1、 分 子 克 隆 技 术 实 验 操 作 手 册李香花 吴昌银 邢永忠华中农业大学生命科学技术学院1课程简介分子克隆技术是指 DNA 的无性繁殖技术。分子克隆技术课程主要是针对生物技术专业、生物科学专业、生命科学与技术基地班本科生及生物学类专业研究生而开设的实验课。实验内容涉及分子克隆的一些基本方法及基本操作技巧，主要包括分子克隆、分子杂交和表达检测三部分分子克隆技术：DNA 重组技术是分子生物学的核心内容。本实验利用质粒载体克隆外源 DNA 片段，通过这个实验大家可以掌握质粒载体的抽提、外源 DNA 的准备、酶切、连接及感受态细胞的制备、连接产物的转化以及阳性克隆子的鉴定和验证等。分子杂交技
2、术：实验室常用的分子杂交技术主要有 Southern blotting，Northern blotting，Western blotting 及 Dot blotting等。Southern blotting 是通过用一种或多种限制性内切酶消化基因组或其它来源的 DNA，经过琼脂糖凝胶电泳按大小分离酶切所得的片段，随后 DNA 在原位发生变性并从凝胶转移到一固相支持物上（硝酸纤维素膜或尼龙膜） 。DNA 转移至固相支持物的过程中各 DNA 的相对位置保持不变，用一定方法(如放射性同位素或 DIG)标记的 DNA 探针与固着在膜上的 DNA 杂交，经 X-光片自显影或显色显现出与探针 DNA 互
3、补的 DNA电泳条带的位置，然后进行分析。本实验要求掌握植物总 DNA 的抽提、质量检测、限制性内切酶操作、DNA 的琼脂糖凝胶电泳、转膜、探针的制备、同位素操作等方面的实验技术。2表达检测：在转录水平上研究和了解基因的表达与调控是分子生物学和基因操作的重要内容。本实验通过 RT-PCR 技术训练学生掌握RNA 的抽提、反转录及 PCR 技术等。分子克隆技术实验课是从事生命科学相关研究的学生从课堂走进实验室，顺利开展科研工作的必经之路。希望学生通过以上三个实验的综合训练能够为提高实际动手能力和实验自主设计能力打下坚实基础。3目 录系列一 分子克隆技术 5实验一 质粒的制备 .5实验二 DNA
4、的琼脂糖凝胶电泳 6实验三 外源 DNA 片段在质粒载体中的克隆 8实验四 感受态细胞的制备 10CaCl2 感受态细胞的制备实验步骤 10电转化法制备大肠杆菌感受态细胞的实验步骤 .11实验五 质粒的转化及转化子的鉴定 .12热激法转化实验步骤： .12质粒电转化大肠杆菌感受态细胞操作步骤 .13系列二 Southern 技术 14实验一 植物总 DNA 的快速少量抽提（CTAB 法） 14实验二 总 DNA 质量检测及酶切 .15实验三 电泳、转膜 .16实验四 Southern 杂交 .18系列三 表达检测 .24实验一 RNA Extraction (mini prep) .24实验二
5、 RT-PCR (Reverse transcription PCR)26实验三 RNA 的电泳，转膜和杂交 .28附录 试剂配方 294一 细菌培养试剂 .30二 质粒抽提试剂 .31三 DNA 操作试剂 .31四 RNA 操作试剂 .35Stock Solution:35Work Solution .35系列一 分子克隆技术 .4实验一 质粒的制备 .4实验二 DNA 的琼脂糖凝胶电泳 .5实验三 外源 DNA 片段在质粒载体中的克隆 7实验四 感受态细胞的制备 .9CaCl2 感受态细胞的制备实验步骤 .10电转化法制备大肠杆菌感受态细胞的实验步骤 .10实验五 质粒的转化及转化子的鉴定
6、 .11热激法转化实验步骤： .12质粒电转化大肠杆菌感受态细胞操作步骤 .12系列二 South ern 技术 14一、植物总 DNA 的快速少量抽提（CTAB 法） 17二、总 DNA 质量检测及酶切 18三、 .18电泳、转膜 .18探针标记及杂交 .20方法一 放射性 .20同位素标记探针的 Southern 杂交 .20方法二 地高辛标记探针的 Southern 杂交实验步骤： .22系列三 表达检测 .26实验一 RNA Extraction (mini prep)26实验二 RT-PCR (Reverse transcription PCR) 28实验三 RNA 的电泳，转膜和杂
