1、 良好的渔业水域生态环境是水生生物赖以生存和繁衍的最基本条件，是渔业发展的命脉。我国的渔业生态环境学科发展始于上世纪 50 年代,主要是配合天然渔场的开发与利用进行渔场生态环境的调查研究,研究经济鱼虾产卵场、索饵场、越冬场及洄游通道的分布变化与环境的关系、渔场形成机制和渔场预报等。70 年代中期以后,随着工业化进程的发展,环境污染问题开始出现,为保护生物资源, 渔业生态环境学科开始进行污染生态学研究，研究化学品、石油、重金属、农药对渔业生物的影响, 并逐步开展了污染区域与污染程度的调查研究。90 年代开始,沿海和沿江工业发达和人口密集地区水环境污染问题已经较为严重,产卵场和养殖水域环境质量下降
2、,渔业生态环境学科开始对重要渔业水域开展生态环境质量现状的监测与评价研究，探讨渔业水域的保护与污染治理方法、途径。当前渔业生态环境学科主要是建立渔业生态环境监测、诊断和预警技术、渔业污染生态学和环境安全评价技术、清洁养殖及退化水域生态系统重建与修复技术和生态环境质量管理技术。经过几十年的发展, 渔业生态环境已经成为由水文、化学、生物学、生态学、毒理学等多专业组成的一门综合性学科，推动了水产学科的发展，为渔业生态环境的保护、渔业资源的可持续利用与管理，维护国家和渔民的利益发挥了重要和积极作用。1、渔业生态环境的监测与评价2、环境污染对渔业生态环境的影响及修复与保护研究对不同区域从不同角度重点开展
3、污染对重要生态系统结构、功能的长期影响和数学评估模型建立、受控生态系统污染实验和污染物的生物地球化学、低浓度污染物的亚致死效应以及致癌、致畸、致突变和沿食物链转移、代谢规律, 各类污染物质在环境中的不同存在形态及其毒性及毒理、污染生态学后果的分析、富营养化及赤潮发生机制与预测、水产养殖自身污染的影响、污染物的生态学原理、污染生态学的方法论及新技术应用等研究，对在阐明环境污染对水生生物的影响机理、影响程度，生态环境修复与保护措施、方法和技术取得了重大进展。3、渔业水域污染事故调查、处理与涉渔工程环境影响评价对特大水体污染事件开展专题研究，建立了不同特征污染物在水产品中检测的标准方法、污染水体对水
4、产品安全性、对野生鱼类的毒性影响以及对周边渔业养殖用水等安全性评价方法。为全面评估污染对水产品食用安全性、污染物通过食物链传递引起的生物放大效应及对水生生物的生态毒理效应提供了科学依据。通过对不同涉渔工程的环境影响评价研究，建立了建设项目对生物资源损害评估方法和生态补偿计算方法，阐明涉渔工程对渔业的影响类型、影响程度，提出了生态补偿和生态恢复的措施。 4、渔业生态环境质量管理技术如通过渔业水域生态环境的监测研究；通过渔业水质基准的研究；通过水产养殖自身污染研究；通过不同渔业污染事故的分析研究；通过各类涉渔工程的环境影响评价研究我国近海生态系统食物产出的关键过程及其可持续机理、水产品中农药残留的
5、快速检测实用化技术、三峡工程对长江渔业资源与环境影响的监测与评价、海域重大工程对生态系统影响评价与修复对策、浮游动物对全球变暖的响应、水产养殖业源排污系数测算、贝类养殖对沉积环境中硫化物的贡献及生长效应反馈研究、养殖环境容量与调控修复、对虾池塘精养环境综合生物修复技术、池塘高效清洁健康养殖关键技术当前，水域污染导致赤潮和水华等灾害、水产品质量下降、渔业资源严重衰退等日趋严重，要提出主要环境问题的诊断，建立灾害的预警预报、渔业水域生态环境保护、修复和管理的理论、方法和技术。一是通过围绕渔业环境有害物质和有害生物有效监测体系的设计和建立、各类环境样品中痕量污染物质（特别是环境激素类）快速分析方法的开发、生态环境影响综合评价方法研究,建立渔业生态环境监测、诊断和预警体系；二是通过对有害物质和生物对重要经济水生生物及其生态系统结构、功能的影响机理和机制的探索，建立渔业污染生态学和环境安全评价技术；三是从理论与实践两方面研究水域生态系统退化、恢复、开发和保护的机理，通过实地试验和示范，建立典型退化的渔业水域重建或修复技术；四是通过对渔业生态环境质量管理技术和措施两方面的研究，建立渔业生态系统健康标准和评估技术体系。
