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生物医学信息检索与利用.ppt

上传人:天天快乐 文档编号:1480252 上传时间:2018-07-21 格式:PPT 页数:102 大小:3.23MB
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资源描述

1、MEDLINE 光盘数据库 检索与利用,主要内容,1.Medline数据库介绍 2.WinSPIRS简介 3.数据库的组成结构 4.WinSPIRS检索界面 5.检索方法与技巧 6.检索练习,MEDLINE数据库,美国国立医学图书馆(National Library of Medicine, NLM)编辑出版Medical Literature Analysis and Retrieval System Online,MEDLINE数据库,1. 数据库的类型:书目型数据库2. 收录5240多种世界范围的生物医学期刊,范围涉及70多个国家和地区,40多种语言的文献,以期刊文献为主3. 学科范畴:

2、基础医学、临床医学、实验医学、公共卫生学、药理学和药学、牙科学、护理学等。,数据库的组成结构,数据库的组成结构是指该数据库的每条记录是由哪些部分组成。 MEDLINE光盘数据库是由许多记录组成的,一条记录就是一篇文献,每条记录又是由若干字段组成的。,TI: GOLEM-multimedia simulator for medical education. AU: Kofranek,-J; Vu,-L-D; Snaselova,-H; Kerekes,-R; Velan,-T AD: Department of Pathological Physiology, 1st Medical Facul

3、ty, Charles University, Prague, Czech Republic. kofranekcesnet.cz SO: Medinfo. 2001; 10(Pt 2): 1042-6 JN: Medinfo- IS: 1569-6332 PY: 2001 LA: English CP: Netherlands AB: We created multimedia medical training simulator “GOLEM“ for learning diagnostics and therapy of the critical clinical disorders.

4、The theoretical basis of the simulator is the mathematical formulation of the relationship of homeostasis of the internal environment (acid/base and electrolyte equilibrium, of transport of blood gases, of osmotic and volume homeostasis), respiration, circulation and kidneys including regulatory inf

5、luence of relevant hormones and the influence of some therapeutic procedures. Mathematical description consists of 39 non-linear differential equations and containing 89 input and 179 output variables. For the development of the simulation models developers tools from MathWorks (Matlab and Simulink)

6、 has been used. The integration of the multimedia components, hypertext and simulation models interface was achieved by using Control Web, developed by Moravian Instruments, originally designed for long distance controls using PC and Internet. We have used our simulator as an efficient educational t

7、ool to help medical students learn circulatory, respiratory, acid-base, electrolyte, osmotic and volume disorders and train the diagnostic and therapeutic decisions by executing simulated interventions on virtual “patients“. MJME: *Computer-Simulation; *Computer-Assisted-Instruction-methods; *Educat

8、ion,-Medical-methods; *Homeostasis-; *Multimedia- MIME: Acid-Base-Imbalance-diagnosis; Acid-Base-Imbalance-therapy; Hypermedia-; User-Computer-Interface; Water-Electrolyte-Imbalance-diagnosis; Water-Electrolyte-Imbalance-therapy TG: Humans; Research-Support,-Non-U.S.-Govt PT: Journal-Article SH: dia

9、gnosis; therapy; methods JC: Medical-Informatics SB: Index-Medicus UD: 20041117 DA: 20011017 DR: 20041117 CD: 20020214 RO: National-Library-of-Medicine AN: 11604890 PI: Citation processed from: Print Journal available in: Print XREC: ABSTRACT (AB),Medline记录实例,MEDLINE光盘数据库的结构,记录,字段,标识符 字段名称 属性TI Titl

10、e(篇名)AU Author(著者)AD Address of Author(地址)SO Source(文献来源)PY Publication Year(出版年) *LA Language(语种) *CP Country of Publication(出版国) *AB Abstract(文摘)XREC Record Features(记录特征) *MESH Medical Subject Headings(医学主题词表)MIME Minor MeSH Headings(次要医学主题词表)MJME Major MeSH Headings(主要医学主题词表)SH Subheadings(副主题词)

11、 *PS Personal Name as Subject(人名主题词)CN Contract or Grant Numbers(合同号或基金号),标识符 字段名称 属性 RN CAS Registry Number(化学物质登记号) NM Name of Substance(物质名称) IS International Standard Serial Number(国际标准刊号) * TG Checktages(特征词) * AN Accession Number(存取号) * UD Update code(更新代码) * SI Secondary Source Identifier(第二次

