古细菌与真细菌主要区别(1)形态学上，古细菌有扁平直角几何形状的细胞，而在真细菌中从未见过。(2)中间代谢上，古细菌有独特的辅酶。如产甲烷菌含有 F420、F430 和 COM 及 B 因子。(3)有无内含子(introns)上，许多古细菌有内含子。(4)膜结构和成分上，古细菌膜含二醚而不是酯，其中甘油以醚键连接长链碳氢化合物异戊二烯，而不是以酯键同脂肪酸相连。(5)基因调节机制上，未发现过古细菌具有真细菌那样的基因调节机制。(6)生境上，古细胞喜高温，而绝大多数真细菌不是好热型的。(7)呼吸类型上，严格厌氧是古细菌的主要呼吸类型(8)代谢多样性上，古细菌单纯，不似真细菌那样多样性。(9)在分子可塑性(molecular plasticity)上，古细菌比真细菌有较多的变化。(10)在进化速率上，古细菌比真细菌缓慢，保留了较原始的特性。