7、交 .31附录 试剂配方 .33一 细菌培养试剂 .33二 质粒抽提试剂 .34三 DNA 操作试剂 .34四 RNA 操作试剂 .39Stock Solution: 39Work Solution .4056系列一 分子克隆技术实验一 质粒的制备质粒是携带外源基因进入细菌中扩增或表达的主要载体，它在基因操作中具有重要作用。质粒的分离与提取是最常用、最基本的实验技术。质粒的提取方法很多，大多包括 3 个主要步骤：细菌的培养、细菌的收集和裂解、质粒 DNA 的分离和纯化。本实验以碱裂解法为例，介绍质粒的抽提过程。实验目的：掌握碱裂解法抽提质粒的原理、步骤及各试剂的作用。实验材料：含有质粒 pUC
8、18（或 pUC19）载体的大肠杆菌菌液，克隆有水稻外源片段的 BAC 的大肠杆菌菌液。 实验原理：在 pH 12.0 12.6 碱性环境中，细菌大分子量染色体 DNA 变性分开，而共价闭环的质粒 DNA 虽然变性但仍处于拓扑缠绕状态。将 pH 调至中性并有高盐存在及低温的条件下，大部分染色体 DNA、大分子量的RNA 和蛋白质在去污剂 SDS 的作用下形成沉淀，而质粒 DNA 仍然为可溶状态。通过离心，可除去大部分细胞碎片、染色体 DNA、RNA 及蛋白质，质粒 DNA 尚在上清中，然后用酚、氯仿抽提进一步纯化质粒DNA。实验步骤：取含有 pUC18（或 pUC19）质粒或含有 BAC 的大
9、肠杆菌菌液分别于含氨苄青霉素或氯霉素的 LA 培养基上划线分离单菌落，37培养过夜；用接种环或无菌牙签挑取单菌落，接种于含有相应抗生素的 LB 培养基中，置于转速250 r/min 的摇床上， 37C 培养过夜；吸取 1.5 ml 菌液， 12000 rpm 离心 2 分钟，收集菌体，倒掉菌液，再吸取 1.5 ml 菌液于同一离心管内，再次离心收集菌体，将菌液尽量倒干净；加入 300 l 溶液 I，重新悬浮细胞，振荡器上混匀（注意：应彻底打匀菌体沉淀） ；加入 300 l 溶液 II，轻柔颠倒混匀，放置至清亮，一般不超过 5 分钟；7加入 300 l 溶液 III，颠倒混匀，放置于冰上 10
10、分钟，使杂质充分沉淀；12000 rpm 离心 10 分钟；吸取 800 l 上清液（注意：不要吸取到飘浮的杂质）转至另一 1.5ml 离心管中，加入 2/3 体积的异丙醇，室温下放置 5 分钟；12000 grpm 常温离心 10 分钟；倒尽上清，加 75乙醇浸洗除盐（放置片刻或离心 3 分钟后倒去上清） ；室温放置或超净台上风干 DNA；加 40 l 灭菌超纯水或 TE 溶解；质粒、BAC 的质量检测，于-20保存。附注：质粒检测电泳检测：质粒电泳一般有三条带，分别为质粒的超螺旋、开环、线型三种构型吸光值检测：采用分光光度计检测 260nm、280nm 波长吸光值，若吸光值260nm/28
11、0nm 的比值介于 1.81.9 之间，说明质粒质量较好，1.8 为最佳，低了说明有蛋白质污染，高了说明有 RNA 污染。实验二 DNA 的琼脂糖凝胶电泳带电荷的物质在电场中的趋向运动称为电泳。电泳的种类多，应用非常广泛，它已成为分子生物学技术中分离生物大分子的重要手段。琼脂糖凝胶电泳由于其操作简单、快速、灵敏等优点，已成为分离和鉴定核酸的常用方法。实验目的：掌握琼脂糖凝胶电泳的原理，学习琼脂糖凝胶电泳的操作。实验材料：质粒 DNA、BAC、植物总 DNA 或它们的酶切产物。实验原理：在 pH 值为 8.08.3 时，核酸分子碱基几乎不解离，磷酸全部解离，核酸分子带负电，在电泳时向正极移动。采
12、用适当浓度的凝胶介质作为电泳支持物，在分子筛的作用下，使分子大小和构象不同的核酸分子8泳动率出现较大的差异，从而达到分离核酸片段检测其大小的目的。核酸分子中嵌入荧光染料（如 EB）后，在紫外灯下可观察到核酸片段所在的位置。实验步骤：用胶带将洗净、干燥的制胶板的两端封好，水平放置在工作台上；调整好梳子的高度；称取 0.24 g 琼脂糖于 30 ml 0.5TBE 中，在微波炉中使琼脂糖颗粒完全溶解，冷却至 45-50C 时倒入制胶板中；凝胶凝固后，小心拔去梳子，撕下胶带；将电泳样品与溴酚蓝混合后将样品依次点入加样孔中；pUC18： 5l DNA + 3l ddH2O + 2l 溴酚蓝共 10l
13、于 0.5ml tube 中混合后点样；BAC：10l2l 溴酚蓝于 0.5ml tube 中混合后点样注意：记录不同样品的泳道位置将制胶板放入电泳槽中，加入 0.5TBE 电泳缓冲液至刚刚淹没凝胶，打开电泳仪，使核酸样品由负极向正极泳动；电泳完成后切断电源，取出凝胶，放入 0.5 g/ml 的溴化乙锭（EB）溶液中染色1015 min，清水漂洗后置于紫外透射仪上观察电泳结果，并照相记录。附注：1影响 DNA 在琼脂糖凝胶中迁移速率的因素：DNA 分子大小 迁移速率 U 与 logN 成反比（N 为碱基对数目） 。分子大小相等，电荷基本相等（DNA 结构重复性） 。分子越大，迁移越慢。等量的空
