1、厦 门 大 学硕 博 连 读 研 究 生 培 养 方 案（报表）一级学科名称 化 学专业名称 化学生物学专业代码 070320研究生院 2009 年 10 月制表2010 年 6 月 27 日修订一、 主要研究方向序号号研究方向 主要研究内容、特色与意义 研究生导师（博导注明） 1 生命有机磷化学生命起源与进化的化学与生物学基础，尤其是磷和氨基酸在生命起源与进化过程中的作用与地位2 小分子调节剂与药物化学小分子调节剂的合成、小分子调节剂与蛋白质、核酸的相互作用研究；药物设计、药物合成以及药物的作用机制的研究。3 生命体系中的分子识别与传感通过合成、改造、天然来源及生物转化等途径发展和获取分子探
2、针，研究这些分子探针在生物传感和生理（基因表达、细胞周期、细胞凋亡、细胞信号转导、免疫反应）调控等领域的应用。4 生物分析 发展高灵敏、高通量的生物分析技术和方法，研究化学物质与生物大分子相互作用和分子识别的分析技术，发展高通量的筛选技术，建立实时、动态的单细胞分子成像系统。开发这些生物医学分析技术在疾病诊断、检验检疫、环境检测及药物研发中的应用。5 生物信息学结合生物信息学、化学信息学和药物信息学等专业领域信息学技术，建设一个有特色的生物信息学辅助虚拟药物开发平台，进行药物靶点蛋白的搜索和先导化合物的高通量筛选和设计工作，使得有机合成和新药开发更加理性化和高效。6 结构生物学结构生物学是一门
3、以生物物理学和生物化学手段来研究生物大分子的三维结构，并研究结构与对应功能的关系的学科。由于结构生物学能够解释生物大分子的构象和相互作用的方式，而所有的生命活动都是通过各种生物大分子的赵玉芬( *)院士傅 瑾( *)黄河清 (*)黄培强 (*)韩守法 (*)李耀群 (*)颜晓梅 (*)杨朝勇 (*)林东海 (*)高锦豪 (*)相互作用来实现，因此，这是一个非常有吸引力的领域。7 纳米生物 随着现代生物学和现代医学的不断发展，人类在生物学和医学等领域的研究内容早已从细胞，染色体等微米尺度的结构深入到更小的层次，进入到单个分子甚至分子内部的结构。研究这些纳米尺度的分子结构和生命现象的学科，就是纳米
4、生物学8 生物医学研究围绕心脑血管疾病、糖尿病、肝病、癌症、危重传染病及老年性疾病等严重威胁人类健康的重大疾病，以生命科学、化学和医学交叉领域的重大科学问题为主攻方向。通过各学科的整合，阐明多种疾病的分子机理，并借生物技术及药物研究，将科学研究成果转化为药物、治疗和预防方法。该方向主要侧重以下方面研究：1 核受体及配体相互作用的化学基础2 蛋白质转运机制3 代谢调控4 天然产物化学5 分子诊断学6 神经退行性疾病及衰老研究7 转化医学研究张晓坤(*)洪万进(*)姚新生(*)许华曦(*)郑立谋(*)注：本表不够可加页。注：博导请用*号注明。二、培养目标、学制及学分要求培养目标（本表可不填政治标准
5、）： 1. 热爱祖国，树立强烈的事业心和敬业精神，具有良好的道德理想素养和精神风貌。2. 掌握本学科坚实宽广的基础理论、系统深入的专门知识和熟练的实验技能；具有严谨的学风，能够独立从事科研工作，并取得创新性的成果，达到中华人民共和国学位条例规定的博士学位学术水平。3. 身体健康。学制： 5 年 ，最长学习年限： 7 年。至少应修满 42 学分：其中公共学位课程 8 学分；专业学位课程 18 学分；选修课程 12 学分；其他培养环节 4 学分。注：不用修读博士生公共外语、政治课；硕士阶段课程+博士阶段的总学分应修满 42 个学分，学生选课需获得导师同意，而且，其中至少必须包含以下三门针对博士生的
6、课程：6 学分博士生专业学位课（可选以下课程设置中不同二级学科针对博士生专业学位课程） ，2 学分学科进展讲座。2 学分教学实践三、课程设置序号课程类型 课 程 名 称 学期* 学分 总学时 授课语言 任课教师（职称）1 自然辨证法 秋季 2 36 中文 由研究生院统一安排2 科学社会主义理论与实践 春季 2 36 中文 由研究生院统一安排3公共学位英语 春季秋季 2 36 双语 由研究生院统一安排4 高等配位化学 春季 3 54 中文 章慧教授5 有机合成进展 秋季 3 54 中文 黄培强教授6 有机合成专题 春季 3 54 中文 温庭斌教授/詹庄平教授7 光谱分析进展 春季 3 54 中文
7、 江云宝教授/赵一兵教授8 色谱与质谱分析进展 春季 3 54 中文 王秋泉教授/杭纬教授/张博副教授9 高等量子化学 春季 3 54 中文 吴玮教授10 量子化学选读 春季 3 54 双语 张乾二教授/谭凯副教授 等11 现代晶体学 春季 3 54 中文 毛少瑜教授12 催化专题 秋季 3 54 中文 袁友珠教授/王野教授/翁维正 教授13专业学位电化学研究进展 秋季 3 54 中文田中群教授/孙世刚教授/毛秉伟教授/杨勇教授/詹东平副教授14 电极过程动力学 秋季 3 54 中文 毛秉伟教授/吴德印教授15 应用电化学专题 秋季 3 54 中文 杨勇教授/王周成教授16 生物物理学 秋季
