1、第二讲 化学工具软件简介,2.1 ChemWindow (化学之窗) 一、 ChemWindow 简介 二、窗口介绍 三、应用技巧 2.2 ACD/ChemSketch (化学绘图) 一、 ACD/ChemSketch 简介 二、窗口介绍 三、应用技巧,一、 ChemWindow简介,1. 关于ChemWindow 2. ChemWindow的特点,关于ChemWindow,版本介绍Chemwindow 由 Softshell Intern Ltd.于1989年推出首版，到1993年发行了3.0版 ，目前以发展到6.0版。(3.0版 有一个汉化补丁。) 运行环境Chemwindow可Windo
2、ws9X 下运行。,2. ChemWindow的特点,1. 界面友好、操作方便。 具有标准的Window窗口风格，提供下拉菜单和工具箱，形象直观，并提供相应的帮助文件。2. 功能强大、基本结构丰富 功能强大，足以应付一般化学教学或论文撰写的要求，能画出各种复杂的脂肪环烃、芳香烃、化学方程式、二维立体空间结构、电子云、分子的构象结构等。,功能,提供大量分子式或分子图形的基本“元件” 。 提供模板功能，能以平时积累的分子结构为基本“元件”，减少重复劳动时间。 智能识别化学分子式输入中的上下标。 对图形能进行组合、翻转、任意角度旋转、拉缩、分块处理。 可任意设定输入文字的大小、结构线条的粗细和它们的
3、颜色。 能取消前一次的操作和恢复取消的操作。 提供复制和粘贴功能及OLE（对象链接和嵌入）功能，便于与其它软件共享交流。,不足之处,文件保存格式为*.CWG，不能直接被office等软件识别。 软件使用时必须保证系统中安装有打印机，否则拒绝运行。但只要安装打印机驱动程序后，没有打印机也行。,二、窗口介绍,窗口2,三、应用技巧,1.简单图形和方程式的书写 2.组合图形的绘制 3.物质相互转化关系图的绘制 4.特殊图形的绘制 5.图形的组合和拆分 6.对齐命令 7.图形文件格式的转换 8.颜色的选择 9.批注,1.简单图形和方程式的书写 （1）分子式的输入,输入有上下标的分子 点击工具箱中的 点击
4、绘图区中的任一处，再按分子式或离子形式输入 输入中文或没有上下标的分子式 点击 点击绘图区中的任一处，再输入所需的中文或分子式即可。 输入完分子式后可改变其字体和大小。,1.简单图形和方程式的书写 （2）环状分子结构式的输入,点击工具箱中的结构元件 再在绘图区点击即可 若同时按住“Shift”键可调整环的大小 点按鼠标后并转动鼠标可旋转环的排列方向。,1.简单图形和方程式的书写 （3）长链状分子结构的输入,先点按 图标后作图，在拉长的同时会显示碳原子的个数。 同时按住Shift键，可使键线长度变小，碳原子数增多。 画CC或CC的结构，只需在原有链烃结构的基础上，再点按工具箱中的“直线”元件，并
5、用鼠标点击所要产生CC或CC的键线之中间部位。,1.简单图形和方程式的书写 （4）化学方程式的输入,点击 后在绘图区输入“Cl2 OH-=Cl- ClO- H2O” 再点击 后另输入2和，再移入方程式中即可。,2.组合图形的绘制 （1）多种环状结构组合,在一个环状结构的基础上，点击环上的结点，会以一根键连接另一个环；点击环上的边，则共边连接一个环。,2.组合图形的绘制 （2）文字和结构组合,一般先画出所需的环状结构，再把文字或化学式加在相应的环状结构位置上。,3.物质相互转化关系图的绘制,此操作除结合以上所述方法外，还需协调好箭头、直线、汉字、化学式和结构的相互关系。 画直线和箭头的方法：选取
6、在工具箱中的“箭头”或“直线”图标，即可直接画出直线、斜线、单向箭头、双向箭头等。若同时按住“Shift”键，可任意改变直线和箭头的长度和角度。,例1,例2,例1：氯气及氯的重要化合物之间的关系,例2：加成消去反应历程,G =,4.特殊图形的绘制 （1）电子式的绘制,一般先输入它的组成原子，然后在其中心原子周围画出表示最外层电子的小黑点，再移动小黑点和其它原子至合适的位置，最后画上“ ”或“”“”电荷及所带电荷的数目,小黑点的绘制,点击并按住 后会出现一个子工具箱，其中有横式“”和竖式“：”。, 的绘制,点击并按住 后选择子工具箱中的“ ”元件就行了。,4.特殊图形的绘制 （2）电子云和分子轨