14、间结构紧密的电泳快（超螺旋线性 DNA）琼脂糖浓度：logU=logU 0 Kr 胶浓度，U 为迁移率，U 0 为 DNA 的自由电泳迁移率， 为胶浓度，Kr 为介质阻滞系数。不同的凝胶浓度，分辨不同范围的DNAAgarose： 0.5%： 1-30 kb； 0.7%： 0.8-12 kb1.2%： 0.4-7 kb； 1.5%： 0.2-3 kb.DNA 构象：一般迁移速率超螺旋环状线状 DNA，当条件变化时，情况会相反，还与琼脂糖的浓度、电流强度、离子强度及 EB 含量有关。9所加电压：低电压时，线状 DNA 片段的迁移速率与所加电压成正比。使分辨效果好，凝胶上所加电压不应超过 5V/cm
15、碱基组成与温度：一般影响不大 4 -30 嵌入染料的存在：降低线性 DNA 迁移率，(不提倡加在电泳液中 )电泳缓冲液 （0.5TBE）的组成及其离子强度影响 DNA 的迁移率，无离子存在时，核酸基本不泳动，离子强度过大产热厉害，熔化凝胶并导致 DNA 变性，一般采用 1TAE，1TBE ，1TPE（均含 EDTA pH8.0） 。2溴化乙锭（EB）为致癌剂，操作时应戴手套，尽量减少台面污染。3电泳指示剂：核酸电泳常用的指示剂有两种，溴酚蓝（bromophenol blue, Bb）呈蓝紫色；二甲苯晴（xylene cyanol, Xc）呈蓝色，它携带的电荷量比溴酚蓝少，在凝胶中的的迁移率比溴
16、酚蓝慢。实验三 外源 DNA 片段在质粒载体中的克隆DNA 重组技术包括载体及外源 DNA 片段的酶切消化、目的片段的获得及纯化、目的片段与克隆载体的体外连接、重组子的筛选和鉴定等内容。DNA 片段的克隆技术是分子操作的核心部分。实验目的：学习 DNA 的酶切、纯化及外源片段与载体的连接，将 BAC 克隆所携带的外源 DNA 酶切片段亚克隆到 pUC18 载体上。实验材料：外源片段来自一个含有水稻 DNA 片段的 BAC 克隆的酶切片段；克隆载体为 pUC18。实验原理：限制性内切酶可识别特定位点并切割 DNA 产生粘性末端或平末端的外源片段，经纯化处理后的 DNA 用于连接反应；选择克隆载体
17、 pUC18多克隆位点上相应的限制性内切酶切割，并用碱性磷酸酶处理防止载体自连；在连接酶的作用下将外源片段连接到载体上，实现外源片段的克隆。实验步骤：载体 pUC18 和外源 DNA 片段的限制性酶切：10（50 l 反应体系，用 1.5ml tube，冰上操作）：DNA 30 lR.E（10U/ l） 1 l10buffer 5 lddH2O 14 l37反应 1- 12 小时，分别取 8 l 外源片段酶切产物和 5 l pUC18 酶切产物于 1.0%凝胶检测酶切是否完全；按 25 步纯化、回收 DNA加入 150 l ddH2O（扩大体积） ，加入 200l 氯仿/异戊醇（24:1 ）
18、，颠倒混匀，12000rpm 离心 10 min；吸取上清，加 1/10 体积 3M NaAc 和两倍体积无水乙醇，-20放置 15 分钟以上；12000rpm 4冷冻离心 15 分钟；倒去上清，用 75乙醇浸洗沉淀，风干后外源 DNA 溶于 10 l ddH2O，pUC18 溶于 20 l ddH2O；按以下反应去除载体 pUC18 的 5磷酸基团：酶切后的 pUC18 DNA 20 lCIAP（TaKaRa） 0.5 l10 buffer 4.0 lddH2O 15.5 l50反应 30 min 以上70水浴 10 min, 使 CIAP 失活；按 25 步纯化载体，溶于 10 l ddH
19、2O；连接反应（10 l 体系）：外源 DNA 5 lpUC18 载体 2.5 l5 buffer 1.5 lT4 ligase (3U/l) 1 l16水浴过夜转化大肠杆菌感受态细胞转化子的鉴定11附注：根据试验目的和外源片段的不同可选用不同的载体，采用不同粘性末端的双酶切可实现外源片段的定向克隆。克隆中用到的几种工具酶：（1）限制性内切酶限制性内切酶的一个活性单位（1U）：指在 50 l 反应体系中，37下，经过1 小时的反应将 1g DNA 完全切割所需要的酶量。限制性内切酶的 star 活性：限制酶在某些条件下使用时对 DNA 切割的位点特异性可能降低，即可以切割与原来识别的特定 DN