8、3 54 中文 林东海教授17 化学生物学 春季 3 54 中文 杨朝勇教授/颜晓梅教授/韩守法教授等18 高分子科学导论 春季 3 54 双语 许元泽教授/翁文桂副教授19 高分子合成与分子设计 春季 3 54 中文 夏海平教授20 生物医学与药物研发前沿进展秋季 3 54 中文 洪万进（教授） 、张晓坤（教授） 、许华曦（教授） 、郑立谋（教授）21 分子细胞生物学 秋季 3 54 中文 生科院22 高级生物化学 秋季 3 54 中文 生科院23 其它系、专业学位课程24 化学科研素养与方法 ABC 秋季 2 36 中文 郑南峰教授等25 纳米生物学 秋季 2 36 中文 高锦豪教授26
9、结构生物学 春季 2 36 中文 林东海教授27选修可选修其它有关的硕士生各课程 秋季/春季 2 3628 学术报告与学术讲座 N/A 2 要求详见后页。29 综合考试 要求详见后页。30其他培养环节开题报告 要求详见后页。III. CurriculumNo. Category Name of the Course Semester* CreditTotal Hours Working Language Faculty member(s)( with professional titles）1Dialectics of NatureA 2 36 ChineseBe arranged by th
10、e Graduate School2Theory and Practice of the Scientific SocialismS 2 36 ChineseBe arranged by the Graduate School3Generalcourses English A/S 4 72 BilingualBe arranged by the Graduate School4 Advanced Coordination Chemistry S 3 54 Chinese Prof.ZHANG Hui 5 Progress in Organic Synthesis A 3 54 Chinese
11、Prof. HUANG Peiqiang 6 Topics on Organic Synthesis S 3 54 ChineseProf. WEN Tingbin/ Prof. ZHAN Zhuangping 7 Progresses in Spectrometry S 3 54 ChineseProf. JIANG Yunbao / Prof. ZHAO Yibing8 Progresses in Chromatography and Mass Spectrometry S 3 54 ChineseProf. WANG Qiuquan /Prof. HANG Wei / Associate
12、 Prof. ZHANG bo 9 Advanced Quantum Chemistry S 3 54 Chinese Prof. WU Wei10 Selected Topics on Quantum Chemistry S 3 54 BilingualProf. ZHANG Qian-Er/ Associate Prof. TAN Kai, et al.11Core coursesModern Crystallography S 3 54 Chinese Prof. MAO Shao-Yu 12 Current Opinion in Catalysis A 3 54 ChineseProf
13、. YUAN Youzhu / Prof. WANG Ye/ Prof. WENG Weizheng 13 Progress in Electrochemistry A 3 54 ChineseProf. TIAN Zhongqun / Prof. SUN Shigang / Prof. MAO Bingwei/ Prof. YANG Yong /Associate Prof. ZHAN Dongping14 Electrode Kinetics A 3 54 ChineseProf. MAO Bingwei/ Prof.WU Deyin 15 Topics in Applied Chemis
