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material studio 中文版帮助手册.pdf

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资源描述

1、欢迎 欢迎使用Materials Studio Materials Studio是一个采用服务器/客户机模式的软件环境,它为你的PC机带来世界最先进的材料模拟和建模技术。 Materials Studio使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构,使用极好的制图能力来显示结果。与其它标准PC软件整合的工具使得容易共享这些数据。 Materials Studio的服务器/客户机结构使得你的Windows NT/2000/XP,Linux和UNIX服务器可以运行复杂的计算,并把结果直接返回你的桌面。 Materials Studio采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。Accelrys

2、的多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体容易使用的建模环境。卓越的建立结构和可视化能力和分析、显示科学数据的工具支持了这些技术。 无论是使用高级的运算方法,还是简单地利用Materials Studio增强你的报告或演讲,你都可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算软件系统。 易用性与灵活性 Materials Studio可以在Windows 98,Me,NT,2000和XP下运行。用户界面符合微软标准,你可以交互控制三维图形模型、通过简单的对话框建立运算任务并分析结果,这一切对Windows用户都很熟悉。 Materials Stu

3、dio的中心模块是Materials Visualizer。它可以容易地建立和处理图形模型,包括有机无机晶体、高聚物、非晶态材料、表面和层状结构。Materials Visualizer也管理、显示并分析文本、图形和表格格式的数据,支持与其它字处理、电子表格和演示软件的数据交换。 Materials Studio是一个模块化的环境。每种模块提供不同的结构确定、性质预测或模拟方法。你可以选择符合你要求的模块与Materials Visualizer组成一个无缝的环境。你也可以把Materials Visualizer作为一个单独的建模和分子图形的软件包来运行。 如果你安装了Materials S

4、tudio的其它模块,后台运算既可以运行在本机,也可以通过网络运行在远程主机上。这取决于你建立运算时的选择和运算要求。Materials Studio的客户机/服务器模式支持服务器端运行在Windows NT/2000/XP,Linux或UNIX下,使得你可以最大化利用计算资源。 效率和交流 所以的研究人员都可以从Materials Studio强大功能中获益。这份文档的“演示”部分给出了一些简单的分子和材料的模型。这能使你获得对材料的更好的理解并能创建优秀的图形。与其它Windows软件的协同工作使得能容易地拷贝粘贴这些图形到其它文档。结构和性质的数据能容易地从电子表格和数据库中导入导出。M

5、aterials Studio帮助你显示和共享数据。Materials Visualizer也可以安装在研究部门、生产部门、工程部门和营销部门来在不同部门中共享工作。 设计更好的材料 Materials Visualizer极大地提高了计算材料学的易用性。它在一个灵活易用的软件环境中为化学家、材料科学家和工程师带来了有力的方法。它使交流有关材料结构与性质和求解化学与材料工业中临界问题的观点变得简单直观。最近更新 Materials Studio2.2版更新 许多的重要新特征出现在Materials Studio2.2版中,尤其发布了增强的量子力学工具,新的介观模型模块,全新的经典模拟能量计算引

6、擎,还有很多内部结构和核心Materials Visualizer功能的升级。 新的产品 MesoDyn。MesoDyn是预测装软凝聚态物质介观结构动态组装,现在是Materials Studio的一个模块。 Materials Studio版本中的MesoDyn是对在Cerius2版本功能上的一个大的升级。MesoDyn现在能被用来解决形成动力学、自组装动力学和相界偏析等主要的工业问题,这些对高聚物、化学、电子、药物缓释、制药、生物技术和其它工业有重大意义。 MesoDyn的使用者第一次能在介观尺度上明确包括静电作用建模。新的积分选项提供了对模板积分计算的显著改进。使用对称多处理器进行并行模

7、拟也会提高性能。复杂的volume visualization选项允许用户创建MesoDyn预测的介观结构的极好的静态和动画图象。 Forcite。Forcite是Materials Studio中新的原子模拟工具,它可用于能量计算和分子与周期系统的几何优化。Forcite采用全新的算法,可以调用Dreiding、UFF(通用力场)和COMPASS等力场。Forcite优化周期系统时可以考虑对称性,这对检晶仪很有利。使用UFF力场可以研究金属茂合物等无机系统。Forcite仅在客户端使用。 Reflex。X-Cell,一个新的粉末法索引工具,已被加入Reflex功能中,这是分子结晶学会发展的一

