Windows 下 R 软件及程序包 packages 安装使用必读.doc

1、Windows 下 R 软件及程序包 packages 安装使用必读 R.2.13.1 版（2011.7.8）前言： 高效、开源的统计计算及图形软件 R 软件，在多门学科中有着重要的、广 泛的应用，但由于其使用平台过多于 Linux 系统，虽然目前的版本（2.13.1 版 upto2011.7.8）已经兼容了 Windows 和苹果机，但是使用起来还是不太方便，特 别是中文的使用，存在一些小问题，本人经过自己摸索和上网查找资料，获取了 一下的使用心得，分享给大家。From 一、 下载和安装 R 客户端1、下载： 从 R 官网： http:/www.r-project.org/ 下载最新的 R

2、版本（ 2.13.1 版 until 2011.7.8） 。 官网上还有大量的资源和资料可以查看，不过都是英文版，需要花点功夫去 看。2、安装： 直接默认安装，基本上没有什么问题。如果是自定义安装，注意选择使用 Internet2，否则安装后的客户端不能使用网络下载和更新安装包，注意看安 装后的桌面图标， 右键属性，后面会有-internet2 的命令选项， 而选择 Standard 安装后，生产的桌面图标没有-internet2 的命令选项。 二、 下载和安装 R 程序包（ packages）1、 使用 R 图形界面的菜单栏安装（zip 格式的安装包） ：11 选择镜像安装安装好 R 之后，

3、打开 Rgui.exe 程序窗口-程序包-安装程序包，注意需 要使用网络（默认的安装使用了 Internet2，可以查看桌面的 R 图标，命令中 带-internet2） 在弹出的镜像中选择一个，镜像的连接与官网一致，然后下一个窗口会 弹出 packages 的选择框，选中你所需的包，最后就会连接下载安装，信息会 在 Rgui 窗口中显示。12 选择本地安装 需要从网上下载安装包，注意类型必须是.zip 格式，关于格式会在后面 说明。 还是从官网上 http:/ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/下载 packages，然后打开 Rgui.exe 程序窗口 -程序包-从本地 z

4、ip 文件安装程序包，就 ok 了，信息会在 Rgui 窗口中显示。2、 使用 R 客户端的 install.packages()函数安装（zip 格式的安装包） ：可以使用？install.packages()查看帮助，具体命令为install.packages(pkgs, lib, repos = getOption(“repos“), contriburl = contrib.url(repos, type), method, available = NULL, destdir = NULL, dependencies = NA, type = getOption(“pkgType“),

5、 configure.args = getOption(“configure.args“), configure.vars = getOption(“configure.vars“), clean = FALSE, Ncpus = getOption(“Ncpus“, 1L), libs_only = FALSE, INSTALL_opts, .) pkgs 为安装包名称，如果 repos = NULL，就是本地安装，需要写成全路 径的.Zip 文件安装包，lib 表示安装的位置，缺省则为客户端中的系统包的位 置， 如果需要更改位置， 则需要自定义， repos 表示程序库的 URL(s)，

6、CRAN 如 镜像的安装连接的是“http:/cran.r-project.org“，本地文件安装的时候，可以 将 repos = NULL，后续的参量一般缺省即可。注意，R 中可能对路径符“”敏感，可以使用“/”或者“”代替。注意，这个安装包可以在 R 脚本程序中使用，因为这是一个 R 的函数。 另外，据说 linux 下可以安装 .tar.gz 格式的源程序，不过在 windows 下好 像只能安装 zip 格式，windows 下好像不方便 source 的安装，如果有人知道 window 下的 tar.gz 格式的安装方法，请联系本人 。3、 使用 R 程序的命令方式安装（Rcmd I

7、NSTALL） （zip 或者 tar.gz 格式均可） ： 首先，需要将 R 程序的路径添加到系统的环境变量 PATH，如本人就将 C:Program FilesRR-2.13.1bini386 这个添加到 PATH 里面了。这样在开始- 运行-cmd 后，就可以直接使用 Rcmd 命令了。 检查环境变量添加是否正确的方式，就是在命令提示符中输入 r，如果 进入 Rgui.exe 类似的文字显示时，表示进入了 R 系统，可以使用 R 中的函数 比如 ls()等。 Rcmd 命令， （老版本是 R cmd，现在更新后改了） ，其实是刚添加的路径 下的 EXE 程序， 其功能是支持类似 linu