12、文献来源标识) SB Subset(子集) * CM Comments(评论) GS Gene Symbol(基因号) PT Publication Type(出版类型) *带*为限制性字段,其他为基本字段或默认字段,WinSPIRS简介,WinSPIRS是美国银盘公司基于Windows平台开发的适用于该公司所有光盘数据库的专业信息检索软件。 WinSPIRS 的含义是 Silver platter Information Retrieval System for Windows。WinSPIRS是一个用户界面友好的易操作软件。它的检索功能强大,检索文献时,提供多种检索入口和检索方案,给用户以

13、很大的自由度和灵活性,查全率与查准率较高。,WinSPIRS的检索界面,主要有5个界面: 1.数据库选择屏; 2.数据库版权页; 3.检索屏; 4.索引屏; 5.叙词屏。,数据库选择屏,是供我们选择检索文献时间范围的一个界面。有两个对话框,第一个框列出了时间范围(choose from these database,选择这些数据库);第二个框用来添加数据库时间范围(use these database,使用这些数据库)用“add”按钮实现选择,即从第一个框选出的范围添加到第二个框来选择。“remove”按钮可以更改数据库的时间范围,选好后点击“OK”按钮,就能实现。,数据库版权页,该页也有两个

14、框,第一个框介绍数据库信息:数据库出版信息、涉及的学科内容、银盘公司的网址等。第二个框介绍银盘公司的法律责任,点击“OK”按钮进入数据库,点击“Next”、“Previous”可浏览其他数据库信息。,检索屏,主要的检索途径和过程都在这个界面下完成。第一行是菜单栏;第二行是按钮栏;第三行是检索词输入栏;第四行是检索史显示区,其中列有No.记录号、record记录数、Search检索词。下面有两个框,第一个框是命中结果状态区,第二个框是命中结果显示区。,命中结果显示区,检索史区,检索区,命中结果状态区,索引屏,列出了数据库中所有可以检索的词、词组或字母数字组合,它允许用词根检索,查找某个单词或词组

15、,并浏览包含这些词的所有记录。当通过索引找到所需要的词,可以直接选择并进行检索。,叙词屏,叙词和主题词一样是规范化的检索语言,用它来检索文献可以检索结果既全面又准确。在叙词屏中输入的检索词只有是主题词才能查到文献。若不是主题词会设参见条目,必须用参见词条去检索文献。,检索技巧与方法,检索方法: 1. Search屏基本检索:自由词 2. Thesaurus屏主题检索:主题词 3. 限制性检索: Search屏状态下用限定词完成的检索。限定词:in、=,1.自由词检索,MEDLINE光盘检索过程中,如果没有特别指定叙词字段或用词表功能检索,一般的检索词都是自由词。数据库中的自由词是指出现在记录中

16、任何字段的文献的原文词,来源于所有记录基本字段的单词、词组、数字、字符组合(禁用词除外)。,1.自由词检索,自由词检索可以在三种状态下实现: 1. 检索屏Search: 提示符后 2.命中结果显示区内 3.索引屏状态下,任意的单词或词组(禁用词除外),如:AIDS 连缀词组,如:Il-6 词根(截词)检索,如:cardio*可以检索到cardiology,cardiologist,cardiological等词(*为截词符,代表任意个字母) 带通配符“?”的单词,例如: Wom ?n 可检索 woman或women 的文献, “?”表示0或1个字母。 以前的检索序号,如:#6 带引号的运算符的

17、检索,“ in vitro” 逻辑检索式:用逻辑运算符连接检索词形成的检索式就是逻辑检索式。,(1)检索屏Search: 提示符后,可输入:,WinSpirs中有以下几个逻辑运算符可进行逻辑复合检索:,逻辑“与”运算AND:检索式写成A and B,表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。AIDS and therapy 逻辑“或”运算OR:检索式写成A or B,表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome 逻辑“非”运算NOT:检索式写成A not

18、B,表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。Hepatitis not Animal,检索举例1,肝癌的药物疗法方面的文献。 1.课题分析:肝癌( liver cancer )药物疗法(drug therapy) 2.列检索表达式:liver cancer and drug therapy 3.浏览检索结果:,显示格式,默认的格式包括:TI、AU、SO、AB。 利用Options 选择自己需要的格式,浏览方式,标记,检索结果的排序:,在菜单Record选项中,选“Sort Record”命令可以实现排序。可以是升序也可以是降序。但仅对检索结果记录=1000条的,进行排序,超过这个值

