1、生物信息学练习题（2011-2012 学年第一学期）姓名 性别： 班级： 学号： 1. 请在 GenBank 数据库分别下载 1 条核酸序列与 1 条蛋白序列，并以 FASTA格式给出。2. 请列出几种双序列比对软件，并说明哪些是全局比对软件，哪些是局部比对软件？使用 Needle 程序或 BLAST2 或别的软件进行双序列比对，并给出比对结果。3. 练习使用 CLUSTAL X 软件进行多序列比对，并给出所用序列与主要比对结果， （注：CLUSTAL X 软件可以从网上下载） 。4. 练习使用 BLAST 软件，说出 BLAST 的常用工具有哪几种，各有何特点？说出 BLAST 的一般操作步
2、骤。用一条 DNA 序列进行 BLAST，并给出结果。5. 总结蛋白质序列理化性质、二级结构、三级结构预测分析的软件。随机下载一条蛋白序列，使用 Protparam 软件与 ProtScale 软件预测其理化性质；使用NNPREDICT 软件预测二级结构；使用 SWISS-MODEL 工具预测其立体结构，所用序列与分析结果粘贴到作业纸上。6. 练习使用 primer3 软件设计 PCR 引物，并以一条 DNA 序列为模板，设计出它的引物来，并给出结果。7. 下载一条基因的序列，使用 ORF Finder 软件分析其开放阅读框架。结果粘贴到作业纸上。8. 预测自己下载的 DNA 序列中的 CpG
3、 岛。注：（1）下面给出了部分软件的网址；（2）CLUSTAL X 软件直接拷贝给大家。部分网址：1. GenBank：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/2. BLAST 主页：http:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi3. Needle 软件主页： http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/4. BLAST2：http:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PR
4、OG_DEF=megaBlast&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq也可从 BLAST 主页最下面部分，点击“Align ”进入。5. ORF Finder：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/6. primer3：http:/frodo.wi.mit.edu/primer3/7. Protparam 软件： http:/www.expasy.org/tools/protparam.html8. ProtScale 工具：http:/ca.expasy.org/tools/protscale.html9. NNPREDICT 工具： http:/www.cmpharm.ucsf.edu/nomi/nnpredict.html10. SWISS-MODEL 工具：http:/www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html如果软件地址有变化，请自行查找其网址。
