1、引物探针设计简介已有 2993 次阅读 2009-1-1 20:48 |个人分类:课堂集锦|系统分类 :科研笔记1寡聚核苷酸引物的选择，通常是整个扩增反应成功的关键。所选的引物序列将决定 PCR产物的大小、位置、以及扩增区域的 Tm 值这个和扩增物产量有关的重要物理参数。好的引物设计可以避免背景和非特异产物的产生，甚至在 RNA-PCR 中也能识别 cDNA 或基因组模板。引物设计也极大的影响扩增产量：若使用设计粗糙的引物，产物将很少甚至没有；而使用正确设计的引物得到的产物量可接近于反应指数期的产量理论值。当然，即使有了好的引物，依然需要进行反应条件的优化，比如调整 Mg2+浓度，使用特殊的共
2、溶剂如二甲基亚砜、甲酰胺和甘油。 计算机辅助引物设计比人工设计或随机选取更有效。一些影响PCR 反应中引物作用的因素诸如溶解温度、引物间可能的同源性等，易于在计算机软件中被编码和限定。计算机的高速度可完成对引物位置、长度以及适应用户特殊条件的其他有关引物的变换可能性的大量计算。通过对成千种组合的检测，调整各项参数，可提出适合用户特殊实验的引物。因此通过计算机软件选择的引物的总体“质量” （由用户在程序参数中设定）保证优于通过人工导出的引物。 需要指出的是，引物不必与模板完全同源，因此可包含启动子序列、限制酶识别位点或5端的各种修饰，这种对引物的修饰不会妨碍 PCR反应，而会在以后使用扩增子时发
3、挥作用。 2基本 PCR 引物设计参数 引物设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。特异性是指发生错误引发的频率。特异性不好或劣等的引物会产生额外无关和不想要的 PCR 扩增子，在 EB 染色的琼脂糖凝胶上可见到；引物效率是指在每一 PCR 循环中一对引物扩增的产物与理论上成倍增长量的接近程度。 引物长度； 特异性一般通过引物长度和退火温度控制。如果 PCR 的退火温度设置在近于引物 Tm 值（引物/模板双链体的解链温度）几度的范围内，18到24 个碱基的寡核苷酸链是有很好的序列特异性的。引物越长，扩增退火时被引发的模板越少。为优化 PCR 反应，使用确保溶解温度不低于54 的
4、最短的引物，可获得最好的效率和特异性。 总的来说，最好在特异性允许的范围内寻求安全性。每增加一个核苷酸，引物特异性提高4倍；这样，大多数应用的最短引物长度为18 个核苷酸。引物设计时使合成的寡核苷酸链（1824 聚物）适用于多种实验条件仍不失为明智之举。 引物的二级结构 包括引物自身二聚体、发卡结构、引物间二聚体等。这些因素会影响引物和模板的结合从而影响引物效率。对于引物的3末端形成的二聚体，应控制其 G 大于-5.0kcal/mol 或少于三个连续的碱基互补 ，因为此种情形的引物二聚体有进一步形成更稳定结构的可能性，引物中间或5端的要求可适当放宽。引物自身形成的发卡结构，也以3端或近3端对引
5、物-模板结合影响更大；影响发卡结构的稳定性的因素除了碱基互补配对的键能之外，与茎环结构形式亦有很大的关系。应尽量避免3末端有发卡结构的引物。 引物 GC 含量和 Tm 值 PCR 引物应该保持合理的 GC 含量。含有50的 G+C 的20 个碱基的寡核苷酸链的 Tm 值大概在5662范围内，这可为有效退火提供足够热度。一对引物的 GC 含量和 Tm 值应该协调。协调性差的引物对的效率和特异性都较差，因为降低了 Tm 值导致特异性的丧失。这种情况下引物 Tm 值越高，其错误引发的机率也越大。若采用太高的退火温度，Tm 值低的引物对可能完全不发挥作用。在从一批在特定序列范围内已合成好的寡核苷酸中选
6、择一对新的引物时，这种 GC 含量和 Tm 值的协调非常关键。一般来说，一对引物的 Tm 值相差尽量不超过23 摄氏度，同时引物和产物的 Tm 值也不要相差太大，20摄氏度范围内较好。(条带浅的调整:1.明确所扩基因的特性:用来研究什么 .预期的表达怎么样.文献中如何报道.说不定它就是一个低表达乃至表达降低的基因.2.模板量如何确定很重要:模板的上样量是否很低 ?有没有做内参如 ACTB 或者 TUBLIN 做下对照看看他们表达怎么样.是不是也是很低, 若太低或扩不出来说明你的体系有问题 .上样量也许可以调整一下.3.Tm 的调整:设计引物的时候软件会给出一个 TM;公司合成回来的单子上还会有