8、x 系统中的命令行操作， 比如 INSTALL， REMOVE，check，build 等，可输入 Rcmd 查看提示的功能。 这里的安装同样需要自己下载的程序包，或者自己开发的包，或者从 Linux 系统上 build 的文件， 其格式应该为.tar.gz （源程序， source） 或者为.ZIP ， 格式（程序，binary） 。 可以在命令后加入-L 自定义安装包路径，不用全部安装到系统路径中， 方便管理，对应的删除命令就是 REMOVE。 完整的 package 安装命令就是： Rcmd INSTALL your_download_pathpackagename.zip -l you

9、r_lib_path 值得注意的是，这里可以安装.tar.gz 格式的源程序（这也是 windows 下 安装.tar.gz 的 source 文件最成功的一个方法） ，但注意，如果程序中有其他语 言的代码如 C、C +、Fortran 等，则安装时会不通过，因为缺少相应编译器， 可能会安装失败，这时候，需要安装另一个在 windows 下支持 R 的 Rtools 软 件，可以在 http:/www.murdoch- 持其他语言在 R 软件上安装 package，其具体作用在后续的创建 R 程序包中 详细介绍。 4、 格式说明： 程序包的格式包括四个，例如 pls 程序包： Package

10、source: pls_2.1-0.tar.gz MacOS X binary: pls_2.1-0.tgz Windows binary: pls_2.1-0.zip Reference manual: pls.pdf 这里主要介绍两种： .tar.gz 格式（源程序，source，一般在 linux 系统下生成） ； .ZIP 格式（程序，binary，一般 windows 环境下很好安装） 。 至于如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包， 在网上找了很多， 发现确实没有 很多关于这方面的资料，而有些人则表示这是不行的。 我认为，将源程序 source 编译为程序 binary，不

11、能直接解压缩然后再压 缩，这样是错误的，在第四章中，有关于创建 R 程序包（包括.tar.gz 或.zip 格 式）这方面的详细介绍。 如何将.tar.gz 转换为 .zip 格式的包， 可以通过 R 语言作为中介， 但是该方 法不具有通用性，只对一些安装包起作用。 简单来说，就是通过 Rcmd INSTALL packagename.tar.gz -l yourpath，然后 将 yourpath packagename 这个文件夹用 WinRAR 打包成 packagename_版本 号.ZIP ，这样我们就获得了 Zip 格式的安装包。 注意，该 zip 格式的安装包安装时只会做解压缩的

12、工作，所以不会有提 示安装成功的信息，但实际上是安装成功的。与上文提到的 zip 格式的 binary 文件略有不同，上文的 binary 格式安装时会检测安装包的完整性和安全性。 三、 运行 R 程序 运行 R 程序，或者说 R 脚本，可以打开 Rgui.exe 程序窗口-文件- 运行 r 脚本文件，或者输入命令 source(“ filepathscript.R ”)同样执行 R 程序。 注意，如果程序中引用了部分程序包 packages，要获取这些程序包的支 持，首先要加载该程序包，使用命令 library（packagename ） ，如果缺省路径 则表示系统 lib 的路径， 否则需

13、要自定义路径， 例如 library(pls,lib.loc=D:/ lib) 关于 library，有两个意思，一个是指 package 的安装路径，另一个是加 载 package 的函数命令。 下面给出一些 windows 下 R 的使用心得： 1、 工作空间文件.Rdata 文件， 会随着文件夹的地址改变而自动改变工作 空间，十分方便。 2、只要在工作开始前，一次性装好 packages，只要能正确加载程序包， 多次（开多个相同的 R 程序）重复（开多个不同的程序）使用，都不受路径 的影响。 3、程序包只要是正确安装后生成的文件夹，可以在不同的路径下使用 和移动。 对 于 系 统 默 认

14、 的 路 径 ， 比 如 C:Program FilesRR-2.13.1library 和 C:Documents and SettingsAdministratorMy DocumentsRwin-library2.13， 在这中间加入或者相互移动正确的安装包文件夹，无论加载或者调用安装包， 完全没有任何影响。 对 于 自 定 义 的 安 装 包 路 径 ， 需 要 在 使 用 library() 加 载 时 ， 加 入 lib.loc=package_path。这样就可以使用了。 4、 对于服务器或者 Win7 来说， 由于权限问题或者用户账户的使用问题， 可能导致 package 安装

