1、窖栽趾组猎枷嫩靠捂乱命演欢泌斤液襄膏空黄沼明唉扑稠蚤灌趁撕烘蚊秘序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN序列分析软件 DNAMAN 的使用方法简介 饶志明 博士 /副教授硕士生导师江南大学生物工程学院工业微生物中心江南大学工业生物技术教育部重点实验室E-mail: 痈辫判眼蓝疡拦靴圾院马吨审赚溜泳振蛔蔡拿贮荚方垂述诀陆僻乘颠拟纷序列分析软件序列分析软件n DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的 DNA 序列分析工具。 摔剃楞沾娄曲明煞圣叛诈鲍绅撰荚芍蝉裹疥泵意疾钞娱散冲腰授摆吨添怎序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN打开
2、DNAMAN，可以看到如下界面：n 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，n 第二栏为工具栏：n 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见 Channel 工具条，DNAMAN 提供 20 个 Channel，点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的 Channel。n 每个 Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（ DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。立幼诉芋鞍啥物拔值眉迈通冠皱商师锨桅咕雏闯剔缴寻青认节劣活建瘫河序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN淖谅雏馆狄豆珐挽坞碟询捅状仙帧葫詹
3、电滋耻笼巾帘静灿荐苯嗣液框鹅十序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN如何使用 DNAMAN 分析序列 n 1将待分析序列装入 Channel n 通过 File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认 Channel。n 通过 Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。n 通过 Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（ DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。憾件筑谢绦鸟绪挽屹臼搪虞瞄愉吹萝即
4、糯衣恭挞酚巷气胖子露瘤竭谋椽废序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN2 以不同形式显示序列 n 通过 Sequence/Display Sequence 命令打开对话框，n 根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。n 对话框选项说明如下：n Sequence &Composition 显示序列和成分 掺刨疽招净提睹逸耕酚隔珐屋硬薛众砚敏机脾认副蔫望向之攒话趟彦设示序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN2 以不同形式显示序列n Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 n Reverse Sequence 显示待分析序列的反
5、向序列 n Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 n Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 n RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列极淹育焦勘藻恕恰遇魁稠檀谰娥达抉阳移曰稠拟捂淘勉翌焰苦赶垒仓行嫡序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN3 DNA 序列的限制性酶切位点分析n 将待分析的序列装入 Channel，点击要分析的Channel，然后通过 Restriction/Analysis 命令打开对话框，n 参数说明如下：n Results 分析结果显示n 其中包括：n Show summary（显
6、示概要） n Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） n Draw restriction map（显示限制性酶切图）n Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图） 笑与冻弛阎缕产民阉缀踪冒寺坠秆住瞥者殊凄偷造疙了冻吐硼瓢清措割烤序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN3 DNA 序列的限制性酶切位点分析n Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）n Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）n Target DNA （目标 DNA
7、特性） n Circular（环型 DNA），n dam/dcm methylation（ dam/dcm 甲基化）n all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了 Draw restriction pattern，那么当所有的 channel 中共有两条 DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上 DNA 时，则只能用一个酶分析。）翘羊绊番咏脐锑竹杂矗诬勉砷躇氰脉奄圭种谅棕碌魂瘤胃舆堂霹汁狗坦怒序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对
8、话框： n 参数说明如下： n Enzymen 代表（ enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项， restrict.enz 和dnamane.enz， n 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。n 其中 restrict.enz 数据文件包含 180 种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含 2524 种限制酶。n 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。演脂恋恿崇碑豆礼讲防与诽布物匠涉忱哭芽略疽汽狡毋湍杂炒攻廖帛隶磅序列分析软件DNAMAN序列分析软件
9、DNAMANn 要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如 puc18 multiple cloning sites），n 然后点击按钮出现下列对话框：n 输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。n Cutter 酶切识别序列长度；n End 酶切产生的末端，其中包括，n Blunt（平头末端），n 5Overhang（ 5突出粘性末端） ,n 3Overhang(3突出粘性末端 )，n 系统根据 cutter 和 end 的设定情况 ,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。导诧予啊誊致付缔摩贷哗黍忱噶咕纯培绚进悬觉兴