7、个 TM.一般这两个 TM 是不一样的.我们一般都先按公司给的温度来扩. 调整 TM 的最大目的不是看产物量如何,而是看产物特异性 .如果 TM 值过低了, 就可能有非特异条带出现,这个时候要适当提高 TM 值来除掉非特异阔增杂带. 这个是调整 TM 值的主要目的我觉得.4.用内参调整好模板量后,先做一个温度梯度 PCR:如50-56度先做7个样来最终确定你的最适宜 TM 值. 之后建议再按这个 TM 温度,做一个循环梯度 PCR,做曲线后选择最适宜的循环数(有经验的话也可以根据各条带亮度肉眼大概确认最佳循环数).5.小细节方面的问题:比如可以新铺一板胶来检样而不用旧胶.防止由于 EB 的原因
8、影响肉眼看到的亮度等.)另外，由于 PCR 仪的不同，注意其退火温度的设定：一般的 PCR 仪允许设置跨度12-15度的梯度范围，所以你的梯度范围尽可能设置宽一点，争取一轮梯度就可以确定最佳可用退火温度。具体从多少度到多少度，要看你这对引物的 Tm 值，如果两个引物 Tm 值不高，可以设置48-60的梯度；否则可以设置58-70 度的梯度；如果两个引物的 Tm 中等，则可以设置53-65的梯度范围，具体情况灵活掌握。传统梯度 PCR 仪中是可以放置12个样品进行梯度的，需要注意的是每个相邻两孔间的温度差异是不等的，尤其是第2、3孔与第1 孔接近，第10、11孔与第12 孔接近。可以舍弃第2、2
9、、10、11孔，只在第1 、 4、5、6、7 、8、9、12孔中放置共8 个样品，孔间温度变化几乎呈真正的梯度状。引物的额外序列与退火温度 若有额外的序列信息要加到引物中，例如 T7RNA 聚合酶结合位点、限制酶切位点或者 GC 发夹结构可以使用加长的引物。一般说来，引物5端添加无关序列不会影响引物特异序列的退火。有时候，引物中添加了大量与模板不配对的碱基，可以在较低退火温度的条件下进行4到5 个扩增循环；然后在假定引物5 端序列已经加入到模板中，计算得出的退火温度下进行其余的循环。 在引物上添加限制酶位点时一个重要的考虑是大多数限制酶的有效切割要求在它们的识别序列的5端有2至3 个非特异的额
10、外碱基，这样就会增加引物的非模板特异序列的长度。长引物序列的另一个缺点是影响溶解温度的精确计算，而这对于确定 PCR 反应时的退火温度又是必须的。对于低于20 个碱基的引物，Tm 值可以根据 Tm=4(G+C)+2(A+T)计算。而对于较长的引物，Tm 值需要考虑动力学参数、从“最近邻位”的计算方式得到，现有的 PCR 引物设计软件大多数都采用这种方式。 引物的3末端核苷酸组成 引物3末端和模板的碱基完全配对对于获得好的结果是非常重要的，而引物3末端最后5到6个核苷酸的错配应尽可能的少。如果3末端的错配过多，通过降低反应的退火温度来补偿这种错配不会有什么效果，反应几乎注定要失败。 引物3末端的
11、另一个问题是防止一对引物内的同源性。应特别注意引物不能互补，尤其是在3末端。引物间的互补将导致不想要的引物双链体的出现，这样获得的 PCR 产物其实是引物自身的扩增。这将会在引物双链体产物和天然模板之间产生竞争 PCR 状态，从而影响扩增成功。 引物3末端的稳定性由引物3末端的碱基组成决定，一般考虑末端 5个碱基的 G。此值的大小对扩增有较大的影响，负值大，则3末端稳定性高，扩增效率更高，同时也更易于异位引发。 需要注意的是，引物3末端应尽量避免 T。实验证明，以 T 结尾的引物即使与 T, G 或 C 错配仍可有效延伸。 PCR 产物的长度及在耙序列内的位置 所有的计算机程序都提供对 PCR
12、 产物长度范围的选择。一般说来，PCR 产物长度对扩增效率有影响。特定的应用情况下，PCR 产物长度部分取决于模板材料。 预期产物的特定长度经常取决于应用的需要。若目的是建立测定特异 DNA 片段的临床检验方法，120300bp 的小 DNA 扩增产物可能是最好的。产物应具有好的特异性和高的产生效率，并含有能用于探针捕捉杂交实验的足够信息。这一长度范围的产物可以通过采用两步扩增循环方法得到，从而减少扩增时间。其他 PCR 方法有不同的最佳产物长度。例如，通过定量的 RNA-PCR 检测基因表达时，产物应该足够大以便构成竞争性模板，这样，产物和竞争物都能够在凝胶上很容易的分辨出来。这些产物一般在