20、A 序列不同的碱基序列，这种现象叫限制酶的 star 活性。它的出现与限制酶、底物 DNA 以及反应条件有关。（2）碱性磷酸酶细菌碱性磷酸酶（BAP）和牛小肠碱性磷酸酶（CIAP）都能催化水解DNA、 RNA、dNTP 和 NTP 上的 5磷酸残基。比较而言， CIAP 更常用，因其可在 70 10内加热灭活或通过苯酚抽提而变性失活，同时 CIAP 的活性比 BAP 的高 1020 倍。它主要用于：（1）克隆时去除载体的 5-P，以防载体自连；（2）在用 Kinase 进行 5末端标记前，去除 DNA 的 5-P。（3）连接酶体外催化磷酸二酯键的形成可使用两种酶：大肠杆菌连接酶和 T4 噬菌体
21、连接酶，但几乎在所有的克隆中 T4 噬菌体连接酶都是首选的酶，因其能在正常的反应条件下能有效的将平端连接起来。氯仿对眼睛、皮肤、粘膜及呼吸道都有刺激作用，它是致癌剂并可损伤肝脏和肾脏，操作时需戴手套、安全镜并在通风橱中进行。苯酚是强腐蚀剂，能引起严重烧伤。操作时应戴手套、安全镜、穿防护服，并在通风橱中进行。实验四 感受态细胞的制备体外连接的 DNA 重组分子导入合适的受体细胞才能大量增殖。为了提高受体菌摄取外源 DNA 的能力，提高转化效率以获得更多的转化子，人们摸索出了不同的方法处理细菌，使其处于感受态。目前主要采用电转化法和 CaCl2法将外源 DNA 导入受体细胞中，并需要相应地制备电转
22、化感受态细胞和 CaCl2感受态细胞。实验目的：学习感受态细胞的制备过程12实验材料：大肠杆菌菌株 DH5或 DH10B实验原理：电转化法是利用瞬间高压在细胞上打孔，因而需用冰冷的超纯水多次洗涤处于对数生长前期的细胞，以使细胞悬浮液中应含有尽量少的导电离子。转化效率为 10910 10 转化子/g DNA；对于热激法，是利用冰冷的 CaCl2 处理对数生长期的细胞，可以诱导其产生短暂的“感受态” ，易于摄取外源 DNA。转化效率为 106 10 7 转化子/g DNA。CaCl2感受态细胞的制备实验步骤前夜接种受体菌（DH5或 DH10B） ，挑取单菌落于 LB 培养基中 37摇床培养过夜（约
23、 16 小时） ；取 1ml 过夜培养物转接于 100ml LB 培养基中，在 37摇床上剧烈振荡培养约 2.5-3 小时（250-300rpm） ；将 0.1M CaCl2溶液置于冰上预冷；以下步骤需在超净工作台和冰上操作吸取 1.5ml 培养好的菌液至 1.5ml 离心管中，在冰上冷却 10 分钟；4下 3000 g 冷冻离心 5 分钟；弃去上清，加入 100l 预冷 0.1M CaCl2溶液，用移液枪轻轻上下吸动打匀，使细胞重新悬浮，在冰放置 20 分钟；4下 3000 g 冷冻离心 5 分钟；弃去上清，加入 100l 预冷 0.1M CaCl2溶液，用移液枪轻轻上下吸动打匀，使细胞重新
24、悬浮；细胞悬浮液可立即用于转化实验或添加冷冻保护剂（15% - 20%甘油）后超低温冷冻贮存备用（70） 。电转化法制备大肠杆菌感受态细胞的实验步骤前夜接种受体菌（DH5或 DH10B） ，挑取单菌落于 LB 培养基中 37摇床培养过夜；取 2ml 过夜培养物转接于 200ml LB 培养基中，在 37摇床上剧烈振荡培养至OD6000.6（约 2.5-3 小时） ；将菌液迅速置于冰上。以下步骤务必在超净工作台和冰上操作吸取 1.5ml 培养好的菌液至 1.5ml 离心管中，在冰上冷却 10 分钟；4下 3000g 冷冻离心 5 分钟，收集菌体，弃去上清。必要时可收集 2 次； 加入 1500l
25、 冰冷的 10%甘油，使细胞重新悬浮（先加 750l 用移液枪轻轻上下吸动打匀，再加 750l 混匀） ；134下 3000g 冷冻离心 5 分钟；弃去上清，加入 750l 冰冷的 10%甘油，用移液枪轻轻上下吸动打匀，使细胞重新悬浮；4下 3000g 冷冻离心 5 分钟；加入 20l 冰冷 10%的甘油，用移液器轻轻上下吸动打匀，使细胞重新悬浮；立即使用或迅速置于-70C 超低温保存。附注：影响感受态细胞转化效率的因素及实际操作过程中应注意的事项：细菌的生长状态：实验中应密切注视细菌的生长状态和密度，尽量使用对数生长期的细胞（一般通过检测 OD600 来控制。DH5菌株 OD600 为 0.