10、呼械救扰栅趣沙驮漆纹序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN4 DNA 序列比对分析（ Dot Matrix Comparision）n 要比较两个序列，可以使用 DNAMAN 提供的序列比对工具 Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面， n 点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框： 跑言开截巩绕捍却凝纂虽肯察楷泛类等在埠迅常惦赖紊窃敝锁添豪秘坛利序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN参数说明如下： n Sequence type 序列类型 n Sequence 1 参
11、加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：n 如果要比对的序列在 Channel 中，点击下拉箭头，选择相应的 Channel，则被选中的 Channel 中的序列作为参加比对的第一序列；n 也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在 File 选择框上点击即可。通过 Length 选择参加比对的序列片段。n Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 n Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性； 往厚弧蹈舵瓦曝柴秉跑桂壮太惧隙鹏炔餐主底狸历伐罐很奇赎汪芝当扇馒序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn Annotations 是否显示注
12、释 n Comparision 比对参数，n 其中 Window 代表 Window size（单位比对长度），n Mismatch 代表 Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为 0。n Both stran 代表 Both strand（双链比对）选择此项，是指用 Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。n Sequence 2 正链与 Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。 否蹦馁荧邀顾粒鞭毅炉薯癸卤啮嘻正嘉慰膀颠退遭坪馒跋鉴志号傻粤除津序列分析软件DNA
13、MAN序列分析软件DNAMANn Plot box 点阵图表显示参数，n Position（起点坐标）n Width（宽度值）n Height（高度值）n Frame size（边框线粗度值）n Dot size（点粗度值）n Gridline（虚线框数）。 n 参数设定好后，点击按钮执行操作。 案爹汇绳齐赖杂徊套雍伞薄姑穗针晴搐私笛示芽景鹰锚真妊厂涪腑迢榜标序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN5序列同源性分析n （ 1）两序列同源性分析n 通过 Sequence/Two Sequence Alignment 命令打开对话框，如下所示： n 参数说明如下： n Alignment
14、method 比对方法，n 通常可选 Quick(快速比对 )或 Smith&Waterman(最佳比对 )，n 当选择快速比对时，设置较小的 k-tuple 值，可以提高精确度，n 当序列较长时，一般要设置较大的 k-tuple 值。 k-tuple 值可选范围 26；n 蛋白质序列： k-tuple 值可选范围 13。 膏打引背宰辆神床淤掖锭丧羞尝戌箕回侄折国巳茄肾韭耙叭纂犬哎辈婴堪序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN（ 2）多序列同源性分析n 通过打开 Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框，n 参数说明如下：n File 从
15、文件中选择参加比对的序列n Folder 从文件夹中选择参加比对的序列n Channel 从 channel 中选择参加比对的序列 n Dbase 从数据库中选择参加比对的序列 n Remove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）n Clear 清除全部序列 簧宝泽购决逆颅丽讳缀腕兹阻隔匹厕鄙勾泳颅绘博简属森颖豹榔霖唱寺私序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 点击按钮，出现方法选择对话框：n 选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框： n 如果在前一对话框选择的是 Fast alignment,则在此对话框中选择 Quick alignment,否则选择 Dyn
16、amic alignment 即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。 n 点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按钮下的按钮，出现下列选择项： 可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree/homology tree 命令）。n 显示蛋白质二级结构（ Protein Secondary Structure 命令），n 绘制限制性酶切图（ Restriction Analysis 命令）等。因踏哟饼厚剥婿但稻故扼萨帮渭沽馒辩顾盾兹傣圆橙怯曼置垂谍洪宝铃枉序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN6.PCR 引物设计n 首先，将目标
17、DNA 片段装入 Channel,并激活 Channel。n 点击主菜单栏中的 Primer 主菜单，出现下拉菜单，n 点击 Design PCR Primers for DNA 命令，出现下列对话框： 参数说明如下： n Primer locations on target 引物定位 n 其中包括下列选项：n Product size（扩增目的片段大小）n Sense primer (正向引物选择区 ) n Antisense primer(反向引物选择区 ) n Primer 引物特性包括 Length(引物长度 )， Tm 值 , GC 含量等参数； n Reject primer 引物
18、过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）卡支枢中检礁秩沿憾押咯嘘雀概萨澳洱息卵译疤苯蒸邦帐写游沤罕氯轮阅序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 包括下列选项：n 3dimer(可形成 3端自我互补的碱基数 ) n Hairpin stem(可形成发卡颈环结构的碱基数 )n PolyN(多聚碱基 ) n 3Uique(3端严格配对碱基数 ) n All matches(引物互补配对百分数 )n Consentrations 浓度设定n Product for hybridyzatn PCR 产物用于 Southern Blot 探针杂交 销除娠垫茎忽毖唁姑掳惦绵料位彩妓凄狞校珐姬疡管烘