13、250750bp 范围内。 补充说明 若在 cDNA 序列内找寻 PCR 引物，需特别注意两点：首先，尽力将引物和产物保持在 mRNA 的编码区域内，因为这是生成蛋白质的独特序列，不像3末端非编码区域与许多其他 mRNA 有同源性；第二，尽力把引物放在不同的外显子上，以便使 RNA 特异的 PCR 产物与从污染 DNA 中产生的产物在大小上相区别。 若 PCR 的目的是克隆一个基因或 cDNA 的特异序列，产物的大小是根据具体应用预选的。在这里，计算机程序可以提供关于期望区域侧翼选择引物对的信息。 在选择用来扩增来自不同物种 DNA 的引物时，应避开 mRNA 的5和3 末端非翻译区序列，因为
14、它们可能没有任何的同源性。 3简并引物设计 设计简并引物时，一定要检查靶扩增区域选定氨基酸遗传密码的简并度。很显然，我们期望选择简并度最低的氨基酸，达到提高特异性的目的。 充分注意物种对于密码子的偏好性，选择该物种使用频率高的密码子，以降低引物的简并性。 应努力避免3末端的简并，对于大多数氨基酸残基来说，意味着引物3 末端不要位于密码子的第三位。 在一些多义位置使用脱氧次黄嘌呤（dI）代替简并碱基。 4 测序引物设计 当然，测序引物的设计一般都由测序公司来完成，如果需要自己设计的话；那么除了按照上面所提到的引物设计通用标准外，还需要注意两点： 测序引物的特异性的标准掌握应该更严格一些，也就是说
15、设计时更优先考虑特异性。因为在测序反应中，如果引物与模板在非预期位置退火并引发链延伸，会对结果对来很大的干扰甚至造成结果无法识读。 测序引物的 Tm 值适当高一些。现在大部分测序反应均选用耐热的测序级DNA 聚合酶来催化，并采用 PCR 的热循环程序。选用的测序引物的 Tm 值稍高一些，有助于使反应顺利跨过待测模板的二级结构区，也有助于降低非特异反应。 5 探针的设计 探针的设计，根据不同的用途各有其设计特点，这里只是就通用的原则进行讨论： 探针的长短一般在20-50核苷酸之间，过长合成成本高，且易出现聚合酶合成错误，杂交时间长。太短则特异性下降。注意 G 和 C 的含量努力控制在40-60，
16、同时一种碱基连续重复不超过4个，以免非特异性杂交产生。 探针自身序列不能形成二聚体，也不能有“发夹”结构存在，这一点上的要求就要比普通引物设计严格得多。 如果探针地靶目标是多个基因的混合物，就必须控制该探针与无关基因之间的相似性在70%以下。 PCR 中常见问题分析与对策 PCR 产物的电泳检测时间 一般认为 PCR 产物应在48h 以内完成电泳检测，有些最好于当日电泳检测，大于48h 后带型就会出现不规则，甚至消失。 Trouble shooting guide 1假阴性，不出现扩增条带 PCR 反应的关键环节有模板核酸的制备，引物的质量与特异性，酶的质量， PCR循环条件。寻找原因亦应针对
17、上述环节进行分析研究。 模板：模板中含有杂蛋白质，模板中含有 Taq 酶抑制剂， 模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白， 在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应固定不宜随意更改。 酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因为酶的活性丧失或不够而导致假阴性。需注意的是有时 PCR时忘了加 Taq 酶或电泳时忘了加溴化乙锭。 引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是 PCR 失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因
18、。有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条浓度高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：选定一个好的引物合成单位。引物的浓度不仅要看 OD 值，更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳，一定要有引物条带出现，而且两引物带的亮度应大体一致，如一条引物有条带，一条引物无条带，此时做 PCR 有可能失败，应和引物合成单位协商解决。如一条引物亮度高，一条亮度低，在稀释引物时要平衡其浓度。引物使用过程中应高浓度小量分装保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分，导致引物变质降解失效。引物设计不合理，如引物长度不够，引物之间形成二聚体等。 Mg2+浓度：Mg2+离子浓度对 PCR 扩增效率影响很大，浓度过高可