19、将拒绝排序。,排序,排序,排序后的结果显示,(2) 命中结果显示区内,指令Show是用来显示检索命中结果的,如果在浏览已检到的检索结果时,发现文中有更好的,更确切的词,那么你可以通过鼠标加亮该词或词组,按Add to Search按钮送到检索提示符Search:后进行检索。这种从显示的记录中选词再检索也称为横向检索。在横向检索中,既可以选择一个单词也可以选择一串单词(词组或短语)作为检索式。选择的短语长度不超过140个字符。,(3) 索引屏状态下,索引屏所展现的是MEDLINE数据库的基本索引,又称主要倒排档。它列出了MEDLINE数据库中全部记录的所有可以检索的词、词组或字符组合。可检的索引

20、条目包括了用户可以用以检索的任意单词、数字、字符组合、词组和短语。在索引屏状态下,用户既可以按字顺查看数据库中所有被索引的词及用连字符连接起来的术语,并允许从中选择一个或多个词进行自动检索,也可以在Index:提示符后输入一个特定的词或词根,索引会自动停留在相关的条目上。,2. 叙词检索,主要在叙词屏状态下检索。Thesaurus原意是同类词语汇编,在计算机检索中它是指主题词轮排表。就是把词表中的主题词和款目词按单元词字顺排列所构成的字顺表。这个表的作用是以某个单元词为突破口,指引检索者正确使用的主题词。输入的检索入口词可以是一个词的片段,一个完整的词或一个短语。,2. 叙词检索,叙词也可称为

21、主题词,它是对自然语言进行规范化处理后的结果。叙词检索是MEDLINE CD-ROM数据库的重要检索途径。MEDLINE数据库的叙词有主题词(Headings)和副主题词(Subheadings)两种。另外,每一篇文献的主题词也有主次之分:主要主题词(MJME)描述文献重点讨论的内容;次要主题词(MIME)描述文献一般涉及的问题。使用控制词表的优点之一,是可以将相似的资源集中在一起,而与各个著者在著述中所使用的词语无关。利用MeSH则可克服同义词上的问题,因此,MeSH检索要比简单的自由文本检索更为精确。,主题词(headings):,直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词

22、表达。 如:肿瘤 cancer Carcinoma Tumor Neoplasm,Neoplasm,副主题词(subheadings):,副主题词:用于对主题词进一步限定的词或词组。 如:治疗(therapy)、外科学(surgery)、代谢(metabolism)、 诊断(diagnosis)主题词与副主题词之间的组配检索,起到对主题词的限定作用,是主题词具有更高的专指性,缩小检索范围,保证检索结果的准确性。 如:白血病的药物治疗leukemia/drug therapy但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用,每个副主题词具有一定的专指性,其使用范围仅限于它后面括号内的类目。,2.

23、叙词检索,叙词检索可以在两种状态下实现:(1)叙词屏Thesaurus状态下(2)检索屏Search: 提示符后,(1) 叙词屏Thesaurus状态下,叙词屏展示的是MEDLINE数据库特有的一个主题词表(Medical Subject Headings, MeSH)。主题词表主要由三部分组成: 轮排索引(Permuted Index) 所选词注释信息(Term Information) 副主题词表选择屏(Subheadings Selection),主题词-副主题词组配,思考:肺肿瘤的诊断肺肿瘤/诊断 explode “Lung-Neoplasms“/ diagnosis,(2) Sear

24、ch状态下:,用符号“/”连接主题词与副主题词作为叙词检索表达式表达式为:主题词/副主题词例如: Lung-Neoplasms / diagnosis,检索举例2,维生素C治疗贫血方面的外文文献。 1.课题分析:维生素C( vitamin C)贫血(anemia) 2.选择MEDLINE数据库 3.选择Thesaurus屏检索 4.Thesaurus屏检索表达式: #1 vitamin C/therapeutic use #2 anemia/drug therapy 5.浏览检索结果 6.保存结果 7.获取原文,3.限制性检索,限制符:“in” “=”在检索屏状态下,在检索词输入区内,对任意自

25、由词可用“in”或“=”等限制符加上字段标识符指定在某个字段内检索。MEDLINE数据库的所有字段都可进行限制检索,其中限制性字段只有用这种方式检索才能发挥它的作用。,3.限制字段检索,输入格式:检索词 in 字段标识符字段标识符检索词所有字段都可进行限制检索,其中限制性字段只有用这种方式检索才是有效检索。 “=”只能用在限制性字段“in”可以用在所有字段常用的限制性字段: PY, LA, CP, PT, XREC, SH, SB,标识符 字段名称 属性TI Title(篇名)AU Author(著者)AD Address of Author(地址)SO Source(文献来源)PY Publ