26、5 时细胞密度是 5107/ml） ；所有操作均应在无菌条件和冰上进行；经 CaCl2 处理的细胞，在低温条件下，一定的时间内转化率随时间的推移而增加，24 小时达到最高，之后转化率再下降（这是由于总的活菌数随时间延长而减少造成的） ；化合物及无机离子的影响：在 Ca2+的基础上联合其他二价金属离子（如 Mn2+或Co2+） 、DMSO 或还原剂等物质处理细菌，可使转化效率大大提高（ 100-1000 倍） ；所使用的器皿必须干净。迹量的去污剂或其它化学物质的存在可能大大降低细菌的转化效率；质粒的大小及构型的影响：用于转化的应主要是超螺旋的 DNA；一定范围内，转化效率与外源 DNA 的浓度呈
27、正比；实验五 质粒的转化及转化子的鉴定质粒的转化是指将质粒或以它为载体构建的重组子导入细菌的过程。将连接产物转化到感受态细胞中，实现重组克隆的增殖，便于后续分子操作。可以采用多种方法筛选和鉴定目的克隆。实验目的：掌握热激法或电转化法转化大肠杆菌感受态细胞及转化子的鉴定方法。14实验材料：外源片段与载体的连接产物；大肠杆菌感受态细胞。实验原理：（1）热激法：大肠杆菌在 0 CaCl2 低渗溶液中，菌细胞膨胀成球形，转化混合物中的 DNA 形成抗 DNase 的羟基钙磷酸复合物粘附于细胞表面，经 42短时间热冲击处理，促进细胞吸收 DNA 复合物，在丰富培养基上生长数小时后，球状细胞复原并分裂增殖
28、。在被转化的细胞中，重组子基因得到表达，在选择性培养基平板上可挑选所需的转化子。（2）电转化法：外加于细胞膜上的电场造成细胞膜的不稳定，形成电穿孔，不仅有利于离子和水进入细菌细胞，也有利于孔 DNA 等大分子进入。同时 DNA 在电场中形成的极性对于它运输进细胞也是非常重要的。热激法转化实验步骤：制备选择性培养基平板：在融化的 250ml LA 培养基中 250 l Amp（100mg/ml） ，250 l X-gal (20mg/ml)，25 l IPTG (200mg/ml)，混匀后倒入灭菌培养皿中；取出 3 管制备好的感受态细胞，放在冰上融化；每 100 l 感受态细胞加入约 20ng
29、质粒 DNA，3 管分别加连接产物、标准超螺旋质粒 DNA（阳性对照）及不加入任何 DNA（阴性对照） ，用移液器轻轻吸打均匀，在冰上放置 30 分钟；热击：将离心管放置 42水浴，热击 90 秒，注意：勿摇动离心管；冰镇：快速将离心管转移至冰浴，放置 12 分钟；复苏：每管加 400 l SOC 培养基，在 37摇床温和摇动温育 45 分钟，使细菌复苏；布皿：取适当体积均匀涂布于含有 IPTG、X-gal、抗生素（Amp）的 LA 平板；培养：倒置培养皿，于 37培养 1216 小时 即可观察到蓝白相间的菌落（其中白色菌落为含有外源插入片段的转化子，蓝色菌落是载体自连的转化子）质粒电转化大肠
30、杆菌感受态细胞操作步骤1制备选择性培养基平板：将融化的 250ml LA 培养基冷却至 50C 左右，加入250 l Amp（100mg/ml） ，250 l X-gal (20mg/ml)，25 l IPTG (200mg/ml)，混匀后快速倒入灭菌培养皿中（注意：温度太高，抗生素失活，温度太低，培养基易凝固） ；2取出制备好的感受态细胞，放在冰上融化；153每管感受态细胞加入 1l 连接产物，用移液器轻轻吸打均匀，置冰上；4电转化仪选择 1800V 作为输出电压；5将要转化的混合物加入预冷的 1 mm 的电转化杯中，立即按下按纽电击；6立即加 1ml SOC 培养基到转化杯中重悬细胞；7将
31、细胞转入合适的培养管中 37C 培养 1 小时；8吸取合适体积的菌液涂布已倒好的选择培养基平板；937C 培养过夜，观察结果。附注：利用氨苄青霉素抗性筛选转化子时，用转化细胞铺平板的密度要低（90mm 平板上不得超过 105 个菌落） ，同时 37培养不应超过 20 小时，具氨苄青霉素抗性的转化体可将内酰胺酶分泌到培养基中，迅速灭活菌落周围的抗生素，从而导致对氨苄青霉素敏感的卫星菌落的出现。鉴定转化子中是否含有外源 DNA 片段常用的方法有：互补；杂交筛选；插入失活（一些老质粒如 pBR322 等）;小量提取质粒酶切检测、PCR 检测16系列二 Southern 技术（转基因植物的阳性鉴定及插