19、降低 PCR 扩增的特异性，浓度过低则影响 PCR 扩增产量甚至使 PCR 扩增失败而不出扩增条带。 反应体积的改变：通常进行 PCR 扩增采用的体积为20l、30l、50 l 或100l ，应用多大体积进行PCR 扩增，是根据科研和临床检测不同目的而设定，在做小体积如20 l 后，再做大体积时，一定要重新摸索条件，否则容易失败。 物理原因：温度对 PCR 扩增来说相当重要。如果变性温度低，变性时间短，极有可能出现假阴性；退火温度过低，可导致非特异性扩增而降低特异性扩增效率；退火温度过高，影响引物与模板的结合而降低 PCR 扩增效率。有时还有必要用标准的温度计，检测一下 PCR 仪或水浴锅内的
20、变性、退火和延伸温度，这也是 PCR 失败的原因之一。 靶序列变异：如靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，其 PCR 扩增是不会成功的。 2假阳性 引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR 扩增时，扩增出的 PCR 产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。 靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个基因组或大片段的交叉污染，导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决：操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸入加样器内或溅出离心管外。除了酶及其他不耐高温的物质外，所有试剂
21、或器材均应高压消毒。所用离心管及进样枪头均应一次性使用。必要时，在加标本前，反应管和试剂用紫外线照射，以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染，这些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。可互相拼接，与引物互补后，可扩增出 PCR产物，而导致假阳性的产生，可用巢式 PCR 方法来减轻或消除。 3出现非特异性扩增带 PCR 扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是 Mg2+离子浓度过高、退火温度过低，及 PCR 循环次数过多有关。其次，是酶的质和量，往往一些来源的酶
22、易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶的量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策）有：必要时，重新设计引物。减低酶的量或调换另一来源的酶。降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法(93变性，65左右退火与延伸，也叫两步法 )。4出现片状拖带或涂抹带 PCR 扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶的量过大或酶的质量差，dNTP 浓度过高，Mg2+浓度过高，退火温度过低，循环次数过多引起。其对策有：减少酶的量，或调换另一来源的酶。减少 dNTP 的浓度。适当降低 Mg2+浓 度。增加模板量，减少循环次数。GC 含量高，说明解链温度高，目的条带在较高温度才会解链，而在未达到解链温度时，引物会以未完全解链的 DNA 为模板，进行 PCR 非特异性扩增，所以易出现非特异性条带。降低退火温度，DNA 复性减缓，增加非特异性互补机会，使非特异性条带增多