15、路径无权限而不能安装到系统默认路径，此时，可以 安装到自定义的路径，通过 library(packagename,lib.loc=package_path)解决。 四、 创建 R 程序包 创建 R 程序包，在 linux 系统，只需要 build 就行，输出为.tar.gz，在输 出时加入 binary，则输出为.zip，方便实用。 那么，在 Windows 环境下如何编写 R 程序包？也就是生成供 linux 环境 编译运行的 tar.gz 文件，也生成供 windows 下使用的.zip 文件？ 这一过程并不复杂，但要下载一些工具软件，按照相应的步骤填写相应 的“表格” ，继而在控制台中输

16、入一些指令。 (以下内容来自网上，微做修改，仅供学习参考) 在 Windows 下编写 R 程序包通常包括以下几步： （1）工具软件 Rtools 的安装和备选软件的安装。 （2 ）r 脚本的准备，也就是用来生成程序包的函数脚本。 （3）利用 R 中自带的 package.skeleton()函数，生成制作包所需要的 Description 文件和帮助文件.rd 。 （4）按要求填写生成的 Description 文件和帮助文件.rd （5）在 windows cmd 的命令行中输入相应的命令，生成 zip 文件或 者.tar.gz,并进行相应的检查。 1. 工具软件安装和配置 制作 r 包的

17、工具软件包括 Rtools，HTML 编译器(R2.10 后不需要 HTML 编 译器)，MikTeX 或 Ctex (如果不想获得 pdf 手册，则不需要安装) 1.1 安装： （1）Rtools （制作 R 包的主要工具） Rtools 是在 windows 下制作 R 包的一系列工具，其中包括 1） CYGWIN 在 Windows 下模拟 UNIX 环境 2） MinGW 编译器，可用来编译 C 和 Fortran 语言。 3） Perl 下载地址： http:/www.murdoch- （2 ） MikTeX 或 CteX（备选） 用来生成 PDF 格式的帮助文件，一种比较高效的排版

18、编译软件 下载地址：http:/www.miktex.org/，www.ctex.org/ 分别按照要求安装好。 1.2 设置文件启动路径：设置启动路径的目的是在 cmd 命令行可以直接调用 Rtools 等相应软件。 右键点击：我的电脑属性 高级 环境变量系统变量 PATH 一项，点击 “编辑” ，检查是否具有以下路径。通常软件在安装时已经自动配置好了启 动路径。如果没有，需要手工添加：c:Rtoolsbin;c:Rtoolsperlbin;c:RtoolsMinGWbin; C:Program FilesRR-2.13.1bin; c:CTEXMiKTeXmiktexbin;C:CTEXC

19、TeXctexbin;（非必须） C:CTEXCTeXcctbin;C:CTEXCTeXtybin;（非必须） 2.脚本文件准备 假如现在我们已经有了一个编好的 R 函数 freq，用来计算物种出现的相 对频度,存成了 r 脚本的格式,文件名为 freq.r 其内容如下所示 # freq 1 所有程序RR.2.13.1 (1)清除内存中的对象，目的删除 R 内存中所有不需要的数据或函数： rm(list=ls() (2)设定工作目录，这里设定为 d:good setwd(“d:/good“) (3)将制作包的源文件 freq.r 复制到工作目录 d:good 下。 如果要创建的 R 包中有很多

20、函数，则建议先将各函数存在一个脚本文件中。 (4)用 package.skeleton （name=“packname“, list = ls()）生成相应 的包框架。这里，我们要创建一个名为 freq 的 R 包。则输入以下命令： package.skeleton(name=“freq“,code_files=“D:/good/freq.r“ ) 此时，R 控制台中显示（有些版本可能不显示该内容） Creating directories . Creating DESCRIPTION . Creating Read-and-delete-me . Saving functions and d

21、ata . Making help files . Done. Further steps are described in ./freq/Read-and-delete-me. 可以看到 D:good 文件夹下新出现了一个 freq 文件夹 该文件夹下的内容就是 R 包的框架，包括 Read-and-delete-me， DESCRIPTION 文件，r 文件夹，man 文件夹，只要按要求将其填写完整，再进行 相应的编译即可。 Read-and-delete-me 包括如何创建 R 包 DESCRIPTION 是对 R 包的简要介绍 r 文件夹中存放的是.r 文件，即各函数的源代码 man

