPS input script我们用 lammps 做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps 在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况 , lammps 输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下几点:(1) lammps 并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相
2、同的.timestep 0.5run 100run 100和run 100timestep 0.5run 100(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用 group 命令定义哪些原子属于这个组才行.(3) 还有一种情况就是: 命令 B 要用到命A 设置的一些数值, 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序.每个命令的详细介绍中的 Restrictions 部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义.如果你的输入文件书写的格式有问题, lammps 在执行的时候会提示 ERROR 或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到
3、手册的第九章中查询原因.1.2 Parsing rules输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令. lammps 中命令的书写是对大小写敏感的, 不过一般的命令和参数都是小写的, 大写字母用于极少数的情况.(1) 命令行后的 the 1d rate iswithout (just the 1d FFTs).在 GPU（图形处理单元）上的运行三、指令系统介绍（*）一般来说指令的顺序并不重要，胆在以下几种情况中必须注意：1 LAMMPS 并不是全部读完所有指令才执行，而是读一行执行一次，因此下面的两组语句是不同的：timestep 0.5 以下的两个模拟其步长均为0.5 fmsecrun 100
4、run 100run 100 第一个模拟采用缺省值步长为1 fmsectimestep 0.5run 100 第二个采用步长为0.5 fmsec2 某些指令只在其他指令之后才生效，如要得到系统温度必须先进行各种定义3 若 A 指令在 B 之前，B 可以引用 A 定义的变量四、语法规则在 LAMMPS 中要区分大小写，一般指令名称用小写字母，文件及用户定义 IDStrings 用大写。LAMMPS 对每行语句的语法要求如下：1 当语句太长一行放不下时，在语句一行结束的时候输入字符 “” 表示下一行的语句接着上一行继续。2 在#之后输入的字符认为是评论语句，是无用的，但有例外3 紧跟在$后定义变量
5、（之前讲过）4 单词间用空格隔开5 第一个词为指令名，接下来的字母全都为自变量（arguments）6 If you want text with spaces to be treated as a single argument, it can be enclosed in double quotes五、输入的语句结构一个普通的 LAMMPS 程序通常由以下四部分组成：1 初始化2 原子定义3 设定4 进行模拟初始化阶段：设定所需参数，相关各项命令，引入所需的力场参数相关命令介绍：1 units command语句形式：units style style = lj or real or me
6、tal or si or cgs or electronExamples:units metalunits lj该语句定义了单元类型，除了 LJ 类型，其他物理常量来自于某网，定义实际单元的热能=4.184J。而在 LJ 类型中，所有变量都是无单位的（参考陈义龙的论文） 实际量换算成简化单位量有系列公式。以下列出了换算关系及其它各种类型中所使用的标准单位。This command cannot be used after the simulation box is defined by a read_data or create_box command.缺省状态默认为 LJ 类型2 语句形式：dimension N N = 2 or 3 例如： dimension 2一般缺省为3d 模拟，2d 模拟的话要在建立simulation box 之前进行设定（其余省略）
