1、第4讲：基于生物质谱数据的 互联网数据库搜索,母昭德,硕士生学位课程：蛋白质组学,本讲所要介绍的内容提要,、生物信息学的一般情况 、有关数据库的基础知识 、由双向聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴别的蛋白质数据库 、目前利用生物质谱数据进行搜索时相关的主要数据库 、搜索引擎-ExPASy 、以生物质谱数据从互联网数据库进行搜索,、生物信息学的一般情况,生物信息学（ Bioinformatics）是一门新兴的交叉学科，它包括了生物信息的获取、处理、存取、发布、分析、和解释等在内的所有方面。 生物信息学综合运用生物学、数学、计算机科学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。,生物信息学 在蛋白质组学
2、中的应用概况,生物信息学已经成为蛋白组学研究中必不可少的组成部分，其应用包括： 编码的DNA序列的寻找与分析 蛋白质序列信息的获取 蛋白质鉴定和性质预测 蛋白质结构和功能预测 蛋白质序列分析 数据的分析与整合,、有关数据库的基础知识,生物信息学数据库：是长期存放在计算机内，有组织的、可共享的、表明了一些事实性的信息的数据集合。 数据库系统：是一个可实际运行的存储、维护和应用系统，是提供数据的软件系统，是存储介质、处理对象和管理系统的集合体。 数据库是生物信息学的基础。,Alberto Labarga, Franck Valentin, Mikael Anderson, and Rodrigo
3、Lopez. Web Services at the European Bioinformatics Institute. Nucleic Acids Res., 2007; 35: W6W11,Nucleic Acids Research杂志在其每年的第一期中详细介绍最新版本的各种数据库。 在2000年1月1日出版的28卷第一期115种通用和专用数据库，包括其详尽描述和访问网址。 至2006年，生物信息学数据库总数已达858个。 至2009年，生物信息学数据库总数已达1170个。 Nucleic Acids Research杂志 http:/nar.oxfordjournals.org/,所
4、介绍的相关数据库及其主要分类,1 核酸序列数据库 2. RNA 序列数据库 3. 蛋白质序列数据库 4. 结构数据库 5. 基因组数据库（非脊椎动物） 6. 代谢酶相关产物 7. 人类和其他脊椎动物基因组 8. 人类基因和疾病 9. 其他数据和其他基因表达数据库 10. 蛋白组资源 11. 其他分子生物学数据库 12.细胞器官数据库 13.植物数据库 14.免疫学数据库,生物信息学的基本构架,染色体,基因组图谱,基因组数据库,核酸,DNA序列,核酸序列数据库,蛋白质序列,蛋白质序列数据库,蛋白质结构,蛋白质结构数据库,蛋白质,基因组作图,序列测定,结构测定,生物信息学 数据库工具,生物信息学
5、数据库工具,二次数据库；复合数据库,生物信息数据库的类别,以建库的方式而论,大致可分为四类: 一级数据库(primary database) 二级数据库(secondary database) 专家库 整合数据库,基于肽质量指纹谱（PMF） 信息的数据库搜索,A set of peptide molecular weights from an enzyme digest of a protein,蛋白质,酶解,肽的混合物,PMF,Protein/DNA 数据库,搜索引擎 Search engine,数据库 搜索结果,肽质量指纹图数据的检索, 1503.604970 1504.603515 15
6、05.606080 1506.635344 1548.614729 1549.635883 1550.628364 ,Import mass list into protein database search program,Set search parameters,Submit search and look for peptides matches in database,Mass list from spectrum,现行的PMF软件工具,重点介绍MS Fit,以相关的质谱实验数据从序列数据库中进行发掘的蛋白质组学工具。,MS Fit,可选的数据库,可选的物种,可选的质谱仪,可选的酶,翻译后修饰种类的选择,质谱数据输入框,MOWSE score: MOlecular Weight Search, Scoring based on peptide frequency distribution from the OWL non redundant Database %cov: total aa coverage %tic: fragments coverage,复习题,1、如何利用PMF数据从互联网进行数据库搜索？,
