1、OLEX2 系列教程 1-基础操作 lich666QQ： 348511586E-mail： 0 介绍和设置 OLEX20.1 OLEX2的由来 Olex2是由英国杜伦大学化学系 Dolomanov教授开发的一款具有解析、精修、画图等多功能的单晶解析软件。 软件基于 Python语言。 现已经更新至 1.2.7版本。 软件官网： http:/www.olexsys.org/Dolomanov, O.V., Bourhis, L.J., Gildea, R.J, Howard, J.A.K. & Puschmann, H.(2009), J. Appl. Cryst. 42, 339-3410.2
2、 OLEX2的优点同传统的 ShelxTL相比，olex2具有如下优点： 图形界面美观 数据回滚方便 自 带多种工具 较强的扩展性0.3 OLEX2的界面图形用户界面面板由 work选项卡（精修相关）， view选项卡（结构显示），tools选项卡（工具相关）， info选项卡（展示信息） 组成 。命令行图形展示窗口菜单栏0.4 OLEX2的配置推荐按照如下步骤进行 olex2的配置：（ 1） 先将 olex2压缩 包解压至一个没有中文字符的文件夹中 。 （ 不推荐使用下载器下载 ， 速度实在太慢了 ）（ 2） 将 shelx2014里面的 shelxl.exe、 shelxs.exe、 sh
3、elxt.exe复制到 olex2.exe所在的文件夹中 。 （ 不推荐使用 xl97了 ， 速度慢 ， 且多数杂志推荐使用 2014了 ）（ 3） 将 shelxTL中的 xprep.exe复制到 olex2.exe所在文件夹中 。（ 4） 去 platon网站下载 platon.zip和 pwt.zip， 将 platon.zip中 的 platon.exe 和 check.def 复制到 olex2.exe 文件夹中 ， 再将 pwt安装 后的 salflibc.dll复制到 olex2.exe所在的文件夹中 。全部配置完见右图 。（ 5） （ 可选 ） 在菜单 栏 option中将 o
4、lex2的自动更新关闭 。 （ 自动更新速度慢 ， 且容易出错 ） 。 将所有文件压缩成一个压缩包备份防止软件出错 。1 OLEX2解简单结构解粗结构 指认原子 确定原子 类型各向异性加氢结构整理添加信息 Checkcif 画图和出 报告1.1 打开结构12 1.选择 菜单栏中 FileOpen， 弹 出左图对话框。 2.选择例子 Sucrose，相应文件 位于 c:olex2sample_datasucrose 中（假设 olex2 路径为c:olex2），选择 sucrose.ins。 3.点击打 开按钮， 打开相应文件。31.2 解粗结构12 34 1.选择 Work选项卡。 2.点击
5、Solve选项卡旁的小三角，弹出 Solve工具。 3.解析程序里选择 ShelXS。 4.点击 Solve选项卡解出粗结构。 5.出现多个褐色圆球，这些均为 Q峰。结果如图。可以按住鼠标左键后任意旋转查看。51.3 指认原子 1.将鼠标移至 Q峰上，观察峰重，下滚滚轮删除较轻的 Q峰。（较轻峰 Q峰颜色浅，较重峰颜色深） 2.点击 QtoC，较重峰全变成碳。 3.点击点击 Refine选项 卡旁的小三角，弹 出 Refine工具 。 4.精修 程序 里选择 ShelXL。 5.点击 Refine按钮精修。 6.从 1开始重复直到没有 1以上的峰重。至此所有原子被找到。结果如图。2354611
6、.3 指认原子 -小技巧 1.点击 Info选项卡 2.点击 Electron Density Peaks工具。 3.从工具中可以看出 Q峰有一个明显的“台阶”，台阶以上均是原子，台阶下均不是原子。在图形窗口中也可以明显看出。1231.4 确定原子类型1111 1.圆圈中温度因子较小且周围有 Q峰的为相对碳较重的原子，在本例中为氧。 2.单击选中步骤 1中相应原子并点击 O按钮将之判定为氧。 3.点击 Refine按钮精修。 4.从 1开始重复直到所有原子温度因子相近。至此所有原子类型被确定。 5.精修至收敛，即 shift为 0.000。2351.4 确定原子类型 -小技巧温度因子： 热椭球
7、较大的是较碳轻的原子或者不存在原子 热椭球较小的是较碳重的原子键长 ： 1.5是碳碳单键 1.4是碳氧单键 1.2是碳氧双键 其他以此类推Q峰： 数据好时旁边的 Q峰往往是氢的位置，可通过氢的个数判断该原子是否为氮或者氧。R1值： 当原子类型指认正确时，精修后 R1值一般会下降。1.5 各向 异 性13 1.把 处钩去掉。 2.点击 处 椭球按钮，将原子全部变为各向异性。 3.点击 Refine按钮精修至收敛。21.5 加氢 1.点击 Add H可以给所有需要加氢的原子加氢 2.单击可选中加氢不正确的氢，然后按 Del可以删除。 3.点击 Refine按钮精修至收敛。 4.重复步骤 1直到所有
8、氢被加上。1231.6 精 修权重 1.在权重处打钩表明开始精修权重。 2.单击 Refine按钮进行精修。 3.精修直到权重值变绿且收敛。1231.7 结构整理 -原子重命名 1.使用 Naming对原子改名。其中 Start表示开始编号，Suffix表示后缀， Type表示原子类型。点击 Name按钮出现 Mode模式的提示，点击原子进行命名，命名完成后按 Esc退出 Mode模式。 2.单击 Refine按钮进行精修。更新原子名称。121.7 结构整理 -原子排序 1.使用 Sorting对原子改名。分别可选择原子质量、编号、标签等作为排序依据。 2.单击 Sort按钮进行排序。点击后
9、ins文件自动更新。121.8 CIF中添加 必要信息 1.点击 Report选项卡的小三角，开始添加必要信息。 2.Crytal处要填写晶体的 Colour和Size & Shape。 Diffraction处要填写 Diffractometer（一般是 CCD Area Detector）和 Diffraction T、Cell Measurement T 。 Absorption Correcttion里均要填写。 Absolute structure determination一般都是 ad。 3.还可以选择是否加入 hkl和 res文件（发文章的话建议加入）。 4.点击铅笔按钮打开
10、ins，加入acta等命令。点击 Refine按钮进行精修生成 cif。2122341.9 CHECKCIF 1.生成 cif后可以直接点击Report中的 Checkcif Report按钮进行在线的验证。也可以去 checkcif网站验证。 2.也可以点击 Pton按钮调用PLATON，使用其中的Validation选项进行离线的验证。121.10 画图和出报告 1.点击 Draw选项卡的小三角进行画图设置。 2.Label选项处选择 non-H可将所有非氢原子加上编号。 3.Type中选择 jpd类型，Resolution处选择合适的解析度，Trim处的钩去掉。 4.点击 Go！即可保存相应图。图在 hkl文件的目录下。123451.11 其他小技巧除了 SHELXS以外，可以使用 SHELXT进行结构解析， XT可以自动指认原子类型，十分方便。解析的快捷键为 Ctrl+S，精修的快捷键为 Ctrl+R。下方命令行里可以输入 fata命令检查原子类型是否有错，结果仅供参考。Olex2会自动向 cif文件中的 _refine_special_details部分填入精修的信息，十分方便直观。Draw-Postscript里可以保存矢量图。后续内容更加精彩！敬请期待！
