1、,化学中常用的计算机软件与网络资源,化学中的常用软件,分子结构绘图软件,科学计算和数据处理软件,文献管理,图谱解析,计算机辅助教学,量子化学计算,网络上的化学资源,化学化工综合网站,网上数据库,化学化工信息源,Internet上的免费专利资源,教育网内免费化学资源,Origin,ChemWindow,Chem office,化学中的常用软件,分子结构绘图软件,描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、 简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。,二维图形软件：,ChemDraw(Chemoffice), ChemWindow：商业软件http:/ http:/ 图例：,ISIS Dra
2、w, ChemSketch：对教育界及家用为免费软件http:/ http:/ (Chemoffice) : 是ChemOffice的组成部分，同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。 ultra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC,能够以三维的方式显示量子化学计算结果。WebLab Viewer Pro, RasWin: Lite版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件pro版本表现生物分子和晶体结构的能力比较强。 下载地址为http:/ frame), 球棍(ball and stick), CPK及丝带(rib
3、bon)等模式显示化合物的三维结构。,化学中的常用软件,wire frame ball and stick CPK,化学中的常用软件,WebLab Viewer,蛋白质和沸石分子筛晶胞显示图,化学中的常用软件,科学计算和数据处理软件,通用型：对实验数据进行数学处理、统计分析、傅里叶变换、t-试验、线性及非线性拟合；绘制二维及三维图形如：散点图、条形图、折线图、饼图、面积图、曲面图、等高线图等。 Origin： http:/ SigmaPlot： http:/ NUTS：处理一维及二维核磁数据，其功能包括傅里叶变换、相位校正、差谱、模拟谱、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作软件的功能。 http:/
4、 MestRe-C：处理一维核磁数据的免费软件。 http:/qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html,色谱及红外、Raman等实验数据的处理： GRAMS/32：http:/ 4：http:/ Reference Manager 9.5, ProCite 5.0：http:/ ChemNMR：ChemDraw Ultra版本的一个插件，可以用来估算大多数有机物的1H、13C化学位移及用线图表示的相应图谱。 C13 Module for ChemWindow：ChemWindow的一个插件，可以用来估算大多数有机物的13C化学位移。 gNMR：则
5、可用来估算任何NMR活性核的化学位移，并能画出非常逼真的图谱http:/ Sparky ：二维核磁特别是对复杂2D NMR的解析。,化学中的常用软件,质谱MassSpectra Simulator：http:/ ChemWindow 6.0 Spectroscopy版本,化学中的常用软件,计算机辅助教学,CHAOS：有机合成路线设计 Organic Chemistry in Action，可以使用“逆序法”自动寻找目标物的合成原料。 ChemDraw ultra版，Beilstein公司的AutoNom 4.0版： 有机化合物命名工具命名软件，给出IUPAC名称，CAS名称，对立体化学的支持。
6、http:/ Chemlab化学反应模拟软件 虚拟化学实验，交互式地仿真演示化学实验,FOR WIN9X。能够仿真大多数化学实验。CHEMLAB包含的东西非常多,滴定、反应动力学，周期表等。,化学中的常用软件,量子化学计算,WinMOPAC：半经验分子轨道(AM1, PM3, MINDO, MNDO/3等)计算程序，计算出的分子轨道及电荷密度等可以用三维图形表示出来。 http:/ Spartan：WaveFunction公司的产品，其计算方法包括：MM2, AM1, AM1 with Solvent, PM3, 从头计算等，亦可将分子轨道及电荷密度等用三维图形表示。 http:/ http:
