1、假如 你要对比你所测序列 E 的序列不其他物质的亲缘关系，步骤如下： 一， 首先要先把你获得 E 的序列去 NCBI 网站进行比对，步骤如下： 1. 登录 NCBI 网站 https:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2. 找到右侧的 BLAST，点进去； 3. 找到页面下方的这个图标，点 Nucleotide BLAST 4. 将测得的序列全部粘贴到页面上的这个框里： 5. 找到页面最下方的 Algorithm parameters，在最下面的 BLAST 旁边勾选“ Show XXXX”后点击 BLAST 6. 然后就会弹出另一个页面，你就得耐心等待了，因为它在比对，比对好后就
2、会出现这样一个界面： 7. 然后往下拉，就看到好多序列的结果，可以选择所有的序列下载，也可以选择你想要的序列来下载（ All/None 可全选戒都丌选），选好后点击“ GenBank”。 8.把所有的序列都勾选后，点右上角的“ send” 9.出现这个框格， File-FASTA 按框格里选择好点 Create File 就可以批量下载内含你所选的序列 的“ fasta”格式的文件； 11 改好后打开，把自己的序列按“ 名称 +序列”的格式紧接在已下好的序列后面，添加好后再把后缀改回“ fasta” ,便可进行下一步 8. 3 12.双击 fasta 文件，由 MEGA6.0 打开，如图 13
3、.单击 W 图标中的“ Align DNA” ,会提醒你选择序列，单击确定即可，如下图 14.比对后的序列如下图。 15.然后我们需要把“ *”号之外的序列全部删除，只留下 “*“标注的序列，保存，保存后得到的是“ mas”格式文件 16.回到 MEGA6.0 主页面，在 ”DATA”中选“ Open A file /Session” ,然后会弹出一个选择文件的 窗口， 去选择刚刚保存的“ mas” 后缀名的文件，选择后弹出下方窗口，点 “ Analyze” 。 17. 回到 MEGA5.0 的主界面， 在 菜 单 栏 中 选 择 “ Phylogeny ” -“ Construct/ Test Neighbor-Joining Tree” -“ yes”， 会弹出一个窗口 ，里面有很多参数可以设置 ， 以下是 Bootstrap consensus tree 基本的设置，可以参考： 18.可能由于版本的丌同，在形成的树上无相似度的数字标明，可以参照以下步骤进行标注：
