1、DNA序列测定,末端终止法-待测单链DNA 模板 引物 四种dNTP(其中一种用32P/35S标记) 终止剂(ddNTP) DNA聚合酶 Sanger发明:两次获得诺贝尔奖 分别得到ddA ddT ddG ddC结尾的片段,测序过程: 1.模板与引物杂交 2.引物的延长和合成阻断 四个试管分别加入 DNA聚合酶 dNTP 标记底物 终止剂不同 ddA ddG ddC ddT 四个试管中所有产物是一系列长度只差一个核苷酸的聚合链 3.电泳 ACGT次序 高压电泳 4.放射自显影得到直读图象,第十章 核酸分子杂交技术,概念:具有互补序列的两条核酸单链在一定条件下,按碱基配对原则形成双链的过程。 探
2、针 待测核酸 杂交分子 核酸分子杂交的基本原理 核酸分子杂交的基本方法 探针的标记,核酸分子杂交的基本原理,DNA变性 方法 热变性:90100 酸碱变性:常采用碱变性 化学试剂变性:尿素、甲酰胺、甲醛等 特点:粘度增加、密度增加、增色效应、溶解温度(melting temperature,Tm) DNA复性或杂交(hybridization) DNA/DNA,DNA/RNA,RNA/RNA等,影响杂交的因素,核酸分子的浓度和长度 浓度大,复性快;分子量大,复性慢 温度 离子强度 杂交液中的甲酰胺 核酸分子的复杂性 非特异性杂交反应 预杂交:封闭非特异性杂交位点,用鲑鱼精子DNA,分子杂交的基
3、本方法,Southern 印迹法 Northern 印迹法 斑点印迹杂交 原位杂交 Western 印迹法 液相杂交,bp 1534 994 695 515 377 237,A B C M,Southern 印迹杂交,1975年,英国Southern创建 DNA/DNA杂交,即将DNA电泳、转印到固相支持物上,用探针进行检测的方法。,Southern 杂交(Southern bloting)的主要步骤,待测DNA样品的制备、酶切 待测DNA 样品的电泳分离:琼脂糖凝胶电泳 凝胶中DNA的变性:碱变性 Southern转膜: 硝酸纤维素(NC)膜、尼龙膜 毛细管虹吸印迹法、电转印法、真空转移法
4、探针的制备Southern杂交 杂交结果的检测,Northern 印迹杂交(Northern bloting),检测RNA(主要是mRNA)的方法 与Southern杂交的不同 靶核酸:RNA RNA电泳 转膜:不需变性,斑点印迹杂交(dot bloting),将RNA或DNA变性后直接点样于NC膜或尼龙膜上 优点:简单、快速、可同时检测多个样品,原位杂交(in situ hybridization),将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交,称为原位杂交。 特点 能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究 不需从组织或细胞中提取核酸,对含量极低的靶序列灵敏度高 能准确反映组织细胞的相互关系及
5、功能状态,核酸原位杂交的基本步骤,细胞或组织的固定:载玻片 组织细胞杂交前的预处理 用去垢剂或蛋白酶除去核酸表面蛋白质 探针的选择和标记 杂交 杂交结果检测,Western 杂交印迹法(Western bloting),检测蛋白质,即将电泳分离的非标记蛋白质转移到固相载体上,用特异的抗血清对蛋白质进行鉴定及定量的方法 主要步骤: 蛋白质样品的制备 SDS-聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳 蛋白质的电转移:NC膜 靶蛋白的免疫学检测 靶蛋白于第一抗体(一抗)反应 与标记的第二抗体(酶标二抗)反应 显色反应:酶促反应,液相杂交,核酸分子与核酸探针存在于杂交液中 RNA酶保护分析法 核酸酶S1保护分析法,探针的标记,探针的种类 cDNA 探针、基因组DNA探针、寡核苷酸探针、RNA探针 标记物 核素标记物(同位素标记):32P、35S、3H等 非核素标记物(非同位素标记):生物素、地高辛、荧光素等,探针标记方法 缺口平移法(nick translation) 随机引物法(random primer):六核苷酸残基的引物 PCR标记法 末端标记法 探针的纯化,