7、/ Spartan计算的丙烷的电子密度图,用HyperChem计算的甲醛的HOMO,化学中的常用软件,Gamess：免费的从头计算程序，其速度快，并提供源程序。 DOS界面。 http:/www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html。 Gamess用户界面Visualize：http:/ Gaussian Client插件后简化用户的操作。 http:/ HP, DEC)及LINUX操作系统的PC所设计的从头计算及密度泛函计算程序，其速度特快，用户界面一般。http:/ Origin的窗口组成, 数据的输入、编辑和保存, 数据的统计处理一元线性回归；多元线性回归
8、；多项式回归, 数据关系的图形表示二维数据点；三维数据点,化学中的常用软件,科学数据处理与绘图工具软件Origin,例1：现在某活性炭吸附甲醇的实验数据，将其制成实验数据图。,（注：1mmHg=133.224Pa）,化学中的常用软件,化学中的常用软件,有机分子结构式绘图软件ChemWindow, Chemwindow的窗口组成, 绘图工具栏简介, 附加库, 菜单命令, SymApps,化学中的常用软件,分子绘图及分子模拟计算软件Chemoffice,Chemoffice的组成ChemDraw ; Chem3D ; Chemfinder,ChemDraw核磁位移的估算,Chem3D提供三维分子结
9、构显示、计算功能，并附带分子力学MM2程序，量子力学半经验MOPAC2000程序，提供了Gaussian接口。,化学中的常用软件,网络上的化学资源化学化工综合网站,中国化学化工信息资源：中科院化学所 http:/ ChemCenter；美国化学会ACS http:/www.chemcenter.org ChemWeb:虚拟化学俱乐部 http:/ 英国皇家化学会RSC及其ChemSoc http:/www.chemsoc.org Chemdex：英国Sheffied大学化学站点 http:/www.chemdex.org,Cambridgesoft：提供Internet上的化合物和化学反应在线
10、数据库。 http:/; http:/ ChemFinder：提供Cambridgesoft公司的化学数据库检索服务。免费查询。 http:/ MDL Information Systems：在工业和科学界是公认生命科学和化学信息学的先导者。 http:/ Chemistry WebBook (http:/webbook.nist.gov/chemistry) PubMed (http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed),网络上的化学资源化学化工综合网站,化学化工信息源,文献：CA（http:/www.cas.org ）SCI：Web of Science (http:
11、/ 国际纯粹与应用化学联合会IUPAC（http:/www.iupac.org ） 美国化学会（http:/www.acs.org ） 英国皇家化学会（http:/www.rsc.org ）,网络上的化学资源化学化工综合网站,IBM知识产权网：http:/ 美国专利商标局Web 专利数据库：http:/www.uspto.gov/patft/index.html 欧洲专利局：http:/www.epo.co.at 中国专利数据库：http:/ SPDOS China consortium：http:/ CNKI数据库检索系统全文数据库：http:/ Kluwer Online Journals
12、:http:/,网络上的化学资源化学化工综合网站,当20世纪90年代接近结束的时候，我们看到理论化学和计算化学的研究有了很大的进步，其结果使整个化学正在经历着一场革命性的变化。本次大会荣誉主席徐光宪院士提到：“进入21世纪以来，计算方法与分子模拟、虚拟实验，已经继实验方法、理论方法之后，成为第三个重要的科学方法，对未来科学与技术的发展，将起着越来越重要的作用。”,随着化学科研工作的不断深入开展，我们对计算软件的需求也正迅速增加。目前，北京宏剑公司已经将全世界100多家供应商的近300种化学软件引入中国，成为业界代理化学软件种类最多最全的代理商。这些产品包含了量化材料分子模拟与设计，生物药物分子
13、模拟与设计以及数据库三大类，能够很好的解决化学领域的各种问题。,CANADA Hongcam,BeiJing Hongcam,量化计算:量子化学的研究范围包括稳定和不稳定分子的结构、性能，及其结构与性能之间的关系；分子与分子之间的相互作用；分子与分子之间的相互碰撞和相互反应等问题。,Gaussian ADFMOLPROMOLCASJAGUAR,Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学程序，功能 强大，计算内容十分广泛。可以模拟气相和溶液中的体系，基态和激发 态,还可以对周期边界体系进行计算。 Gaussian是研究诸如取代效应、 反应机理、势能面和激发态的有力工具。,Gau