7、道的绘制,它们的绘制方法同上。其元件在 图标下的子工具箱中。先画出雏形后，再拉伸放大。,例：丁二烯类化合物的电环化反应,丁二烯的分子轨道图,电环化,6.对齐命令,7.图形文件格式的转换,要把绘制成的图形应用于其它软件，Chemwindow能输出文件格式为*.WMF、*.CHM、*.MOL、*.SCF、*.WPG，其中*.WMF文件格式能直接被WORD软件调用。 选择Edit菜单中的Copy命令，再切换至WORD文档中，将光标移到文本中需嵌入图形的位置，在WORD的“编辑”菜单中选择“粘贴”命令。 将Chemwindow图形复制粘贴到画笔中，然后将其转换成BMP或JPG文件。,一、 ACD/Ch
8、emSketch简介,1. 关于ACD/ChemSketch ACD/ChemSketch的功能,1. 关于ACD/ChemSketch,版本介绍ACD是软件开发公司Advanced Chemistry Development Inc.的简称。ACD/ChemSketch是该公司所作软件中的出色代表，其版本从1.0 、2.5、3.5到目前的5.0版。 运行环境ACD/ChemSketch 可Windows9X 下运。,2. ACD/ChemSketch的功能,ACD/ChemSketch是用来画化学结构式、反应式与各种化学反应图表的应用软件。也可用来设计与化学有关的报告与简报。具有以下主要功能
9、：画化学结构进行文本与绘图操作自动计算分子量 、原子百分组成、折射率、表面张力、密度、介电常数、极化率等分子属性 显示分子的三维结构,二、窗口介绍,ChemSketch有两种模式：结构模式与绘图模式 结构模式：用于绘制化学结构和计算它们的性质。 绘图模式：用来生成海报、报告与反应图等（即进行文本和图象的处理）。一般地，先在结构模式时生成化学结构，然后在绘图模式时插入文字、箭头与图形。,结构模式窗口,绘图模式窗口,3D模式窗口,三、简单应用技巧,1. 绘制简单结构 绘制复杂的结构 结构优化 模板的应用 绘制特别的图像,1. 绘制简单结构,使用标准绘图工具 使用鼠标拖动和使用“清理”工具 编辑原子
10、 翻转结构式和选取、旋转与3D旋转,使用标准绘图工具,单击标准绘图键 及位于原子工具条上的碳原子键 。 在绘图区单击即画出CH4；在CH4上单击便增加一个CH3，生成CH3-CH3；单击两次，便画出 单击设置键垂直(Set Bond Vertically) 键，并单击所画结构的任意一个键，便旋转为 单击标准绘制按键 单击最右面的碳原子便绘出 单击元素周期表（Periodic Table） 按键，打开元素周期表，在元素周期表中单击氟原子按键，注意氟原子按键已经加在原子工具条中； 单击最左面的碳，以用氟原子替换它：,元素周期表,使用鼠标拖动和使用“清理”工具,拖动鼠标从一端的碳原子拖动到另一端的碳
11、原子，便绘制出如下结构： 单击清理(Clean) 按键，所绘制的结构式所有键长与键角均标准化：,编辑原子,编辑原子按键（Edit Atom Label） 允许你用短式或单击程序已存在的缩写片段替代末端原子。,单击 按键，然后单击所绘结构的最右面一个氟原子。在对话框中输入(CH2)3Ph然后单击Insert键，便绘出以下结构：保持Edit Atom Label按键激活状态，单击刚才生成的缩写短式，便再次打开对话框，选择一个缩写短式，然后单击Expand按键，便得到以下形式：,翻转结构式和选取、旋转与3D旋转,设定键位水平(Set Bond Horizontally) 设定键位垂直(Set Bon
12、d Vertically) 以所选键位为轴翻转（Flip on Bond） 上下翻转(Flip Top to Bottom) 左右翻转(Flip Left to Right) 索套选择工具 矩形选择工具 移动工具 旋转，改变大小工具 3D旋转工具,2. 绘制更复杂的结构,使用原子基团表 使用环结构 删除原子与片段 替换原子 设定双键或三键外观 设定电荷,原子基团表,单击参考工具条上的原子基团表Table of Radicals按键 显示原子基团表如下：,3. 结构优化,（1）二维优化建环烷结构(A)构建环肽(B) （2）三维优化绘制双环2,2,2辛烷(C) 绘制triptycene (D)绘制立方体结构 (F),D,A,B,C,F,4. 模板的应用,ChemSketch有原子基团表、模板窗口、即时模板工具等 3种结构模板。,（1）即时模板工具 例：环状聚体结构 A,（2）应用原子基团表 例：荧光胺结构 B,（3）应用模板窗口 例：DNA分子片段 C,（4）绘制复杂的生物分子 例：b-麦芽糖D,A,B,C,D,5. 绘制特别的图像,（1）绘制如下反应能量图,（2）绘制真空蒸馏实验装置,（3）绘制DNA双螺旋,