22、文件夹下存放的是 Rd 文件，也就是 R 帮助的源代码 查看 Read-and-delete-me 文件，主要是如何创建 R 包的主要事项，内容如下： * Edit the help file skeletons in man, possibly combining help files for multiple functions. * Put any C/C+/Fortran code in src. * If you have compiled code, add a .First.lib() function in R to load the shared object. * Run

23、R CMD build to build the package tarball. * Run R CMD check to check the package tarball. Read “Writing R Extensions“ for more information. 注：这里的 R CMD 说的是在 Linux 的终端输入的命令，实际上在 Windows 环境 中应该输入 Rcmd Rcmd build packname 给源程序打包， Rcmd build -binary packname 建立 zip 包。Rcmd check packname 检查程序包的错误。 查看过该文件

24、之后，需要将其删除。 4、按要求填写生成的 Description 文件和帮助文件.rd （1） Description 文件的编辑 按照提示，填好各项，Description 文件是该程序包的简介，这一格式是 Debian Linux 的作者发明的。内容如下：红色部分是需要手工编辑的。 需要特别注意的是，如果程序包的例子中使用了其他程序包（如 vegan）的数 据， 则应该在 Description 文件中加入 Suggests： vegan, 否则在 Rcmd check 中将不能通过。 如果程序包中的 R 函数引用 vegan 程序包的函数，则需要在 Description 文件中加入

25、Depends:vegan 在该程序包被载入的同时， 保证 vegan 程序包也被 载入。 # Package: freq Type: Package Title: Calculate relative frequency Version: 1.0 Date: 2011-08-13 Author: marybr66 Maintainer: marybr66 Description: Calculate relative frequency for species matrix. License: No commercial use LazyLoad: yes # （2 ）man 文件夹中.rd

26、 文件编辑 man 文件夹中包含两个文件 freq.Rd 和 freq-package.Rd， 分别是对 freq() 函数和 freq 包的介绍，下面逐项填写: Rd 文件的格式与 Tex 的格式很像， 如果有 LaTex 的基础， 则会毫不费力。 如果没有，则需要仔细琢磨一下了。 Rd 文件的项目中不能留空，否则在检查时会显示警告。其中 title 是必 须填写的内容。同时要注意：在 Rd 文件中，不要出现非 ASCII 码字符，否则 在 Rcmd check 中将不能通过。 freq.Rd 文件内容：红色的为手工输入的部分 # namefreq aliasfreq title Speci

27、es relative frequency description Calculate relative frequency for species matrix. usage freq.calc(matr) arguments itemmatr The standard species matrix details The input data is a standard species matrix with rows for plots and column for species. value Returns a vector that contains relative freque

28、ncy for each species included in the input matrix. references None author marybr66 examples A=c(0.1,0.2,0.3,0.4) freq(A) keyword frequency # freq-package.Rd 中帮助文件的填法与 freq.Rd 的类似。 5、 通过 cmd 命令创建 R 包 在 Windows 开始 运行 cmd 键入 cd D:good 将工作目录转移到 d:good 下 键入 Rcmd build -binary freq 制作 windows zip 包 键入 Rcm

29、d build freq 制作 linux 平台下可运行的 tar.gz 包 命令运行完之后可以发现，在 d:good 下生成了 freq.zip 和 freq_1.0.tar.gz 压缩包。 键入 Rcmd check freq 对 freq_1.0.tar.gz 代码的各项内容进行检查。 键入 Rcmd Rd2pdf freq 生成 pdf 格式的命令手册。 现在输入 Rcmd build -binary freq 有可能提示 binary 已经无用，但实 际作用还是有效，生成了.zip 文件。 另外， 如果作者希望将自己制作的 Package 上传到 CRAN， 则必须要通过 Rcmd check，并且其中不能有任何错误或警告。 注意 R CMD 系列命令是在 windows 控制台下运行，而非 R 控制台。 如何创建 R 软件包的参考网址（）： 1 http:/ 2 http:/ 总结： R 语言在中国的各个统计学使用方面越来越多，应用越来越广，但是相 对来说，Windows 下使用 R 确实有些不方便，但是只要花功夫摸索，一样可 以成功，希望与各种使用 R 的人多多交流，祝大家使用 R 工作和研究顺利。