1、MEGA 软件系统发育树构建方法 1)序列文本 构树之前先将每个样品的序列都分别保存为 txt 文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG 或氨基酸简写字母）。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。 2)序列导入 MEGA 5 首先打开 MEGA 5 软件，界面如下： 然后，导入需要构建系统进化树的序列： 点击 OK 如果是 DNA 序列，点击 DNA，如果是蛋白序列，点击 Protein。 出现新的对话框，创建新的数据文件 如果是 DNA 序列，点击 DNA，如果是蛋白序列，点击 Protein。 导入成功 3)序列比对分析 点击 W，开始比对。比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。 系统分
2、析 然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为 1。 4)系统发育树构建 以NJ为例 Bootstrap 选择 1000，点 Computer，开始计算 计算完毕后，生成系统发育树。 以下 “系统发育树树的修饰”方法 沿用斑竹 brightfuture01 的方法 5)树的修饰 建好树之后，往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在 word 中完成，达到发表文章的要求。点击 image， copy to clipboard。新建一个 word 文档，选择粘贴。见下图： 在图上点击右键- 编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。见下图： 这个时候可以通过 Adobe professional 对其进行图像导出：先将此 word 文档打印成 PDF，见下图： 将打印出来的 PDF 保存在桌面上，打开，如下图： 此时，点击 工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示： 选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图： 点击确定，出现下图 ( 把空边切掉了) ： 点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择 TIFF 格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表： OK，结束了，自己玩一把吧。
