1、GeneMapper 软件微卫星分析中文简易操作手册 微卫星分析流程：软件术语介绍：术语 定义Analysis Parameters软件中分析样品所使用的特定设置；用于计算片段大小和基因型，这些特定设置包括 analysis method, size standard 和 panelbin 在 marker 内设定等位基因的片段大小和颜色bin set 等位基因特定实验条件下一组 binmarker 微卫星标记，通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度进行设定panel Marker 组合kit panel 组合设定微卫星分析方法：1. 登录软件2. 创建分析所需 kit、panel 和 m
2、arker 等参数；3. 创建新文件，导入数据；4. 设置分析参数；5. 执行初始分析；5. 创建 Bin 以及 Bin Set；分析并检查结果：1. 编辑分析方法；2. 分析数据；3. 查看结果；打印并导出数据（可选）：1. 打印结果；2. 导出结果。一 设定微卫星分析方法：1. 登录 GeneMapper 软件：1.1 选择开始 - All Programs - Applied Biosystems - GeneMapper-GeneMapper ；或双击桌面快捷方式 打开软件；1.2 登录 GeneMapper 软件：用户名默认为 gm，在 Passwprd 中输入密码，点击 OK 进入
3、 GeneMapper 软件2 创建分析所需 kit、panel 和 marker 等参数: 2.1 点击软件上方工具栏 Tools，选择 Panel Manager；2.2 在 Panel Manager 对话框中，选中 1 Panel Manager，点击 2 新建 Kit；于New Kit 对话框中依次输入 Kit 名称，Kit 类型，并点击 OK 保存设置；2.3 在 Panel Manager 对话框中，选中 1 STR KIT，点击 2 新建 Panel；3 中输入Panel 名称；2.4 选中 1 STR panel，点击 2 新建 Marker，在 3 位置依次输入 Marke
4、r Name (Marker 名称 ) ，Dye Color (荧光标记种类) ，Min Size，Max Size (片段最小值和最大值) ，Marker Repeat (重复次数) ；2.5 重复 2.4 步骤，完成所有 Marker 设置， 点击 OK 保存；3. 创建新文件，导入数据：3 .1 点击 1 新建文件夹，在 2 Project Type 中文件夹类型选择 Microsatellite ，点击 OK；3.2 导入数据：点击 1 Add Samples To Project 添加数据，在弹出的对话框中选择待分析数据，通过 3 Add To List 添加到右边的面板中，点击 4
5、 Add 完成数据添加；4. 设置分析参数：4.1 完成数据添加后，在 1 位置，Analysis Method 中选择 New Analysis Method 新建分析方法；在弹出的对话框中选择分析类型 2 Microsatellite，点击OK 确认；4.2 设置分析参数：在 Analysis Method Editor 中，点击 1 General，填写 2 Name（分析方法名称）；之后点击 3 Allele，在将 4 Bin Set 选择 none；其它参数为软件默认，不需要 修改；点击 OK 确认；4.3 选定好之前设定的分析方法，在后续的栏目中设定 Panel 和 Size St
6、andard（分子量内标）；4.4 完成分析参数设定后，选中 Analysis Method，Panel 和 Size Standard 栏目，点击 1File，选择 2Fill Down；此时，Analysis Method，Panel 和 Size Standard 栏目会使用之前选定的分析参数；也可以使用鼠标分别选择；4.5 保存分析文件：点击 File，选择 Save Project，输入文件夹名称：5. 执行初始分析：5.1 点击分析按钮 1，分析数据：5.2 在 1 Genotypes 中查看初步分析结果，或通过 2 Display Plots 选项查看样品分型图：5.3 在样品分
7、型图界面中，Plot Setting 选择 Microsatellite Default；通过软件上方的快捷按钮编辑数据显示方式：6 创建 Bin Set：6.1 打开 ToolsPanel Manager，选中 1 STR Kit，点击 2 新建 Bin Set，在弹出的New Bin Set 对话框 3 中输入 Bin Set 名称：6.2 添加参考数据：6.2.1 确保 1 Bin Set 已选择新建的 Bin Set，选中 2 STR Panel，此时会显示出之前新建的每个 Marker，点击 3 Add Reference Data 添加参考数据；6.2.3 在 Add Micros
8、atellite Reference Data 对话框中，选择 1 参考数据，通过 2 Add To List 添加至右面的面板中，点击 3 Add，完成添加：6.3 生成 Bin Set：完成参考数据添加后，点击 1 Auto Bin，之后使用软件默认参数，点击 2 OK，自动生成 Bin Set：6.4 编辑 Bin Set：分别选中每个 Marker 1 查看其对应的 Bin，选中 2 Bin，右键进行 Bin 的编辑或者删除，也可通过软件 3 处的快捷图标进行 Bin 的编辑；完成后点击 OK 生成 Bin Set；二 分析并检查结果：1. 编辑分析方法：点击软件上方快捷图标 1 An
9、alysis Method Editor，将 Allele中的 2 Bin Set 修改为之前新建的 Bin Set，其他参数保持默认，点击 OK；2. 点击分析按钮再次分析数据，通过 Genotypes 查看分型结果，或选中数据通过 Display Plots 查看样品分型图；选中需要查看的数据，否则无法查看 Samples Plot：查看样品分型图：三 打印并导出数据（可选）：1. 在 View 中选择不同的界面（Samples，Genotypes 等），再通过 FileExport/Print 导出或者打印相应的数据：2. 在 Analysis 中选择不同的界面（Display Plots，Report Manager 等），再通过FileExport/Print 导出或者打印相应的数据：