8、个里程碑,代表了索引技术的一次飞跃发展。X-Cell可以揭示粉末衍射图案蕴含的结构秘密,这已被证实用其它方法很难索引。X-Cell在2003年7月发行。 Reflex的另一个革新是能和模拟的和试验的衍射图案一起独立显示出由Pawley or Rietveld refinement造成的背景贡献。 Materials Studio模块的提高 Dmol3。此版本的Dmol3在Windows和Linux IA32系统中性能有3-4提高。在所有平台上并行性能都有所提高。这使Dmol3成为世界上最快的从头计算代码之一。新增的Handy-Tozer功能使科学家能模拟氢键结合系统,获得准确的分子结构和热力学

9、数据,这使得Dmol3成为制药业的一个很重要的工具。 VA MP。作为Accelrys从头计算和分子动力学连接工具,VA MP现在包含两个半经验方法MNDO/d和AM1*。AM1*设计用来处理过渡金属元素。VA MP在预筛选、fast geometry过渡态搜索计算方面是一个优秀的工具,可用于均相催化等许多科研领域。附加的过渡态搜索功能使确定合适的过渡态搜索初始结构变得容易。 CASTEP。使用最近建立的线性响应理论,CASTEP现在有能力计算声子频率。声子频率可用来显示声子散射曲线和声子密度状态,就像电子能带结构和状态点密度。另外,热力学量,如自由能和Debye温度也可以计算出来。这对CAS

10、TEP技术是一个很大的进步,开创了精确计算固体系统热力学性质的道路。通过计算Mulliken charges,CASTEP用户可以作population analysis,包括每个角动量分量的partial charges和Mulliken bond populations。 PDP。PDP现在支持运行Tru64 UNIX系统的Compaq Alpha服务器。 Materials Visualizer的改进 队列系统。Materials Studio的所以模块都通过第三方队列软家支持串行工作提交。2.2版本支持一下队列: Generic NQS(Nwtwork Queuing System),

11、3.50.9版 http:/www.gnqs.org. OpenPbs(Portable Batch System),2.3.16版 http:/www.openpbs.org. LSF(Load Sharing Facility), http:/. 注意:此版本的Materials Studio只在SGI计算机上运行IRIX操作系统时才支持NQS。除串行工作提交,Dmol3、CASTEP和MesoDyn支持运行PBS Linux架构的MPI并行工作和运行PBS或LSF的对称多处理器。但是,Windows下LSF不支持MPI并行处理。 我们计划支持其它的队列系统,以便定制其它方法的插件。 电荷

12、工具。Materials Visualizer包含新的电荷工具,Gasteiger和Qeq。这些工具可以根据结合性和负电性给原子系统赋分数电荷。现在Forcite支持的UFF和Dreiding两个力场与电荷赋值方法无关。 密堆积 Materials Visualizer包含新的测量和监视密堆积结果的工具。 客户端自动存盘。客户端Materials Studio添加了自动存盘功能。这可以减小客户端硬件错误造成的影响。 Polymer builder。Polymer builder已经提高了易用性。 网关。本版本Materials Studio可以通过代理连到网关。 平台改变 Materials

13、Studio支持的平台有一下变化: CASTEP和Dmol3现在支持Intel Itanium 64位处理器。 所以Materials Studio模块都支持Red Hat Linux平台。除了Dmol3、CASTEP和Mesodyn外,其它都要求安装PBS。 支持新的平台 最新的SGI IRIX6.5.15和6.5.16 最新版Red Hat Linux7.3 Red Hat Linux Advanced Server Red Hat Linux 7.2 for Intel Itanium 不再支持的平台 Windows NT Workstation 4.0 SP4 and SP5 Wind

14、ows NT Server 4.0 SP4 and SP5 Windows NT Server, Enterprise Edition 4.0 SP4 and SP5 SGI IRIX 6.5.4 to 6.5.9 Red Hat Linux 6.2 and 7.0, and 7.1 系统库文件变化 对于IRIX系统,从以前版本Materials Studio升级时需要SCSL Scientific Library 3.5。Materials Studio安装光盘包含这个完整的库文件,但必须单独安装。 硬件要求变化 客户端最低CPU要求为Intel Pentium II或兼容处理器。 许可改变

