1、外文摘要信息获取,南方医科大学医学情报学教研室 张政宝 Tel: 020-61648054 E-mail: ,一、常用外文摘要数据库 二、认识PubMed文献 三、PubMed检索特点（重点） 四、PubMed基本检索功能（重点） 五、PubMed高级检索功能（重点） 六、PubMed检索结果的处理 七、PubMed主题词检索 八、MyNCBI个性化服务,外文摘要信息获取,一、常用外文摘要数据库,常用外文摘要数据库,PubMed EMBase Engineering Village 2 Web of Science Scopus BIOSIS Preview SciFinder Scholar
2、,PubMed概况,网址：http:/pubmed.gov (com; org; net) 由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine - NLM）国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information - NCBI）向因特网用户提供免费MEDLINE检索服务(自1997-6-26起),收录80多个国家5000多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库。 现有1865年以来的2000多万篇文献的记录(其中MEDLINE记录1830多万条) 最近3年平均每年增加80余万条文献记录 在全部记
3、录中有78%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊60余种（我校学报被收录） 。,PubMed概况,PubMed的外部链接功能,提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。 提供美国国立医学图书馆多种资源的链接 提供相关文献（RELATED ARTICLES）的链接 提供其它外部资源的链接，如生物医学期刊网站全文链接、NCBI资源。,外部链接,二、认识PubMed文献,检索练习与演示,问题：砒霜是什么？有什么特点与作用？ 砒霜（三氧化二砷，白砷）：arsenic
4、trioxide, white arsenic，As2O3 利用PubMed数据库检索有关砒霜的文献,作者AU,题名TI,来源SO,PubMed记录类型（状态）,PubMed题录,PubMed记录类型（状态）,PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献记录按处理过程分4种类型（或状态）,三、PubMed检索特点,PubMed检索特点,检索运算符AND、NOT、OR必须大写。 (vitamin c OR zinc) AND common cold 支持截词检索（*），但对词组无效。 如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最
5、多600个单词。 截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。,PubMed检索特点,强制检索：双引号“ “或限定字段“endocrine disruption“endocrine disruption 注意：所有的 “ “ 、*、 ( )、- 都必须是英文状态下输入。,PubMed常用字段,Affiliation AD （机构地址） Author AU（作者）：姚开泰（yao kai tai yao kt, yao kaitai yao k）；tan jau 与 “
6、tan j“au 不同 Language LA（文献语种）：chinese la 或 chi la （前3个字母） MeSH Terms MH（主题词）：自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使用mh:noexp,PubMed常用字段,Publication Date DP （出版日期）：1998/03dp; 1998dp; 1996:1998dp; 1998/01:1998/04 dp Publication Type PT（文献类型）：reviewpt Title TI （文献题名） Text Words TW （文本词） ：包括Title, Abstract, MeSH Terms, Me
7、SH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段 Title/Abstract TIAB （题名与摘要）,检索练习,检索珠江医院医护人员发表的论文（zhujiang hospital; zhu jiang hospital ） 检索珠江医院肝胆外科方驰华教授发表的论文 检索珠江医院医护人员2005年以来发表的英文论文,四、PubMed基本检索功能,检索练习与演示,2000年10月4日美国食品药物管理局（FDA）批准以砒霜（三氧化二砷）治疗某种类型的白血病 用砒霜治疗的白血病名称是：acute prom
8、yelocytic leukemia（APL，急性早幼粒细胞白血病） 砒霜(三氧化二砷，白砷)：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3 利用PubMed数据库检索有关砒霜治疗白血病的文献,自由词检索,在检索框中键入一到多个单词，如键入： vitamin c AND common cold hepatitis b AND (diagnosis OR therapy)检索词可出现于PubMed各记录中的标题、摘要等全部可检索字段。,自由词检索,自由词检索,检索细节（Search Details）,转换后的检索式可进行修改,常用过滤器（Filters）,用于对检索
9、结果作进一步限定 文本获取（Text availability）、出版日期（Publication dates）、物种（Species）、文献类型（ Article types）、语种（Languages）、年龄（Ages）、性别（Sex） 、文献子集限定（Subsets）、期刊类别（Journal categories）、检索字段（Search fields） 各种过滤器可以单独或组合使用,在左侧点击勾选所需过滤器，检索结果下方同时提示已激活的过滤器，检索结果相应发生变化。,每次检索可以选择多个过滤器。再次点击已勾选的过滤器将取消该过滤器；如需取消全部过滤器，可点击“Clear all”。如
10、不取消，将对后续检索一直起作用。,点击“Show additional filters”可选择需要在左侧显示的其他过滤器。,作者检索,检索时姓用全称，名用首字母。2002年以来的文献可以用姓名全拼形式查找。 作者姓名书写格式 1. 西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name。 美国肯尼迪总统名为： John Frank Kenedy，Kenedy为Last name（姓）。 Frank为Middle name，比较少看到，多看到 John F. Kenedy，中间名缩写了。 如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如： Kenedy, John F.
