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4-介面之标准 3D 功能.doc

上传人:fcgy86390 文档编号:4248750 上传时间:2018-12-18 格式:DOC 页数:32 大小:1.27MB
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资源描述

1、這節我們要介紹介面之標準 3D 功能,我們將以 Si 來做為示範的材料然後我們直接 Import Si 這個結構進來先將 cell 轉成 primitive cell ,以節省計算時間然後直接進行 CASTEP 計算,這裡先不做任何設定,直接以預設值來算。算完後,我們可以在 3D model 視窗中按下右鍵,會出現如下選項先選擇 Label,這個選項的細部功能有很多,我們可以為我們的模型中的原子,其各種相關數值,如電量、質量、原子名稱、座標有許多的項目可以選擇而且,除了全部的原子都可顯示外,也可選取單顆或某幾顆原子來顯示。方法是先選擇快捷列上的選取鍵然後按住 Ctrl 鍵,並用滑鼠選取想顯示的

2、原子,再用相同的方式來顯示 Label上圖這選項是可以自訂名稱的,可以讓我們標出我們想要的名稱。如下設定其他項目也是相同原理,各位可以自行練習。接下來是 Display Style 的應用,一樣在在 3D model 視窗中按下右鍵,選擇 Display Style 選項我們先選擇 Atom 選單,這裡可以秀出我們想顯示原子或是鍵的方式,當然這選項和我們所用的機器顯示效能有關,要是我們使用的機器效能並不是很好的話,我們就可以選擇不要太多貼圖的顯示方式,這裡我選擇了 Ball and stick 的顯示方式。然後右邊的 Ball radius 可以控制顯示原子的半徑大小,Stick radius

3、 則是控制鍵的粗細接下來我以 NaCl 為例,我選擇了 CPK 的顯示方式。然後右邊的 CPK scale 可以控制顯示原子的大小,Line width 則是控制鍵的粗細我再以 SiO 2_quartz 為例,我選擇了 Polyhedron 的顯示方式這些不同的顯示方式,可以使我們更容易瞭解不同晶體的特性,使我們更能藉此瞭解這些結構。另外,Bond type 的選項可讓我們在顯示像是苯環等有 鍵的結構,都可以顯現出來。當然,我們也可自訂原子的顯示顏色。接下來介紹的是 Lattice 的標籤選單,左邊有各 Display Range,這是可以將我們的結構顯示範圍變大的功能,這是在 Cerius2

4、 中所沒有的功能,這裡要注意的是,他只是將顯示範圍變大,和 supercell 並不相同。這功能在觀看範圍窄小的 primitive cell 更是有極大的幫助。例如,我們將 Min 調成 -0.5 Max 調成 1.5 (可以非整數 ) ,並且將複雜的 Lattice 關掉(選擇 None), 則畫面會變成下圖。 左邊的 Littice 可以選 Littice 的呈現方式及顏色。接下來延續這一小段,我們繼續介紹 isosurface,將 CASTEP Analysis 功能打開,直接分析電荷密度。由於我們將整個 Littice range 放大了,所以呈現出來的也是大範圍的區域。比起小小的

5、primitive cell 是不是更顯的漂亮呢。我們按下 Volumetic Selection 這個快捷圖示,便可以將已載入的的元件顯現出來。將 Isosurface 這勾選的項目,取消就可以讓它隱藏不要顯示出來,若是想要真的從 3D_model 中完全刪去的話,則只要將 Isosurface 顯現出來,然後在畫面中選取它,按下 Delete 即可。在 Volumetic Selection 中,我們也可選擇顯示 total electron density ,預設是會將場給顯現出來。這個場是電子在空間中的分佈, Isosurface 則是顯示出等位面。在 Analysis 的項目中,我們

6、再選擇 Potentials 這個項目,並且不要勾選 View isosurface on import 這個項目,然後 Import 進來,這時看起來並不會發生任何改變,那是因為我們先不勾選 View isosurface on import 這個項目的關係。然後我們可以在 Volumetic Selection 視窗中看到新載入的 Poetntial,將它勾選起來,這時所看到的就是在等電位密度中做出電位高低的貼圖,這可以讓我們知道極性。這張圖還不是相當的清楚,我們可以在 Display Style 中做些修改。將 Field 的 Show Box 選項先勾除,讓畫面變的較簡單,順便在這裡介

7、紹一下,這選單中還可以讓我們決定場要如何表現,像是用點 (Dots) 或是 用 Volume , Volume 還可以選擇要求的精細度還有透明度(Transparency) ,顏色也可自訂,這裡因為之前的 Littice range 的設定關係,這裡的 range 也已經跟著改變了。按下 Color Maps 這裡是將電位以顏色來區別其高低 ( Legend 的光譜顏色-Spectrum 選項,也有不少可以選擇,各位可以自行試試 ),我們將最低的 Band 遮蔽掉,這樣會使畫面乾淨許多。這裡也可以選擇 Band 的數目要多少,選的越多,其範圍就越細。在 Legend 中,我們還可讓 Legen

8、d 顯示在畫面中最後,我們再進入 Display Style 的 Isosurface 來做調整,我在這裡將透明度調高,讓我們可以透過 isosurface 看到 potential ,並且將 isosurface 值調整到較佳的值。最後變成了下圖在 Isosurface 的選項介面中,我們也可以將右邊的 Mapped field 開出來最後要介紹的是 Sice我們先將 potential 給刪除,方法也很簡單,選擇到 Volumetic Selection 這個視窗,然後點選勾選框旁邊的小圖示,再按 Delete 就可以將所選的項目刪除。然後先將 Isosurface 先關掉。再來我們在快捷圖示中,選擇 Creat Slice ,這個選項預設是 Best Fit ,在右邊的箭號中,還可以選其他的切割方向, Best Fit 所選的的切割面是通過電荷密度最強的地方,所以不會切到空無一物的真空層,雖然這樣是很不錯,但是我們並不一定想要切這個面,所以還有其他的選項。當然啦,若是可以由我們自己決定要切哪個面,那才是最好的。Materials Studio 也是有這樣的功能,只要我們按住 Shift 然後再按滑鼠右鍵,畫面中的箭頭會變成手的圖示,此時就可以任意轉動這個切割面,若是 Shift + 中鍵,則是將切割面平行移動。

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