14、try A 3 54 ChineseProf. YANG Yong / Prof. WANG Zhoucheng16 Biophysics A 3 54 Chinese Prof. LIN Donghai 17 Chemical Biology S 2 36 ChineseProf. YANG Chaoyong/Prof. YAN Xiaomei/Prof. HAN Shoufa18 Introduction to the Essential Polymer Science S 2 36 BilingualProf. XU Yuanze/Associate Prof. WENG Wengui1
15、9 Polymer Synthesis and Molecular Design S 3 54 Chinese Prof. XIA Haiping20Current topics in Biomedical Research and Drug DiscoveryA 3 54 Chinese Prof.HONG Wanjin、Prof.ZHANG Xiaokun、Prof.XU Huaxi、 Prof.ZHENG Limou21 Molecular Cell Biology S 3 54 chinese School of Life Sciences22 Advanced Biochemistr
16、y S 3 54 chinese School of Life Sciences23 Courses from Other Prog., Dept. or Colleges.24 Basic Research Manners and Methods in Chemistry A 2 36 Chinese Prof. ZHENG Nanfeng25 Nanobiotechnology A 2 36 Chinese Prof.GAO Jinhao 26 Structural Biology S 2 36 Chinese Prof.LIN Donghai 27Optional courses Oth
17、er courses in Chemistry for MSc A/S 2 3628 Attending Academic Lectures N/A 2 Details are in the following pages.29 Ph.D. Comprehensive Examination Details are in the following pages.30Other academicsections Dissertation research proposal Details are in the following pages.*.SSpring semester; AAutumn
18、 semester; SSSummer semester.课程内容纲要课程名称 有机合成进展课程英文名称 Progress in Organic Synthesis课程类型 专业学位课 开课时间 秋季学期课程级别 博士 学分 3总学时 54中文内容简介本课程包括以下专题，部分内容将根据学科的发展作适当调整。1、 有机硼、硅、锡、钯试剂的在有机合成中的应用；2、 环化反应，包括 BALDWIN 环化规则，烯烃复分解反应3、 有机化学中的立体电子效应4、 羟醛缩合反应及其立体化学5、 复杂天然产物全合成6、 有机合成进展专题7、 学生演讲/课堂讨论英文内容简介This course include
19、 some topics of progress in modern organic synthesis, such as: 1. The application of organic boron, silicon, tin and palladium reagents2. Ring closure reactions, including Baldwins rules, Olefin metathesis 3. Stereoelectronic effects in organic chemistry4. Aldol reaction and its stereochemistry5. Th
20、e total synthesis of complex natural products6. Topics of recent progress in organic synthesis7. Students presentation and class discussion教学方式 讲授、讨论考试方式 笔试参考教材教材： 讲义，PPT黄培强，靳立人，陈安齐， 有机合成 ，高等教育出版社，北京：2004参考书：1. J. A. Gewert, et al., “Organic Synthesis Workbook”, Wiley-VCH, Weihein: 20002. Carey, F.