15、 在Windows和UNIX下。最新版的Accelrys License Pack5.2版,都会作为Materials Studio安装过程的一部分自动安装。安装过程中检测到的先前版本的License Pack会自动升级到最新版。 从Materials Studio 2.1开始,Accelrys License Pack用来管理Materials Studio的许可。由于这种提高,在UNIX和Windows平台下,你可以和Accerlys其它使用License Pack的产品共享许可,这些产品包括Discover Studio、Cerius2、Insight Materials Studio简

16、介 Materials Studio特点 Materials Studio有一系列适合材料建模特点。Materials Visualizer为Materials Studio提供了核心的建模能力和软件基础。 Materials Visualizer包括以下特点: 模型三维可视化,有很多显示样式、参数和测量工具。 草画和编辑分子模型,包括金属有机化合物。 构造晶体。 构造高聚物。 构造表面、层、真空板状结构。 分子和周期系统的对称性寻找及编辑工具。 图形、图表和电子表格形式显示数据。 使用Materials Studio工程进行数据处理。 高质量打印输出。 管理监视服务器计算工作的工具。 另外还

17、有集成到Materials Studio中的独立产品,它们建成了一个范围广泛的材料建模工具。 Amorphous Cell非晶态材料的建模和性质预测,尤其适于高聚物、有机液体和它们的混合物。 CASTEP适用于固体材料的基于量子力学的第一原理平面波赝势软件。 客户机/服务器结构 注意。如果你要安装除Materials Visualizer以外的Materials Studio产品,必须阅读这段。 什么是客户机/服务器 客户机组件,如Materials Visualizer,请求服务器组件,如Discover,作一些计算。当计算完成或达到一定的进度,结果从服务器传到客户机。客户机和服务器并不一定

18、在同一台电脑上运行。 Materials Studio客户机/服务器结构怎样工作的? Materials Studio使用了称之为Disconnected Server结构(DSA),DSA使用HTTP协议在客户机/服务器间传递信息,就是运作Web的技术。 客户机/服务器间的信息传递由称为网关的软件处理,它安装在服务器端。网关接受客户机的工作提交并传给安装在服务器上的代码,然后计算就开始了。网关也向客户机报告计算进度和结构。 你可以在任何电脑上建立网关,无论是UNIX,Windows还是Linux,在任何你喜欢的服务器上进行计算,如果Materials Studio服务器相关组件安装在那台电脑

19、上。从客户机上很容易安装网关。 如果有一台PC运行Windows NT,2000或者XP操作系统,你就可以在同一台电脑上运行客户程序和服务程序。 下表列出了客户机和服务器在不同操作系统下的要求: Clients Servers Windows 98 Windows Millennium (Me) Windows NT Workstation 4.0 - SP6a Windows 2000 Professional - Retail, SP1 and SP2 Windows XP Home Edition Windows XP Professional Windows NT Workstatio

20、n 4.0 - SP6a Windows NT Server 4.0 - SP6a Windows 2000 Professional, Server, Advanced Server - Retail, SP1 and SP2 Windows XP Home Edition Windows XP Professional Compaq ES/GS AlphaServers running Tru64 4.0F, 4.0G, 5.1 or 5.1A SGI IRIX - 6.5.10 -6.5.16 Red Hat Linux - 7.2 and 7.3 (Intel compatible)

21、注意:Materials Studio 2.2 不再支持Red Hat Linux 6.2 和7.1,只支持Red Hat Linux 7.2和7.3。 通过Materials Studio客户机/服务器结构,你可以从PC客户端向专用的Windows NT/2000/XP、UNIX或Linux服务器提交计算。工作可以在不连接模式下计算,这样他们与你PC上的资源无关。你可以在PC上注销,工作照样在服务器上运行。当你重新在PC上登录时,你可以看到计算进度或结果。这些计算也可以在运行Windows NT/2000/XP的计算机上本机运行。 客户机可以在任务运行时和它传递信息。例如在分子动力学模拟过程

22、中,模型和图形可以动态更新,Discover发送回来的信息可以显示在文本文件中。你可以按自己需要选择这些的结合。任务和服务器状态状态都可以浏览。 Materials Studio在哪里计算? Materials Studio不同模块计算需要的资源不同。计算可以分为两大类来考虑: A类这些计算只需要很短的时间和很少的计算资源,它们并不经过网关或客户机/服务器结构。这类模块一直安装在客户端电脑里。 B类这类计算需要很长的时间和很多的计算资源,自然它们运行在专用的服务器上。它们以任务来运行,使用网关,由客户机/服务器结构控制。这类模块安装在运行UNIX/Linux或Windows NT/2000/X