32、入的外源基因拷贝数检测）主要通过检测转基因植物中插入的外源基因拷贝数做 Southern 杂交训练分子 Southern 杂交的相关技术。Southern 杂交是即通过用选择合适的限制性内切酶消化基因组或其它来源的 DNA，经过利用琼脂糖凝胶电泳按大小分离酶切所得的片段，随后 DNA 在原位发生变性并从凝胶转移到一固相支持物上（一般是硝酸纤维素膜或如尼龙膜）上。DNA 转移至固相支持物的过程中各 DNA 的相对位置保持不变，用一定方法（如放射性同位素、地高辛等）标记的 DNA 探针与固着在膜上的DNA 杂交，经 X-光片自显影或显色反应显现出与探针 DNA 互补的 DNA 电泳条带的位置及数量
33、。试验目的：了解掌握检测 DNA 质量的方法以及 DNA 定量的方法；了解影响 DNA 在琼脂糖凝胶中 泳动速率的因素；训练 DNA 的琼脂糖凝胶电泳操作及 DNA 的限制性内切酶操作。试验原理：1. DNA 抽提： CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）是一种非离子去污剂，植物材料在 CTAB 的处理下，结合 65C 水浴使细胞裂解、蛋白质变性、DNA 被释放出来。CTAB 与核酸形成复合物，此复合物在高盐（0.7mM）浓度下可溶，并稳定存在，但在低盐浓度（0.1-0.5mM NaCl）下 CTAB-核酸复合物就因溶解度降低而沉淀，而大部分的蛋白质及多糖等仍溶解于溶液中。经离心弃上清后，CTAB-
34、核酸复合物再用 7075% 酒精浸泡可洗脱掉 CTAB。再经过氯仿/异戊醇(24:1) 抽提去除蛋白质、多糖、色素等来纯化 DNA，最后经异丙醇或乙醇等 DNA 沉淀剂将 DNA 沉淀分离出来。CTAB 法简便、快速，DNA 产量高(纯度稍次，适用于一般分子生物学操作)。2. 总 DNA 质量检测：17在 pH 值为 8.0 - 8.3 时，核酸分子碱基几乎不解离，磷酸全部解离，核酸分子带负电，在电泳时向正极移动。采用适当浓度的凝胶介质作为电泳支持物，在分子筛的作用下，使分子大小和构象不同的核酸分子泳动率出现较大的差异，从而达到分离核酸片段检测其大小的目的。核酸分子中嵌入荧光染料（如 EB）后
35、，在紫外灯下可观察到核酸片段所在的位置。虽然普通琼脂糖凝胶无法分辨大于 50kb 的 DNA，但通过琼脂糖凝胶电泳可以初步判断得到的植物总 DNA 片段的大小；根据蛋白质、DNA 和 RNA 在 260nm/280nm 下的吸光值比值不同的，通过检测 DNA 样品260nm/280nm 下的吸光值比值可以初步判断 DNA 样品的纯度。3.限制性内切酶与探针组合的选择: 根据导入植物中的外源基因的序列，选择合适的能够区别出外源基因插入的拷贝数的探针/限制性内切酶组合 。限制性内切酶的特点（见基因操作原理）4. 转膜：经毛细管（毛细吸附）作用，把 DNA 从凝胶上转到膜上。DNA 转到膜上是复制胶
36、上的带型，在 80-100真空干燥 0.5-4 hrs 或紫外铰链仪中照射一定时间，即可固定 DNA。 尼龙膜（带正电荷的）强度高，不易破损，具有较大的 DNA 结合容量，它能够吸附变性 DNA，共价结合 DNA 是最大优点，尼龙膜两边均有同样吸附 DNA 功能，可反复利用 10 次以上（10-20 次） 。尼龙膜根据探针标记物不同，可以选择的转移缓冲液（transfer buffer）有高离子强度（10SSC 或 20SSC）的，也可用碱转移（0.5M NaOH） ，转膜时间（duration of transfer）约 12 hrs，主要取决于转膜时搭建的毛细吸附系统、DNA 大小、胶厚度
37、(0.7mM）浓度下可溶，并稳定存在，但在低盐浓度（0.1-0.5mM NaCl）下 CTAB-核酸复合物就因溶解度降低而沉淀，而大部分的蛋白质及多糖等仍溶解于溶液中。经离心弃上清后，CTAB-核酸复合物再用 7075%酒精浸泡可洗脱掉 CTAB。再经过氯仿/异戊醇(24:1) 抽提去除蛋白质、多糖、色素等来纯化DNA，最后经异丙醇或乙醇等 DNA 沉淀剂将 DNA 沉淀分离出来。实验步骤：采集适量幼嫩叶片，用液 N2 研成粉末，0.4 g 装入 1.5ml 离心管中（注意：尽量取材幼嫩叶片，如太老，酚类物质多，必须用 10 mM 的 -ME 处理，研钵-20预冷） 。预热 1.5CTAB 到