21、A., Sundberg, R. J, Advanced Organic Chemistry, 4th Ed., Plenum Press: New York:3. Smith, M. B., Organic Synthesis, 2nd edition, McGraw-Hill: New York, 2002 4. Jurgen，F., Gustav, P., Organic Synthesis: Concepts, Methods, Starting Materials, 3rd Edition, John Wiley New York, 20035. P. Deslonchamps 著，
22、李国清，放秀华译，叶秀林校， 有机化学中的立体电子效应 ，北京大学出版社，北京：19916. 吴毓林，姚祝军， 现代有机合成化学 ，科学出版社，北京：20017. 黄 宪编，有机合成上册，高等教育出版社: 北京，19928. 吴世晖,徐汉生编，有机合成下册，高等教育出版社: 北京，19939. 有机化学现行期刊注：每门课程都须填写此表。本表不够可加页。课程内容纲要课程名称 有机合成专题课程英文名称 Topics on Organic Synthesis课程类型 专业学位课 开课时间 春季学期课程级别 博士 学分 3总学时 54中文内容简介有机合成研究最新动态与研究进展方面的专题综述报告。包括有
23、机合成新方法和新试剂在有机合成中的应用。新药研究与开发中有机合成新方法、新技术的应用。英文内容简介This course introduces the recent trend and progress in organic synthesis, including the application of new methods, technologies and new reagents in organic synthesis as well as drug research and development.教学方式 课堂授课，文献综述和课堂讨论考试方式 文献综述报告参考教材教材： 自编讲义
24、参考书：近期有机化学有机合成的文献及综述。注：每门课程都须填写此表。本表不够可加页课程内容纲要课程名称 高等配位化学课程英文名称 Advanced Coordination Chemistry课程类型 专业学位课 开课时间 春季学期课程级别 硕士/博士 学分 3总学时 54中文内容简介适应当前配位化学迅猛发展的需要，讲授配位化学基本原理及其在相关前沿领域(或交叉学科)应用的有选择性的课题。其目标是使修过这门课程的研究生能够从结构和成键的微观角度去认识并理解络合物的宏观特征和性质，从而使得他们所掌握的基础理论和现代化学实验之间有较密切的结合，为熟悉和理解现代化学文献(特别是配位化学文献)架起一座
25、桥梁，同时为顺利开展有关的硕博士论文研究工作提供一些新的方法和思路。课程的主要内容如下：1. 配位化学的发展简史和基础知识；2. 络合物的立体结构与异构现象，以专题讲座的形式介绍手性、手性对称性破缺、手性络合物、立体化学及圆二色(CD)光谱的有关知识；3. 多电子原子结构和谱项，特别是 dn 离子的谱项及群论和对称性的基础知识；4. 络合物的晶体场-配体场理论及其在络合物电子光谱等方面的应用；5. 络合物的分子轨道理论(MOT)，着重于其在络合物荷移光谱的应用；6. 络合物反应动力学和机理的基础知识，例如取代、异构化和外消旋反应，特别是电子转移反应；7. 简要介绍络合物的合成。修课学生英文内容
26、简介The basic principles of coordination chemistry and their applications in the selective topics on the related front fields (or other interdisciplinary subjects) are introduced to keep up with the rapid development of current coordination chemistry. The main objective of the lecture at the classroom
27、 is to help the graduate students attended this course understand macro-characteristics and properties of coordination compounds from the microscopic view of structure and bonding. As a result, the graduate students should know how to combine basic theory with modern chemical experiments, and this m
28、ay also make them become familiar with current chemistry literatures (especially on modern coordination chemistry). Additionally, this course should provide some new methods and ideas for their future graduate research work, too. The main contents of the course are as follows:1. A brief development
29、history and fundamental knowledge of coordination chemistry2. Stereoscopic structures and isomerism of metal complexes, introducing the related knowledge of chirality, chiral symmetry breaking, chiral metal complexes, stereochemistry and circular dichroism (CD) spectroscopy by special topic lectures
30、3. Structures and spectral terms of many-electron atoms, especially focusing on the spectral terms of dn ion and basic knowledge of group theory and symmetry4. Crystal Field-Ligand Field Theory and their applications in electronic spectroscopy of metal complexes5. Molecular Orbital Theory of metal c
