对比分析的局限,首先，对比分析的心理学基础是行为主义心理学，它的核心思想“刺激反应”理论已经受到乔姆斯基的激烈抨击和批判。,其次，结构主义语言学并没有为对比分析找到解决问题的出路。,对比分析将两种语言系统的“差异”等同于语言习得的“难度”是不符合逻辑的。,对比分析除了上述理论局限之外，其理论假设也受到来自实验研究和教学实践的挑战和质疑。比如，对比分析假设认为，第二语言学习者语言偏误产生的原因主要是母语负迁移。研究表明，这是不符合实际的。,此外，第二语言教学研究和实践表明，对比分析对学习者语言习得的难点的预测并不完全可靠。表现之一为，有些通过对比预测的难点在实际教学中并未出现，而实际出现的难点有些并没有被预测到。,