38、 95，加 1ml 到装有叶片粉末的离心管中，快速上下颠倒数次混匀（注意：防止冻融） 。立即置于 65水浴 30min，每 5 分钟，上下颠倒 1 一次。12000rpm 离心 5 分钟。吸取上清液约 600l 转至一新 1.5ml 离心管，加入等体积（600l ）氯仿/ 异戊醇(24:1)，轻轻地 上下颠倒数次，至下层液相呈深绿色为止（注意：抽提时动作应轻柔，转移用的枪头最好是剪宽了的） 。12000rpm 离心 5 分钟。取 450l 上清于一新 1.5ml 离心管，加入 1ml 95%乙醇或无水乙醇和 45l 10M NH4AC） ，混匀，室温放置 10min。12000 rpm 离心
39、10min，吸去上清，用加 500l75% EtOH 乙醇浸洗沉淀 5-10 分钟，弃 75%乙醇，将管子放入离心机短暂离心，小心吸去残留的乙醇，自然干燥约30 min 吹干 DNA。加入 50l 1/10 TE 或无菌水（含有 10g/ml 的 RNaseA） ，置于 4过夜，待 DNA溶解后，检测 DNA 浓度及质量。注意事项：1尽量取材幼嫩叶片，如太老，酚类物质多，必须用 10 mM 的 -ME 处理2研钵预冻，粉末至加 CTAB 前不要融化324:1 的氯仿/异戊醇抽提时动作应轻柔，转移用的枪头最好是剪宽了的4所用试剂必需灭菌，手套21思考： （1）DNA 降解的可能原因（2）提高 D
40、NA 产量的措施实验二 二、总 DNA 质量检测及酶切实验目的：了解掌握检测 DNA 质量的方法以及 DNA 定量的方法；了解影响 DNA在琼脂糖凝胶中泳动速率的因素；训练 DNA 的琼脂糖凝胶电泳操作及DNA 的限制性内切酶操作。实验原理：参见系列一中实验二；限制性内切酶的特点：见“基因操作原理” 。实验材料及试剂：水稻总 DNA 或 BAC 克隆 DNA；琼脂糖；限制性内切酶DraI，EcoRI，EcoRV，HindIII 中的一种实验步骤：1取 1-5 l DNA 于 0.8% 凝胶电泳检测；2用紫外分光光度计测量 DNA 浓度3. 将 DNA 调节浓度至 300-4500 ng/l ；
41、24 仔细阅读将所使用的酶产品说明书，熟悉反应条件及酶的贮存浓度（10U-50U/l）厂家配套试剂；35计算据反应条件所需要的各种试剂准确用量：（0.5 ml tube 中）DNA(3-5g) 10l10 buffer reaction 1.5lEnzymeHindIII (15 0U/l) 0.81l（冰上）ddH2O 2.7l混匀，短暂离心；437水浴或温箱中 温浴酶切 1-2 hrs (纯 DNA) 或 10 hrs（粗制 DNA） ；5加入 1/10 体积的 10上样缓冲液终止酶切反应，也可 65加热 10 min 使酶变性失活；6 电泳检测酶切效率：每个样品取 1/10 量体积的酶切
42、产物用琼脂糖电泳检测，制胶及点样方法同上。22三、电泳、转膜结果分析若水稻 DNA 呈现均匀连续分布的一片，则酶切效果好，否则需重做； DNA 被切烂：DNA 降解，重新提 DNA；DNA 切不动：杂质多（多糖，蛋白质，酚类，有机溶剂等） ，重新纯化；若是 BAC 克隆 DNA，酶切后应出现多条很清晰的不同大小 DNA 带。思考：什么是酶星活性？如何避免？影响酶切效率的因素？EB 指示剂原理？实验三 电泳、转膜转膜是把 DNA 从琼脂糖凝胶中转移到固相支持物（一般是尼龙膜）上固定，是进行各种后续研究（如 RFLP 分析，阳性克隆的筛选验证等所有涉及分子杂交的研究）的前提。实验目的：掌握 Sou