26、ication Year(出版年) *LA Language(语种) *CP Country of Publication(出版国) *AB Abstract(文摘)XREC Record Features(记录特征) *MESH Medical Subject Headings(医学主题词表)MIME Minor MeSH Headings(次要医学主题词表)MJME Major MeSH Headings(主要医学主题词表)SH Subheadings(副主题词) *PS Personal Name as Subject(人名主题词)CN Contract or Grant Numbers

27、(合同号或基金号),3.限制字段检索范围运算符,=、=、 (一般用于检索年代的限定)=(等于): PY=2006(出版年为2006年) (大于): PY 2006 (出版年为2006年以后) =(大于等于) :PY= 2006 (指定范围): PY=2000 -2006 (出版年为2000年-2006年),限制检索举例:,(1)篇名内检索:liver cancer in ti (2)文摘内检索: liver cancer in ab (3)出版年份(限制性字段)检索:2000 in py (4)语种(限制性字段)的限制检索:la=german 或 german in la (5)作者的限制检索

28、:han-q-d in au( han q d in au ) (6)著者通讯地址检索:peking university in ad,限制检索举例:,(7)医学主题词的限制:leukemia in mesh; (8)出版类型(限制性字段)的限制检索:review* in pt; pt= review* (9)期刊名称的限制:nature in so,检索举例3,2007年,北京大学全体师生用英文发表的文章被MEDLINE数据库收录数量。 1.分析课题:2007年;北京大学;英文文献 2.检索表达式:PY=2007 peking university in adenglish in la,检索

29、举例4,检索我校韩启德教授2005年发表的文献 #1 han q d in au #2 peking university in ad #3 2005 in py (py= 2005) #4 #1 and #2 and #3,检索技巧与方法小结,检索方法的选择Thesaurus屏和Search屏 检索表达式 (1)分析课题的主题内容列出中英文词或词组 (2)表达式中可以使用运算符,检索结果输出,检索结果的输出方式有:显示(show)打印(print)套录(download)这三种命令都是在检索屏状态下完成的。可以用“mark ”、“options”选项来标记记录和选择字段种类。,WinSpir

30、s提供的其他辅助功能,WinSpirs除提供许多复杂的检索功能和途径以外,还提供了许多与检索有关的辅助功能,这些功能使我们能快捷方便的检索文献,是主要检索途径的补充和完善。 WinSpirs主要提供以下辅助功能: (1)检索史的管理 (2)使用建议词检索 (3)对检索结果的排序 (4)使用联机帮助学习检索方法,检索史的管理,可以对已输入的检索式进行再利用、删除、存储和运行。 (1)检索式的再利用:通过“Retype”键实现 (2)检索式的删除:通过“clear”键实现 (3)检索式的限制:通过“limit”键实现 (4)检索式的存储:通过“File”菜单中“save”实现 (5)检索式的调用和

31、运行:通过“File”菜单中“Load and Run”实现,检索式的再利用,清除检索历史,清除检索历史,检索策略保存,保存检索策略,保存检索策略,调用检索策略,调用检索策略,使用建议词检索,当用户不能确定用什么词检索自己的课题更好时,WinSpirs可以给出一些建议词供用户选择,这些建议词往往都是能够保证查全查准的叙词。具体操作为:在检索屏Search:提示符后输入用户认可的任何一个自由词(不要回车),然后立即点击Suggest按钮,系统首先将检索限定在TI、AB、MeSH字段进行,并且在检索史区显示捡出记录数,然后根据输入的检索词提供一系列与该自由词相关的叙词供用检索使用。,使用联机帮助学习检索方法,同许多软件一样,WinSpirs也提供联机帮助供用户自学。WinSpirs的联机帮助有两种:一种是WinSpirs本身的使用帮助,另一种是对用户正在使用的数据库的帮助。调出联机帮助的步骤是:在WinSpirs的任何状态下,按F1功能键或点击菜单条中Help选项,屏幕上立刻弹出联机帮助窗口,通过浏览联机帮助中的超链接文本,用户可以学习一切关于WinSpirs和相关数据库的使用方法和技巧。,谢谢!,

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