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手把手教你构建系统进化树.ppt
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1、如何构建系统进化树,YZU.TRY,系统发生树(英文:Phylogenetic tree)又称为演化树(evolutionary tree),是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法(cladogram)。在树中,每个节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间)。,MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA构建进化树有以下步骤: 1、测序:将克隆扩增测序得到的基因进行测序。 2、NCBI上做Blasthttp:/www.ncbi.nlm.nih.g
2、ov/blast/Blast.cgi比对找到相似度最高的几个基因,将这几个基因的序列(Fasta格式文件)下载下来,或点击GenBank登录号,复制FSATA格式,整合在一个*.txt文档中。,3、比对序列,比对结果转化为*.meg格式用Mega 6.0的ClustalW做多序列联配,比对结果用*.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对,比对结果保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。 4、构建系统进化树打开保存的*.meg格式文件,选择邻接法构建系统发育进化树。,以外米缀蛾的cds为例,点击cds,出现下图。,点击FASTA,出现下图。,该图为外米缀蛾的FA
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