牙周手术后护理和医嘱口腔卫生不良、饮酒及进食粗糙食物会导致手术愈合不良、术后感染并因此影响手术效果，应向患者说明术后可能出现的不良反应，应用漱口水和抗生素控制出血、感染等并发症，必须强调菌斑控制的重要性。通常术后牙齿松动会暂时增加，伴有咀嚼不适，牙齿对冷、热、甜、酸的食物饮料敏感，术后牙龈退缩使得牙齿看起来变长，牙间缝隙变大。术后应妥善处理根面敏感症状。吸烟是牙周疾病治疗的主要危险因素之一，将减弱机体抵抗致病菌的能力，导致手术愈合时间延长，影响牙周病治疗效果，因此，劝说患者戒烟是治疗计划中的一个重要部分。术后疼痛是牙周手术带来的最常见的症状，大约有 73.5 % 的患者经历牙周术后疼痛， 21.0%的患者发生了严重的术后疼痛。在轻度术后疼痛中可应用单独使用阿司匹林类的药物；作为非处方药物，布洛芬适于治疗轻症疼痛；中等疼痛则可应用非甾体类抗炎药物；对于严重的术后疼痛，联合用药是有效的解决方式。牙周手术后感染发生率极低，虽然有骨成形或骨切除手术患者的感染发生率稍高于单纯翻瓣手术，但无统计学意义，因此, 采用预防性抗菌素治疗是无益的。