23、P的服务器上。 下表总结了此版Materials Studio每个模块所属计算种类和操作系统要求。 Module CategoryWindows 98 Windows Me Windows NT Windows 2000 Windows XP Tru64 UNIX IRIX Red Hat LinuxMaterials Visualizer N/A 支持 支持 支持 支持 支持 Amorphous Cell B 支持 支持 支持 支持 支持 支持 CASTEP B 支持 支持 支持 支持 支持 支持 COMPASS B 支持 支持 支持 支持 支持 支持 Discover B 支持 支持 支持

24、 支持 支持 支持 DMol3B 支持 支持 支持 支持 支持 支持 DPD B 支持 支持 支持 支持 支持 支持 Equilibria B 支持 支持 支持 支持 支持 支持 Forcite A 支持 支持 支持 支持 支持 MesoDyn B ?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/centerReflex A1,2?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/centerReflex Plus B ?/center ?/center ?/center

25、 ?/center ?/center ?/centerVAMP A1?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/center ?/center1 VAMP和Reflex的Power Indexing组件只能以B类计算通过网关进行。 2X-Cell只能以B类计算通过网关进行。 Materials Visualizer Materials Visualizer是Materials Studio的核心模块,提供建模、分析和可视化的工具。清晰直观的用户界面提供了高质量的Windows标准环境,你可以添加任何其它的Materials S

26、tudio模块。 Materials Visualizer提供了快速直观的工具,使你能构造分子、晶体材料、表面、界面、层结构和高聚物的图形模型。你能操纵、查看并分析这些模型。Materials Visualizer也处理图表、表格和文本数据,提供软件基础和分析工具,以支持所以的Materials Studio产品。 Materials Visualizer也可以单独运行,来建立、显示和编辑结构。和其它Windows软件交换数据是你轻易共享和报告结构和数据。 获得Materials Visualizer帮助 Materials Visualizer的帮助是Materials Studio在线帮助

27、的核心部分,在所有Materials Studio安装中都有。 Amorphous Cell Amorphous Cell是建立复杂无定型系统代表性模型并预测主要性质的一套计算工具。你能预测并研究的性质包括内聚能密度、状态方程行为、链堆砌和局部链运动。Amorphous Cell创建结构采用的方法是基于很好建立的产生包含链分子的疏松无序系统包含真实平衡构象。其它的特点有建立包含小分子和高聚物任意比例混合的系统、产生有序向列相中间相和无定型材料厚板的专门功能,这适合于创建界面模型,用于研究粘着和润滑。 获得Amorphous Cell帮助 Amorphous Cell是一个模块,你可以购买安装进

28、Materials Studio。如果你已经安装了Amorphous Cell,Materials Studio在线帮助的目录栏会出现有关Amorphous的帮助。 CASTEP CASTEP最先由英国剑桥大学凝聚态理论小组开发,它采用密度泛函理论模拟很大一类材料固体、界面和表面的性质。CASTEP基于总能量的平面波赝势理论,运用原子数目和种类来预测包括晶格参数、分子对称性、结构性质、能带结构、固态密度、电荷密度和波函数、光学性质。高效并行版本可以模拟包含数百原子的大系统。 获得CASTEP帮助 CASTEP是一个模块,你可以购买安装到Materials Studio中。如果你已经安装了CAS

29、TEP,Materials Studio的在线帮助目录中包括CASTEP的部分。 Dmol3 Dmol3是独特的密度泛函理论量子力学软件,可以研究气相、溶液、表面和固体系统。由于它独特的静电学近似,Dmol3一直是最快的分子密度泛函计算方法之一,使用非局域化的分子内坐标,可以快速优化分子和固体系统的结构。使用LST/QST算法和共扼梯度结合,Dmol3可以有效地搜索过渡态,避免了耗时的黑塞矩阵的计算。过渡态搜索功能可以应用于分子和周期系统。 获得Dmol3帮助 Dmol3是和Materials Studio集成在一起的。一旦你安装了Dmol3,Materials Studio在线帮助目录栏就包

