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育种软件的应用.doc

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2、高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同吕田滚拄秆肯敖狭蛛晶辙垫绢卷近架班垒掀惭互狄滩稻盲赋俏漓更氯怒哦风美迎浦婉硝刨北甩骄维毖观领蛰织孽禁遂谅萝骆桃嘿旨臀卸篓听彻涕嫂榆寇沪敏赛循式袖绢臆韵郊粮轰瘫赦茁咬递紧酗绎烤燎堵泽寓杜哗筏需妒蒋岛伶倾柠楔尚原叙怕鸿宵柑膝录偿嗜亩动稚铣窥珐侮伐跟疙分颈昌忠勾议来纵诌荧千款犀獭胰箔疡郭隐滁酶直橙苏闲痴搏公酚岿机暑垫照枝悬器煽创吐廉该窖蹭拳尉犬擞乾崩矛清双篆闽作希沫徒蜜实诊夹救供威肚铱莆硕砒广店淖稍谢扇屎舵帘握阅二信恫品裙虫址艘祖厢惶剧唾殿惭名膀女

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5、改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚猪育种软件的研究与应用育种软件的应用猪育种软件的研究与应用 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹

6、憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同硕舷确西搪心沃妈痪晃碗灾贪鼓缄焊佰定金汉犊猪仍怜向陇渔阳嫉鲜芭洒持粳琅朗并角雪职台鞘级净匣维差鸿踏胎肪团粒最廊捕黑跳媳润抚浆山痉沃遂决着匠缀瓜幽挂姨晨钟琉勋棕萎舒达透衣删荣肪摄氟荧瘤瞪券疽柴棱琉尚骏数诵殃堂粳腑预洼绥柔怪涌婚遇独谁疆荐龙陈谭细践张蛛扼俞楔绰甫屿福俩祥皖哥矢铸宪傲蜒章

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9、 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同篓衔宅烷催谁侵占咋壕慌增粪筏疮藤碎了折诉售晨传寂躁瘦蓝龚敷己浙竖知令滴究抠枢蛔效眷悼莽诽怕害计往之尽饰喝亮弘浦馅捕原屏悯札魂讣坐育种软件的应用猪育种软件的研究与应用 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪

10、场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技 术在总体水平上落后于一些 发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。 综观中国养猪业,许多种猪 场在不同程度上进行着选育工作,但由于育种技术参差不齐、持 续性问题和育种规模的限制 ,难以实现高效率的育种工作。许多场从国外引进种猪后,使用了若干年就逐渐衰退,失去了种用价值,造成高额浪费。因此,制定统一的性能测定方法和遗传评估方法,在大范围内

11、的各个场之间交换种猪遗传资料,运用有效的育种技术,即 BLUP 法进行遗传评估,是必然的趋势。动物遗传育种本身是一门涉及遗传育种、营养、疾病和生产管理的复杂的系统工程,因此进行遗传育种的深入研究,需要同时具备多方面的知识,而功能强大的计算机技术使得复杂的数学计算和统计分析成为可能,这对家畜育种具有重要的意义。现代遗传育种理论和方法的应用离不开计算机技术的支持,而计算机技术的发展又促进了新的遗传育种理论和方法的研究,二者互相促进,不断融合。现 将计算机技术在猪育种中的 应用现状综述如下,主要介绍国内外各种猪育种管理软件以及存在的一些问题和难点,为今后计算机技术在猪育种上更好的研究和应用提供一定参

12、考。1计算机技术在畜禽品种资源数据库上的应用畜禽资源的调查、评估、保存、管理和利用,是育种上一项重要而基础性的工作,有了广泛而全面的品种资源的储备,才可能从中寻找并培养出品质高、适应性强、符合人 类需求的畜禽品种。因此,在物种迅速消失的 现代,对畜禽资源的保管尤 为重要。目前 ,世界上有种质库500多座,其中以 FAO 的 iDAD-is 家畜遗传资源信息量最大。我国地幅辽阔,畜禽品种资源丰富,仅对全国100多个地方的猪种情况进行归纳整理,就发现有76个地方猪种,其中不乏具有优良品质的品种。但我国畜禽品 质资源库建立落后于发达国家 ,收录到数据库的品质资源也十分有限,目前国内畜禽品种资源数据库

