1、化学信息学作业 INTERNET： PubMed文献查找,化学与分子工程学院2004级 王志鹏 00410167,NCBI - PubMed,Established in 1988 as a national resource for molecular biology information, NCBI creates public databases, conducts research in computational biology, develops software tools for analyzing genome data, and disseminates biomedic
2、al information - all for the better understanding of molecular processes affecting human health and disease.,PubMed的优势,当今化学与生物科学在许多领域的界限已经逐渐模糊，化学研究常涉及生命科学的前沿课题。 PubMed可以为在这些领域工作的科学家提供很多便利。 PubMed包含70多个国家出版的数千种生物医学杂志，收集了从20世纪60年代中期至今的一千多往条文献引文记录，涉及生物、医药、分子生物学、护理、保健等多方面的文献。功能强大, 使用也比较方便.,下面我将以具体的实例介绍如
3、何在PubMed中查找文献。 抗体芯片（Antibody Microarray，抗体微阵列），是蛋白质芯片的一种，是检测生物样品中蛋白表达模式的新方法。这种新技术使得研究人员可以在一次实验中比较生物样品中成百上千的蛋白质的相对丰度，将极大促进蛋白质组目前的研究状况因为以现有的技术中对蛋白质进行这种复杂的分析是非常困难的。,Clontech公司第一代的抗体芯片Ab Microarray 380（Cat.No.K1847-1）包含固定在玻璃片基上的378种已知蛋白质的单克隆抗体，可以在一次简单实验中同时检测样品中的378种蛋白质的表达情况，并且可以在一张芯片上对两种样品的表达模式进行比较分析。这使
4、得抗体芯片在毒性实验、疾病研究和药物开发上有广泛的应用前景。,首先进入NCBI的主页http:/www.ncbi.nlm.nih.gov在左上方点击PubMed,进入PubMed，在提问框中输入要查询的关键词 “Antibody Microarray”,需要注意的是，应在查找的关键词上加引号，否则将按进行Antibody AND Microarray查找。 可以选择特定的检索入口检索，比如在提问框中输入：“Antibody Microarray”title 其中方括号表示规定检索次的检索入口：,提问框中输入“Antibody Microarray”title的查找结果见下图，一共有21条文献。
5、列出的文献均为在文献的标题中出现关键词“Antibody Microarray”。,此外，PubMed的另一个功能是可以在Display一栏中选择列出相关文献的其他信息.,举例说明:在Display的下拉菜单中选择Citation一项，即可获得标题中包含关键词“Antibody Microarray”的被引用情况,如果你想了解文献摘要（Abstract)中含有关键词“Antibody Microarray”的相关信息，可以选择“Abstract”项,查找结果显示文献条目共有条，可见该领域的研究是相当热门的在查找结果中选择感兴趣的文献，例如第十四篇 A prototype antibody mi
6、croarray platform to monitor changes in protein tyrosine phosphorylation.点击作者的名字可以得到这篇文章的摘要和全文链接。而点击Related Articles 则可以得到这篇文章所引用过的参考文献。,点击此处得到该篇文献的摘要和全文链接,点击此处得到这篇文章引用的参考文献,点击作者的名字，得到这篇文献的文摘和全文链接：,点击 后进入如下页面：,全文链接,这里已经可以看到文献的全部内容了，如果你想以PDF方式打开该文献，请点击“full text(PDF)”,点击此处获得PDF格式的全文内容,再点击”Begin manua
7、l download”,得到如上图所示的网页，可以点击“保存文件副本”保存为PDF格式,点击”related articles”得到此文献引用的参考文献目录,还蛮多的嘛,呵呵,第二个题目,螯合疗法(chelation therapy)是一门把有毒的化学物质如铅、砷和其它重金属排出体外的技术。治疗包括使用叫做螯合剂的特殊药物。 把螯合疗法作为治疗铅中毒的有效办法已有四十多年了，美国食品药品管理局也批准了这种方法。近年来，一些另类疗法的从业者推荐螯合疗法用于大量的其它情况，特别是冠状动脉疾病(动脉硬化症)。但是目前，没有科学证据表明螯合疗法除了对重金属中毒起作用外，还对癌症或其它疾病有用。,Our
8、 duty,在PubMed上查询螯合疗法(chelation therapy)的相关文献,了解在这一领域的研究进展. 按照前述方法, 在提问框中输入要查询的关键词,输入“chelation therapy”key word, 便可以得到在此领域内的文献条目. 也可以输入“chelation therapy”title，同样可以得到相关的信息,输入“chelation therapy”key word后得到上图所示的结果，共有条文献,可见该领域的研究相当成熟，后来人要想超越难度很大啊,输入“chelation therapy”title，得到上图所示的文献条目可以看到，文献的排序是按照时间先后来
9、的最新的文献放在最前面,注意看时间,选择一篇最新的文献，如第一篇文献，查看该文献的摘要和全文链接 点击第一篇文献“Lead toxicity and chelation therapy.”的作者名单，如下图：,全文链接,点击“full Text”图标，进入以下页面：,进入下图所示的页面,点击上图所示的图标处，进入以下页面：,全文链接，与第一个查询任务相同，不再赘述,这是AJHP的主界面，提供搜索功能，在Keyword(s)一栏中输入“chelation therapy”, 点击GO，进入以下页面：,可以搜索到很多该杂志登载过的关于“chelation therapy”方面的文献，点击“full
10、 Text”或“PDF”可以看到全文，点击“Abstract”可以看到还文献的摘要,点击“Full Text”后进入上图所示页面，点击“Full Text(HTML)”,天下没有免费的午餐，居然需要注册，,要求输入用户名和密码，且为有偿服务，不能免费注册 但是已经检索到这篇文章所在的期刊、卷数和页码，凭借这些信息可以北大图书馆的电子期刊中查找到这篇文献： 可惜北京大学图书没有购买该期刊的电子版，不过知道了上述信息，想查找全文应该是很方便的,检索的一些特色功能,NCBI PubMed,询问栏下的limits可以缩小检索的范围：,有中文的感觉很爽,可以很方便地搜索到近期的文章,搜索栏下的previous/index可以显示最近的三次查询：,搜索栏下的History可以看到你全部搜索的历史记录：,搜索栏下的“Detail”可以提供进一步的细节查询,参考文献：蒋彦 等编著，基础生物信息学及应用，清华大学出版社,2003,Thank you for your attention!,