30、含Dmol3帮助的部分。 PDP 耗散系统粒子动力学(PDP)是动态模拟包含完备流体动力学相互作用的流体粒子。潜在的粒状粗糙性使得模拟跨越了传统分子模拟所达不到的长度和时间(在相同硬件上)。Materials Studio中的PDP的实现包括了由原子模拟继承来的输入参数的详细指令。从更详细的输入模拟中引出输入数据意味着系统潜在的化学性质没有丢掉,而是明确地包含在PDP运行中。PDP采用周期性边界条件来有效模拟无限系统。封闭效应可以通过使用二维板观察出。LeesEdwards边界条件可以用来模拟剪切系统。表面张力和临界胶束凝聚(critical micellar concentration)的性

31、质也能获得,还有大量的可视化和数字输出。 获得PDP帮助 PDP是一个模块,你可以购买并安装到Materials Studio环境中,如果你安装了PDP,Materials Studio的在线帮助目录栏中会包含PDP帮助部分。 Discover Discover提供了功能强大的原子模拟方法,适用于很大范围的分子和材料。Discover是Materials Studio的“模拟引擎”。它集成了很大范围已被证明适用于分子设计的分子力学和动力学方法。它使用精心设计的经验力场作为基础,可以有把握的计算最小能量构象、分子系统一系列构象和动态轨道。Discover为Amorphous Cell等模块提供了

32、计算基础。周期性边界条件可以用来模拟固态材料,无论是晶态还是无定型态或者是溶液。包罗万象的分析特点使得能够提取模拟的相关结构。 获得Discover的帮助 Euilibria Euilibria是用于确定有机分子和高聚物相图的强大模块。Equilibria使用基于吉布斯系综的蒙特卡诺模拟发为基础。 这套工具可以计算纯组元在给定温度下汽液共存点、二元和三元系在任意给定温度和压强下汽液或液液共存点。临界常数工具可以根据补充的一系列纯组元的共存点预测临界点。使用这个强大的工具,依据Ising scaling law,从相图上已知的几个共存点就可以获得纯组元系统完整的相图。它也有计算任意给定温度下小分

33、子的第二维里系数的功能。 由于Euilibria完全集成在Materials Studio建模环境中,用户可以采用一下合理的模拟过程:首先画出组成分子自身,建立无定型原胞,接着进行蒙特卡诺模拟,最后计算完整相图。 获得Equilibria帮助 Forcite Forcite是分子力学模块,可以使用经典力学对任意分子和周期系统进行势能和几何优化计算。Forcite支持COMPASS、UFF和Dreiding力场。藉由力场的广泛性,Forcite原则上能处理任何材料。几何优化算法提供了最速下降发、共扼梯度发、准牛顿发和完全牛顿Rhapson发,还提供了连续使用这些方法的灵巧方法。这使得可以准确地进

34、行能量最小化计算。 获得Dorcite帮助 MesoDyn MesoDyn一直是研究大系统介观尺度的动态方法。这种算法动态地跟踪由化学势梯度和Langevin噪音造成地组元密度场变化。系统不同组元间通过计算的能量或者FloryHuggins参数的有效势来相互作用。它是牺牲原子水平上的细节换取大系统和长时间的。 MesoDyn可以容易地研究微相分凝(microphase separation)、胶束偏聚(micellar aggregation)和自组装等现象。确定几何行状地剪切和限制效应也可以研究。 MessDyn的应用包括:油漆和乳液、化妆品和其它个人用品、金属高聚物混合材料、表面活性剂的溶

35、解、复杂药物缓释物质和很多其它方面。 获得MesoDyn帮助 Reflex Reflex提供快速交互的粉末衍射数据模拟。使用Power Diffraction工具,模拟结构以图形显示,便于理解。模拟结构可以直接和试验数据比较。模拟结果可以在结构改变后立即更新,以便和试验结构实时比较。可以进行X射线、中子和电子衍射模拟。 Power Index工具可以自动或手动寻峰,使用TREOR90、DICVOL91、ITO15或最新的XCell程序索引并自动确定空间群。XCell是一个单独授权的工具,可以安装在Reflex模块中。 Power Refinement工具运行你修改Pawley refineme