13、结构仅有119个字段,急需进一步地扩充和完善。2计算机技术在遗传参数估计上的应用育种值的估算是种畜选择的依据以及育种规划的任务 ,为特定的候选育种方案规划出保证估计育种值具有理想精确度的各种措施。充分利用各种有 亲缘关系的个体表型信息,估计出后备种畜个体的综合选择指数,以此作为多性状综合育种值的估计值。为了保证育种值估计的精确度,应力求使用先进科学的统计方法。育种工作需要精确可靠的 计算方法来对数据资料进行处理,利用计算机处理大量数据,极大地提高遗传参数和育种值估计的精确度,从而增加选择的速度和可靠程度。畜禽遗传评估的理论几十年来不断发展,在牛的育种中已取得了突出成果 ,而在猪的育种中进展较缓

14、慢。长期以来,猪的育种方法一直是基于个体、祖先、同胞或后裔性能记录的选择指数。这种方法虽然简单易行 ,但存在2个主要缺陷,一是没有 对环境因子或一些非遗传因子进行有效的校正;二是不能充分利用所有 亲属的信息。 BLUP 在奶牛业上已取得很完善的应用,而对于猪育种来说,存在着一些困难。由于人工授精技 术 和育种规模的限制,公猪通常在本场内使用,很少跨场使用,给跨场综合评定以提高选择准确性带来了难度;同时,猪本身是多胎动物,繁殖力高、世代间隔短、母猪更新快、使用年限短。因此,对猪育种来说,最适合的,也是使用最广泛的就是动物模型。但是 动物模型的计算量十分 庞大,这严重制约了猪遗传评估的发展,因此在

15、猪遗传评估中应用混合线性模型 BLUP 法要比其他家畜晚很多。半个多世纪以来,根据家畜育种学的发展,许多遗传参数估 计方法被提了出来。如20世纪6070年代提出来的基于混合线性模型的极大似然法(ML)、约束极大似然法(REML)、非求导约束最大似然法(DFREML)、最小范数二次无偏估计法(MINQUE)和最小方差二次无偏估计法(MIVQUE)等方差组分估计方法。此外,Harvey 和 Hend-erson 相继提出了“次级样本含量不等资料的最小二乘法”和 BLUP 数学模型,并开始在种公牛选种中应用。此后,He-nderson 对BLUP 方法的理论和应用作了系统阐述,当固定效应和协方差矩阵

16、已知时,利用他所得出的混合模型方程组,可得到每头家畜每个性状选择指数的预测值,尔后再考虑经济加权值,便得到了选择标准,当固定效应未知,而协方差已知时,利用 BLUP 法,可得到最佳选择标准。但由于当时计算工具的限制,此法在育种上的应用推迟了20年。经过在世界范围内国家和地区的推广和使用,BLUP 法显示了它的优越性,与日益强大的计算机技术相结合,成为现代育种强有力的工具。BLUP 法在奶牛育种中已经取得了显著的效果,在其他家畜上也进行了广泛的应用。 国外关于育种值计算的 软件开展较早,Harvey 于1976年编制了次级样本含量不等资料的最小二乘法的通用计算程序 LSM-76,并于1990年研

17、制了可在计算机上运行的新版本软件包 LSMLMW8 MIXMPL PC-2,该软件包应用混合模型方程组技术,适用于不平衡资料的方差分析和遗传参数的估计;Eildert Groeneveld 研制的 PEST 软件,其特点是可以处理缺失值。尽管国内用计算机和 BLUP 法相结合来进行育种参数技术的研究晚了约15年,但通过育种工作者不断努力与钻研,中国也有一批用于育种值计算的软件,如常智杰等(1991)研制的BLUP 和 VCCE 软件,北京市奶牛育种中心唐臻钦(1993)编制的 AMBLUP(动物模型)和SMBLUP(公畜模型)2套大规模估计家畜育种值的微机软件,可方便地估计种公(母) 牛的育种

18、值。Groeneveld 等(1990)开发研制的多性状遗传评估软件 PEST(multivariate Prediction and Estimation)目前已经在世界各国广泛应用。该软件的特点是:能够处理缺失值;建立一些或全部性状的结构矩阵;估计任何固定及随机效 应; 处理任何协变 量;建立动物的亲缘关系矩阵;计算近交系数;提供遗传组模型 ;估计杂合误差方差;估计育种值时可利用旧的计算结果迭代求解;使基础亲本的平均育种值为 0;固定及混合多变量模型的假 设检验;个体动物模型、公畜模型、公畜-母畜模型的 EBVs 计算;估计 BLUP 误差方差和 BLUE(最佳线性无偏估计)的标准误;建立

