1、生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 生物信息学数据库的分类 NCBI概况NCBI的检索和利用(GenBank/PubMed/MyNCBI/Blast)摘 要生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 核酸序列数据库 蛋白质序列数据库 蛋白质结构数据库 基因组数据库生物信息学数据库的分类生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 欧洲分子生物学实验室的 EMBLhttp:/www.embl-heidelberg.de 美国生物技术信息中心的 GenBankhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
2、 日本国立遗传研究所的 DDBJhttp:/www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html核酸序列数据库生物信息学数据库 NCBI的检索与利用国际上最权威的核酸序列数据库国际核酸序列数据库合作组织数据每天交换 Accession number、序列数据和注解相同生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 SWISS-PROT 蛋白质序列数据库http:/www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html PIR 蛋白质序列信息资源库http:/pir.georgetown.edu/ PROSITEhttp:/au.expasy.org/prosite/ NC
3、BI 蛋白质数据库http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez蛋白质序列数据库生物信息学数据库 NCBI的检索与利用蛋白质序列数据库European Bioinformatics Institute Swiss Institute of Bioinformatics Protein Information Resource The Universal Protein Resource http:/www.uniprot.org/生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 PDB 蛋白质数据仓库（ Protein Data Bank）htt
4、p:/www.rcsb.org/pdb/ SCOP 蛋白质结构分类数据库（ Structural classification of proteins ）http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/蛋白质结构数据库生物信息学数据库 NCBI的检索与利用蛋白质数据库Expert Protein Analysis System http:/au.expasy.org/生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物信息学数据库 NCBI的检索与利用基因组学数据库 主要内容：基因组结构、基因单位、基因组图谱等（遗传图、叠连群图、放射杂交图等） 分布：由各国基因组研究中心组建，分布在
5、世界各地的信息中心、研究机构。 代表性的基因组学数据库有： 人类基因组数据库 GDBhttp:/www.gdb.org 中国水稻基因组数据库http:/ NCBI基因组数据库 Genomehttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov 生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 截至 2009-10-10 共收录了 5865个物种的基因组信息，其中病毒类 2276个，真核生物 2117个，细菌 1310个，古生菌 84个，类病毒 40个，质粒 38个 共收录基因组信息 11080条 真核生物 Entrez Map View 生物信息学数据库 NCBI的检索与利用 概述 Entrez检索平台
6、GenBank Pubmed(PubMed/MeSH/GoPubMed) My NCBI BlastNCBI 生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物信息学数据库 NCBI的检索与利用National Center for Biotechnology Information NCBI是美国国立卫生研究院（ NIH）的美国国立医学图书馆（ NLM）的一个分支。 1988年 国立生物技术信息中心（ NCBI）成立。 What does NCBI do?conducts research in computational biology, develops software tools for a
7、nalyzing genome data, and disseminates biomedical information - all for the better understanding of molecular processes affecting human health and disease.生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物信息学数据库 NCBI的检索与利用NCBI - Entrez 检索平台 词间默认逻辑关系为 AND 短语检索加引号“” ; 使用的逻辑运算符有 AND、 OR 和NOT; 支持截词检索 , 截词符用 *表示生物信息学数据库 NCBI的检索与利用生物
8、信息学数据库 NCBI的检索与利用序列存取号基因定义数据库标识符（ GI）GenBank信息来源：gb_GenBankemb_EMBLdbj_DDBJsp_SWISS-PROTpdb_Protein Databasepir_PIRprf_PRFref_RefSeq生物信息学数据库 NCBI的检索与利用物种来源特性专业评论座位号PLN子库 :plant,fungal,algal生物信息学数据库 NCBI的检索与利用蛋白质序列碱基序列序列开始标志序列终止标志生物信息学数据库 NCBI的检索与利用字段 含义 解释LOCUS Identifier 序列名称、性质描述ACCESSION Accessio
9、n number 序列接受号DEFINITION Description 序列定义KEYWORDS Keywords 关键词SOURCE Organism(species) 来源种属ORGANISM Organism(classification) 来源分类REFERENCE Reference number 参文条目AUTHORS Reference authors 参文作者TITLE Reference title 参文题目JOURNAL Reference location 参文出处COMMENTS Database cross-reference 交叉索引MEDLINE Medline
10、 number MEDLINE号FEATURES Feature table header data 序列性质表头数据BASE COUNT 碱基数目ORIGIN 序列开始标志/ Termination line 序列终止标志GenBank的主要字段及其含义生物信息学数据库 NCBI的检索与利用检索字段限制分子类型选择基因位置限定序列片段限定数据更新日期限定检索框 /功能键信息来源生物信息学数据库 NCBI的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便生物信息学数据库 NCBI的检索与利用PubMed生物信息学数据库 NCBI的检索与利用允许用户根据不同的数据库，进行特殊字段的检索生物信息学数据库 NCBI的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便生物信息学数据库 NCBI的检索与利用点击 History可以浏览检索历史，并能进行组配检索生物信息学数据库 NCBI的检索与利用