14、ssian,Gaussian03 D.01 增加功能NMR核磁自旋耦合常数的计算分两步完成NMRSusceptibility要求同时计算出磁化率和核屏蔽张量为Linda的使用者提供了一个新的Link0命令：LindaWorkersStable(opt，QCOnly)可以用来在Stableopt迭代SCF计算中排除排除常 规SCF（L502）的计算增加了TPSSTPSS和BMK泛函增加了Intel EM64T多处理器的支持,Parallel calculations are supported on Windows systems,MOLPRO 2006.1 有非常多的新功能，很多显著有效的密度
15、拟合方法，明确的关联方法，局域耦合团簇方法和几个新的梯度程序。,1 更多相容的输入语言和输入预校验功能2 更多灵活的基组输入，允许处理多基组3 新的更有效的密度函数工具的加入4 低-级比例的局域耦合团簇方法，带有微扰3重激发态处理(LCCSD(T) 和变量,如 LQCISD(T) 有效的Hartree-Fock和Kohn-Sham理论，二级Mller-Plesset微扰理论(DF-MP2)，和所有的局域方法(DF-LMP2, DF-LMP4, DF-LQCISD(T), DF-LCCSD(T) 的密度拟合程序;,重点是高精度计算，广泛处理电子相关问题,MOLCAS给出的势能曲线可以精确的计算分
16、子性质， 比如键长、能量和电子光谱。,能够计算分子的电子吸收谱， 包括化合价、和混合态。,研究所有化学领域的反应机理,MOLCAS,多组态的量化计算，特别适合激发态，过渡态的研究，含源码,功能,几何优化,过渡态,反应路径,红外频率 分子计算的广泛性和准确性 紫外-可见光谱,极化率,拉曼强度,范德华分散系数,手性分子的光学性质,NMR,自旋-自 旋耦合,g-张量,磁/电超精细张量,红外频率和强度,多极矩.模拟溶剂,蛋白质和其他环境. 图形用户界面 显示多种输出结果:Kohn-Sham轨道,变形密度,静电势,模拟光谱,优化过程描述,分子轨 道相互作用图.利用BAND研究聚合物和固体 均相和非均相催
17、化,态密度,势能面分析,键合分析,Mulliken分析,电荷密度分析,碎片分析 研究态密度降解 使用相对论方法,特别适用于处理重核.分析 由碎片构建分子 ,键能分析,高级电荷密度和键级的分析,化学吸收体系或金属表面的化学反应,片段轨道组成分子轨道,效率,大分子的处理,针对于共享内存和分布内存体系,如Linux集群,ADF的大部分都进行了有效并行化.对于大多数的标准计算,包括NMR,分析Hessian和TDDFT计算,ADF可以非常好的进行并行缩放.ADF还利用这样一个事实-距离较远的原子无相互作用.对于计算中最耗时的部分,此举将大大削减计算时间.密度拟合过程降低了库仑势能评估的计算成本,利用冻
18、核近似,可以大大缩减带有重核体系的计算时间.QM/MM,J. AM. CHEM. SOC. 2005, 127, 3184-3190,超分子,催化剂,Organometallics 2004, 23, 2651-2657,MeB(C6F5)3-,L2MMe+ (M = Ti, Zr),氢迁移,磁性材料,J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5096-5101,CrCNMn(salen)(H2O)63+,(5-Brsalen)2(H2O)2Mn2Cr(CN)6,功能材料的电子性质和稳定性,Inorg. Chem. 2005, 44, 100-107,Jaguar,Jaguar是
19、快速进行从头计算的程序，为加速基本的和应用型研究项目，以及使更高理论水平的计算成为可能而设计。,并行计算，波函和能量，平衡计算，溶剂计算,势能面 提供反应物,产物,过渡态的反应坐标;提供在内坐标中带有各自变量的势能面.,速度 速度快,处理更大的体系,而不必将复杂体系人为的简单化,保证体系构型的真实性.,精确度 Jaguar的表现能使更高级的理论方法得以实施,会得到更精确的能量和性质.应用自恰反应场能处理溶剂化效应.,化学性质 NMR,IR,Pka,部分电荷,多耦极矩,极化率,分子轨道,电子密度,静电势,Mulliken布居,NBO 分析.,Jaguar的快速计算引擎允许用户探讨真实世界中的实际问题，它在一个合理的时间周期内可以研究比以往更大的巨型体系，或者可以研究比以前更多的体系。在足够短的时间内与快速研究环境相结合达到化学要求的准确度。,JAGUAR,