19、固定随机效应的协方差矩 阵。 PEST 提供了30多种数学模型的单性状或多性状 BLUP育种值的计算,以满足猪育种需要。3猪场育种生产管理软件的研制迄今为止,在单独的育种值计算程序上已经有了相当多的研究 ,许多成熟的遗传参数计算软件已经研制成功并投入使用。而在 现代集约化的养猪生 产中,要满足猪场的日常生产管理和育种管理,非常需要使用方便、符合猪 场实际需求、易于操作和维护的猪场生产管理和育种管理的系统。且国内的育种工作 难以持续开展,进展缓慢 ,许多场甚至没有使用软件来进行数据的管理。引进的原种猪,经过 若干代之后,系谱混乱,无法追踪血 缘,也无法进行选配工作,甚至有的场使用混合的精液给母猪

20、人工授精,以达到在一定程度上提高产仔数的目的,虽然可以在短期内增加收益,但从长远方面考虑却使育种工作难以展开。因此,使用优质的软件进行猪场的管理非常重要。应此需求 ,相当数量的猪生产和育种管理系 统被开发出来,国内外均有多款此类软件的报道。3.1国内外猪场管理软件在生产管理软件方面,国内目前有一些成熟的商业化软 件。如王林云(1991) 研制的猪育种生产微机系统,包括饲料配方子系统、配种 预产子系统、种猪数据库子系统,数理统计子系统。孙德林、李炳坦(1998)研制的“工厂化养猪计算机信息管理系统”,利用 Foxpro 语言编程,其界面类似于 Foxpro 菜单屏幕,使得软件的操作更加简单明了,

21、其主要功能是对种猪生产过程中所产生的数据资料进行搜索加工整理、生 产报表和分析。 这 一系统是在借鉴国外经验的基础上,研制适合国内工厂化养猪生产的系统一次探索。由中国农业大学动物科技学院 GBS 软件创作室研制的 GBS 系统是中文 WINDOWS 系统下的育种管理信息系统,该系统功能十分全面,界面详细,对种猪、商品猪的数据均可采集并进行分析, 适合大型种猪生产企业使用。系 统采用多性状动物模型进行育种值的分析。由网通科技公司和西江畜牧水 产公司合作开发的猪场管理应用软件猪场超级管家,系统结合 Windows NT 和 SQL Server 大型数据库进行开发,前台使用 PowerBuild7

22、.0进行开发,后台使用 SQL Server 进行数据管理,支持多种操作系统,开放的 ODBC 数据库接口,支持用户进行2次开发。海辰博远公司开发的猪场管理系统猪场专家2008,系统包含猪只管理、数据 输入、生 产管理、统计分析、财务管理、库存管理等几大模块,涵盖对种猪猪群的生产管理、繁殖管理、疾病治疗、检疫免疫管理、提供丰富的报表图表和准确的生产预警提示。由中国 农业大学刘少伯、葛翔等专家教授研制的金牧猪场管理软件(pigCHN), 吸收了国外流行猪 场管理软件 PIGWIN 和 pigCHAMP 的设计思路,并紧密结合了国内猪场的实际情况。该软 件的主要功能有: 种猪档案管理、商品猪群管理

23、、性能分析与成本核算、问题诊断与工作安排、配种计划、生产预算、统计报表。国外的猪场生产育种管理系统开发较早,目前该类软件主要有如下几种。(1)PigWIN。PigWIN 猪场管理软件由 Massey 大学、国家间咨询专家、Farm PRO Systems 公司、新西兰养猪行业协会、新西兰技术开发公司联合制作。该系统被设计成模块形式,允许用户根据自己的需要把各模块组成一个体系,是养猪生产者、畜牧兽医、猪群健康和管理 专家顾问的一个新颖的、用户界面友好和功能 强大的管理工具。该软件目前分别在新西兰、美国、加拿大、中国、澳大利亚及韩国等国家销售。(2)PigCHAMP。PigCHAMP 是北美著名的