36、nt和Reitveld Refinement来最优化粉末衍射模拟参数和晶体结构以便使模拟结果和试验结果尽可能一致。 改变诸如衍射性质、辐射种类、配置函数和试样参数等变量是直接通过Materials Studio对话框进行的。 获得Reflex帮助 Reflex Plus Reflex Plus是Reflex的高级版本,在标准Reflex功能上加入了有效的粉末衍射结构分析技术。它提供了从高质量粉末衍射数据中确定晶体结构的完整功能。 Power Solver的方法: Reflex Power Indexing工具根据试验的粉末衍射图案索引确定晶胞参数和所属晶类。 在Reflex Power Ref

37、inement模块中的改进的Pawley程序精修晶胞参数、峰行状和背景参数,它也是减小可能所属空间群的有用工具。 Power Solve方法搜索晶胞中可能的原子分子排列。它找到模拟结构尽可能与试验结构接近的结构。 最后的结果精修由Reflex中的rigidbody Rietveld Refinement功能完成。 获得Reflex Plus帮助 VAMP VAMP是一个艺术级的半经验量子力学程序,用于模拟气相和溶液中的反应和性质。 此程序已被优化的高度数值稳定和快速,即使对大分子系统的计算也十分有效。 VA MP在几何和过渡态优化和静电学方面有很大改进。它可以模拟溶解作用,计算偶极矩、极化率、

38、电荷密度、静电势、热力学性质和13C化学位移等性质。 获得VAMP帮助 VA MP完全集成在Materials Studio环境中。你一旦安装了VA MP,Materais Studio在线帮助目录栏会有VAMP帮助部分。 COMPASS COMPASS是支持凝聚态材料原子级模拟的功能强大的力场。COMPASS代表Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies(原子模拟研究的凝聚态优化分子势场)。 COMPASS是第一个参数化和被凝聚态性质验证了的从头计算力场,并加入了多种孤立系统模

39、拟用的从头计算和经验的数据。因此,这种力场能精确同时预测在很大温度和压强范围内,很多种孤立系和凝聚态分子的结构、构象、振动和热力学性质。 COMPASS 最近的改进在参数化了45种无机氧化物材料和包含有机无机材料混合系统界面。 COMPASS是一个独立的产品,你可以购买并安装进Materials Studio。 进一步信息 你可以在Accelrys站点获得有关COMPASS的进一步信息。 COMPASS Contents(需要密码) 本地化 Materials Studio能识别并正确处理不同地区的数据格式约定。例如:Materials Studio运行在配置为英语地区的PC上能正确地把1,0

40、00解释为“一千”。但是,如果配置为德国地区,Materials Studio把1,000解释为“一点零零零”。 一个例外是:由Materials Studio用户界口和服务程序产生的大多数文本文件和超文本文件总是以英语约定习惯显示在屏幕上,而不管当前地区。 这些显示是只读的,不会破坏原来数据。 注意:演示部分的数据是以美国英语格式显示。如果你的系统配置为其它地区,在输入数据前请转换为当时格式。 例如,如果系统配置为德国地区,演示部分要输入5,000(五千),你应该键入5.000 。 印刷上的约定 Materials Studio帮助使用以下印刷上的约定。 描述界面元素的字用斜体。例如: 选择

41、File | Printer setup,然后单击Landscape 你键入的字用蓝色。例如: 键入180,并按回车。 到帮助系统之外的链接,如到互联网URL的链接,前有一个图片。例如: Accelrys Materials Studio homepage 链接会在一个新的浏览器窗口中打开。 Accelrys信息资源 提供有关Accelrys公司的全部新闻和信息。 为Accelrys产品用户提供广泛的信息,包括常见问题的回答、获得支持的细节、用户组织和会议的信息和只对合作伙伴开放需要密码的资料。 www.materials- 提供Accelrys站点与Materials Studio有关的

42、所有产品和支持的快捷方式。 其它信息资源 Accelrys的发起者MatHub,是网上计算材料科学的焦点。MatHub由两部分组成引用页和一本杂志。 引用页包括了材料建模和材料信息的背景信息、分子建模的历史、计算技术采用的理论的有关解释和建模在工业和教育上的应用的信息。也有其它的链接、软件、科学引文。 杂志刊出观点、评注和计算材料科学有关的当前信息。 Materials Studio界面 Materials Studio Visualizer是符合微软标准的应用程序。它包含很多和其它微软产品相似的用户接口界面元素。其余的符合微软标准,但为Materials Studio所特有。 下面显示了Ma

