1、GenBank数据库检索及其应用 Entrez检索功能,NCBI网站网址： http:/www.ncbi.nlm.nih.gov,简介,检索入口,基本检索功能,特征栏辅助检索,检索结果的显示,GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。,GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。,简介,检索界面,简介,1、基本检索界面,Nucleotide 数据库分为三个子数据库：,EST :表达序列标记数据库GSS :基因组测序序列数据库CoreNucleotide
2、 :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列,检索界面,简介,1、基本检索界面,2、跨库检索界面,简介,检索界面,基本检索功能,（一）字段限制检索、强制短语检索,（二）特殊标志符检索,（四）范围检索,（三）序列长度检索,简介,检索界面,基本检索功能,（一）字段限制检索、强制短语检索,rasGENE,检索限定词：,1、基因名称的检索限定词：GENE or GENE NAME 2、生物体名称的检索限定词：ORGN or ORGANISM 3、作者姓名的检索限定词：AUTH or AUTHOR,获取所需要的基因序列,显示方式,序列号,物种信息,作者信息,选择显示模式为FASTA,序列信息,保存序
3、列信息,点击send选择file，格式为FASTA,选择显示方式为Graphics,编码蛋白质的序列信息,点击显示蛋白质编码序列,蛋白质氨基酸序列,简介,检索界面,基本检索功能,（二）特殊标志符检索,（一）字段限制检索、强制短语检索,特殊标志符的格式(核酸序列)：,2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号：(1) 1个字母+5个阿拉伯数字e.g.：U12345(2) 2个字母+6个阿拉伯数字e.g.：AY123456，Af123456,1、序列辨认号 (GI)：一串阿拉伯数字e.g.：19440733,（1）mRNA 记录（NM_*）:e.g.: NM_000492 （2）基因组的DN
4、A重叠群（NT_*）:e.g.: NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）:e.g.: NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）:e.g.: NG_000019 （5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）：e.g.: XM_000483,特殊标志符的格式（核酸序列）：,3、RefSeq（Reference Sequence）序列接受号:,特殊标志符的格式（核酸序列）：,4 、 PDB序列接受号：个阿拉伯数字个字母e.g.：TUP,序列接受号的检索限定词为ACCN or ACCESSION,简介,检索界面,基本检索功能,（一）字段限制
5、检索、强制短语检索,（二）特殊标志符检索,（三）序列长度检索,序列长度的检索限定词：SLEN,简介,检索界面,基本检索功能,（一）字段限制检索、强制短语检索,（二）特殊标志符检索,（四）范围检索,（三）序列长度检索,范围检索：中间用冒号连接,1、序列接受号范围检索：AF114696:AF114714ACCN2、序列长度范围检索：3000：4000SLEN3、日期范围检索：2005/01：2006/09/26MDATorPDAT,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,高级检索（Advanced Search）,检索史管理（History）,剪贴板管理（Clipb
6、oard）,详细匹配过程（Details）,限制检索,高级检索,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,限制基因位点,限制序列片段的显示,限制数据来源,限制数据发布日期,限制数据修订日期,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,高级检索（Advanced Search）,预检索输入框,添加检索词,索引检索,预检索结果,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,高级检索（Advanced Search）,检索史管理（History）,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）
7、,高级检索（Advanced Search）,检索史管理（History）,剪贴板管理（Clipboard）,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,高级检索（Advanced Search）,检索史管理（History）,详细匹配过程（Details）,剪贴板管理（Clipboard）,简介,检索入口,基本检索功能,特征栏辅助检索,检索结果的显示,序列相似性搜索,启动相似性搜索,输入序列号,选择搜索的数据集,点击开始搜索,相似性序列信息,GenBank记录中特性表中的主要关键词:,GenBank记录中特性表中的限定词:,GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较：,1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息；PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息。 2、GenBank数据更新早于PubMed，GenBank数据库的检 全率高于PubMed。 3、GenBank可对序列数据进行限制检索，而PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed。,课后练习,用 GenBank 数据库搜索 ”SARS coronavirus BJ01” 的全基因组序列信息并下载保存，查询该基因所产生的蛋白质序列信息。用BLAST模块对该基因序列进行相似性搜索。,谢 谢！,