11、,作者检索,作者姓名书写格式 2. 中国人姓名格式：Last name、First name。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索： Shi-zhen Zhong； Shi zhen Zhong Zhong shi-zhen； Zhong，shi zhen Zhong，shi-zhen zhong sz Shizhen Zhong，zhong shizhenzhong s,期刊检索,检索时可输入期刊全名，如：molecular biology of the cell，系统自动转换为”mol biol cell” Journal Name；也可输入期刊标准缩写形式（如：mol biol cell
12、）或期刊的ISSN（国际标准出版物编号，如：1059-1524）。 如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH词表中的词，如Gene Therapy、Science、Cell等，则必须在刊名后加ta（期刊名称字段标识符），也可使用so。,期刊检索,如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以取消，例如杂志名为：J Hand Surg Am，检索时应转成：J Hand Surg Am。 中文期刊，用汉语拼音： Nan fang yi ke da xue xue bao Beijing da xue xue bao Zhonghua nei ke xue za zhi,五、 PubMed高级检索功能,
13、高级检索,高级检索,检索史中的检索式序号可代替检索式参与逻辑运算,检索举例,姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽癌（nasopharyngeal cancer）方面的文献 分析姚开泰， 2001年以前， nasopharyngeal cancer,六、PubMed检索结果的处理,检索结果的处理,显示格式 (Display Settings) 结果排序 (Display Settings - Sort by) 保存为本地文件（最多10000篇）(Send to File) 临时存放至剪贴板 (Send to Clipboard) 保存为个人资料集 (Send to Collections) 发
14、送至电子邮箱 (Send to E-mail),（一）显示格式设置（Display Settings）,显示格式Abstract格式,显示格式MEDLINE格式,导入NoteExpress等文献管理软件的必选格式,（二）将检索结果保存为本地文件,（三）检索结果临时存放至剪贴板(Clipboard),将每次选中的检索结果暂时保存至此 最后集中处理（下载存盘或发E-mail） 最多500条记录 断开连接后仍可保存8小时,选取记录，将记录发送到Clipboard,记录保存到Clipboard后有提示信息,在Clipboard中查看保存的记录,在检索历史中显示Clipboard操作历史,（四）将检索结
15、果发送到邮箱,七、PubMed主题词检索,MeSH (Medical Subject Headings),PubMed记录中的医学主题词(MeSH)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词。 例：ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c则不是。 标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词。,PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词 用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)leukemia 同义词：tumor(s), tumou
16、r(s), cancer(s),neoplasm(s) neoplasms,MeSH (Medical Subject Headings),MeSH词独有特征,主要MeSH词(MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of the article (*) 次要MeSH词 扩展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms 副主题词(SUBHEADINGS),SubHeadings 副主题词,对一个主题词的多个方面进行修饰限定的词，又称限定词。 目前有83个副主题词
17、 并非每个主题词都能和83个副主题词组配。,主题词等级排列，检索时可以将包含其下位词的文献都检索出来。,一个主题词可以同时处在不同类目下。,可选用的副主题词,检索有关糖尿病（Diabetes ）流行病学方面的文献。,第一步：输入检索词。,第二步：确定主题词,第三步：确定副主题词,第四步：发送到检索框并检索,检索结束,八、MyNCBI个性化服务,MyNCBI个性化服务,存储检索式，定期发送最新相关文献。设定检索过滤器，使检索结果更加个性化。存储检索结果文献。,注册My NCBI账号,注意大小写,1. 存储检索式,2. 设定检索过滤器,每个账号可对PubMed设置15个过滤器，对其他数据库可设置5
18、个过滤器。,查找可设定的过滤器,可自行定制过滤器,查看设定的过滤器,3. 存储检索结果文献,检索练习,1. 2000年以来钟世镇院士有关三维重建的论文。(Zhong Shi Zhen, Zhong Shi-Zhen, Zhong Shizhen; three-dimensional reconstruction, 3D reconstruction, three-dimensional modeling) 2. . 检索南方医院发表的有关白血病方面的论文。( nanfang hospital, nan fang hospital; leukemia ) 3. 最近半年有关儿童白血病治疗方面的英文综述。 (child, children; leukemia; therapy) 4.利用主题词检索1998年以来有关80岁以上老人胆石症诊断方面的文献。( cholelithiasis; diagnosis ),
