1、化学信息学(Chemoinformatics),一、课程性质与目的 本课程是化学或应用化学专业的一门工具课通过本课程的学习,使学生掌握如何利用计算机技术和计算机网络技术,对化学信息进行表示、管理、分析、模拟和传播,以实现化学信息的提取、转化和共享,揭示化学信息的实质与内在联系,促进化学学科的知识创新。 二、主要内容 (一)化学信息学的内涵与意义 (二)化学化工网站与网上数据库 (三)常用化工软件,三、要求,了解Internet基本概念; 学会使用重要的化工数据库查询相关资料 学会使用重要化工软件(origin、 chemdraw、 chem3D) 了解化工制图软件(AUTOCAD),四、教学环
2、节与教学要求: 本课程的主要教学环节有:课堂讲授、上机实验、期末考查。 五、课程考核办法: 总评成绩包括三部分:作业10%、上机实验20%、期末考查70。 六、教材与主要参考书: 1邵学广,蔡文生,化学信息学,科学出版社,2001 2郭力,李晓霞,Internet网络系统与资源,北京:科学出版社,1996 3. 可自己检索化学信息学课件作为学习参考,Introduction,化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学分支,作为一个新的概念,化学信息学的定义及其基本内容均需要进一步的探讨。一般化学信息学的定义:“利用计算机技术,特别是计算机网络技术,对化学信息进行表示、管理、模拟(建模)、传播(收
3、集)、分析和应用, 以实现化学信息的充分利用和共享,促进化学学科的发展。”首先, 化学信息学应为化学学科的分支学科,其研究对象和研究目的均属于化学的学科领域。它的研究手段为计算机技术和计算机网络技术,研究内容则包括如何利用计算机和计算机网络技术对化学信息进行表示、管理、模拟、传播、分析和应用等。化学信息学的目的是为了实现化学信息的充分利用和化学家之间的资源 共享,从而为促进化学学科的发展做出贡献。,涵义,意义,“信息”作为沟通的基础作为学习的主要原素 作为分析事理的主要论据 帮助解决问题和作出决定,又由于Internet 的飞速发展使其逐步成为各种信息资源传递的重要载体,化学与 Interne
4、t 正在成为一个非常活跃、进展惊人的新兴交叉领域。“化学信息学(Chemoinformatics)”首次提出于1987年诺贝尔化学奖获得者J.M.Lehn教授的获奖报告中。90年代以来, 国外一些大学开设了化学信息学课程并确定为研究生的研究方向, 从事研究、管理和开发化学信息的团体、机构和公司也相继出现。在国内, 化学教学指导委员会已将化学信息学列入化学教学的基本内容, 北京大学、南京大学、复旦大学等校也已经或即将开设相关课程。,2、化学化工网站与网上数据库,化学化工网站与网上数据库包括:化学信息与数据库检索的基础知识、常用文摘数据库、常用全文数据库、常用电子期刊、特种信息资源、常用化学事实数
5、据库及文献数据的管理等内容。 (1)通用信息引擎 Yahoo(http:/) Google(http:/) Baidu(http:/) About(http:/),alltheweb(http:/),(2)重要的化学化工综合网站,(a)中国化学化工信息资源(http:/),(b)国外化学化工信息资源(http:/),(d)chemweb(http:/),(f)英国皇家化学会RSC(http:/www.rsc.org or http:/www.chemsoc.org),(g) chemdex(http:/www.chemdex.org),化学软件分类,计算化学(Gaussian98 、Chem3
6、D、远程计算) 数据处理(Origin、MATLAB、SigmaPlot) 化学信息数据库(ChemFinder) 分子图形学(ISIS/Draw、ChemWindow、ChemDraw、WebLab Viewer、JME) 化学专家系统(KnowItAll) 计算机辅助合成设计(GCES、AutoCAD ) 分子模拟(HyperChem) 计算机辅助化学教学(Crocdile Chemistry 、仿真化学实验室、 Corel Chemlab、 ChemLab、Virtual Chemistry Laboratory) 虚拟实验及虚拟仪器(LabView、Flash、vrml、Cult3D)
7、,Chem3D,Origin,ChemFinder,ChemDraw,AUTOCAD,作业,1、检索并整理出化学信息学这门课在国内外的开课状况(交) 2、下载并安装 Chemoffice 2006、origin 7.0 3、检索全文(交): (1)憎水性单分散粒径小于10 nm 复合金属量子点的制备(按照题名检索全文) (2)单分散、小粒径金纳米颗粒的形貌控制增长 (按照第一作者付云芝检索全文) (3)Formation of cotton-like nanogold assembly and their fluorescence property(到“Nanotechnolog y” 网页上面去检索全文) (4)查出long jiang (or L Jiang) 、江龙所发表的论文摘要(不一定是第一作者)、最新研究信息,