31、omplexes, paying special attention to its application in charge-transfer transition spectroscopy6. Fundamental knowledge of kinetics and mechanisms of coordination compound reactions, for example, substitution, isomerization and racemization, especially electron transfer reactions7. A brief introduc
32、tion to synthesis of coordination compounds教学方式 讲授、讲座、课堂讨论、课后习题考试方式 笔试与课程报告参考教材1 章慧等编著. 配位化学 原理与应用 . 北京: 化学工业出版社, 20092 徐光宪, 王祥云著. 物质结构 . 第2版. 北京: 高等教育出版社 , 1987.3 游效曾编著. 配位化合物的结构与性质 . 北京: 科学出版社 , 1992.4 金斗满, 朱文祥编著. 配位化学研究方法 . 北京: 科学出版社 , 1996.5 Gispert J R. Coordination Chemistry. Weinheim: Wiley-V
33、CH, 2008.6 Miessler G L, Tarr D A. Inorganic Chemistry. 3rd Ed. New Jersey: Prentice-Hall, Inc., 2004.7 徐志固编著. 现代配位化学 . 北京: 化学工业出版社, 1987 .8 Cotton F A, Wilkinson G. Advanced Inorganic Chemistry. 5th Ed. New York: Wiley, 1988.9 美 F A科顿著. 群论在化学中的应用 . 第3版. 刘春万, 游效曾, 赖伍江译. 福州: 福建科学技术出版社 , 1999.10麦松威, 周
34、公度, 李伟基. 高等无机结构化学 . 第2版. 北京: 北京大学出版社, 2006.11周永洽编著. 分子结构分析 . 北京: 化学工业出版社, 1991 .12陈慧兰主编. 高等无机化学 . 北京: 高等教育出版社, 2005 .13 Tobe M L, Burgess J. Inorganic Reaction Mechanisms. Essex: Pearson Education Limited, 1999.14 Carter R L. Molecular Symmetry and Group Theory. New York: John Wiley Nye, J.F. (1985)
35、课程内容纲要课程名称 催化专题课程英文名称 Current Opinions in Catalysis课程类型 专业学位课 开课时间 秋季学期课程级别 博士/硕士 学分 3总学时 54中文内容简介本课程面向博士/硕士研究生开设，主要以介绍催化化学领域的新进展、新方法和新理论为目的，将涵盖均相催化、多相催化、光催化和酶催化研究领域中的催化剂制备、表征、催化反应和催化作用机理，由本单位和国内外在该领域活跃的学者开设系列专题讲座，并要求研究生就讲座内容进行文献阅读和互动交流。英文内容简介The course is intended for graduate students who are purs
36、uing PhD degree in catalysis and related fields, covering the current topics in catalysis such as the latest progresses, new characteristic methods and theories in homogeneous catalysis, heterogeneous catalysis, photo-catalysis and ezymetic catalysis. Each topic is composed of several lectures deliv
37、ered by professors at home, domestic and abroad. Broad literature-reading and interactive communications are requisite for the course.教学方式 课题讲座考试方式 书面报告和口头报告相结合参考教材一、催化学科主流刊物：1. J. Catal.2. Appl. Catal. A 第二章“ 电极/溶液”界面基本性质; 基本概念,双电层结构模型、界面电势分布及其影响因素; 第三章“电极/ 溶液”界面的电荷传递, 涉及电极电势对电极活化能的影响, 界面电势分布对电极反应速
38、率的影响，电极电势对反应速率的影响,电化学平衡,微观电极过程-Marcus 电子转移理论及绝热和非绝热过程; 第四章“ 电极/ 溶液”界面附近液相中的传质过程， 暂态过程和技术; 第五章复杂电极反应与反应机理研究-综合运用，电极反应机理的表示方法，电极反应多电子转移步骤过程，电极反应与化学反应耦合（1）前置转化步骤；（2）平行和随后转化步骤， （3）涉及表面吸附态的表面转化步骤和电极反应机理; 第六章半导体光电化学基础。英文内容简介The Electrode Kinetics focus on some detailed and basic contents: structures of so
39、lid/liquid electrochemical interfaces; structures of double layer, charged ionic diffusion theory, charge transfer theory, conversion of electrochemical energy, kinetics and dynamics of complex electrochemical systems, photoelectrochemistry of semiconductors. 教学方式 以课堂教学为主，与课外教学相结合，作业与思考题辅助。考试方式 限时开卷
40、考试参考教材1.电极反应动力学(讲义，吴辉煌编 2006 年版) 推荐参考书如下：2. 电极过程动力学导论(第三版查全性，科学出版社 2002 年）3. 电化学方法原理和应用A. J. Bard, L. R. Faulkner 2ndEd.邵元华等译6. 电化学研究方法田昭武（1984 年）科学出版社7. Encyclopedia of Electrochemistry (Bard-Stratmann, Wiley)Vol. 1 Thermodynamics and electrified interfaces 978-3-527-30393-6Vol. 2 Interfacial Kinet