43、thern blotting 的原理及操作步骤实验原理：1. 转膜的方式：一般采用向上的毛细管转移2. 固相支持物的种类及选择：硝酸纤维素膜：非共价结合，易脆，易丢失 DNA，9，DNA 不能与膜结合。4转膜时间（duration of transfer）约 12 hrs取决于毛细管系统，DNA 大小，胶厚度(3000Ci/mmol） ，30温育 3 小时以上（同位素操作要要有安全防护设施） 。 。28杂交将标记好的探针，补加 300l 杂交液，100变性（or 0.4N NaOH 变性） ，加入杂交袋（盒）中（忌直接加于膜上） 。杂交前作标记效率测定，25%以上可以往下做杂交， 过夜杂交。杂
44、交效率受杂交速率及杂交稳定性影响。洗膜：从低严谨度到高严谨度冼膜液（具体情况而定）：1SSC/0.1%SDS 洗膜两次（冷 5min，热 65，15min） 检测信号强度 0.5SSC/0.1%SDS 热冼 65, 15min 依情况可有改动 0.2SSC/0.1%SDS or 0.1SSC/0.1%SDS。包膜：膜从洗膜液中捞出，在滤纸上晾干，膜表面无可见水膜为止（注意：不能太干，以防探针难以洗脱影响再次使用） ，用保鲜膜包膜，压 X-光片，置于-20 或-70 3 7 天（依据信号强弱掌握曝光时间）冲洗 X-光片在暗室红灯下取出 X-光片，置入显影液中至杂交带显现出来（显影时间依据信号强弱
45、及曝光时间长短可由几秒钟到 2 分钟） ，转入清水中漂洗，然后放入定影液中定影至清亮（约 10 分钟） 。自来水冲洗干净后，晾干，读片。膜上探针洗脱再次使用膜前，必须洗去上次探针！(1) 0.1%SDS，0.1SSC 10min(2) 0.1NaOH，0.2%SDS 2-3min(3) 0.2M Tris.HCL， 0.2%SDS，0.1SSC 20min只洗去探针，而不影响膜上的靶 DNA（因为 DNA 与膜是共价键结合，而 DNA与探针的结合是氢键结合） 。方法二 地高辛标记探针的 Southern 杂交（DIG High Primer DNA Labeling and Detection
46、 Starter Kit I ，Cat.No.11 745 832 910，Roche Diagnostics GmbH，Germany）1. 探针标记步骤（20l 体系）：1) 将 10ng-1g 模板 DNA 用无菌去离子水补足至 16 l。2) 沸水浴或干浴锅 98 C 10 分钟，使 DNA 变性成单链并迅速冰浴冷却。3) 充分混匀 DiG-high Primer （1#管） ，并取 4 l 至变性 DNA 管，混匀并离心。294) 37 C 温育 1 小时或过夜（最大到不超过 20 小时） 。5) 停止反应，加 2 l 0.2M EDTA（pH 8.0）或 65 C 加热 10 分钟
47、。2. 探针标记效率检测：将地高辛标记好的探针系列稀释，点到一条尼龙膜上，同时用地高辛标记的 control DNA作对照标准，120 C 固定 30 分钟；然后用地高辛抗体免疫检测，按 BNT/BCIP 显色步骤显色；比较显色结果，选择带有可以接受的背景的最高探针浓度做正式的杂交。操作步骤如下：1) 根据表 1 Dig-High Prime DNA 标记及检测试剂盒理想条件下探针的标记产量将标记的探针稀释到 1ng/l，将试剂盒提供的 control DNA 稀释到 1ng/l (原始浓度是 5ng /l)，然后按照表 2 系列稀释探针及 control DNA表 1 Dig-High Pr
48、ime DNA 标记及检测试剂盒理想条件下探针标记产量Template DNA 1 h 20 h。10 ng 45 ng 600 ng30 ng 130 ng 1050 ng100 ng 270 ng 1500 ng300 ng 450 ng 2000 ng1000 ng 850 ng 2300 ng3000 ng 1350 ng 2650 ng表 2 探针 DNA 及 Control DNA 系列表Tube DNA (l) From tube#DNA dilution buffer(l)Dilution Final concentration1 Diluted orginal1ng/l2 2 1 198 1:100 10 pg/l3 15 2 35 1:3.3 3 pg/l4 5 2 45 1:10 1 pg/l5 5 3 45 1:10 0.3 pg/l6 5 4 45 1:10 0.1 pg/l