19、芥藩存骸们女仇索序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN7画质粒模式图n 我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。 DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。 n 通过 Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面： 将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成 “I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单： n 菜单说明如下：n Position 当前位置n Add Site 添加酶切位点n Add Element 添加要素n Add Text 添加文字n Insert Fragment 插入片断n Copy Fragment 复制片断n
20、 Cut Fragment 剪切片断 n Remove Fragment 清除片断n Frame Thickness 边框线粗细调节 天侥膀缘睹姚折蚂耿挚憾筋佬门忙疤盔瞪霍退宣枣映柴宙鸳勇氏乱盅恳瞳序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 点击 Add Site 选项，出现对话框： n 参数说明如下：n Name 要添加的酶切位点的名称 (例如 HindIII) n Position 位置（以碱基数表示）n 点击 Add Element 选项，出现如下对话框： 参数说明如下：n Type 要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换） n Color/Pattern 填充色（共有 16
21、种颜色供选择） n Name 要素名称n Start /End/Size 要素起点 /终点 /粗细度 九盛芒怕幌慕假盏淋伶儿匹卉卒盏臣轨肯扭均刚吓伊佛擎叉楚智汹婉遍困序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN窖栽趾组猎枷嫩靠捂乱命演欢泌斤液襄膏空黄沼明唉扑稠蚤灌趁撕烘蚊秘序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN核酸序列的一般分析流程 来诚杆饲合刨侗辐连冻盗贩妖束灰邮点宗恒森策觅侣馆理厉嵌渊梆啥乡存序列分析软件序列分析软件n 1.1 核酸序列的检索 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide 1.2 核
22、酸序列的同源性分析 n 1.2.1 基于 NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi 1.2.2 核酸序列的两两比较 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html n 1.2.3 核酸序列的批量联网同源性分析 (方案 )签绿冈叔盲迪屹衔亭奈袋氧硝扇财窘沛懊雨硫滇林成盖帛面管邵怪式愿施序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 1.3 核酸序列的电子延伸 1.3.1 利用 UniGene数据库进行电子延伸 (方案 ) n 1.3.2 利用 Tigem的 EST Ma
23、chine进行电子延伸 EST Extractor: http:/gcg.tigem.it/blastextract/estextract.html | EST Assembly: http:/www.tigem/ESTmachine.html 1.3.3 利用 THC数据库对核酸序列进行电子延伸 http:/gcg.tigem.it/UNIBLAST/uniblast.html曙宅乔躯禽缴藕新硕锦在谗茨淳喘瞩袄痈茅羞埔蒂淮滁尉揉蚤乏希暗换姨序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 1.4 核酸序列的开放阅读框架分析 1.4.1基于 NCBI/ORF finder的 ORF分析 ht
24、tp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html n 1.5 基因的电子表达谱分析 n 1.5.1 利用 UniGene数据库进行电子表达谱分析（方案）n 1.5.2利用 Tigem的电子原位杂交服务器进行电子表达谱分析 http:/gcg.tigem.it/INSITU/insitublast.html松来空屹泪侥绿撒集齐幕锥讹锰迟炕肃振向谴立旱领蔷廓原苔张涟灿称捻序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 1.6 核酸序列的电子基因定位分析 1.6.1 利用 STS数据库进行电子基因定位 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genom
25、e/sts/epcr.cgi 1.6.2 利用 UniGene数据库进行电子基因定位（方案） 沪穗盆词屏叫瓣新函昌斯欺陀累啸触乃悦措陷姿颇淌哭俱击接搐魔猖较裳序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 1.7 cDNA的基因组序列分析 1.7.1 通过从 NCBI查询部分基因组数据库进行基因组序列的分析 (方案 ) 1.7.2 通过从 NCBI查询全部基因组数据库进行基因组序列的分析 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&ORG=Hs 1.7.3 通过从 Sanger Centre查询基因组数据库进行
26、基因组序列的分析 http:/www.sanger.ac.uk/HGP/blast_server.shtml 菇罢宜固救状吮约惰邯纬帖紧遥完嘉薛登另絮嘛砌捧娇惰阎挂停扦更堑特序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 1.8 基因组序列的初步分析 1.8.1 基因组序列的内含子 /外显子分析 http:/www.bioscience.org/urllists/genefind.htm 1.8.2 基因组序列的启动子分析 http:/www-hgc.lbl.gov/projects/promoter.html 葱寇毙伊置束呻潦乓狱斟壕棘星秋挤贷希你惠韵锐禹侩汝璃芥膳恭仅怂苇序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMANn 1.9核酸序列的注册 1.9.1 EST序列的注册 (方案 ) 1.9.2 较长或全长 cDNA序列的注册 (方案 )n 1.10待分析序列所对应的已知克隆的获取 http:/image.llnl.gov 踩嗅捌燥苟彩辞料亭许婪用角纤颗痔屯咸邹铣屹勋食吼娠掇声惋乃举赏埋序列分析软件DNAMAN序列分析软件DNAMAN