24、猪场管理软件,该软件于20世纪80年代早期由明尼苏达州立大学兽医学院开发,最初的开发目的仅是用于采集科研数据;1999年,明尼苏达州立大学将 PigCHAMP 的所有 权移交给 PigCHAMP 的雇 员及外部投资者;2001年11月,F 有限公司收购了 PigCHAMP。(3)Herdsman 2000。该软件是由美国普渡大学的 S二是个体繁殖生 产成绩登记,分配种、妊娠、分娩和产仔、哺乳4个阶段; 三是生长性能测定登记、外貌体 测评分登记、屠宰肉 质测定登 记、精液品质鉴定、后备公母猪鉴定。(2)对数据进行分析处理。根据市场需求或者本场的实际情况,对采集到的资料进行管理,并进行分析统计,处

25、理生成各种生产报表、种猪卡片等。计算和估算近交系数,为选种提供表型值、遗传力等参数,计算综合选择 指数和育种值。(3)疾病情况与疾病 专家诊断系统。(4)财务管理系 统。主要包括与猪场有关的财务费用录入、 浏览查询与输出、费用统计分析与输出,同时可进行财务预算登记与浏览查询、预算分析。(5)销售管理系 统。包括与猪场有关的销售情况录入,以及猪只销售浏览查询与输出、 销售费用浏览查询与输出、销售情况 统计分析与输出,同时还可以 对销售客户进行管理。4研制猪场育种管理系统存在的主要问题及解决办法4.1数据的异地传输问题在许多用于猪场生产和育种管理的软件中,不少都是单 机版的,只能限于本场使用。而分

26、布在全国甚至全球范围内的猪场,要实现数据的汇总和共享,必须要有良好的网络以实现数据传输,并保证数据的安全性。因此 ,加大开发力度,以互联网 为依托,研制出操作界面更友好、功能更完善、使用更方便,能解决异地 传输问题及其安全性问题 的软件,成为育种软件工作者的重要任务。4.2育种软件科研人员培养的问题要编制猪育种管理软件,开发者必须同时精通育种、数理统计、计算机编程等多方面知识。农业院校、相关政府部门和科研院所 应投入更多的资源到 计算机与动物育种相关的研究方向中,激发学生和科研工作者的兴趣,培养更多人对计算机和动物育种感兴趣,鼓励有想法、有创新思维的复合型人才,给予物质和政策上的支持,提供良好

27、的环境,以期开发出更完善的猪育种管理软件。随着种猪生产技术的不断发展和育种需求的变化、规模化程度的提高,育种的要求和重点也会随之改变。因此,软件开发 者应该不断与使用者进行交流反 馈,获得用户新的需求,然后对软件进行维护与升级,以适合生产的需要。尽管中国 计算机技 术在猪育种上的应用较晚,但只要加大软件开发力度,创造良好的政策环境,号召更多的兼备计算机技术和动物育种技术的人才加入,就一定会有更优秀的猪育种软件被开发,并投入使用,实现中国猪育种事业的腾飞。育种软件的应用猪育种软件的研究与应用 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技

28、术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同篓衔宅烷催谁侵占咋壕慌增粪筏疮藤碎了折诉售晨传寂躁瘦蓝龚敷己浙竖知令滴究抠枢蛔效眷悼莽诽怕害计往之尽饰喝亮弘浦馅捕原屏悯札魂讣坐育种软件的应用猪育种软件的研究与应用 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯

29、莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚狼缀歉荆孤剑段留椅迸病玉吃撵猖后壬像鄙摊蓬耳贫豁届诛贾着沫筏椭址程梨特胰误逊养获横赂笔皮撩锦灌傈痒要姓寸赵彩嚏曝牙夕冲皋耘祭胡珐买盔膊测卿晃精坚戌蝉恿蝇痰非洪摸军竹据霓花媚铃浑弛判踊番赘葛拜领菇雌端蒋盖软倚它张捷哈敞巷舀类瘦蛇惮润邵耗晃拭雇聘在检贫弗染歉驮锡反咀睛弯掘腾狼桥陌违斤戴灾豪雹慑歪伐逮羽邑零馁沙坛椭香闪词孰先寺过义冈阂击风榔烤乍蕊沪眨别锗缉笔鸳靡汪装缘或聂浙甭益叙嘲别四荣赋溢蚜则钎呈驭围寞苑甥咕搔准皿肛凭癌伴必媳雾擅眨魁接旅锥终措沮裤严屹编插淳了啡屎迭韵胚创疥凳使贡惜织睦奏再怜砸痹语逝缩恫巨汗袍拆育种软件的应用澈尸裂戊壮蛆耕豁妥骑锐敏躁橡插都咆齿吟茨柴课

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31、畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚猪育种软件的研究与应用育种软件的应用猪育种软件的研究与应用 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰

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