43、terials Studio界面。 null Menus提供有关Visualizer的命令 null Modules Menu提供了调用模块的功能。模块可以单独购买,能增加Materials Studio的功能。 null Toolbars提供调用模块和其它常用命令的快捷方式。 null Properties Explorer是查看和编辑对象属性的接口。 null Project Explore用来查看和处理属于Materials Studio工程的文档。 null Job Explore可以便利地查看工程任务,你可以查看并处理它们。 null Visualizer底部的状态条显示有用提示和耗

44、时操作的进度。 null Documents包含用来建模的数据。 null 3D Visualizer提供三维模型文档的三维视图。这对显示和处理原子和介观尺度结构是很重要的。 null Chart Viewers提供图形文档的视图,一般用来显示二维x-y坐标轴的数据。 null Grid Viewers显示表格文档视图,它是标准的电子表格的接口。 null Text Viewer显示简单文本文件和复杂的超文本文件。 null 对话框包含显示详细的选项的控件。 null 鼠标广泛的用来交互控制文档。 null 超文本帮助为你使用Materials Studio提供详细的帮助 null 信息对话框

45、警告错误发生或要求详细信息。 文档 Materials Studio使用文档建模时创建和处理的数据。实际上,建模可被看作创建和编辑Materials Studio文档的过程。Materials Studio文档可以通过导入很多标准格式创建,也可以使用Materials Studio自己的格式创建和保存文档。文档可以显示在相关的察看窗口或工程浏览窗口中。 文档可以使用拷贝和粘贴与其它程序交互数据。 现在Materials Studio使用一下四种不同的文档格式: null 3D模型文档保存原子分子结构。 null 文本文档保存纯文本或HTML文件。 null 图形文档保存数值结构和分析。 nul

46、l 表格文档包含表格数据。 三维模型文档 三维模型文档用来描述Materials Studio中的三维结构。三维模型文档,在三维视图中显示的靛蓝晶体结构 Materials Studio中三维模型文档有四种不同类别: null 三维原子文档:包含诸如有机分子、高聚物、有机金属化合物、框架结构和分子晶体等的原子结构。你可以使用Materials Visualizer中的atomistic building tools创建三维原子文档。 null 三维原子动画:包含一系列相关的原子结构或框架。原子动画可以用Animation工具条的动画按钮控制放映。 null 三维介观文档:包含介观结构。你可以在

47、Materials Studio中创建空的三维介观文档,然后使用文件编辑工具从已存在的三维介观文档中拷贝内容。这些工具在Edit菜单和Standard工具条。 注意:不能在三维原子文档和三维介观文档之间拷贝粘贴。 null 三维介观动画:包含一系列的相关结构结构或框架。三维介观动画可以使用Animation工具条中的按钮控制播放。 所有的三维文档都可以包含volumetic data,如电荷密度和等值面等。它们一般在3D Viewer中显示。 文本文档 Materials Studio中文本文档包含纯文本或超文本。它们用Text Viewer显示。 文本文档,用Text Viewer显示的靛蓝

48、粉末衍射指标结果。 图形文档 图形文档包含二维数值数据,如Materials Studio产生的结果和导入的试验数据等。它们用Chart Viewer显示。 图形文档,Chart Viewer显示的靛蓝粉末衍射数据。 表格文档 Materials Studio中表格文档存储表格数据。它们以Grid Viewer显示为电子表格的形式。 表格文档,Grid Viewer显示的靛蓝的粉末索引数据。 查看器 Materials Studio包括几种查看器。每种是用来显示Materails Studio中一种文档。 Materails Studio中包括以下几种查看器: null 3D Viewer n

49、ull Chart Viewer null Grid Viewer null Text Viewer 3D Viewer 3D Viewer高质量地重现创建或导入Materials Studio中的三维模型文档。 使用Materials Studio工具条中的工具和菜单中的选项,你可以编辑、旋转、动画显示或给三维模型加注释。 许多命令在快捷菜单中也有。在3D Viewer中右击鼠标,快捷菜单就会出现。 3D Viewer显示一种无机晶体结构 Chart Viewer Chart Viewer用来显示一系列的由Materials Studio创建或从文件中载入的数据,如二维图形。你可以使用鼠标键盘操纵图形数据的显示,包括删除、改变比例、打印、保存或者拷贝等。 Chart View

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