41、ics and Mass Transport 978-3-527-30394-6, May 20038. 物理化学下册, 1113 章,孙世刚主编厦门大学出版社 , 2008课程内容纲要课程名称 生物物理学课程英文名称 Biophysics课程类型 专业学位课 开课时间 秋季学期课程级别 硕士/博士 学分 3总学时 54中文内容简介生物物理学是应用物理学的概念、理论和方法研究生命现象中的物理过程和物理规律的一门科学，是物理学和生物学相结合产生的一门边缘学科，极大地推动了生物学研究的深入和发展。本课程主要介绍生物物理学的基本概念、理论基础和技术方法以及最新进展，覆盖五部分内容：分子生物物理，细胞
42、与膜生物物理，神经生物物理，理论生物物理，生物物理技术。生物物理技术主要介绍研究生物系统的物理方法和技术，包括：紫外-可见吸收光谱，荧光光谱，分子振动光谱，圆二色性光谱，电子自旋光谱，生物核磁共振波谱，生物质谱，X-射线晶体衍射光谱，扫描隧道显微镜，微量量热法，表面等离子共振谱，等等。英文内容简介This course introduces concepts, theoretic basis, methods, techniques and current advances in Biophysics, including five parts: molecular biophysics, c
43、ellular and membranous biophysics, neural biophysics, biophysical techniques. The biophysical techniques cover UV-VIS, fluorescence spectroscopy, molecular vibration spectroscopy, ESR, Bio-NMR, Bio-MS, X-ray crystallography, scanning tunneling microscopy, ITC, surface plasmon resonance, etc. 教学方式 课堂
44、教授考试方式 笔试参考教材 生物物理学 ， 赵南明，周海梦主编, 高等教育出版社出版。课程内容纲要课程名称 化学生物学课程英文名称 Chemical Biology课程类型 专业学位课 开课时间 春季学期课程级别 硕士/博士 学分 3总学时 54中文内容简介化学生物学最新动态与研究进展方面的专题讨论，内容包括： 从天然化合物和合成的分子中发现对生物体的生理过程（基因表达、细胞周期、细胞凋亡、细胞信号转导等）具有调控作用的物质，并以这些生物活性小分子作为探针，研究他们与生物靶分子的相互识别、构效关系和作用机制，进一步在分子和化学键水平上研究它们在调控生理过程中的分子识别、信息传递。 探讨自然界中
45、生命起源、基因突变、分子进化的化学机理和化合物的生物合成途径，从而为合成更多样性的分子提供新的理论和技术。 研究作用于新靶点的新一代治疗药物。研究化学物质与生物大分子相互作用和分子识别的分析技术，以及对复杂生物体系进行静态分析和动态分析的新技术等。英文内容简介This survey course is team taught and designed to illustrate the use of chemical approaches to investigate biological processes at the molecular, the cellular and the org
46、anismal level.教学方式 讲授考试方式 笔试或小论文参考教材教材： 现行化学生物学期刊，如:Nature Chemical Biology, Current Opinion in Chemical BiologyACS Chemical Biology 课程内容纲要课程名称 高分子合成与分子设计课程英文名称 Polymer Synthesis and Molecular Design课程类型 专业学位课 开课时间 春季学期课程级别 硕士/博士 学分 3总学时 54中文内容简介第一部分：高分子结构与性能关系专题（课堂讲授）高分子的结构决定性能，而性能是应用的基础。本部分从分析一些常见
47、的高分子的结构与性能关系入手，系统讲授决定常见聚合物用途的分子结构基础。第二部分：功能高分子与特种高分子的分子设计（含课堂讲授以及研究型学习汇报与课堂讨论 2 部分）课堂讲授部分介绍离子交换树脂、嵌段共聚物、高分子分离膜、非线性光学高分子等的分子设计；研究型学习汇报与课堂讨论部分学生们可以围绕本课程的主题，根据国际上高分子合成与分子设计的最新进展，每人选择 1-2 个热点课题进行研究型学习，最终进行课堂汇报和讨论交流。英文内容简介Part I: Special topic in polymer structure and properties relationship (lecturing)P
48、olymer structure determines properties, and properties are the basis of applications. Starting from some common polymer structure properties relationships, this part introduces the molecular basis of structure that determines common polymer applications. Part II: Molecular design of functional and s
49、pecial polymers (lecturing, reporting and discussion)The lecturing section focuses on the introduction of molecular design of ion exchange resins, block copolymers, polymer membranes for separation, nonlinear optical polymers, etc. The reporting and discussion section is designed to allow students to choose 1-2 hot topics in the advances in polymer synthesis and molecular design for research study, followed by class reporting and discussion. 教学方式 课堂讲授考试方式 闭卷、课堂讨论参考教材主要参考学术刊物：1. Chem. Rev.; 2. Chem. Soc. Rev.; 3.
