1、Mo t h u r 使 用 介 绍 （ 三 ）- - - 样品 间 O T U 组成的相似性 - - - 如何 gr ou p ？作者 ： 杨海 水单位 ： 浙江大学生命科学学院生态所E - ma l i l： y a n g h a i sh u i g ma i l . c o mQ Q : 5 4 4 8 3 4 6 6 1第 一 步 ： g roups 文 件 的 制作 ：（ 1 ） 有 A , B , C 三个样品 ； 将测 序的 DNA 分别保 存为 A .fas ta , B . fas ta , C. fas ta ;（ 2 ） 将 m o thu r 软 件与此三 个文件
2、放在同一 文件夹 下 ：（ 3 ） 点开 m othu r ， 输入指 令 ：m ak e.gr oup ( fas t a = A .fas ta - B .fas t a - C. fas ta,g r oup s = A - B - C)( 4 ) 回 车 ； 输 入 gr oup s 文件 A .B .C.g r oup s第 二 步 ： 将 所 有 的 序 列 整 合 进 一 个 文 件 ， 然 后 做 比 对 (a l i g n m e n t) ，保 存 成 fa s ta 格 式 ： ABC . f a st a第 三 步 ： 按 O T U 分 类 步 骤 一 直 到 选
3、择 代 表 性 序 列 这 一 步 （ mo t h u r 使用简介 修订版里有详细介绍 ）d i st . se q s cl u st e r b i n . se q s g e t . o t u re p第 四 步 ： 在 g e t. o tu r e p 这 步 ， 进 行 g r o u p ； 输 入 指 令 ：ge t . o t ure p(ph y l i p = A BC. ph y l i p . d i s t , fa s t a = A BC. f a s t a ,l i s t = A BC. ph y l i p . fn. l i s t , group = A . B. C. groups )O T U 序 号O T U 包 含的 序列数样 品来源
