1、,打开ClustalX,进行完全比对,由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开， 所以此改用fasta格式保存并命名为cob2,选择此项可打开比对过的文件,选择邻接法（NJ法）构建系统发育树,设置Bootstrap值为100,设置Gap处理为两两删除,设置模型为Kimura-2-Parameter,此为原始的树,此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标Place Root on Branch 选择NC 006081为外群,此为树根，即所有物种最近共同祖先,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,选择最大简约法
2、（MP法）构建系统发育树,设置Bootstrap值为100,此为原始的树,此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081作为外群,此为树根,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,对比NJ法和MP法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。,以同样的方法制作 cox1序列的系统发育树 结果如下,此为NJ法的原始树,此为NJ法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081作为外群,此为树根,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,此为MP法原始的树,此为MP法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标Place Root on Branch选择外群,此为树根,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,对比NJ法和MP法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。,
