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类型手把手教你构建系统进化树.ppt

  • 上传人:HR专家
  • 文档编号:5974590
  • 上传时间:2019-03-22
  • 格式:PPT
  • 页数:31
  • 大小:2.86MB
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    1、如何构建系统进化树,YZU.TRY,系统发生树(英文:Phylogenetic tree)又称为演化树(evolutionary tree),是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法(cladogram)。在树中,每个节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间)。,MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA构建进化树有以下步骤: 1、测序:将克隆扩增测序得到的基因进行测序。 2、NCBI上做Blasthttp:/www.ncbi.nlm.nih.g

    2、ov/blast/Blast.cgi比对找到相似度最高的几个基因,将这几个基因的序列(Fasta格式文件)下载下来,或点击GenBank登录号,复制FSATA格式,整合在一个*.txt文档中。,3、比对序列,比对结果转化为*.meg格式用Mega 6.0的ClustalW做多序列联配,比对结果用*.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对,比对结果保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。 4、构建系统进化树打开保存的*.meg格式文件,选择邻接法构建系统发育进化树。,以外米缀蛾的cds为例,点击cds,出现下图。,点击FASTA,出现下图。,该图为外米缀蛾的FA

    3、STA格式,如何保存见下图,一般情况下点击该页的右上角有send 图标,选择后点击create file 即可下载。Txt可以打开。 该图显示的是序列全长的FASTA格式下载。,因为我采取基于氨基酸序列比对,所以选择coding sequences和fasta protein,下载编码区氨基酸序列。,文件名未下载时不要更改,下下来之后再更改,将所有下载下来的fasta格式序列用记事本打开,集中到一个记事本里,MEGA6可以识别fasta格式文件。如图,将全部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta,选择打开方式为MEGA6,打开全部-基因.fasta,自动跳出序列窗口 用ClustalW做

    4、多序列联配,以.meg格式保存结果,回到MEGA主窗口 打开所保存的文件(.meg),点击按钮打开文件窗口,显示保守位点 显示变异位点,回到MEGA主窗口构建进化树,当前打开的文件,选择邻接法建树,选择Bootstrap检验,设定完成,点compute,开始计算得到进化树构建的结果。,双击文字,可以修改树枝后的名称,名称要么全部斜体,要么全部不斜体,无法只让拉丁文斜体,双击文字,可以修改树枝后的名称,名称要么全部斜体,要么全部不斜体,无法只让拉丁文斜体,系统发育进化树优化后,复制黏贴到WORD里,用Microsoft office打开可直接在原图上编辑,将拉丁文斜体,用WPS office打开无法在原图上编辑,需要用画图软件将拉丁文斜体,

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